元明的学术思想，是承宋人之流的。在当时，占思想界的重心的，自然还是理学。理学是起于北方的。然自南宋以后，转盛行于南方，北方知道的很少。自元得赵复后，其说乃渐行于北。元时，许衡、姚枢等，都号为名儒，大抵是程朱一派。只有一个吴澄，是想调和朱陆的。明初，也还是如此。到公元十五六世纪之间，王守仁出，而风气才一变。
王守仁之说，是承陆九渊之绪，而又将他发挥光大的。所以后来的人，亦把他和九渊并称，谓之陆王，和程朱相对待。守仁之说，以心之灵明为知，为人人所同具，无论如何昏蔽，不能没有存在的。此知是生来就有的，无待于学，所以谓之良知。人人皆有良知，故无不知是非之理。但这所谓知，并非如寻常人所谓知，专属于知识方面。“如恶恶臭，如好好色”，知其恶，自然就恶，知其善，自然就好。决非先知其恶，再立一个心去恶；先知其好，再立一个心去好的。好之深，自然欲不做而不能自已；恶之甚，自然万不肯去做。所以说“知而不行，只是未知”，所以说知行合一。既然知行就是一事，所以人只要在这知上下功夫，就一切问题，都解决了。时时提醒良知，遵照他的指示做，莫要由他昏蔽，这个便是致良知。如此，凭你在“事上磨炼”也好，“静处体悟”也好。简单直捷，一了百了。这真是理学中最后最透彻之说，几经进化，然后悟出来的。
讲理学的人，本来并没有教人以空疏。但是人心不能无所偏重。重于内的，必轻于外。讲理学的人，处处在自己身心上检点，自然在学问和应事上，不免要抛荒些，就有迂阔和空疏之弊。程朱一派，注意于行为，虽然迂阔空疏，总还不失为谨愿之士。王学注重于一心——在理学之中，王学亦称为心学——聪明的人，就不免有猖狂妄行之弊。本来猖狂的人，也有依附进去的。其末流流弊就大著。于是社会上渐渐有厌弃心学，并有厌弃理学的倾向。但这所谓厌弃，并不是一概排斥，不过取其长，弃其短罢了。在明末，顾炎武、黄宗羲、王夫之三先生，最可以为其代表。
这三位先生，顾王两先生，是讲程朱之学的，黄先生则是讲陆王之学的。他们读书都极博，考证都极精，而且都留意于经世致用，制行又都极谨严，和向来空疏、迂阔、猖狂的人，刚刚一个相反。中国自秦汉以后，两千年来，一切事都是因任自然，并没加以人为的改造，自然有许多积弊，平时不觉得，到内忧外患交迫之日，就一一暴露出来了。自五代以后，契丹、女真、蒙古，迭起而侵掠中国。明朝虽一度恢复，及其末造，则眼看着满洲人又要打进来。反观国内，则朝政日非，民生日困，风俗薄恶，寇盗纵横，在在都觉得相沿的治法，有破产的倾向。稍一深思熟考，自知政治上、社会上都须加一个根本的改造。三先生的学问，都注意到这一方面的。黄先生的《明夷待访录》，对于君主专制政体，从根本上攻击。王先生的《黄书》，这种意见也很多。顾先生的《日知录》，研究风俗升降、政治利弊，亦自信为有王者起，必来取法之书。这断非小儒呫哔，所能望其项背。后来清朝人的学问，只讲得考据一方面，实不足以继承三先生的学风。向来讲学术的人，都把明末诸儒和清代的考证学家，列在一处，这实在不合事实，不但非诸先生之志而已。
讲到文艺，元明人的诗文，亦不过承唐宋之流，无甚特色。其最发达的，要算戏曲。古代的优伶，多以打诨、取笑为事，间或意存讽谏，饰作古人，亦不可谓之扮演。扮演之事，唯百戏中有之，如《西京赋》叙述《平乐观》角觝，说“女娲坐而清歌，洪崖立而指挥”之类，然而不兼歌舞。南北朝时，兰陵王入陈曲、踏谣娘等，才于歌舞之中带演故事。然还不是代言体。宋时的词，始有叙事的，谓之传踏。后来又有诸宫体。至于元代的曲，则多为代言体。演技者口中所歌，就作为其所饰的人所说的话，其动作，亦作为所饰的人的表情，就成为现在的戏剧了。戏剧初起时，北方用弦索，南方用箫笛。明时，魏良辅再加改革，遂成为今日的昆曲。此外说话之业，虽盛于宋，然其笔之于书，而成为平话体小说，则亦以元明时代为多。总而言之，这一个时代，可以算得一个平民文学发达的时代。