历代帝王陵庙三皇圣师国先师孔子旗纛五祀国马神南京神庙功臣庙京师九庙诸神祠厉坛
历代帝王陵庙
洪武三年，遣使访先代陵寝，仍命各行省具图以进，凡七十有九。礼官考其功德昭著者，曰伏羲，神农，黄帝，少昊，颛顼，唐尧，虞舜，夏禹，商汤、中宗、高宗，周文王、武王、成王、康王，汉高祖、文帝、景帝、武帝、宣帝、光武、明帝、章帝，后魏文帝，隋高祖，唐高祖、太宗、宪宗、宣宗，周世宗，宋太祖、太宗、真宗、仁宗、孝宗、理宗，凡三十有六。各制衮冕，函香币。遣秘书监丞陶谊等往修祀礼，亲制祝文遣之。每陵以白金二十五两具祭物。陵寝发者掩之，坏者完之。庙敝者葺之。无庙者设坛以祭。仍令有司禁樵采。岁时祭祀，牲用太牢。
四年，礼部定议，合祀帝王三十五。在河南者十：陈祀伏羲、商高宗，孟津祀汉光武，洛阳祀汉明帝、章帝，郑祀周世宗，巩祀宋太祖、太宗、真宗、仁宗。
在山西者一：荥河祀商汤。在山东者二：东平祀唐尧，曲阜祀少昊。在北平者三：内黄祀商中宗，滑祀颛顼、高辛。在湖广者二：酃祀神农，宁远祀虞舜。在浙江者二：会稽祀夏禹、宋孝宗。在陕西者十五：中部祀黄帝，咸阳祀周文王、武王、成王、康王、宣王，汉高帝、景帝，咸宁祀汉文帝，兴平祀汉武帝，长安祀汉宣帝，三原祀唐高祖，醴泉祀唐太宗，蒲城祀唐宪宗，泾阳祀唐宣宗。岁祭用仲春、仲秋朔。于是遣使诣各陵致祭。陵置一碑，刊祭期及牲帛之数，俾所在有司守之。
已而命有司岁时修葺，设陵户二人守视。又每三年，出祝文、香帛，传制遣太常寺乐舞生赍往所在，命有司致祭。其所祀者，视前去周宣王，汉明帝、章帝，而增祀娲皇于赵城，后魏文帝于富平，元世祖于顺天，及宋理宗于会稽，凡三十六帝。后又增祀隋高祖于扶风，而理宗仍罢祀。又命帝王陵庙所在官司，以春秋仲月上旬，择日致祭。
六年，帝以五帝、三王及汉、唐、宋创业之君，俱宜于京师立庙致祭，遂建历代帝王庙于钦天山之阳。仿太庙同堂异室之制，为正殿五室：中一室三皇，东一室五帝，西一室夏禹、商汤、周文王，又东一室周武王、汉光武、唐太宗，又西一室汉高祖、唐太祖、宋太祖、元世祖。每岁春秋仲月上旬甲日致祭。已而以周文王终守臣服，唐高祖由太宗得天下，遂寝其祀，增祀隋高祖。七年，令帝王庙皆塑衮冕坐像，惟伏羲、神农未有衣裳之制，不必加冕服。八月，帝躬祀于新庙。已而罢隋高祖之祀。
二十一年，令每岁郊祀，附祭历代帝王于大祀殿。仍以岁八月中旬，择日遣官祭于本庙，其春祭停之。又定每三年遣祭各陵之岁，则停庙祭。是年，诏以历代名臣从祀，礼官李原名奏拟三十六人以进。帝以宋赵普负太祖不忠，不可从祀。
元臣四杰，木华黎为首，不可祀孙而去其祖，可祀木华黎而罢安童。既祀伯颜，则阿术不必祀。汉陈平、冯异，宋潘美，皆善始终，可祀。于是定风后、力牧、皋陶、夔、龙、伯夷、伯益、伊尹、傅说、周公旦、召公奭、太公望、召虎、方叔、张良、萧何、曹参、陈平、周勃、邓禹、冯异、诸葛亮、房玄龄、杜如晦、李靖、郭子仪、李晟、曹彬、潘美、韩世忠、岳飞、张浚、木华黎、博尔忽、博尔术、赤老温、伯颜，凡三十七人，从祀于东西庑，为坛四。初，太公望有武成王庙。尝遣官致祭如释奠仪。至是，罢庙祭，去王号。
