满族占据中国，倏忽二百年了，虽然他治理中国之法，还是取之于中国，然而在民族主义上，总欠光晶。加以他政治腐败，国威陵替，五口通商之役，以堂堂天朝，而受辱于海外的小蛮夷，这在当日，确是个非常之变。英雄豪杰，岂得不乘时思奋？于是霹雳一声，而太平天国以起。
太平天国天王洪秀全，是广东花县人。他于一八一二年诞生，恰在民国纪元之前百年。他是有志于驱除异族，光复河山的人。要做光复事业，不得不和下层民众结合，乃不得不借助于宗教。广东和外国交通早，西教输入的年代亦多，所以洪秀全所创的上帝教，颇与基督教相近，以耶和华为天父，基督为天兄，而自称为基督之弟。和冯云山等同到广西传布，信他的人颇多，大多数都是贫苦的客民。一八四七、一八四八年间，广西年荒盗起，居民倡团练自卫，和教中人颇有冲突，秀全乘机，以一八五〇年六月，起事于桂平的金田村。
时广西盗贼甚多，清朝派向荣等剿办，不利。洪秀全以起事的明年据永安，始建太平天国之号，自称天王。又明年，突围而出，攻桂林，不克，仍北取全州，浮湘而下，为江忠源乡勇所扼，改由陆道出湘东。攻长沙，亦不克，而清援军渐集，乃舍之，北出洞庭，克岳州，遂下武、汉。沿江东下，直抵江宁，建为天京。时为一八五三年。
当洪秀全在永安时，有人劝他，由湘西出汉中，以图关中，秀全不能用。及克武、汉，又有主张北上的，以琦善统大兵扼河南，不果。天京既建，清向荣以兵踵至，营于城东孝陵卫，而琦善之兵，移驻扬州，是为江南、江北两大营。太平军殊不在意。当时派兵两支：一自安徽出河南北伐，一沿江西上。后来北伐的兵，因形势太孤，虽经河南、山西，打入直隶，毕竟为清兵所歼灭。其西上之兵，则甚为得势，再破安庆、九江，占据武、汉，并南下岳州、湘阴。
此时清朝的兵，不论绿营、八旗，都不足用，乃不得不专靠乡勇。当时办团练的地方很多，而湘乡曾国藩，以在籍侍郎，主持办团之事。国藩仿戚继光之法，倡立营制，专用忠勇的书生，训练诚朴的乡农，又创立水师，以期和太平军相角逐，遂成为太平军的劲敌。湘军以一八五四年，出境作战，初出不利，旋复战胜，克复岳州，又会湖北兵复武、汉。然进攻九江不能克，而石达开坐镇安庆，遣兵尽取江西州县。国藩孤居南昌，一筹莫展，形势甚危。长江中流，太平军仍占优势。而天国于是时顾起了内讧，遂授清军以可乘之隙。
洪秀全的为人，似长于布教，而短于治政和用兵。既据天京之后，就深居简出，把军国大事，一切交给杨秀清。旋又相猜忌，乃召韦昌辉，使杀秀清。石达开闻变回京，昌辉又杀其家属。达开缒城而遁，自此别为一军，不复受天京节制，秀全又使秀清余党，杀掉昌辉。于是太平军初起诸人略尽，遂呈散漫之象。清军乘之，以一八五七年冬克武、汉，明年春，又复九江。胡林翼居武昌，筹饷练兵，屹为重镇。太平军仅据安庆和天京相犄角，形势就很危险了。
然而太平军中，还有后起之秀，足以支持危局的，那就是李秀成。其时清军上流一方面，分遣陆军攻皖北，水军攻安庆。下流一方面，向荣的江南大营，前此被太平军攻破，清朝用其部将张国梁，主持军事，于九江失陷之际，再逼天京而军。此时捻党已盛于江北，李秀成和其首领张洛行相联络，把皖北的军事，交托悍将陈玉成，而自己入京辅政。玉成歼湘军精锐于三河集，安庆之围亦解。李秀成知道江南大营的饷源出于浙江。其时江北大营，已不置师，归江南大营兼统，泛地更广。乃出兵陷杭州，以摇动其军心，又分军扰乱各处，以分其兵力，而突合各路的兵猛攻之，大营遂溃。国梁走死，苏、松、常、太，相继皆下，太平军的形势又一振。
然而大厦非一木所能支，单靠一个忠勇善谋战的李秀成，到底不能挽回太平天国的末运。清朝此时，胡林翼已死，乃用曾国藩为两江总督。发纵指示之责，集于国藩一身。国藩使弟国荃攻围安庆。陈玉成不能将将，诸将都不听命，遂不能救。一八六一年秋间，安庆陷落。玉成战败走合肥，为苗沛霖所执，送于清军，被杀。曾国藩乃荐沈葆桢抚赣，左宗棠抚浙，以敌太平军方面李世贤、汪海洋的兵，使鲍超、多隆阿等分攻皖南、北，都兴阿镇守扬州，而使曾国荃沿江东下，杨岳斌、彭玉麟以水师为之声援，以逼天京。又使李鸿章募兵淮、徐，以图苏、松。李秀成力劝洪秀全出兵亲征，不听；请与太子俱出，又不听。秀成曾一度出兵江北，因张洛行已被擒，亦无成功，只得守了苏州，和天京作为声援。
