光绪亲政后逆反的表现，更是加重了慈禧太后对光绪的不信任。在她眼里，光绪始终是个懦弱自卑、犹豫不决、依赖性强、难以独当大任的孩子。她在光绪亲政后对朝政的不断干涉和把持，很大原因就是出于这种心态。但她从不去想的是，光绪之所以成为一个人格心理存在严重缺陷的人，正是因为她的粗暴教育所造成的。
光绪进宫后，小皇帝与醇王府的关系完全被切断。即使是他的亲生父母醇亲王夫妇，也不许有任何的联系。由此，身处深宫，远离父母的光绪从小就缺乏母爱。他成天生活在恐惧当中，这对其成长是极其不利的。翁同龢在日记中说，他第一次见到光绪时，发现小皇帝性情敏感，体弱多病，学习时经常哭闹不止或静坐不理，令他感到极为头疼。不过，在翁同龢的谆谆教导下，从小缺乏母爱和父爱的光绪却突然找到了久违的人间情感。他后来逐渐接受了这个对他关心备至的师傅，并渐渐爱上了学习。
对师傅翁同龢的依恋是光绪发奋学习的一个重要因素。作为光绪的帝师，翁同龢不仅在学习上耐心教导，而且在生活上也给了小皇帝无微不至的照顾。时间久了，在从小就缺乏父爱的小皇帝心中，翁同龢在某种程度上扮演了父亲的角色。光绪7岁时，翁同龢因回籍办事，小皇帝得知后整整一天都情绪低落，彷徨不已。在翁同龢离开的两个月里，光绪无心学习，后来连读书声也没有了。等翁同龢回京后，小皇帝拉着师傅的手，高兴得眼泪直流。这一天，小皇帝精神振奋，朗朗读书声连太监们都被吸引了过来。后来，书房里的太监偷偷地告诉翁同龢：“自从师傅走后，皇上从来没有这样大声读过书！”翁同龢听后老泪横流——小皇帝在宫中真的是太孤单、太可怜了！
对于光绪的成长，太监寇连材在《宫中日记》中总结说：“中国四百兆人中，境遇最苦者莫如我皇上（指光绪帝）。盖凡人当孩童时，无不有父母以亲爱之，顾复其人，料理其饮食，体慰其寒暖，虽在孤儿，亦必有亲友以抚之也。独皇上五岁（实为不足四岁）登基，登极基后无人敢亲爱之，虽醇邸之福晋（即光绪的生母），亦不许亲近，盖限于名分也。名分可以亲爱皇上者，唯西后（慈禧）一人。然西后骄侈淫佚，绝不以为念。故皇上伶仃异常，醇邸福晋每言辄涕泣云。”
寇连材虽然是个太监，但人情的认识颇为深刻。与之相比，慈禧太后在这方面的情商就未免太低了。光绪亲政后不久，原本可在中间起到缓和作用的调解人，即醇亲王奕譞及福晋分别于1891年和1896年去世。这使得慈禧太后与光绪的关系进一步恶化。特别在甲午战败后，光绪急于复仇的急躁情绪更是让慈禧太后有些放心不下。
戊戌年中，光绪的“忤逆不孝”令慈禧太后一度萌生废黜皇帝的念头，但最终因兹事体大及中外阻力而不得不自行放弃。但在次年（1899年），慈禧太后宣布“乙亥建储”，即选中端亲王载漪之子溥儁为皇储并入继穆宗同治为嗣，名号曰“大阿哥”。
这事细说起来颇有些吊诡。因为光绪时年不过28岁，为何不待他生下子嗣，而急于为同治立嗣，其中必有隐情。从恶意的角度来说，慈禧太后是为了报复光绪而出此下策。但从善意的角度来说，也可有另种解释。同治与光绪都是小皇帝出身，这对于朝政来说隐患颇多，因为慈禧太后再精明，她也只是一个深宫中的女人，其学识和视野无法应对19世纪末的危机年代，而当时的朝廷上下，“国赖长君”（国家的昌盛需要有年长有经验的君主进行管理）似乎也是一种共识。
