明初，即置太史监，设太史令，通判太史监事，佥判太史监事，校事郎，五官正，灵台郎，保章正、副，挈壶正，掌历，管勾等官。以刘基为太史令。吴元年，改监为院，秩正三品。（院使，正三品，同知，正四品，院判，正五品，五官正，正六品，典簿、雨旸司、时叙郎、纪候郎，正七品，灵台郎、保章正，正八品，副，从八品，掌历、管勾，从九品。）洪武元年，征元太史张佑、张沂等十四人，改太史院为司天监，设监令一人，（正三品）少监二人，（正四品）监丞一人，（正六品）主簿一人，（正七品）主事一人，（正八品）五官正五人，（正五品）五官副五人，（正六品）灵台郎二人，（正七品）保章正二人，（从七品）监候三人，（正八品）司辰八人，（正九品）漏刻博士六人。（从九品）又置回回司天监，设监令一人，（正四品）少监二人，（正五品）监丞二人。（正六品）征元回回司天监郑阿里等议历。三年，改司天监为钦天监。四年，诏监官职专司天，非特旨不得升调。又定监官散官。（监令，正仪大夫；少监，分朔大夫；五官司，司玄大夫；监丞，灵台郎；五官保章正，平秩郎；五官灵台郎，司正郎；五官挈壶正，挈壶郎。）十四年，改钦天监为正五品，设令一人，丞一人，（属官五官正以下，员数如前所列。）俱从品级授以文职散官。二十二年，改令为监正，丞为监副。三十一年，罢回回钦天监，以其历法隶本监。明初，又置稽疑司，以掌卜筮，未几罢。（洪武十七年，置稽疑司，设司令一人，正六品，左、右丞各一人，从六品，属官司筮，正九品，无定员。寻罢。）
太医院。院使一人，（正五品）院判二人。（正六品）其属，御医四人，（正八品，后增至十八人，隆庆五年定设十人。）生药库、惠民药局，各大使一人，副使一人。
太医院掌医疗之法。凡医术十三科，医官、医生、医士，专科肄业：曰大方脉，曰小方脉，曰妇人，曰疮疡，曰针灸，曰眼，曰口齿，曰接骨，曰伤寒，曰咽喉，曰金镞，曰按摩，曰祝由。凡医家子弟，择师而教之。三年、五年一试、再试、三试，乃黜陟之。凡药，辨其土宜，择其良楛，慎其条制而用之。四方解纳药品，院官收贮生药库，时其燥湿，礼部委官一员稽察之。诊视御脉，使、判、御医参看校同，会内臣就内局选药，连名封记药剂，具本开写药性、证治之法以奏。烹调御药，院官与内臣监视。每二剂合为一，候熟，分二器，一御医、内臣先尝，一进御。仍置历簿，用内印钤记，细载年月缘由，以凭考察。王府请医，本院奉旨遣官或医士往。文武大臣及外国君长有疾，亦奉旨往视。其治疗可否，皆具本覆奏。外府州县置惠民药局。边关卫所及人聚处，各设医生、医士或医官，俱由本院试遣。岁终，会察其功过而殿最之，以凭黜陟。
太祖初，置医学提举司，设提举，（从五品）同提举，（从六品）副提举，（从七品）医学教授，（正九品）学正、官医、提领。（从九品）寻改为太医监，设少监，（正四品）监丞。（正六品）吴元年，改监为院，设院使，秩正三品，同知，正四品，院判，正五品，典簿，正七品。洪武三年，置惠民药局，府设提领，州县设官医。凡军民之贫病者，给之医药。六年，置御药局于内府，始设御医。（御医局，秩正六品，设尚药、奉御二人，直长二人，药童十人，俱以内官、内使充之。设御医四人，以太医院医士充之。凡收受四方贡献名药及储蓄药品，奉御一人掌之。凡供御药饵，医官就内局修制，太医院官诊视。）十四年，改太医院为正五品，设令一人，丞一人，吏目一人。属官御医四人，俱如文职授散官。
二十二年，复改令为院使，丞为院判。嘉靖十五年，改御药房为圣济殿，又设御药库，诏御医轮直供事。
上林苑监。左、右监正各一人，（正五品）左、右监副各一人，（正六品，监正、监副后不常设，以监丞署职。）左、右监丞各一人。（正七品）其属，典簿厅，典簿一人。（正九品）良牧、蕃育、林衡、嘉蔬四署，各典署一人，（正七品）署丞一人，（正八品）录事一人。（正九品）
监正掌苑囿、园池、牧畜、树种之事。凡禽兽、草木、蔬果，率其属督其养户、栽户，以时经理其养地、栽地而畜植之，以供祭祀、宾客、宫府之膳羞。凡苑地，东至白河，西至西山，南至武清，北至居庸关，西南至浑河，并禁围猎。