永乐迁都，帝王庙遣南京太常寺官行礼。嘉靖九年，罢历代帝王南郊从祀。
令建历代帝王庙于都城西，岁以仲春秋致祭。后并罢南京庙祭。十年春二月，庙未成，躬祭历代帝王于文华殿，凡五坛，丹陛东西名臣四坛。礼部尚书李时言：
“旧仪有赐福胙之文。赐者自上而下之义，惟郊庙社稷宜用。历代帝王，止宜云答。”诏可。十一年夏，庙成，名曰景德崇圣之殿。殿五室，东西两庑，殿后祭器库，前为景德门。门外神库、神厨、宰牲亭、钟楼。街东西二坊，曰景德街。
用八月壬辰亲祭。帝由中门入，迎神、受福胙、送神各两拜。嗣后岁遣大臣一员行礼，四员分献。凡子、午、卯、酉祭于陵寝之岁，则停秋祭。二十四年，以礼科陈棐言，罢元世祖陵庙之祀，及从祀木华黎等，复迁唐太宗与宋太祖同室。凡十五帝，从祀名臣三十二人。
三皇
明初仍元制，以三月三日、九月九日通祀三皇。洪武元年，令以太牢祀。二年，命以句芒、祝融、风后、力牧左右配，俞跗、桐君、僦贷季、少师、雷公、鬼臾区、伯高、岐伯、少俞、高阳十大名医从祀。仪同释奠。四年，帝以天下郡邑通祀三皇为渎。礼臣议：“唐玄宗尝立三皇五帝庙于京师。至元成宗时，乃立三皇庙于府州县。春秋通祀，而以医药主之，甚非礼也。”帝曰：“三皇继天立极，开万世教化之原，汨于药师可乎？”命天下郡县毋得亵祀。
正德十一年，立伏羲氏庙于秦州。秦州，古成纪地，从巡按御史冯时雄奏也。
嘉靖间，建三皇庙于太医院北，名景惠殿。中奉三皇及四配。其从祀，东庑则僦贷季、岐伯、伯高、鬼臾区、俞跗、少俞、少师、桐君、雷公、马师皇、伊尹、扁鹊、淳于意、张机十四人，西庑则华陀、王叔和、皇甫谧、葛洪、巢元方、孙思邈、韦慈藏、王冰、钱乙、朱肱、李杲、利完素、张元素、朱彦修十四人。岁仲春、秋上甲日，礼部堂上官行礼，太医院堂上官二员分献，用少牢。复建圣济殿于内，祀先医，以太医官主之。二十一年，帝以规制湫隘，命拓其庙。
圣师
圣师之祭，始于世宗。奉皇师伏羲氏、神农氏、轩辕氏、帝师陶唐氏，有虞氏，王师夏禹王、商汤王、周文王武王，九圣南向。左先圣周公，右先师孔子，东西向。每岁春秋开讲前一日，皇帝服皮弁，拜跪，行释奠礼。用羹酒果脯帛祭于文华殿东室。
初，东室有释像，帝以其不经，撤之，乃祀先圣先师。自为祭文，行奉安神位礼。辅臣礼卿及讲官俟行礼讫，入拜。先是洪武初，司业宋濂建议欲如建安熊氏之说，以伏羲为道统之宗，神农、黄帝、尧、舜、禹、汤、文、武，以次列焉。
秩祀天子之学，则道统益尊。太祖不从。至是，世宗仿其意行之。十六年，移祀
于永明殿后，行礼如初。其后常遣官代祭。隆庆初，仍于文华殿东室行礼。
至圣先师子孔庙祀
