一九二一年五月五日，孙中山先生重新开府广州，就任非常大总统，拟于此时率师北伐，以竟护法之功。但陆荣廷不甘心于一九二〇年的失败，又暗与徐世昌勾结，企图规复广东地盘。孙先生不能不注视此一事态的发展。
五月二十日北京政府下讨伐南方的命令，并令广西陆荣廷出兵攻粤。孙中山先生为巩固后方，免除后患，因于五月二十八日令陈炯明、许崇智等率在粤各军分路入桂，讨伐陆荣廷。六月十八日，对广西下总攻击令。
粤军入桂之举，使模范营与白崇禧的命运起了根本性的变化。
陈炯明所率的粤军第一军，得到江防舰队的配合作战，首破苍梧大坡山的桂军防线，直趋梧州上游十里的戎墟。桂军守将陈炳焜因腹背受敌，不敢再战，仓皇逃遁。刘震寰率几百人投降粤军，陈炯明遂于六月二十五日占领梧州。许崇智率第二军及滇军一部向富贺西进，沈鸿英通电自治，意图周旋于粤桂之间，但受粤军压迫，终经由桂林退入湖南。陈炯明挥军溯江西上，七月十六日，因桂军韦荣昌起义，不战而入南宁。九月三十日，陈炯明占领龙州，陆荣廷出走越南。广西底定。
一九二一年八月十日，孙中山先生任命马君武（1881—1940，广西桂林人。中国近代学者、教育家和政治活动家，广西大学的创建人，国立广西大学首任校长。马君武与蔡元培同享盛名，有“北蔡南马”之誉。）为广西省长。马君武就职后任命马晓军为田南警备司令。从此，广西模范营全体官兵，脱离陆、谭的系统，走上了一条新的道路。
马晓军在粤军入桂的进程中，收容了一些从南宁退来百色的零杂部队，其中有韦云淞（1889—1954，桂军名将，曾任军长、集团军上将副总司令。1948年被任命为广西禁烟督办，广西省特捐委会主任兼督办。1949年冬，韦云淞赴香港寓居。1954年冬在香港去世。）率领的工兵营、陈济桓（1892—1944，新桂系将领，抗日烈士。早年加入同盟会，参加北伐。1936年任中将参军。1944年日军侵桂战役中，突围负伤，自杀殉国。1984年中华人民共和国政府追认为革命烈士。）率领的水警队。马晓军把他们结合模范营编成三个营，以白崇禧为第一营营长，黄绍竑为第二营营长，夏威为第三营营长，陈雄为机关枪连连长。这些部队驻在百色市区及附近各县。
陆荣廷出走后，所部将领刘日福、陆云贵、马玉成等受到粤军的追击，从龙州、靖西方面窜来百色。他们的兵力远较马晓军所部强大，而又视受粤军委任的那些人为“反骨仔”，必欲得之而后甘心。马晓军精神麻痹，不知戒备，白崇禧的一营仍旧驻防禄丰，黄绍竑、夏威两营则分驻滇、桂要地，这样兵力分散，不久就出事了。
一天，马晓军在警备司令部举行会议，白崇禧、黄绍竑均来参加。突然刘日福派兵包围了警备司令部，马晓军事急时逃到隔壁天主教堂才幸免于难，但黄绍竑却当场被捉，所部被包围缴械。白崇禧见情势危急，跳城逃出，去召集夏威的一营和在禄丰的部队，由逻里旧州、坡脚渡过红河，前往贵州的南龙，向黔军团长刘莘园、陆荫楫求援，他们慨予支助，使白崇禧得以稍事喘息，徐图反攻。
刘日福解决了马晓军部以后，自称为“广西自治军”总司令，进兵恩隆。随与思恩方面的林俊廷、陆福祥、陆云高、蒙仁潜等互相呼应，声势浩大。他们都以“自治军”的名义来号召，实际上并无任何政治主张，只以反对客军入境为其主要目标。他们发展得非常迅速，在几月间，遍及全省。从此广西进入了一个混乱的政治局面。
白崇禧在贵州南龙得到刘莘园、陆荫楫团长的大力帮助，他们一方面卖烟土来接济白部，另一方面又派兵巡守红河，以防自治军的袭击。白崇禧稍事休息之后，率部由坡脚渡河攻西隆，与自治军隔河对峙。