良牧，牧牛羊豕，蕃育，育鹅鸭鸡，皆籍其牝牡之数，而课孳卵焉。林衡，典果实、花木，嘉蔬，典莳艺瓜菜，皆计其町畦、树植之数，而以时苞进焉。
洪武二十五年，议开上林院，度地城南。（自牛首山接方山，西并河涯。）
比图上，太祖谓有妨民业，遂止。永乐五年，始置上林苑监，设良牧、蕃育、嘉蔬、林衡、川衡、冰鉴及典察左右前后十属署。洪熙中，并为蕃育、嘉蔬二署。（以良牧、川衡并蕃育，冰鉴、林衡并嘉蔬，典察四署分并入。）宣德十年，始定四署。正德间，增设监督内臣共九十九员。嘉靖元年，裁汰八十员，革蕃育、嘉蔬二署典署，林衡、嘉蔬二署录事。
中、东、西、南、北五城兵马指挥司。各指挥一人，（正六品）副指挥四人，（正七品）吏目一人。
指挥，巡捕盗贼，疏理街道沟渠及囚犯、火禁之事。凡京城内外，各画境而分领之。境内有游民、奸民则逮治。若车驾亲郊，则率夫里供事。（凡亲、郡王妃父无官者，亲王授兵马指挥，郡王授副指挥，不管事。）
明初，置兵马指挥司，设都指挥、副都指挥、知事。后改设指挥使、副指挥使，各城门设兵马。洪武元年，命在京兵马指挥司并管市司，每三日一次校勘街市斛斗、秤尺，稽考牙侩姓名，时其物价。五年，又设兵马指挥司分司于中都。
十年，定京城及中都兵马指挥司秩俱正六品。（先是秩正四品。）改为指挥、副指挥，职专京城巡捕等事，革知事。二十三年，定设五城兵马指挥司，（惟中城止称中兵马指挥司。）俱增设吏目。建文中，改为兵马司，改指挥、副指挥为兵马、副兵马。永乐元年复旧。二年，设北京兵马指挥司。嘉靖四十一年，诏巡视五城御史，每年终，将各城兵马指挥会本举劾。隆庆间，御史赵可怀言：“五城兵马司官，宜取科贡正途，职检验死伤，理刑名盗贼，如两京知县。不职者，巡城御史纠劾之。”
顺天府。府尹一人，（正三品）府丞一人，（正四品）治中一人，（正五品）通判六人，（正六品，嘉靖后革三人。）推官一人，（从六品）儒学教授一人，（从九品）训导一人。其属，经历司，经历一人，（从七品）知事一人。（从八品）照磨所，照磨一人，（从九品）检校一人。所辖，宛平、大兴二县，各知县一人，（正六品）县丞二人，（正七品）主簿无定员，（正八品）典史一人。司狱司，司狱一人。（从九品）都税司，大使一人，（从九品）副使一人。宣课司，（凡四，正阳门外、正阳门、张家湾、卢沟桥。）税课司，（凡二，安定门外、安定门。）各大使一人。（从九品）税课分司，（凡二，崇文门、德胜门。）各副使一人。递军所、批验所，各大使一人。
府尹，掌京府之政令。宣化和人，劝农问俗，均贡赋，节征徭，谨祭祀，阅实户口，纠治豪强，隐恤穷困，疏理狱讼，务知百姓之疾苦。岁立春，迎春、进春，祭先农之神。月朔望，早朝，奏老人坊厢听宣谕。孟春、孟冬，率其僚属行乡饮酒礼。凡勋戚家人文引，每三月一奏。市易平其物价。遇内官监征派物料，虽有印信、揭帖，必补牍面奏。若天子耕耤，行三推礼，则奉青箱播种于后。礼毕，率庶人终亩。府丞，贰京府，兼领学校。治中，参理府事，以佐尹丞。通判，分理粮储、马政、军匠、薪炭、河渠、堤涂之事。推官，理刑名，察属吏。二县，职掌如外县，以近莅辇下，故品秩特优。
顺天府即旧北平府。洪武二年置北平行省。九年改为北平布政司，皆以北平为会府。永乐初，改为顺天府。十年，升为府尹，秩正三品，设官如应天府。（顺天府通判，旧六人，内一人管粮，一人管马，一人清军，一人管匠，一人管河，一人管柴炭。嘉靖八年革管河、管柴炭二人。万历九年革清军、管匠二人。十一年复设一人，兼管军匠。）
武学。京卫武学，教授一人，（从九品）训导一人。卫武学，教授一人，训导二人或一人。掌教京卫各卫幼官及应袭舍人与武生，以待科举、武举、会举，而听于兵部。其无武学者，凡诸武生则隶儒学。
建文四年始置京卫武学，设教授一人。启忠等十斋，各训导二人。永乐中罢，正统六年复设。后渐置各卫武军，设官如儒学之制。
