孙科回到南京后，原欲局部改组内阁，以谋缓冲立法院于一时，李宗仁也致力促蒋出国，并无立刻改组行政院之意，可是后来形势发展，日益对孙科不利。首先是监察院对孙科“敝眷”蓝妮的颜料案（蓝妮，云南人，曾与孙科同居。抗战期间，来往于重庆、上海之间。抗战结束后，南京政府“敌伪产业管理局”没收了蓝妮在上海的部分染料，孙科函该局发还，称蓝妮为“敝眷”。），准备提出弹劾。其次是立法院仍要于三月八日的院会中对孙科提出“质询”，要他答复擅自把行政院迁往广州的罪行。孙科看到情况不对，就主动地于三月七日晚上七时来傅厚岗向李宗仁请求批准他辞职。三月八日上午九时，孙仍到立法院报告，一开头就说出他已向代总统辞职，于是一幕倒阁风潮就这样烟消云散了。
孙科辞职以后，行政院院长的继任人选，李宗仁属意居正；白崇禧屡荐何应钦；立法院童冠贤、范予遂等则推举顾孟余（1888—1972，留学德国，毕业于柏林大学。1925年12月出任广东大学校长。1927年3月任国民党中央执行委员会常务委员、宣传部长。1932年任铁道部长。1936—1937年任交通部长。1941年被任命为国立中央大学校长。1949年先后定居香港、美国，1969年返台湾定居。）。当一九二四年冬孙中山先生北上时，主持国民党北京执行部的***氏向孙提出荐贤名单，顾孟余是第一名；其后一九四七年春张群组联合内阁，曾延揽顾当行政院副院长，但顾力辞，因此顾在当时知识分子中颇享盛名。李宗仁经与白崇禧商量后，以顾孟余为第一人选，何应钦为第二人选，居正为第三人选，依次提出征求。
三月九日，国民党中央常务委员兼立法委员范予遂衔李宗仁之命从南京去上海访顾孟余，并带有童冠贤给顾的信，表示立法院同人一致对顾寄予厚望。但顾以蒋在幕后控制，和战都无办法，不愿负此重任。十日范回京复命，李因此决定征求何应钦（意见）。
何应钦曾于二月十四日到南京小住，不久又去杭州汤恩伯别墅过隐居生活。三月十一日上午，张治中、吴忠信等从溪口归来，李宗仁又力挽他们陪同白崇禧由南京飞杭，代表李请何应钦组阁。是日整整谈了一个下午，何始终不敢拜命，后才坦白说出，此事关系重大，必须征得蒋的同意。于是由张、吴两人打电话到溪口给蒋介石，蒋初只答应由何当行政院副院长兼国防部长，经张、吴一再陈情，蒋终于同意何任院长，何并建议以黄少谷为行政院秘书长，事乃定夺。何所以拉拢黄少谷，盖欲借此表示自己愿意接受蒋的监督。当上月中程思远专机飞沪迎何入京时，何嘱程必须到国际饭店看望方由溪口到上海的黄少谷，说明一切。何这样害怕蒋介石，怎能希望他在蒋李之间起积极作用。
三月十二日中午，李宗仁在总统府宴请国民党南京常委，告以将邀何应钦为行政院院长，会上张治中报告溪口之行的经过。当日下午三时，立法院举行院会，同意何应钦为行政院院长。同时应吴铁城之请，由李宗仁电告广州国民党中央常会，拟以何组阁，电报倒填日期（作为三月十一日所发），以掩饰事前没有请示的行径。李此时已迫于形势，不得不敷衍国民党中央了。十二日晚，李宗仁派程思远去看居正，意欲请居出任国史馆长。居力辞，并要程返报李宗仁，不要以他的个人出处为念。
三月十二日，南京《救国日报》忽以《蒋不出国则救国无望》为大字标题发表一篇评论，对蒋介石幕后控制，诸多抨击。该报社长龚德柏并告合众社记者张国兴，谓吴忠信之赴溪口，系劝蒋出国。此事使龚德柏在到台北以后受到了监禁十年的处分。
