一九四〇年二月二十一日，蒋介石从重庆飞抵桂林，当晚乘火车去柳州，亲自主持桂南会战的检讨会。参加检讨会的除白崇禧、张发奎、李济深、陈诚外，还有商震（1886—1978，河北保定人。保定军校毕业。清末投入新军任统领，驻守山东烟台。后长期在晋军阎锡山部任职。1926年出任绥远省政府主席，旋任三十二军军长等职。“九一八”事变后，先后任河北、河南等省政府主席。1945年日本投降，派驻日本任军事代表团团长。后在日本经商。1978年病逝于东京。）、薛岳、余汉谋、李汉魂等人。首先由各部队长报告作战经过，到总结发言时，陈诚带头批评白崇禧指挥失当，说他没有在宾阳、甘棠一带配置足够的兵力，以致为敌所乘，采用大迂回的包抄战法，使我昆仑关正面守军陷于不利的地位。白崇禧只承认对作战部队督率不力。二十五日检讨会结束，蒋发表奖惩名单如下：
桂林行营主任白祟禧督率不力降级。
政治部长陈诚指导无方降级。
第二十七集团军总司令叶肇扣留交军法会审。
第三十八集团军总司令徐庭瑶撤职查办。
第三十六军军长姚纯撤职查办。
第六十六军军长陈骥撤职查办。
第九十九军军长傅仲芳撤职查办。
第三十六军参谋长郭肃撤职查办。
第四十九师师长李精一撤职查办。
第三〇三师师长宋士台撤职查办。
第九师师长郑作民已阵亡免究，该师番号取消，改称无名师。
第三十五集团军总司令邓龙光记功一次。
第四十六军军长何宣记功一次。
第七十六师师长王凌之记功一次。
蒋介石于二十六日由柳州回桂林，即飞返渝。
这一次在柳州召开的检讨会，尽管有很多人受到处分，但它的矛头还是指向白崇禧。四月二十日蒋召白崇禧去重庆，告以决定撤销桂林行营。白崇禧回到重庆仍任职副参谋总长兼军训部长。蒋所以采取此一措施，目的在防止广西与进步力量接近。白失去了桂林行营的地位，乃改变其政治立场。
五月三十一日桂林行营办理结束，改设军事委员会桂林办公厅，以李济深为主任，将指挥权拨归第四战区司令长官接管。六月一日桂林办公厅成立，但李济深直到九月四日才出重庆飞桂到职，在此以前，由副主任林蔚代行。李济深在军委会桂林办公厅任职三年零三个月。
一九四〇年九月十五日，我去柳州参加第四战区党政军联席会议。会上陈诚、李济深都讲了话。之后，集中讨论桂南战区内的党务、政训、政治、军事的协作问题。当时日军在桂南方面久未蠢动，所以会场上出现了一片祥和的气氛。会后，陈诚约我去谈话，要我专任第四战区政治部主任，但我以不能离开桂林为辞却之。陈意似不悦。
自一九四〇年六月十七日法国战败投降希特勒后，无力顾及越南，日本遂乘机对法施加压力。六月二十九日，日派军官三十名、外交官十名为“物资输送停止监视委员”，在河内设管理部数处，实行监视禁止战略物资经由越南进入中国。不久，法派新人任越南总督，日遂要求驻兵越北，旋令第五师团由邕派队进占龙州、凭祥、镇南关，以兵临越境，法人终于屈服。九月二十三日，日军由镇南关进入越南。日军既驻越北，已达到其切断我对外通路的目的，南宁的占领失去了意义，于是就决定退出桂南。十月二十八日晚，敌方广播：“日军准备退出南宁。”龙州的日军也在二十八日晨向凭祥撤退。当我六十四军于三十日凌晨进入南宁时，已无敌人踪影了。
我于十一月一日偕用白崇禧秘书兼绥署政治部设计委员黄启汉、科长侯甸专车南行，目的在看看南宁劫后情况，并结束军民合作站工作。因邕宾路尚未修复，我们到芦墟后便下车步行，第一日到八塘，次日抵目的地。战后南宁，市面萧条，满目凄凉。南宁乐群社已成废墟，我们不得不在小乐园医院寄宿。旬日后我们始返桂林。