僧录司。左、右善世二人，（正六品）左、右阐教二人，（从六品）左右讲经二人，（正八品）左、右觉义二人。（从八品）
导录司。左、右正一二人，（正六品）左、右演法二人，（从六品）左、右至灵二人，（正八品）左、右玄义二人。（从八品）神乐观提点一人，（正六品）知观一人，（从八品，嘉靖中革。）龙虎山正一真人一人。（正二品。洪武元年，张正常入朝，去其天师之号，封为真人，世袭。隆庆间革真人，止称提点。万历初复之。）法官、赞教、掌书各二人。阁皂山、三茅山各灵官一人，（正八品）太和山提点一人。
僧、道录司掌天下僧道。在外府州县有僧纲、道纪等司，分掌其事，俱选精通经典、戒行端洁者为之。神乐观掌乐舞，以备大祀天地、神祇及宗庙、社稷之祭，隶太常寺，与道录司无统属。
洪武元年，立善世、玄教二院。四年革。五年，给僧道度牒。十一年，建神乐观于郊祀坛西，设提点、知观。（初，提点从六品，知观从九品。洪武十五年升提点正六品，知观从八品。凡遇朝会，提点列于僧录司左善世之下，道录司左正一之上。）十五年，始置僧录司、道录司。（各设官如前所列。）僧凡三等：曰禅，曰讲，曰教。道凡二等：曰全真，曰正一。设官不给俸，隶礼部。二十四年，清理释、道二教，限僧三年一度给牒。凡各府州县寺观，但存宽大者一所，并居之。凡僧道，府不得过四十人，州三十人，县二十人。民年非四十以上、女年非五十以上者，不得出家。二十八年，令天下僧道赴京考试给牒，不通经典者黜之。其后，释氏有法王、佛子、大国师等封号，道士有大真人、高士，高士等封号，赐银印蟒玉，加太常卿、礼部尚书及宫保衔，至有封伯爵者，皆一时宠幸，非制也。
教坊司。奉銮一人，（正九品）左、右韶舞各一人，左、右司乐各一人，（并从九品）掌乐舞承应。以乐户充之，隶礼部。（嘉靖中，又设显陵供祀教坊司，设左、右司乐各一人。）
宦官。十二监。（每监各太监一员，正四品，左、右少监各一员，从四品，左、右监丞各一员，正五品，典簿一员，正六品，长随、奉御无定员，从六品。
此洪武旧制也。后渐更革，详见各条下。）司礼监，（提督太监一员，掌印太监一员，秉笔太监、随堂太监、书籍名画等库掌司、内书堂掌司、六科郎掌司、典簿无定员。提督掌督理皇城内一应仪礼刑名，及钤束长随、当差、听事各役，关防门禁，催督光禄供应等事。掌印掌理内外章奏及御前勘合。秉笔、随堂掌章奏文书，照阁票批朱。掌司各掌所司。典簿典记奏章及诸出纳号簿。）内官监，（掌印太监一员，总理、管理、佥书、典簿、掌司、写字、监工无定员，掌木、石、瓦、土、塔材、东行、西行、油漆、婚礼、火药十作，及米盐库、营造库、皇坛库，凡国家营造宫室、陵墓，并铜锡妆奁、器用暨冰窨诸事。）御用监，（掌印太监一员，里外监把总二员，典簿、掌司、写字、监工无定员。凡御前所用围屏、床榻诸木器，及紫檀、象牙、乌木、螺甸诸玩器，皆造办之。又有仁智殿监工一员，掌武英殿中书承旨所写书籍画册等，奏进御前。）司设监，（员同内官监，掌卤簿、仪仗、帷幕诸事。）御马监，（掌印、监督、提督太监各一员。腾骧四卫营各设监官、掌司、典簿、写字、拿马等员。象房有掌司等员。）神宫监，（掌印太监一员，佥书、掌司、管理无定员，掌太庙各庙洒扫、香灯等事。）尚膳监，（掌印太监一员，提督光禄太监一员，总理一员，管理、佥书、掌司、写字、监工及各牛羊等房厂监工无定员，掌御膳及宫内食用并筵宴诸事。）尚宝监，（掌印一员，佥书、掌司无定员，掌宝玺、敕符、将军印信。凡用宝，外尚宝司以揭帖赴监请旨，至女官尚宝司领取，监视外司用讫，存号簿，缴进。）印绶监，（员同尚宝，掌古今通集库，并铁券、诰敕、贴黄、印信、勘合、符验、信符诸事。）直殿监，（员同上，掌各殿及廊庑扫除事。）尚衣监，（掌印太监一员，管理、佥书、掌司、监工无定员，掌御用冠冕、袍服及屦舄、靴袜之事。）都知监。（掌印太监一员，佥书、掌司、长随、奉御无定员，旧掌各监行移、关知、勘合之事，后惟随驾前导警跸。）