但问题的关键在于，光绪皇帝似乎没有生育能力。从目前公布的医案及光绪自述的“病原”来看，其自幼即体弱多病，而且患有长期的遗精病史。对于光绪的身体状况，慈禧太后未必不是心知肚明。因为隆裕皇后并非他人，而系她的亲侄女。而且，光绪皇帝一生只有一后两妃，之后便再也没有册封过其他嫔妃。这在清朝皇帝中绝无仅有。因为通常而言，清朝皇帝的后妃至少在10人以上（如康熙甚至多达40人）。即便是19岁即去世的同治皇帝也有5名后妃。光绪只有一后二妃，这究竟是怎么回事呢？
最合理的解释是，光绪皇帝很可能因为长期的肾炎等疾病而导致无生育能力（甚至性能力），因此没有了继续册封后妃的必要。如果这种推测符合事实的话，这不仅是光绪个人的残酷命运，也可以说是清王朝的一种难言之隐，甚至可以说是致命的。在1856年同治出生之后，在近半个世纪的时间里，皇宫中就再没有新生儿的啼哭之声。这对于清朝的国运来说，意味着什么？
宫荒50年，天要亡大清！
慈禧太后的出发点或许是好的。因为皇帝是一个至为高级而尖端的职位，任何有作为的继任者在之前都必须接受长期而专业的教育，一而再、再而三的小皇帝登基，无疑会引发越来越多的危机。眼看光绪确实生不出儿子，慈禧太后也只能另想办法，早做打算。她最终在在皇亲近支中选择了端郡王载漪的次子溥儁为大阿哥人选，即“皇储”。
接慈禧太后的懿旨，溥儁系按当年吴可读之议而入继穆宗同治为嗣，名号为“大阿哥”。随后，十五岁的溥儁被接到皇宫内弘德殿读书，由同治的岳父承恩公崇绮和原同治的帝师大学士徐桐为师傅。由此，在端郡王载漪周围便聚集了一些保守顽固、盲目排外的亲贵，如庄亲王载勋、载漪的兄弟载濂和载澜、军机大臣刚毅、大学士徐桐等人。这些颟顸宵小之徒在庚子年胡搞一气，结果引发了更大的一场灾难。这就是为人所熟知的“庚子国变”。在八国联军攻进北京后，慈禧太后等人逃到西安。一时间“国将不国”，清廷险些倾覆。
吃了这样一场大苦头后，慈禧太后与光绪的关系有所改善。而端郡王载漪被认为是“拳乱祸首”，由此连累“大阿哥”溥儁被废出宫。皇宫虽然恢复了昔日的平静，但帝、后之间的矛盾仍旧长期存在。在光绪的身体一日不如一日的煎熬中，如此又过了8年。
3.光绪之死：
千古疑案中的合理逻辑
光绪三十四年（1908年），这年7月的一个傍晚，天色渐暗，一位名叫赵士敬的士人与朋友吃完饭后在一起谈天说地，突然窗外有大光亮，同时还伴有隆隆霍霍的响声，似雷非雷，似鸟飞鸟。这时，院子外的仆人突然大叫：“呀，这么大的一颗流星啊！”赵士敬等人听后急忙出屋观看，只见天上真的有一颗大流星从西北掠过，声如巨雷，尾长数十丈，光芒耀眼，速度很慢，在哔哔啵啵的爆裂声中，最后飞向东南方向陨落。目睹者议论纷纷，有人说这是紫微星堕落，要出大事……
流星之事，记于时人笔记《十叶野乘》。果不其然，当年十月二十一日（1908年11月14日）傍晚，年仅38岁的光绪皇帝在中南海瀛台涵元殿黯然离开人世。据说，那天早晨御医周景焘入内看脉，当时看见“光绪仰卧在床上，瞪目指口，大概是想吃东西，而那时身边一个太监都没有。就连寝宫里的器皿，也都被太监们盗窃殆尽，只剩下一个玉鼎”。颇为凄惨的是，光绪的去世悄没声息，临终前甚至没有一名亲属或大臣在身旁，等到被人发现时，早已死去多时了。
据《清光绪外传》中说，十月初十是慈禧太后的生日，身体虚弱的光绪前去贺寿。进慈禧太后寝宫前，有值班太监窥见光绪扶着近侍的肩膀做疏松筋骨的动作，大概担心给慈禧太后跪拜时爬不起来。但正要进去时，太监忽传太后的懿旨：“皇帝卧病在床，免率百官行礼，取消贺拜仪式。”
原来慈禧太后当时患有痢疾，拉肚子已有一两个月。她毕竟年事已高，经这么一折腾，也已是日薄西山，奄奄一息，快不行了。听到这个消息后，光绪便返回自己寝宫，心情似乎还不错。光绪的脸上表情被监视的太监看到，随后跑去密告慈禧太后说，皇上听说太后病重，脸有喜色。慈禧太后听后，勃然大怒：“我不能死在你前头！”
