虽然第一次征长之役中，萨摩藩出了大力讨伐长州，可在战役后，对幕府强化统治的态度极其不满，藩内也出现了很多反对幕府的声音。当时，控制萨摩藩政权的西乡隆盛、大久保利通等人都逐渐从公武合体派转变为了讨幕派。这就是事情的突破口，有共同的利益就好说话了。找到了突破口，龙马立刻乘胜追击。 1865年 5月 日，他到了萨摩藩的鹿儿岛，与西乡隆盛深交，5月 27日拜见萨摩藩内的要员，大胆地提出了萨长联合策略。865年 5月，龙马与好友们在当时日本西部最大的贸易港——长崎龟山，创建了个贸易公司，龙马任社长。创办这个贸易公司，龙马的用意是想让萨摩藩的船只从事海运和贸易的事业，并从外国购入武器，增强自己的军事装备。6月 24日，龙马到京都拜会了西乡隆盛，希望他能够以萨摩藩的名义为长州藩购入武器，以此交换的条件是，让长州藩为萨摩藩购入军粮，萨摩藩战死者墓
帮助解决萨军的军粮不足问题。这是两藩第一次互利的合作，同时也是化解仇恨的开始。同盟计划发展到了 7月，长州藩的伊藤博文、井上馨果然在龙马筹办的这个贸易公司里，以萨摩藩的名义购入了七千支枪，1 0月又以萨摩藩的名义，为长州藩再次购入一艘轮船即“樱岛丸”号，在船后还挂着萨摩藩的标记。挂上这个标记就表示出了长州藩想同盟的心，看到事态按照预期的方向发展，龙马这个中间人的心情也是异常激动。龙马先是促进萨、长两藩在经济上取得互相的援助，在此基础上，再促进两藩在政治上的结盟。长州藩与萨摩藩的经济互助，让双方都尝到了甜头。两藩的头头们细想想，在当前这个乱世之秋，让大家结怨的最终根源是幕府的无能政权与腐败统治，如果幕府不除，双方的仇恨将永无止境地继续下去，杀杀打打地永无太平之日。当长州藩与萨摩藩发现了问题的中心之后，龙马再次从中调和，这个中间人当得真是很称职。1866年，龙马先后拜会了大久保利通、西乡隆盛、木户孝允这些两藩的头头们。在他们面前，龙马进一步分析了日本当时的局势与联盟在战略关系上给大家带来的好处。
最终，在 1866年 月 22日，在以龙马为首的中间人的见证之下，长州藩与萨摩藩签署了萨长秘密军事讨幕同盟盟约，正式成立了两藩讨幕派的联盟，龙马的谋略以彻底成功告终。龙马又一次的谋略——大政奉还后的王政复古面对革新，龙马敏锐感触的第一反应就是要萨长同盟，在他的谋略之下，终于让这两个日本最大、仇恨最深的藩国化敌为友，成为了共同的战略伙伴，一致对抗幕府。第一步走好走稳之后，下一个目标则是：“大政奉还”，让幕府的腐朽政府彻底在日本的历史舞台上消失。要让幕府“大政奉还”远比“萨长同盟”艰难得多。从德川家康打下了幕府的天地到幕末时代，这是一个掌管了日本近三百年政权的家族，即便是衰落了，仍然操控着日本的大局。俗话说：瘦死的骆驼比马大。一个庞大的根系想要一并拔出，谈何容易！弄不好力气白出了不说，反会被深陷于旋涡中，难以自拔。如此严重的结果龙马也早有先见之明。在第二次征长之役之后，幕府的实力大减，各藩国对它的腐朽统治也多有不满，个个跃跃欲试地想通过武力讨伐。在这样的局势下，龙马的想法是：用和谈的方式，让幕府自觉地将权力归还给天皇，并降为和藩城一样的诸侯国，受天皇的领导。
1867年 6月 9日，龙马与土佐藩的后藤象二郎乘坐“夕颜”号，从长崎出发到达京都，此行的目的是劝说土佐藩的藩主——山内容堂，向幕府提出“大政奉还建议”。龙马“大政奉还”的心情是急切的，他和后藤象二郎坐在“夕颜”号上，也没有闲着。两人共同商议，制定出了八条政治主张，这就是著名的“船中八策”，以此促使幕府归还政权。这八条政治主张正是“大政奉还”谋略的中心点。在八策中的第一策就是：“应将天下政权奉还天皇”。当龙马准备以和谈的形式“大政奉还”时，以萨摩藩、长州藩为首的藩城，已经作好了以武力讨伐的准备。