何应钦的组阁工作久久没有完成。三月十九日，何打电话给李宗仁请从旁给予助力。李当日下午五时即偕总统府秘书长翁文灏和程思远乘“追云”号专机飞沪，此行拟邀薛笃弼（1890—1973，早年参加同盟会。参加了辛亥革命。1923年1月，任北洋政府司法部次长。1927年后历任国民党政府民政部、内政部、卫生部、水利部部长。全国解放前夕，毅然拒绝陈诚等人的纠缠，坚决留在大陆。）当行政院副院长，梅贻琦当教育部长，陈光甫（1881—1976，中国银行家。毕业于美国宾夕法尼亚大学。1915年创办上海商业储蓄银行。1927年任国民政府财政委员会主任委员，负责为蒋介石筹募军饷。同年创办中国旅行社。1937年，任大本营贸易委员会中将衔主任委员。抗战时期，任中、美、英平准基金委员会主席。1954年定居台湾。）当财政部长。二十日奔走活动的结果：薛荐贾景德（1880—1960，阎锡山与袁世凯合作的牵线人，中原大战晋绥系高层唯一的支持者，阎锡山永远的秘书长，最后的送葬人。）以自代；梅不愿重做冯妇，并介绍杭立武来代替他；陈更不愿跳火坑，唯说刘攻芸（1900—1973，先后留学美英。抗战胜利后任敌伪产业处理局局长、中央信托局局长。1949年1月继任中央银行总裁，3月任财政部长，未几解放大军渡江，即经广州赴台湾，后去香港。终老在新加坡。）在财经界可供驱策。二十日傍晚，李宗仁一行偕刘攻芸飞返南京，总算助了何应钦一臂之力。
三月二十一日，何应钦内阁名单全部决定如下：院长何应钦、副院长贾景德、内政部长李汉魂（新任）、国防部长徐永昌（旧任）、财政部长刘攻芸（新任）、交通部长端木杰（1897—1972，回族。1937年任国民党军事委员会后方勤务部副部长，1945年2月任军政部后方勤务总司令部副总司令。1949年3月任交通部部长兼中航公司董事长，11月在香港策动交通部所属机构起义，并为两航起义作出巨大贡献。1972年1月11日在北京病逝。）（新任）、教育部长杭立武（新任）、经济部长孙越琦（新任）、司法行政部长张知本（新任）、外交部长傅秉常（1896—1965，先后任驻比利时公使，国民政府外交部政务次长，驻苏联大使。1946年以中国代表身份，出席巴黎和会。1949年3月，任外交部部长，未到职。）（新任）、蒙藏委员会委员长白云梯（旧任）、侨务委员会委员长戴愧生（旧任）、秘书长黄少谷。其中除傅秉常外，余均于三月二十三日正式就职。
傅秉常之任外交部长，原来是出自张治中的保荐。当时张以为傅系驻苏大使，而何阁要进行和平谈判，首先应当得自苏联的帮助，因此以傅出掌外交，自属一时之选。可是何阁名单发表后，对傅出任外长一事，国民党内的顽固派为之大哗：有些人说，李宗仁要走苏联路线了；有些人说，外交部长须由与美国有友谊的人充任；在广州的CC派立委更吵闹不休，声言今后的外交政策要以争取美援为前提，反对傅秉常出掌外交。这些消息传到莫斯科，傅不敢回国就职，外长一职由叶公超（1904—1981，著名的外交家、书法家。留学美、英、法。1947年任外交部常务次长，1949年1月任外交部政务次长，5月任外交部部长，后去台湾。）代行。一九五〇年，傅从莫斯科到西欧，寄寓巴黎郊区的宋子文别墅，与李宗仁妻弟郭德风住在一起。据傅语郭云，外电报道傅被任命为外长后，苏联政府领导人斯大林曾予接见，表示对国共和谈寄予期望云云。此事系一九六三年冬，程思远受周恩来总理之托去苏黎世晤李宗仁时，郭告诉程的。
何应钦内阁产生以后，当时国民党内的某些人，以为一九二七年八月蒋介石下野，李宗仁、白崇禧曾与何应钦亲密合作，取得了“龙潭战役”（一九二七年八月蒋介石下野后，孙传芳率所部乘局势动荡，在宁杭路龙潭车站附近渡江，欲一举占领南京，李宗仁同何应钦合作破之，称为“龙潭战役”。）的胜利，所以对于此次李、何重新合作，寄予幻想。可是时代不同了，人也是要变的。何应钦在蒋介石统治下干了二十年，已经畏蒋如虎，唯恐获咎，李宗仁交办的事情，几乎没有一样得到执行。例如李宗仁要何阁命令汤恩伯将所部主力从上海延伸到长江中游，与白崇禧的华中部队紧密联系，以示坚决保卫长江，但何不敢；汤将其主力集中上海一隅，李又要何下令换汤，何更不敢；蒋将央行所存金银外币悉数移存台湾，李命何同蒋交涉，将金钞运回一部分应急，何对此一筹莫展；因此，李、何之间仍多扞格，貌合神离。