蒋介石此次入川，是鉴于四川乃天府之国，人多物阜。深欲固守川滇，在西南留个后方。八月二十四日，他到重庆后，即以“中央非常委员会”主席名义处理军政事务。
八月二十七日，蒋介石召见宋希濂，听取川鄂湖边区的军事报告 ；下午接见胡宗南，研讨稳定川局的办法。本来他曾电邀云南省政府主席卢汉与贵州省主席谷正伦于是日到重庆会晤，可是谷来了而卢没有来，至是蒋知卢“阴怀异志”，乃派李弥（1910—1973，黄埔第四期毕业。抗战后参加昆仑关战役、枣宜会战，指挥滇西松山战役，因功升任国民党军第八军军长。1948年任十三兵团司令官。淮海战役中，第十三兵团全军覆没，后任第十三编练司令部司令兼重编第八军军长，1950年率部撤往缅甸、老挝、泰国交界地。1954年撤往台湾。）回滇。
八月二十九日上午十时，蒋在重庆西南军政长官公署召开军事会议，除卢汉外，川、黔、康各省主席和高级将领均到会参加。会上讨论了军事形势，决定拒共军于川境之外，以陇南、陕南为决战场。蒋在会上讲话，谓两广恐难确保，但我们必须固守西南，使成为“复兴”的根据地云云。
九月一日，蒋又派罗广文兵团增防陇南，加强胡宗南部实力，以巩固陕南防务。同日接见宋希濂等，研讨武器增产与滇南军情，并指示战术要领。九月三日，由杨森策动，准备举行十万人的反共大游行，为蒋的到来助威。可是二日晚上，重庆市中心陕西街竟发生一场大火，燃烧达十二小时之久，大游行因而宣布取消。
蒋到重庆后，两次派人到昆明邀卢汉来渝会晤，但卢终不应召。第三次他派俞济时去，嘱俞告卢：“你做了我那么久的部属，难道还不信任我，你到重庆来，我保证你的安全。”卢想了一想，如果再不去，反为不妙。九月六日，卢遂飞渝谒蒋。蒋在林园行馆同卢谈了两小时，谓今后云南内部事务，许卢自主，但卢必须进行下列反共措施：一、声明反共；二、改组云南省政府；三、拘捕共党分子和亲共进步人士；四、解散省参议会；五、查禁昆明的进步刊物；六、云南应驻中央军两个军；七、云南实行征兵征粮；八、驱逐学校中的不稳分子。七日，蒋发给卢汉银洋一百万元。卢于当日下午回滇，李弥、余程万（1902—1955，毕业于黄埔军校一期。抗日战争中，“虎贲”师师长余程万在常德会战中誓死抗击日寇，全师八千多子弟兵仅有八十三人生还。1948年任二十六军军长，1949年12月任云南绥靖公署主任。后去香港经商，死于劫匪手中。）两军随即开入云南。
九月二十二日，蒋经国偕龙泽汇飞昆明。他此次来滇，实为其父亲明日到此进行布置。原来蒋、卢在重庆会谈时，蒋曾对卢说，我一定到昆明来看你。蒋经国到后，故意对卢汉说：“我的父亲恐怕不能来昆明了。”次日上午九时，他知蒋机将到，又去找卢汉，说 ：“重庆来了电报，总裁已经起飞，十点钟就可到达昆明机场。”从此时起，蒋经国就同卢汉寸步不离。卢要打电话派部队到机场保护，蒋经国说 ：“不必了，最安全的办法，就是除了我们两人之外，再没有别人知道这个消息。”十时，蒋的座机降落在昆明机场，蒋氏父子回到卢汉家里共进午餐。饭后接见滇省重要将领。下午四时许，蒋从昆明飞粤，七时许到广州。