借外力以平内乱是件可耻的事，亦是件可危的事。当道咸之世，清朝的昏聩反复，很为外人所厌恶。太平军在此时，很有和外人联络的机会，而太平军未肯出此——或亦是未知出此——清朝则似非所恤。一八五八、一八六〇年两役，外人在条约上所得的权利，实在多了，乃有助清人以攻太平军之议。清廷初亦未敢接受，然至苏、松失陷后，江苏巡抚薛焕和布政使吴煦避居上海，到底借外人所训练统率的华兵，即所谓常胜军者，以御太平军。此时中国兵弱，洋将多不听命，苏人避居上海的，乃自雇汽船七艘，以迎李鸿章的淮军。太平军既未能邀击。苏州诸生王畹，献策于李秀成，请先设计封锁或扰乱上海，俾外人避居，然后出而招抚，收为己用，秀成又未能用。李鸿章至，淘汰前所募兵，代以淮勇，都强悍能战；常胜军亦隶麾下，辅以精利的器械；而上海此时，饷源又甚丰富。太平军东路的形势，遂亦陷于危急。
李秀成此时，以一身负天京和苏州两方面守御的重任，兼负调度诸军之责。当一八六二年时，曾国荃已攻破沿江要隘，直逼天京。是年秋间，其军大疫，秀成合李世贤攻浙的兵，猛攻其营，凡四十六日，卒不能破。天京之围，自此遂不能解。至一八六三年初冬，而苏州又失陷，秀成乃入天京死守。明年六月，天京亦陷。天王已死，秀成奉太子福瑱出走，于路相失，为清军所获，死之。太子会李世贤、汪海洋之师入赣，亦为清军所执，殉国于南昌。海洋、世贤的兵，没于闽、粤。石达开先别为一军，历赣、闽、湘、桂而入川，欲图割据，亦为清兵合土司所擒。陈玉成败后，在皖北的陈德才，北入河南，闻天京紧急，率兵还救，不及，自杀。太平天国自立凡十五年，兵锋所至，达十六省，卒仍为满族所征服。
然而其余众合于捻军，犹足使清廷旰食者数年。所谓捻军，是很早就有的。太平军起而捻势亦盛，蔓延于苏、皖、鲁、豫四省之间。雉河集的张洛行、李兆受为其首领，寿州练总苗沛霖亦阴和太平军和捻党相通。清命袁甲三等剿之，无效。一八六〇年，英、法兵陷京城，捻众亦乘机北略，至济宁。英、法兵既退，乃命僧格林沁剿办。僧格林沁攻破雉河集，张洛行、李兆受都死，苗沛霖亦被陈玉成余众所杀，捻势稍衰。太平天国既亡，余众多合于捻，其势复盛。僧格林沁勇而无谋，捻众多马队，其势飘忽，僧格林沁常为所致，遂以一八六五年，败死于曹州。清廷命曾国藩往剿。国藩首创圈制之法，练黄河水师，以济宁、徐州、临淮关、周家口为四镇，各派重兵驻扎，于运河东岸，贾鲁河西岸筑长墙，想把捻众蹙之一隅。
然而止不住捻众的冲突，一八六六年，捻众突围而出，张宗禹入陕，赖文光入山东，于是罢国藩，代以李鸿章。鸿章仍守国藩遗策，倒守运河，把东捻逼到海隅，于一八六七年打定。其西捻则由左宗棠剿击，宗棠败之渭北。捻众乃北犯延绥，渡河入山西，再出河南，以入直隶。宗棠率兵追击，李鸿章亦渡河相助，命直隶之民，多筑寨堡以自卫，而沿黄、运二河筑长墙以守。至一八六八年，才把他逼到黄、运、徒、颊之间打平。
捻众不过是扰乱，说不上什么主义的。太平天国，则当其兵出湖南时，即已发布讨胡之令，可谓堂堂之阵，正正之旗。其定都金陵后，定田制，改历法，禁蓄妾及买卖奴婢，并禁娼妓，戒缠足，颁天条以为法律，开科举以取士，亦略有开创的规模，且颇富于新理想。有人说：“中国当日，恶西教正甚，而太平天国带西教的色彩很重，这是其所以失人心的原因。”然而天王的创教，本不过是结合的一种手段，兵势既盛之后，亦未曾尽力推行。太平天国的灭亡，其中央无真长于政治和军事的人才，实在是其最大的原因。而其据天京之后，晏安鸩毒，始起诸人不能和衷共济，反而互相残杀。又其后来，所谓老兄弟者日少，新兄弟日多，军纪大坏，亦是其致亡的原因。太平天国提倡民族主义，曾国藩等则揭橥忠君主义，以与之对抗。在当日，自然是忠君主义易得多数人的扶助，然而民族主义的源泉终不绝灭，遂潜伏着，以待将来的革命。