正统初，诏凡课程门摊，俱遵洪武旧额，不得藉口钞法妄增。未几，以兵部侍郎於谦奏，革直省税课司局，领其税於有司；罢济宁、徐州及南京上新河船料钞，移漷县钞关於河西务；船料当输六十贯者减为二十贯。商民称便。九年，王佐掌户部，置彰义门官房，收商税课钞，复设直省税课司官，征榷渐繁矣。
景泰元年，於谦柄国，船料减至十五贯，减涨家湾及辽阳课税之半。大理卿薛瑄忻言：“抽分薪炭等匿不报者，准舶商匿番货罪，尽没之，过重。请得比匿税律。”帝从之。成化七年增置芜湖、荆州、杭州三处工部官。初抽分竹木，止取钞，其后易以银，至是渐益至数万两。寻遣御史榷税。孝宗初，御史陈瑶言：
“崇文门监税官以掊克为能，非国体。”乃命客货外，车辆毋得搜阻。又从给事中王敞言，取回芜湖、荆州、杭州抽分御史，以府州佐贰官监收其税。十三年复遣御史。正德十一年始收泰山碧霞元君祠香钱，从镇守太监言也。十二年，御史胡文静请革新设诸抽分厂。未一年，太监郑玺请复设於顺德、广平。工部尚书李鐩依阿持两端，横征之端复起。寻命中官李文、马俊之湖广、浙江抽分厂，与主事中分榷税。世宗初，抽分中官及江西、福建、广东税课司局多所裁革，又革真定诸府抽印木植中官。
京城九门之税，弘治初岁入钞六十六万馀贯，钱二百八十八万馀文，至末年，数大减。自正德七年以后，钞增四倍，钱增三十万。嘉靖三年，诏如弘治初年例，仍减钱三十万。直省关税，成化以来，折收银，其后复收钱钞。八年复收银，遂为定制。始时钞关估船料定税，既而以估料难核，乃度梁头广狭为准，自五尺至三丈六尺有差。帝令以成尺为限，勿科畸零。太监李能请於山海关榷商税，行之数年，主事邬阅言：“广宁八里铺前屯卫既有榷场，不宜再榷。”罢之。其后复山海关税，罢八里铺店钱。四十二年令各关岁额定数之外，馀饶悉入公帑。隆庆二年始给钞关主事关防敕书，寻令钞关去府近者，知府收解；去府远者，令佐贰官收贮府库，季解部。主事掌核商所报物数以定税数，收解无有所与。
神宗初，令商货进京者，河西务给红单，赴崇文门并纳正、条、船三税；其不进京者，河西务止收正税，免条、船二税。万历十一年革天下私设无名税课。
然自隆庆以来，凡桥梁、道路、关津私擅抽税，罔利病民，虽累诏察革，不能去矣。迨两宫三殿灾，营建费不赀，始开矿增税。而天津店租，广州珠榷，两淮馀盐，京口供用，浙江市舶，成都盐茶，重庆名木，湖口、长江船税，荆州店税，宝坻鱼苇及门摊商税、油布杂税，中官遍天下，非领税即领矿，驱胁官吏，务朘削焉。
榷税之使，自二十六年千户赵承勋奏请始。其后高寀於京口，暨禄於仪真，刘成於浙，李凤於广州，陈奉於荆州，马堂於临清，陈增於东昌，孙隆於苏、杭，鲁坤於河南，孙朝於山西，丘乘云於四川，梁永於陕西，李道於湖口，王忠于密云，张晔於卢沟桥，沈永寿於广西，或徵市舶，或徵店税，或专领税务，或兼领开采。奸民纳贿於中官，辄给指挥千户札，用为爪牙。水陆行数十里，即树旗建厂。视商贾懦者肆为攘夺，没其全赀。负戴行李，亦被搜索。又立土商名目，穷乡僻坞，米盐鸡豕，皆令输税。所至数激民变，帝率庇不问。诸所进税，或称遗税，或称节省银，或称罚赎，或称额外赢馀。又假买办、孝顺之名，金珠宝玩、貂皮、名马，杂然进奉，帝以为能。甚至税监刘成因灾荒请暂宽商税，中旨仍徵课四万，其嗜利如此。三十三年始诏罢采矿，以税务归有司，而税使不撤。李道诡称有司固却，乞如旧便。