汉晋及隋或称先师，或称先圣、宣尼、宣父。唐谥文宣王，宋加至圣号，元复加号大成。明太祖入江淮府，首谒孔子庙。洪武元年二月，诏以太牢祀孔子于国学，仍遣使诣曲阜致祭。临行谕曰：“仲尼之道，广大悠久，与天地并。有天下者莫不虔修祀事。朕为天下主，期大明教化，以行先圣之道。今既释奠成均，仍遣尔修祀事于阙里，尔其敬之。”又定制，每岁仲春、秋上丁，皇帝降香，遣官祀于国学。以丞相初献，翰林学士亚献，国子祭酒终献。先期，皇帝斋戒。献官、陪祀、执事官皆散斋二日，致斋一日。前祀一日，皇帝服皮弁服，御奉天殿降香。至日，献官行礼。三年，诏革诸神封号，惟孔子封爵仍旧。且命曲阜庙庭，岁官给牲币，俾衍圣公供祀事。四年，礼部奏定仪物。改初制笾豆之八为十，笾用竹。其簠簋登鉶及豆初用木者，悉易以瓷。牲易以熟。乐生六十人，舞生四十八人，引舞二人，凡一百一十人。礼部请选京民之秀者充乐舞生，太祖曰：“乐舞乃学者事，况释奠所以崇师，宜择国子生及公卿子弟在学者，豫教肄之。”五年，罢孟子配享。逾年，帝曰：“孟子辨异端，辟邪说，发明孔子之道，配享如故。”七年二月，上丁日食，改用仲丁。
十五年，新建太学成。庙在学东，中大成殿，左右两庑，前大成门，门左右列戟二十四。门外东为牺牲厨，西为祭器库，又前为灵星门。自经始以来，驾数临视。至是落成，遣官致祭。帝既亲诣释奠，又诏天下通祀孔子，并颁释奠仪注。
凡府州县学，笾豆以八，器物牲牢，皆杀于国学。三献礼同，十哲两庑一献。其祭，各以正官行之，有布政司则以布政司官，分献则以本学儒职及老成儒士充之。
每岁春、秋仲月上丁日行事。初，国学主祭遣祭酒，后遣翰林院官，然祭酒初到官，必遣一祭。十七年，敕每月朔望，祭酒以下行释菜礼，郡县长以下诣学行香。
二十六年，颁大成乐于天下。二十八年，以行人司副杨砥言，罢汉扬雄从祀，益以董仲舒。三十年，以国学孔子庙隘，命工部改作，其制皆帝所规画。大成殿门各六楹，灵星门三，东西庑七十六楹，神厨库皆八楹，宰牲所六楹。永乐初，建庙于太学之东。
宣德三年，以万县训导李译言，命礼部考正从祀先贤名位，颁示天下。十年，慈利教谕蒋明请祀元儒吴澄。大学士杨士奇等言当从祀，从之。正统二年，以宋儒胡安国、蔡沈、真德秀从祀。三年，禁天下祀孔子于释、老宫。孔、颜、孟三氏子孙教授裴侃言：“天下文庙惟论传道，以列位次。阙里家庙，宜正父子，以叙彝伦。颜子、曾子、子思，子也，配享殿廷。无繇、子昽、伯鱼，父也，从祀廊庑。非惟名分不正，抑恐神不自安。况叔梁纥元已追封启圣王，创殿于大成殿西崇祀，而颜、孟之父俱封公，惟伯鱼、子昽仍侯，乞追封公爵，偕颜、孟父俱配启圣王殿。”帝命礼部行之，仍议加伯鱼、子昽封号。成化二年，追封董仲舒广川伯，胡安国建宁伯，蔡沈崇安伯，真德秀浦城伯。十二年，从祭酒周洪谟言，增乐舞为八佾，笾豆各十二。弘治八年，追封杨时将乐伯。从祀，位司马光之次。
九年，增乐舞为七十二人，如天子之制。十二年，阙里孔庙毁，敕有司重建。十七年，庙成，遣大学士李东阳祭告，并立御制碑文。正德十六年，诏有司改建孔氏家庙之在衢州者，官给钱，董其役。令博士孔承义奉祀。
