南京宗人府吏部户部附总督粮储礼部兵部刑部工部都察院附提督操江通政司大理寺詹事府翰林院国子监太常寺光禄寺太仆寺鸿胪寺尚宝司六科行人司钦天监太医院五城兵马司应天府附上元江宁二县已上南京官王府长史司布政司按察司各道行太仆寺苑马寺都转运盐使司盐课提举司市舶提举司茶马司府州县儒学巡检司驿税课司仓库织染局河泊所（附闸坝官）批验所递运所铁冶所医学阴阳学僧纲司道纪司
南京宗人府。经历司，经历一人。（南京官品秩，俱同北京。）
吏部。尚书一人，右侍郎一人。（六部侍郎，至弘治后始专设右。万历三年俱革。十一年复设。天启中，每部增侍郎一人。崇祯间革。）其属，司务厅，司务一人。文选、考功、验封、稽勋四清吏司，各郎中一人，主事一人。（验封、稽勋二司主事，后并革。）凡南京官，六年考察，考功掌之，不由北吏部。
户部。尚书一人，右侍郎一人，司务一人，照磨一人。十三司，郎中十三人，员外郎九人，（浙江、江西、湖广、广东、广西、福建、山西、陕西、云南九司各一人，嘉靖三十七年，革山西、陕西三司员外郎各一人，隆庆中又革广西、云南二司员外郎各一人。）主事十七人，（山西、广东、广西、云南四司各二人，隆庆三年革广东司主事一人。）所辖，宝钞提举司，提举一人。广积库、承运库、赃罚库、甲乙丙丁戊五字库、宝钞广惠库、军储仓，各大使一人。长安门仓、东安门仓、西安门仓、北安门仓各副使一人。龙江盐仓检校批验所，大使一人。（隆庆三年，革宝钞司提举、军储仓大使。）
总督粮储一人。（嘉靖以前，特设都御史。二十六年革，以户部右侍郎加都御史衔领之。）
礼部。尚书一人，右侍郎一人，司务一人。仪制、祠祭、主客、精膳四司，各郎中一人。仪制、祠祭二司，各主事一人。所辖，铸印局，副使一人。教坊司，右韶舞一人，左右司乐各一人。
兵部。尚书参赞机务一人，右侍郎一人，司务一人。武选、职方、车驾、武库四司，郎中四人，员外郎二人，（武选、武库无员外郎。）主事五人。（车驾主事二人。）所辖，典牧所，提领一人。（正八品）会同馆、大胜关，各大使一人。按参赞机务，自宣德八年黄福始。成化二十三年，始奉敕谕，专以本部尚书参赞机务，同内外守备官操练军马，抚恤人民，禁戢盗贼，振举庶务，故其职视五部为特重云。
刑部。尚书一人，右侍郎一人，司务、照磨各一人。十三司郎中十三人，员外郎五人，（惟浙江、江西、河南、陕西、广东五司设。）主事十四人，（广东司二人。）分掌南京诸司，及公、侯、伯、五府、京卫所刑名之事。司狱二人。
工部。尚书一人，右侍郎一人，司务一人。营缮、虞衡、都水、屯田四司，郎中四人，员外郎二人，（营缮司一人，都水司一人，嘉靖三十七年，革都水员外郎。）主事八人。（营缮司三人，屯田司一人，馀各二人。）所辖，营缮所，所正、所副、所丞各一人。龙江、清江二提举司，各提举一人。（副提举后革。）
文思院、宝源局、军器局、织染所、龙江抽分竹木局、瓦屑坝抽分竹木局，各大使一人。（嘉靖三十七年，革文思院大使。）
都察院。右都御史一人，右副都御史一人，右佥都御史一人，司务、经历、都事、照磨各一人，司狱二人。（嘉靖三十七年，革司狱一人。隆庆四年，革都事。）浙江、江西、河南、山东、山西、陕西、四川、云南、贵州九道，各御史二人。福建、湖广、广东、广西四道，各御史三人。（嘉靖后不全设，恒以一人兼数道。）凡刷卷、巡仓、巡江、巡城、屯田、印马、巡视粮储、监收粮斛、点闸军士、管理京营、比验军器，皆叙而差之。清军，则偕兵部、兵科。核后湖黄册，则偕户部、户科。
提督操江一人。（以副佥都御史为之，领上、下江防之事。）
通政使司。通政使一人，右通政一人，右参议一人，掌收呈状，付刑部审理。
经历一人。
大理寺。卿一人，右寺丞一人，司务一人，左、右寺正各一人，左、右评事各三人。（隆庆三年，革左、右评事各一人。）
詹事府。主簿一人。
翰林院。学士一人，（不常置，以翰林坊局官署职。）孔目一人。
国子监。祭酒一人，司业一人，监丞一人，典簿一人，博士三人，助教六人，学正五人，学录二人，典籍一人，学馔一人。（嘉靖三十七年，革助教二人及掌馔。隆庆四年，革博士一人，学正一人。）