一夜，白崇禧带一个卫士外出巡视战线，行到坡脚之北高十余丈的山坡上。当时，天雨绵绵，路面一片漆黑，他考虑到对岸是敌军机关枪阵地，因将手电筒熄灭，以免引起敌军扫射。十分不幸，他因路滑失足跌落到悬崖之下，昏迷了十多分钟，醒来不能行动，知是左腿锁骨折断了。
次日，白崇禧对夏威说：“煦苍，部队不能因我受伤而停止攻击。现在全军交给你指挥。”夏也表示同意。但部队在前进西隆时受挫，迫不得已躺在担架上指挥，他在进攻前对全体官兵说：“这一次重回广西，胜败存亡在此一举。希望大家戮力同心，团结战斗。如果进攻失败，我也与各位共存亡，决不后退。”官兵深受感动，一鼓作气，击破西隆之敌。在前进中得与马晓军、黄绍竑等会合。
原来黄绍竑被刘日福逮捕后，监视甚严，陆云贵本有意将他枪毙，后来黄把手表和戒指贿买了监视他的卫兵，才得走脱。只身逃往百色百余里外的黄兰乡下，他在那里纠合了凌云、西林士绅岑学三、黄炳暄等，将民团编为部队，不久就组编了二三百人。事为自治军所闻，派兵四处缉拿。黄昼行夜伏，艰苦备尝，终于遇到马晓军带来熊略指挥的粤军。并得与白崇禧相逢，殊出意外。
马晓军经人疏通，得刘日福允许，乘轮东下。时粤军因刘日福的自治军势力做大，乃派熊略为总指挥，率兵向平马、百色进攻，并令马晓军随往。会师百色后，马晓军被指定率部到凌云整训。马晓军任命黄绍竑为第一统领，辖冯春霖、黄炳暄、岑润博三营；白崇禧为第二统领，辖夏威、陆炎、韦云淞三营。
白崇禧因为左脚受伤，亟须赴粤就医，所以将兵权交给马晓军，然后乘船去南宁。他到邕后，便去拜望广西省长马君武，报告百色方面军情，并谓即将赴粤医足。马省长对他说，三个月来，两广情况有了很大变化：三月二十二日粤军参谋长兼第一师师长邓铿（1886—1922，1905年秘密加入同盟会。1913年授陆军中将衔。二次革命爆发后，一心一意追随孙中山。1922年3月21日在广九火车站遇刺，23日逝世。）在广州车站被刺殒命，凶手主使者是陈炯明，此人为了破坏孙先生的北伐计划，不惜下此毒手。孙先生因陈炯明阻挠北伐，决回粤督师，四月十六日，从桂林到梧州，召陈炯明往晤，陈公然抗命。二十日，孙先生到肇庆，准陈炯明辞去广东省长及粤军总司令职，专任陆军部长。陈因被免职，调其在南宁的部队返粤。陈炯明的心腹将领叶举等于四月二十一日发出通电，由南宁还师广州。粤军既撤出广西，陆、谭旧部势必卷土重来，我这个省长干不成了，决定不日挈眷乘轮去梧州，准备在那里设立行署。白崇禧要求乘搭马省长的专轮东下，马答应了。这是一九二二年夏初的事。
五月中，白崇禧乘搭马君武省长的座轮离开南宁东驶。白崇禧同广西省长公署的卫队长卢象荣及其卫队在前面的一只电船，马君武偕属及省府的工作人员则在后面的一条船。一晚，到达贵县，因邕江水浅，轮船不能夜航，遂在县城下游约一里的罗泊湾对岸停泊过夜。
贵县这时是粤桂边区第三路司令李宗仁的驻地。陈炯明因粤军撤退，江防空虚，特将贵县交给李宗仁部接防。李的第一支队李石愚率俞作柏、陆超两营刚巧先一日抵贵。俞作柏素有野心，不守绳墨。他知道马君武来到，上船谒见，要求马君武挈眷到贵县县署憩宿，马婉辞之。俞见软的一套不行，就来硬的一套。午夜，俞作柏派兵将马君武的船队包围，要把他的卫队缴械。卢象荣下令抵抗，一时枪声大作，马君武的爱妾竟以身殉。马氏经此事变后，万念俱灰。五月二十二日，即电广州孙中山先生辞去广西省长职务，这是广西最黑暗的时代。
白崇禧到广州后，住院治疗。用X光透视，发现他的左腿锁骨折断，因历时过久，已长成假骨，无法再施手术。休养一年后，虽左脚稍短，走路有点微跛，但行动尚称方便。白崇禧自念他的生命力异常坚强，因此将他原来的别字“剑生”改为健生，以示自强不息之意。