在紧要局势之下，龙马将以大久保利通、西乡隆盛、木户孝允等为中心的，发动武装讨幕的举兵计划泄露给了后藤，后藤立即转告给了藩主——山内容堂，让他亲自劝说德川庆喜将军奉还大政。 0月，山内容堂拿着龙马制定的“船中八策”，以白皮书的形式交到了庆喜将军的手中。面对乱世，庆喜深知幕府昔日的辉煌早已不复存在，仍然固执地掌控政权，必定遭到诸藩的敌意，如果不幸发动了战争，不仅百姓遭殃，最终幕府也不一定会有好的下场。还不如做个好人，顺水推舟地成全大势之趋，何苦为难自己。作为幕府的末代将军，庆喜的选择是明智的。最终，在 1867年0月 3日，庆喜接受了山内容堂的提议，将大权归还给了天皇。同日，在京都的二条城，龙马召开了在京 40个藩的重臣会议，再次讨论决定了实行“奉还大政”。
会后，后藤向龙马报告了幕府已决定奉还大政的消息。这是一个等待了无数年、为此付出无数代价的结果，龙马对德川庆喜所作出的决定感到由衷的欣慰与钦佩，在流下了激动眼泪的同时，誓言道：“我誓为此公舍命！ ”10月 4日，庆喜将军正式向天皇提出奉还大政，并得到批准。“奉还大政”完成了，讨幕派仍然不肯放过幕府，就在德川庆喜宣布“奉还大政”并得到天皇批准的同日，讨幕派仍然以天皇的名义，向萨长两藩下达了“讨幕密敕”的命令。江湖险恶，在道上混，手上一定要有底牌。在讨幕派面前，庆喜还是留了一手，他是要通过“奉还大政”之举先发制人。
名义上我是自动放弃了政权，其实这是为了让讨幕派失去举兵讨幕的理由，但实际上自己还是掌握着政权的大局。德川庆喜最先是在土佐藩藩主——山内容堂的劝说下“大政奉还”的，按照土佐藩在公议政体论的要求是让王政吸收幕政，采取国政一元化的形式，实行“大政奉还”。这样，幕府的势力仍旧存在着。天皇接受了幕府的“大政奉还”后，立即在 10月 5日、2 日这两天，召集诸藩的大名们进京任命。这刚换了领导，局势尚未分明，大家都不敢轻举妄动，个个都以观望的心态静观事态变化。在朝廷连续两次征召藩大名的情况下，直到 月，进京的也只不过十多个藩而已。
在此期间，萨摩藩滞留在京都的兵力达到了一万人左右，而长州藩兵一千三百人中，大部分滞阵于西宫，艺州藩也派出三百余人进京，时刻作好大战的准备。到 2月的上旬，讨幕派已在京都布置好了战斗的兵力。2月 8日，讨幕派向聚集在岩仓宅邸的尾张、土佐、越前、安艺、萨摩等十名藩士下达了密令，让他们答应协作。同一天，在朝廷召开德朝会，这是一次极其漫长，对“王政复古”极其重大的会议。会上决定恢复三条实美等五卿的官位，并命令他们极快进京。这次的朝议一直进行到第二天的拂晓， 2月 9日的日出时分，廷议终于结束。当二条摄政（日本的官员等级）以下的官员都退了朝后，中山忠能、德川庆胜、松平庆永等要员依然留在宫中。士兵们也按照预定负责的宫门，警戒一切人员。各大皇族、重要官员再次上朝。这一次是历史性的一刻， 1867年 2月 9日，明治天皇正式宣布“王政复古”。
无论“大政奉还”的后事演变如何，坂本龙马在其中的贡献是卓越的，不愧被誉为“幕末第一英雄豪杰”。然而，就在“大政奉还”成功后一个月的 月 5日，坂本龙马与另一位维新志士——中冈慎太郎，在京都龙马的临时寓所会谈的时候，突然遭到不明身份之人的袭击，龙马当场死亡，中冈身负重伤后也在第二天离开人世。在经过了一百多年后的今天，坂本龙马仍然是日本人最喜爱的历史人物之一。如今，在日本各地都有“坂本龙马爱好会”，通过这种形式，人们研究他、热爱他、学习他、纪念他，并向这位自由民权先驱传奇般的一生致敬。末代王朝的瓦解——鸟羽伏见之役“王政复古”后的江户城大势已去，一时间，这座城池混乱不堪。 2月23日，庄内藩在江户的驻所发生了枪击事件。这次事件是倒幕派下的圈套，目的就是让残存的幕府率先开火，作最后一次的决一死战。幕府果然上了当，在枪击事件发生后的第三天，他们以庄内藩兵为主力，联合其他藩兵及陆军，包围并袭击了驻扎在江户城内的萨摩藩邸和佐土原藩邸。