嘉靖九年，大学士张璁言：“先师祀典，有当更正者。叔梁纥乃孔子之父，颜路、曾昽、孔鲤乃颜、曾、子思之父，三子配享庙庭，纥及诸父从祀两庑，原圣贤之心岂安？请于大成殿后，别立室祀叔梁纥，而以颜路、曾昽、孔鲤配之。”
帝以为然。因言：“圣人尊天与尊亲同。今笾豆十二，牲用犊，全用祀天仪，亦非正礼。其谥号、章服悉宜改正。”璁缘帝意，言：“孔子宜称先圣先师，不称王。祀宇宜称庙，不称殿。祀宜用木主，其塑像宜毁。笾豆用十，乐用六佾。配位公侯伯之号宜削，止称先贤先儒。其从祀申党、公伯寮、秦冉等十二人宜罢，林放、蘧瑗等六人宜各祀于其乡，后苍、王通、欧阳修、胡瑗、蔡元定宜从祀。”
帝命礼部会翰林诸臣议。编修徐阶疏陈易号毁像之不可。帝怒，谪阶官，乃御制《正孔子祀典说》，大略谓孔子以鲁僣王为非，宁肯自僣天子之礼？复为《正孔子祀典申记》，俱付史馆。璁因作《正孔子庙祀典或问》奏之。帝以为议论详正，并令礼部集议。于是御史黎贯等言：“圣祖初正祀典，天下岳渎诸神皆去其号，惟先师孔子如故，良有深意。陛下疑孔子之祀上拟祀天之礼。夫子以不可及也，犹天之不可阶而升，虽拟诸天，亦不为过。自唐尊孔子为文宣王，已用天子礼乐。宋真宗尝欲封孔子为帝，或谓周止称王，不当加帝号。而罗从彦之论，则谓加帝号亦可。至周敦颐则以为万世无穷王祀孔子，邵雍则以为仲尼以万世为王。其辨孔子不当称王者，止吴澄一人而已。伏望博考群言，务求至当。”时贯疏中言：“莫尊于天地，亦莫尊于父师。陛下敬天尊亲，不应独疑孔子王号为僣。”
帝因大怒，疑贯借此以斥其追尊皇考之非，诋为奸恶，下法司会讯，褫其职。给事中王汝梅等亦极言不宜去王号，帝皆斥为谬论。
于是礼部会诸臣议：“人以圣人为至，圣人以孔子为至。宋真宗称孔子为至，宋真宗称孔子为至圣，其意已备。今宜于孔子神位题至圣先师孔子，去其王号及大成、文宣之称。改大成殿为先师庙，大成门为庙门。其四配称复圣颜子、宗圣曾子、述圣子思子、亚圣孟子。十哲以下凡及门弟子，皆称先贤某子。左丘明以下，皆称先儒某子，不复称公侯伯。遵圣祖首定南京国子监规制，制木为神主。
仍拟大小尺寸，著为定式。其塑像即令屏撤。春秋祭祀，遵国初旧制，十笾十豆。
天下各学，八笾八豆。乐舞止六佾。凡学别立一祠，中叔梁纥，题启圣化孔氏神位，以颜无繇、曾点、孔鲤、孟孙氏配，俱称先贤某氏，至从祀之贤，不可不考其得失。申党即申枨，厘去其一。公伯寮、秦冉、颜何、荀况、戴圣、刘向、贾逵、马融、何休、王肃、王弼、杜预、吴澄罢祀。林放、蘧瑗、卢植、郑众、郑玄、服虔、范宁各祀于其乡。后苍、王通、欧阳修、胡瑗宜增入。”命悉如议行。
又以行人薛侃议，进陆九渊从祀。
初，洪武时，司业宋濂请去像设主，礼仪乐章多所更定，太祖不允。成、弘间，少詹程敏政尝谓马融等八人当斥。给事中张九功推言之，并请罢荀况、公伯寮、蘧瑗等，而进后苍、王通、胡瑗。为礼官周洪谟所却而止。至是以璁力主，众不敢违。毁像盖用濂说，先贤去留，略如九功言。其进欧阳修，则以濮议故也。