太常寺。卿一人，少卿一人，典簿一人，博士一人，协律郎二人，赞礼郎七人，（嘉靖中，革赞礼郎一人。）司乐二人。各祠祭署合奉祀八人，祀丞七人。
（天、地坛奉祀一、祀丞一。山川坛、耤田奉祀一。祖陵奉祀、祀丞各一。皇陵奉祀、祀丞各二。孝陵、扬王坟、徐王坟各奉祀一，祀丞一。嘉靖后，革天地坛、祖陵、扬王坟三祠祭署祀丞。）
光禄寺。卿一人，少卿一人，（隆庆四年，革少卿。）典簿一人。大官、珍羞、良酝、掌醢四署，各署正一人，署丞一人。（嘉靖中，革良酝、掌醢二署署丞。万历中，革珍羞署丞。）
太仆寺。卿一人，少卿二人，寺丞二人，（隆庆中，革少卿一人，寺丞一人。主簿一人。）
鸿胪寺。卿一人，主簿一人。司仪、司宾二署，各署丞一人，鸣赞四人，序班九人。
尚宝司。卿一人。
吏、户、礼、兵、刑、工六科。给事中六人。又户科给事中一人，管理后湖黄册。
行人司。左司副一人。
钦天监。监正一人，监副一人，主簿一人。五官正一人，五官灵台郎二人，五官监候一人，五官司历一人。
太医院。院判一人，吏目一人。惠民药局、生药库，各大使一人。
五城兵马司。指挥各一人，副指挥各三人，吏目各一人。（万历中，革副指挥每城二人。）
应天府。府尹一人，府丞一人，治中一人，通判二人，推官一人，经历、知事、照磨、检校各一人。儒学教授一人，训导六人。所辖，上元、江宁二县，各知县一人，县丞一人，主簿一人，典史一人。司狱司，司狱一人。织染局，大使一人，左、右副使各一人。都税司、宣课司，（凡四，龙江、江东、聚宝门、太平门。）税课局，（凡二，龙江、龙潭。）各大使一人，副使或一人或二人。龙江递运所，大使、副使各一人。批验所，大使一人。河泊所，官一人。龙江关、石灰山关，各大使一人，副使四人。洪武三年，改应天府知府为府尹，秩正三品，赐银印。十三年，始立儒学。
南京官，自永乐四年成祖往北京，置行部尚书，备行在九卿印以从。是时，皇太子监国，大小庶务悉以委之。惟封爵、大辟、除拜三品以上文武职，则六科都给事中以闻，政本故在南也。十八年，官属悉移而北，南京六部所存惟礼、刑、工三部，各一侍郎，在南之官加“南京”字于职衔上。仁宗时补设官属，除“南京”字。正统六年，定制复如永乐时。
王府长史司。左、右长史各一人。（正五品）其属，典簿一人，（正九品）所辖，审理所，审理正一人，（正六品）副一人，（正七品）典膳所，典膳正一人，（正八品）副一人，（从八品）奉祠所，奉祠正一人，（正八品）副一人，（从八品）典乐一人，（正九品）典宝所，典宝正一人，（正八品）副一人，（从八品）纪善所，纪善二人，（正八品）良医所，良医正一人，（正八品）副一人，（从八品）典仪所，典仪正一人，（正九品）副一人，（从九品）工正所，工正一人，（正八品）副一人，（从八品。以上各所副官，嘉靖四十四年并革。）
伴读四人，（从九品，后止设一人。）教授无定员，（从九品）引礼舍二人，（后革二人。）仓大使、副使各一人，库大使、副使各一人。（仓、库副使后俱革。）郡王府，教授一人，（从九品）典膳一人。（正八品）镇国将军教授一人。（从九品）
长史，掌王府之政讼，辅相规讽以匡王失，率府僚各供乃事，而总其庶务焉。
凡请名、请封、请婚、请恩泽，及陈谢、进献表启、书疏，长史为王奏上。若王有过，则诘长史。曾经过犯之人，毋得选用是职。审理，掌推按刑狱，禁诘横暴，无干国纪。典膳，掌祭祀、宾客，王若妃之膳羞。奉祠，掌祭祀乐舞。典宝，掌王宝符牌。纪善，掌讽导礼法，开谕古谊，及国家恩义大节，以诏王善。良医，掌医。典仪，掌陈仪式。工正，掌缮造修葺宫邸、廨舍。伴读，掌侍从起居，陈设经史。教授，掌以德义迪王，校勘经籍。凡宗室年十岁以上，入宗学，教授与纪善为之师。引礼，掌接对宾客，赞相威仪。