火烧萨摩藩邸的消息很快传到了大阪，幕府残余势力中的主战派利用这次机会，逼迫德川庆喜讨萨除奸，他们要来个大反攻，置倒幕派于不仁不义之中。庆喜在主战派的再三逼迫之下，于 868年的元旦之际，命令旧臣——泷川具举携带“讨萨之表”上京，向天皇上告萨摩藩的罪状。在“讨萨之表”中庆喜声称：自 867年 2月 9日的“王政复古”之后，来自萨摩藩的奸臣共同阴谋，发生在江户、长崎、野州、相州的一系列劫盗、骚乱事件，都是他们所为。为了百姓的一方安宁，希望朝廷能够引渡这些奸臣，在不得已的情况下将其诛戮。就在泷川具举上京之际， 月 2日幕府开出了“开阳”号与“蟠龙”号两艘舰艇，连续在海上炮击萨摩藩的战船。同日，幕府以德川庆喜入京打前站为借口，开始北上进攻鸟羽、伏见两街道。 月 3日，鸟羽伏见之战正式打响。幕府军在老臣大河内正质的率领下，准备向位于淀城的大本营前进，可鸟羽、伏见两街道的讨幕军队让他们寸步难行。当他们试图强行突破时，萨军的炮火已经袭来。
10月 4日，就在幕府军开始第二次突围的时候，被任命为征讨大将军的仁和寺宫嘉彰亲王，手持朝廷授予的锦旗，持刀进入东寺，并将此地作为大本营，高高挂起了讨幕之大旗。锦旗让讨幕军的士气大振， 1月 5日在锦旗的高高飘扬下，他们南下直逼幕府的大本营。幕府军看到锦旗的逐渐逼近，个个望而生畏，士气大减。眼看幕府的军队节节败退，在一旁观战的淀藩、会津藩都将军力投给了讨幕军，从 6日开始共同攻击幕府的阵营。战争的现场炮火交集，轰隆的大炮声震耳欲聋，交错的火光将夜空映照得宛如白昼。面对狂轰滥炸，幕府的军队溃不成军，实在无力还击如此猛烈的炮火，最终全军崩溃逃向大阪城。
就这样，仅仅花了三天的时间，鸟羽伏见之战以幕府战败而告终。德川庆喜，这个幕府的末代将军，在 月 6日接到鸟羽伏见战败的消息后，四处求助无援，连夜逃出大阪城回到了江户。1 月 7日，京都的炽仁亲王正式发布命令：追讨德川庆喜，并于 月 0日剥夺了他的官位和所有的权力，贬为庶民。在这一系列的命令之后，德川家族原有的领地也收归公有。逃回江户城的德川庆喜，在救助无望的情势之下，于 2月 2日离开江户城退居于宽永寺，在寺内大慈院的一间房中闭门思过，以此来表现他对新政府一心恭顺的心情。德川庆喜的离去，让整座江户城空旷无比。4月 4日，朝廷下旨：让幕府的残余人马立刻撤出江户城。
到了 4月 0日，萨长两藩为首的七藩之兵，浩浩荡荡地开进并全盘接手了江户城，幕府方面也让出了大本营，并将剩余的武器一并交与新政府军。这就是日本历史上最有名的“无血开城”史，不费一兵一枪，不流一滴鲜血地拿下江户城。新政府入驻江户城后的首要大事，是如何处理德川家族。毕竟这是一个雄极一时的大家族，在具体的处理意见上，朝廷征集了亲王、议定、公卿、诸侯和诸藩的贡士们等多方面的意见。对此，大家的宽严意见各说不一，一时间难以立即作出决定。4月 29日正式的处理结果下达：田安庆赖之子——龟之助，继承德川氏的家名，并追加城地和俸禄，作为德川氏的旧人们，也在相应的领地上赐予了他们相当高的俸禄。处理结果下达后，在宽永寺中闭门反省的德川庆喜，被转移到宝台院幽居中继续反省，对庆喜的反省令直到 9月才被解除。事后，德川氏没有就此消亡，仍然继承着自己的血脉，成了骏河、远江、陆奥一代的大名。它意味着：日本历史上最后的末代王朝，彻底地结束了生命，成为了永恒的过去式。王朝的落幕让日本正式走上了明治维新的道路。