一九四三年三月二十九日，“三青团”第一次全国代表大会在重庆浮屠关中央训练团礼堂召开，会后成立中央干事会以代替过去的临时干事会。蒋介石为加强党团联系，特派陈立夫、张厉生、谷正纲、朱家骅为常务干事。并借此以冲淡“三青团”是黄埔系一手把持的局面。
“三青团”中央团部各处人事也重新进行了调整：我从督导室主任改为服务处处长；秘书处处长原为CC派的项定荣，现改由张治中的亲信刘孟纯接充；组织处处长康泽照旧不动；宣传处处长由洪瑞钊改为郑彦芬；训练处处长调浙江支团干事长倪文亚担任；工管处处长为黄宇人；女青年处处长为宋美龄的心腹助手张霭真。
蒋介石为了加强“三青团”的政治地位，故意把他的“官邸党政会报”移到两浮支路通惠中学“三青团”中央团部举行。即使他采取了这样一项措施，但实际上仍无助于消除CC派与黄埔系的尖锐对立。
由于在“三青团”第一次全国代表大会中，有一部分地方代表指责国民党政府行政院长孔祥熙贪污无能，特别指出太平洋战爆发时，香港紧急撤退，孔的老婆宋霭龄包了专机，连洋狗、马桶都带上，但却置一些爱国人士的安危于不顾。人言啧啧，舆论哗然。这样一个行政首脑，不孚众望，如不罢免，怎么可以振奋人心，争取抗战胜利！当时大会曾作出决议，将此问题交由中央干事会处理。
因此在大会闭幕不久，“三青团”书记长张治中邀了部分属于黄埔系的常务干事和中央团部处长级干部到北温泉数帆楼住了几天，对时局和团务交换意见。在漫谈中，张治中鼓励众人各抒己见，畅所欲言，当时主要发言，还是集中批评蒋介石的领导作风问题。
有人说，蒋囿于成见，自以为是，不愿听逆耳之言。部属对他有所陈述，事前总要揣摩他的想法，然后投其所好，承欢固宠。真理泯灭，正义消沉。善于取巧的政学系，如张群、熊式辉、吴铁城等人对他提出建议，也要准备甲乙两案，而不敢坚持正确意见。从而阿谀奉承，蔚然成风。政风败怀，悉以此为始基。
有人说，蒋对待部下，惯以私恩私惠示人，而不是使他们奉公守法。如他第一天批准枪决一个失职将领，第二天又私自开恩释放；一个干部向他要钱，首先挨骂，其后又得到几万元以至十万元的特支款。这种做法，目的在使部属对他个人感恩戴德，而不知有国家民族，以致法纪荡然，人心离散。
有人说，蒋在组织上设立不必要的机构，徒有形式，毫无实效。如国民党以党领政，既有中央执行委员会，一九三九年又成立一个国防最高委员会，以统一党政军的领导，这样一来任何机构都不能起其应有的作用。以此类推，不胜枚举。
关于孔祥熙的问题，大家一致认为，孔既无才德，又缺威望，徒以裙带关系，当了行政首长，应联名上书向蒋建议，免孔氏行政院长一职，以肃政风，而振人心。可是签呈上去以后，似石沉大海，渺无音讯，大家以为蒋把这个问题搁置起来了。直到八月一日，国民政府主席林森逝世，才给蒋以重新调整人事的机会。
回顾林森所以当上国府主席，那只是夤缘时会，因人成事。“九一八”事件以后，国内掀起了“兄弟阋墙，外御其侮”的呼声。后经一系列的接触，宁、粤双方的代表在上海进行和谈。当时粤方代表为防蒋再起独裁，在一九三一年十二月召开的国民党四届一中全会上特别坚持修改《国民政府组织法》，规定国府主席“不负实际政治责任”，并由中央全会选举“年高德劭”者任之。林森在国民党内，一贯没有政治野心，“年高德劭”，真是当之无愧，于是就被选为国府主席。他当了十二年有职无权的元首，曾自嘲为“监印官”。事实上的确如此。
由于林森之死，蒋介石特于九月六日至十三日，在重庆召开国民党第五届第十一次中央委员会全体会议。我们中央团部各处处长接到“中央秘书处”通知，得列席此次全会，会上，首先修改《国民政府组织法》，规定国府主席掌握全国一切军政大权，随后选举蒋介石为国民政府主席兼行政院长。孔祥熙为行政院副院长。
此次全会给人这样的印象：国民党法无定规，权从人转。蒋介石不当国府主席，那个职位就是虚位元首，蒋一当国府主席，立刻就负政治上实际责任。这样还算得什么“法治”呢？
在此次全会上，蒋介石宣布要和共产党谈判，“采取政治解决方针”。原来依靠中国人民抗战的声誉，蒋出席了开罗会议。在开罗会议上，美国罗斯福总统和蒋介石达成了下面的协议：“双方同意关于增强国内团结的初步协定，特别是关于中国共产党这一点”，“必须在战争还在继续进行的时期与延安方面握手。”（伊利奥特？罗斯福：《罗斯福见闻秘录》刊于一九四六年十月一日出版的纽约《展望》半月刊。）