清朝的中衰，是起于乾隆时代的，这个读第四章所述，已可见其大概了。清朝是以异族入主中原的，汉人的民族性，虽然一时被抑压下去，然而实未尝不潜伏着，得着机会，自然就要起来反抗。如此，就酿成了嘉、道、咸、同四朝的内乱。
清中叶的内乱，是起于一七九五年的。这一年，正是高宗传位于仁宗的一年，其初先借苗乱做一个引子。汉族的开拓西南，从大体上说，自然于文化的广播有功，便苗族也是受其好处的。然而就一时一地而论，该地方原有的民族，总不免受些压迫，前章所述湖南永顺、乾州一带，当初开辟的时候，土民畏吏如官，畏官如神。官吏处此情势之下，自不免于贪求。而汉人移居其地的又日多，苗民的土地多为所占。这一年，遂以“逐客民，复旧业”为名，群起叛乱。调本省和四川、云南、两广好几省的兵力，才算勉强打平。然而事未大定，而教匪已起于湖北了。
白莲教，向来大家都说它是邪教，从它的表面看来，自然是在所不免。但是这种宗教，是起于元代的。当元末，教徒刘福通曾经努力于光复事业。而当清代，此教的势力也特别盛，在清代起兵图恢复的，都自托于明裔。而嘉庆初年的所谓川、楚教匪，其教中首领王发生，亦是诈称明裔的。便可知其与民族主义不无关系。不过人民的程度不一，而在异族监制之下，光复的运动也极难，不能不利用迷信的心理，以资结合，到后来，遂不免有忘其本来的宗旨的罢了。然而其初意，则蛛丝马迹，似乎是不可尽诬的。
所谓白莲教，是于一七七五年被发觉的。教首刘松，遣戍甘肃，然其徒仍秘密传播，至一七九三年，而又被发觉，其首领刘之协逃去。于是河南、湖北、安徽三省大索，骚扰不堪，反给教徒以一个机会。至一七九六年，刘之协等遂在湖北起事。同时，冷天禄、徐天德、王三槐亦起于川东。自此忽分忽合，纵横于川东北、汉中、襄郧之境。官军四面围剿，迄无寸效。你道为什么？原来高宗此时，虽然传位，依旧掌握大权，如此，和珅自然也依旧重用。和珅是贪黩无厌的，带兵的人，都不得不克扣军饷去贿赂他——当时得一个军营差使，无论怎样赤贫的人，回来之后，没有不买田、买地，成为富翁的——所以军纪极坏。而清朝当这时候，兵力本已不足用。官兵每战，辄以乡勇居前，胜则攘夺其功，败亦抚恤不及。匪徒亦学了他，每战，辄以被掳的难民居前，胜则乐得再进，败亦不甚受伤。加以匪势飘忽，官兵常为所败。再加以匪和官兵，都要杀掠，人民无家可归的，都不得不从匪。如此，自然剿办连年，毫无寸效了。直到一七九九年，高宗死了，和珅伏诛，仁宗乃下哀痛之诏，惩办首祸官吏，优恤乡勇，严核军需，许匪徒投诚；又行坚壁清野之法，一面任能战之将，往来追逐。至一八〇二年，大股总算肃清。明年，余匪出没山林的，也算平定。而遣散乡勇，无家可归的，又流而为盗。又一年余，然后平定。这一次乱事，前后九年，虽然勉强打平，然而清朝的政治力量，就很情见势绌了。
然而同时东南还有所谓艇盗。艇盗亦是起于乾隆末年的。当新阮得国之后，因财政困难，乃招徕沿海亡命，给以器械，命其入海劫掠商船。广东沿海，就颇受其害。后来土盗亦和他勾通，一发深入闽浙。土盗倚夷艇为声势，夷艇借土盗为耳目。夷艇既高大多炮，土盗又消息灵通。政府以教匪为急，又无暇顾及沿海，于是其患益深。一八〇二年，安南旧阮复国，禁绝海盗，夷艇失势，都并于闽盗蔡牵，后为浙江水师提督李长庚打败，又与粤盗朱相合。清朝用长庚总统闽浙水师，而前后督臣，都和他不合，遇事掣肘。一八〇七年，长庚战死南澳洋面，朝廷继任其部将邱良功、王得禄，至一八一〇年，才算把艇盗打平。
川、楚教民定后，不满十年，北方又有天理教民之乱。天理教，本名八卦教——后来的义和团，也是出于八卦教的。此时的天理教，是反清的，而后来的义和团，至于以扶清灭洋为口实，民族意识的易于消亡，真可以使人警惕了。当时天理教的首领，是大兴林清和滑县李文成，他们吸收徒众的力量极大，教徒布满于直隶、河南、山东、山西，便是清朝的内监，也有愿意做内应的。他们谋以一八一三年起事，乘清仁宗秋狝木兰时，袭据京城。未及期而事泄，李文成被捕下狱，林清仍进行其预定计划，以内监为向导，和内应，攻击京城，攻入东西华门的有百余人。文成亦被教徒劫出，攻占县城，杀掉知县。长垣、东明、曹县、定陶、金乡都起而响应。虽然其事终于无成，亦足使清朝大吃一惊了。
天理教匪乱后八年，便是一八二〇年，仁宗死后，宣宗即位，这一年，回疆又有张格尔之变。天山南路的回民，信教最笃，清朝的征服回部，本来不能使他们心服的。但是清朝知道他们风气强悍，事定之后，亦颇加意抚绥。回民丧乱之余，骤获休息，所以亦颇相安。日久意怠，渐用侍卫和在外驻防的满员，去当办事领队等大臣，都黩货无厌，还要广渔回女，由是民心愤怨。这一年，大和卓木之孙张格尔，就借兵浩罕，入陷喀什噶尔、英吉沙尔、叶尔羌等城。清廷命杨遇春带着陕甘的兵，前往剿办，把张格尔打败。张格尔走出边。杨遇春又诱其入犯，把他擒杀，于是清廷命浩罕执献张格尔家属。这张格尔是回教教徒，认为教主后裔的，这如何办得到？于是清廷绝其贸易。浩罕就又把兵借给张格尔的哥哥玉普尔，使其入寇。交涉，直到一八三一年，才定议：清朝仍许浩罕通商，而浩罕允代中国监视和卓木的家族，这交涉才算了结。清朝在这时候，对外的威严，也就有些维持不住了。