随后的几天里，慈禧太后和光绪的病情都无任何好转的迹象。太监和宫女们一个个脸色阴沉，整个皇宫一片悚然。七月十八日，庆亲王奕劻奉慈禧太后之命前往普陀峪的陵区视察寿宫，也不知道是慈禧估计自己不行了，还是觉得光绪不行了，或者觉得两个人都不行了。
七月十九日，皇宫禁门开始增加卫兵，凡是出入宫的人都要检查。当时传慈禧太后和光绪皇帝两人随时可能崩逝，宫中气氛非常紧张。二十一日，隆裕皇后去瀛台涵元殿时，光绪早已死去多时，当时竟然无人知道。隆裕皇后心里害怕，大哭而出，奔到慈禧太后那里告知光绪已死。慈禧太后听后，也只是长叹一声——这次她又比光绪稍胜一筹。
随后，光绪的遗体被早已准备好的吉祥轿抬到乾清宫。由于光绪死前没人在身边，当时也没有换寿衣。正当隆裕皇后指挥那些太监七手八脚地安顿光绪遗体时，一位太监急匆匆地赶来报告，说慈禧太后也已经不行了。隆裕皇后惊慌之下，又丢下光绪的遗体，带着太监们急急忙忙往慈禧太后那里赶。当时太监李莲英看见光绪的遗体放在殿中无人看管，心有不忍，便对身边的小太监说：“我们先把皇上弄弄好吧。”最后在李莲英的指挥下，光绪的遗体这才被草草料理好放进梓宫。
就在隆裕皇后为光绪遗体穿衣时，慈禧太后也撒手人寰，死在了中南海仪鸾殿内，终年74岁。慈禧的死亡时间是在光绪死去的第二天下午，两者相差不到一天。
《清光绪外传》是清宫野史，不可全信，但也透露了部分的真相。另一位重要的当事人，后来的摄政王载沣则在日记里记载：
十九日，上朝，致庆邸急函一件……
二十日，上疾大渐，上朝，奉旨派载沣恭代批折，钦此；庆王到京，午刻同诣仪鸾殿面承召见，钦奉懿旨：醇亲王载沣著授为摄政王，钦此；又面承懿旨：醇亲王载沣之子溥仪著在宫内教养，并在上书房读书，钦此；叩辞至再，未邀俞允，即命携之入宫。万分无法，不敢再辞，钦遵于申刻由府携溥仪入宫。又蒙召见，告知已将溥仪交在隆裕皇后宫中教养，钦此。即谨退出，往谒庆邸。
二十一日，癸酉酉刻，小臣载沣跪闻皇上崩于瀛台。亥刻，小臣同庆王、世相、鹿协揆、张相、袁尚书、增大臣崇诣福昌殿。仰蒙皇太后召见。面承懿旨：摄政王载沣之子溥仪著入承大统为嗣皇帝，钦此。又面承懿旨：现在时势多艰，嗣皇帝尚在冲龄，正宜专心典学，著摄政王载沣为监国，所有军国政事，悉秉予之训示裁度施行，俟皇帝年岁渐长，学业有成，再由嗣皇帝亲裁政事，钦此。是日往西苑军机处。
从时间上看，两段记载有相互补充与重合之处，但宫中密闱，非外人所能探知，其中是否有隐情，只能说是千古之谜。作为历史事实，慈禧太后与光绪皇帝这两个大清帝国的权力象征者和实际掌握者在戊戌政变后一直是矛盾重重。虽然他们在血缘上为伯母侄子及娘姨外甥的血亲，但在政治上，他们又是竞争对手。在这场皇宫的权力斗争中，光绪从小就处于劣势，在最后的10年中更是郁郁寡欢，饱受打击。到最后，两人的竞争变成了身体和生命存续的竞争，体弱多病的光绪和年迈衰败的慈禧展开了一场时间上的持久战。
1908年，两人都意识到自己不行了，但都盼着对方先死。十月十六日，慈禧太后与光绪在西苑勤政殿召见大臣（也是最后一次）。据那天被召见的新任直隶提学使傅增湘说：“太后神态疲惫，据说几个月的痢疾腹泻不止。而皇上脸色晦暗，说话声音无力，靠座位中间垫了几个靠枕，才勉强支持。”看来两人在这场马拉松式的争夺中都已是筋疲力尽，其中的一个随时都有可能会倒下。