白崇禧到渝供职以后，蒋介石即通过何应钦对他施加压力，迫其积极反共，为掀起第二次反共高潮进行准备，从而有何白“皓电”（十月十九日）的发出。此后，白经常有长电给黄旭初，要广西逐步改变立场。黄接电后即电话绥署正副参谋长徐启明、张任民和我到他那里传阅。平静的桂林忽然出现了“山雨欲来风满楼”的气候。
一九四一年初皖南事变以后，白崇禧忽于三月底电我赴渝一行。我于四月一日由桂飞抵重庆。白崇禧告诉我，是康泽要他打电报的。我到浮屠关去找康泽，才知道“三青团”要在重庆成立一个“青年教导团”，实际就是关押进步青年的集中营，康泽要我来当团主任，我当场就一口拒绝了。但康泽仍要我勉为其难。
四月三日，我找到来渝出席国民党五届八中全会的李任仁，分析康泽要我主持“教导团”的工作，动机并不简单。实际是一项政治阴谋，当局目的在暴露广西人的反共面貌。李重毅亦以为然，他主张我仍返桂工作，由他去向白崇禧说明。四月五日，白崇禧去都匀对孙立人的部队讲话，约我同车南行，我终于摆脱了国民党反动派设置的一个陷阱。
八日，军事委员会有命令给广西绥靖公署，取消绥署政治部，并限于年底前办理结束。看来有人在幕后活动，非把我调离广西不可。这一政训机构，从一九三〇年春成立的“护党救国军第八路总司令部”政训处时算起，中经“第四集团军”、“第五路军”两次改名，负责人先后有黄同仇、王公度、潘宜之、韦永成等人，最后在我手上结束，它走了一段很长的路。
一九四一年十二月二十七日，李宗仁在赴渝出席国民党五届九中全会后乘飞机飞回桂林，这是他自一九三七年十月十日离桂以来第一次回到家乡。十二月三十一日，“广西建设研究会”举行年终大会，李宗仁以会长名义到会与进步人士晤叙一堂，这是该会四年来唯一的一次盛事。自皖南事变以后，部分进步人士已经流亡到香港去了。由于太平洋战争的爆发，在香港的所有文化人又全都回到桂林来了。当时李济深为一方物望所寄，并且当了“广西建设研究会”名誉会长，所以桂林仍保持着“文化城”的盛誉。
李宗仁因其母刘太夫人于一九四二年一月十四日逝世，办理丧事耽搁，一直住到三月六日，才离桂经渝返老河口防次。在此期间，他寓居桂林东镇路五号。二月十九日，他约广西党、军、政干部多人到广西省府大楼谈话，首先是征询意见。我说，广西过去徒负虚名，其实虽副。年前在桂南会战中，我们的弱点全部暴露出来了。今后我们的领导者应当更加谦恭虚怀，接纳忠言，以谋改进工作，提高行政效率，以期无负国人的期望。我的话是不点名地批评了黄旭初，李宗仁当能意会得到。其后李宗仁讲了下面几点：
一、对于形势的认识：自去年六月苏德战争和十二月太平洋战争爆发以后，我国抗战已经同第二次世界大战结合在一起了。形势的发展，对内有利于团结抗战的加强，即使有时出现某些不团结的因素，但对大局无碍；对外我与全世界反侵略的力量团结在一起，从而提高了我们抗战必胜的信心。
二、对国民党当局的态度：我们广西政府是国民政府阵营里的一个组成部分，不应作小团体谋自存的错误打算。在国民党内部，本来互相排挤成风，即中央系统的嫡系分子也是这样，不要以为他们有意对我们广西歧视。在此情势下，吾人消极退缩，固不可能；而想起来革国民党中央的命，也为情势所不许；现在只剩下第三条路，那就是：在自己的岗位上努力奋斗，做好工作，如此而已。
三、对广西自我的认识：现在广西党、政、军各方面都出现委靡不振现象，应时时保持警惕，重新树立好的风气。上司应多下乡，就地解决下面的困难问题。