洪武三年，置王相府，左、右相各一人，（正二品）左、右傅各一人。（从二品）参军府，参军一人，（正五品）录事二人，（正七品）纪善一人。（正七品）各以其品秩列朝官之次。又置典签司、谘议官。寻以王府武相皆勋臣，令居文相上，王相府官属仍与朝官更互除授。是年置王府教授。四年，更定官制。（左、右相，正二品，文武傅，从二品，参军，从五品，录事，正七品，审理正，正六品，副，正七品，纪善，正七品，各署典祠正、典宝正、典仪正、典膳正、典服正、工正、医正，并正七品，副，并从七品，牧正，正八品，副，从八品，引礼舍人，省注。）九年，改参军为长史，罢王傅府及典签司、谘议官，增设伴读四人，选老成明经慎行之士任之，侍读四人，收掌文籍，少则缺之。寻改王相府所属奉祠、典宝、典膳、良医、工正各所正并纪善俱正八品，副，从八品。十三年，并罢王相府，升长史司为正五品，置左、右长史各一人，典簿一人，定王府孳牲所、仓库等官俱为杂职。二十八年，置靖江王府谘议所，谘议、记室、教授各一人。建文中，增置亲王宾辅二人，伴读、伴讲、伴书各一人，长史三人。
郡王宾友二人，教授一人，记室二人，直史一人，左、右直史各一人，吏目一人，典印、典祠、典礼、典馔、典药五署官各一人，典仪二人，引礼舍人二人，仪仗司，吏目一人。其宾辅、三伴、宾友、教授进见时，侍坐，称名而不称臣，礼如宾师。成祖初，复旧制，改靖江王府谘议所为长史司。万历间，周府设宗正一人。
（后各府亦渐置。）郡王府增设教授一人。又洪武七年，公主府设家令一人，（正七品）司丞一人，（正八品）录事一人。（正九品）二十三年，改家令司为中使司，以内使为之。
承宣布政使司。左、右布政使各一人，（从二品）左、右参政，（从三品）左、右参议，无定员。（从四品。参政、参议因事添设，各省不等，详诸道。）
经历司，经历一人，（从六品）都事一人。（从七品）照磨所，照磨一人，（从八品）检校一人。（正九品）理问所，理问一人，（从六品）副理问一人，（从七品）提控案牍一人。司狱司，司狱一人，（从九品）库大使一人，（从九品）副使一人。仓大使一人。（从九品）副使一人。杂造局、军器局、宝泉局、织染局，各大使一人，（从九品）副使一人。（所辖衙门各省不同，详见杂职。）
布政使，掌一省之政，朝廷有德泽、禁令，承流宣播，以下于有司。凡僚属满秩，廉其称职、不称职，上下其考，报抚、按以达于吏部、都察院。三年，率其府州县正官朝觐京师，以听察典。十年，会户版以登民数、田数。宾兴贡，合省之士而提调之。宗室、官吏、师生、军伍，以时班其禄俸、廪粮。祀典神祗，谨其时祀。民鳏寡孤独者养之，孝弟贞烈者表扬之，水旱疾疫灾祲，则请于上蠲振之。凡贡赋役，视府州县土地人民丰瘠多寡而均其数。凡有大兴革及诸政务，会都、按议，经画定而请于抚、按若总督。其国庆国哀，遣僚贰朝贺吊祭于京师。
天子即位，则左布政使亲至。参政、参议分守各道，及派管粮储、屯田、清军、驿传、水利、抚民等事，并分司协管京畿。（两京不设布、按，无参政，参议、副使、佥事，故于旁近布、按分司带管，详见各道。）经历、都事，典受发文移，其详巡按、巡盐御史文书，用经历印。照磨、检校典勘理卷宗。理问典刑名。
初，太祖下集庆，自领江南行中书省。戊戌，置中书分省于婺州。后每略定地方，即置行省，其官自平章政事以下，大略与中书省同。设行省平章政事，（从一品）左、右丞，（正二品）参知政事。（从二品）左、右司，郎中，（从五品）员外郎，（从六品）都事、检校，（从七品）照磨、管勾。（从八品）理问所，正理问，（正四品）副理问，（正五品）知事，（从八品）寻改知事为提控案牍。（省注）洪武九年，改浙江、江西、福建、北平、广西、四川、山东、广东、河南、陕西、湖广、山西诸行省俱为承宣布政使司，罢行省平章政事，左、右丞等官，改参知政事为布政使，秩正二品，左、右参政，从二品，改左、右司为经历司。十三年改布政使，正三品，参政，从三品。十四年，增置左、右参议，正四品。寻增设左、右布政使各一人。十五年，置云南布政司。二十二年，定秩从二品。建文中，升正二品，裁一人。成祖复旧制。永乐元年以北平布政司为北京。五年，置交阯布政司。十一年，置贵州布政司。（止设使一人，馀官如各布政司。）宣德三年，罢交址布政司，除两京外，定为十三布政司。初置藩司，与六部均重。布政使入为尚书、侍郎，副都御史每出为布政使。宣德、正统间犹然，自后无之。