帝遽从之。又听福府承奉谢文铨言，设官店於崇文门外，以供福邸。户部尚书赵世卿屡疏，不听。世卿又言：“崇文门、河西务、临清、九江、浒墅、扬州、北新、淮安各钞关，岁徵本折约三十二万五千馀两，万历二十五年增银八万二千两，此定额也。乃二十七年以后，历岁减缩，至二十九年总解二十六万六千馀两。究厥所由，则以税使苛敛，商至者少，连年税使所供，即此各关不足之数也。”疏入不省。宝坻银鱼厂，永乐时设，穆宗时，止令估直备庙祀上供。及是始以中官坐采，又徵其税，后并税武清等县非产鱼之处。增苇网诸税，且及青县、天津。九门税尤苛，举子皆不免，甚至击杀觐吏。事闻，诏法司治之，监竖为小戢。至四十二年，李太后遗命减天下税额三之一，免近京畸零小税。光宗立，始尽蠲天下额外税，撤回税监，其派入地亩、行户、人丁、间架者，概免之。
天启五年，户部尚书李起元请复榷水陆冲要，依万历二十七八年例，量徵什一。允行之。崇祯初，关税每两增一钱，通八关增五万两。三年复增二钱，惟临清仅半，而崇文门、河西务俱如旧。户部尚书毕自严，议增南京宣课司税额一万为三万。南京户部尚书郑三俊，以宣课所收落地税无几，请税芜湖以当增数。自严遂议税芜湖三万两，而宣课仍增一万。三俊悔，疏争不能已。九年复议增税课款项。十三年增关税二十万两，而商民益困矣。
凡诸课程，始收钞，间折收米，已而收钱钞半，后乃折收银，而折色、本色递年轮收，本色归内库，折色归太仓。
明初，东有马市，西有茶市，皆以驭边省戍守费。海外诸国入贡，许附载方物与中国贸易。因设市舶司，置提举官以领之，所以通夷情，抑奸商，俾法禁有所施，因以消其衅隙也。洪武初，设於太仓黄渡，寻罢。复设於宁波、泉州、广州。宁波通日本，泉州通琉球，广州通占城、暹罗、西洋诸国。琉球、占城诸国皆恭顺，任其时至入贡。惟日本叛服不常，故独限其期为十年，人数为二百，舟为二艘，以金叶勘合表文为验，以防诈伪侵轶。后市舶司暂罢，辄复严禁濒海居民及守备将卒私通海外诸国。
永乐初，西洋剌泥国回回哈只马哈没奇等来朝，附载胡椒与民互市。有司请徵其税。帝曰：“商税者，国家抑逐末之民，岂以为利。今夷人慕义远来，乃侵其利，所得几何，而亏辱大体多矣。”不听。三年，以诸番贡使益多，乃置驿於福建、浙江、广东三市舶司以馆之。福建曰来远，浙江曰安远，广东曰怀远。寻设交址云屯市舶提举司，接西南诸国朝贡者。初，入贡海舟至，有司封识，俟奏报，然后起运。宣宗命至即驰奏，不待报随送至京。
武宗时，提举市舶太监毕真言：“旧制，泛海诸船，皆市舶司专理，近领於镇巡及三司官，乞如旧便。”礼部议：市舶职司进贡方物，其泛海客商及风泊番船，非敕旨所载，例不当预。中旨令如熊宣旧例行。宣先任市舶太监也，尝以不预满剌加诸国番舶抽分，奏请兼理，为礼部所劾而罢。刘瑾私真，谬以为例云。
嘉靖二年，日本使宗设、宋素卿分道入贡，互争真伪。市舶中官赖恩纳素卿贿，右素卿，宗设遂大掠宁波。给事中夏言言倭患起於市舶。遂罢之。市舶既罢，日本海贾往来自如，海上奸豪与之交通，法禁无所施，转为寇贼。二十六年，倭寇百艘久泊宁、台，数千人登岸焚劫。浙江巡抚朱纨访知舶主皆贵官大姓，市番货皆以虚直，转鬻牟利，而直不时给，以是构乱。乃严海禁，毁馀皇，奏请镌谕戒大姓，不报。二十八年，纨又言：“长澳诸大侠林恭等勾引夷舟作乱，而巨奸关通射利，因为向导，躏我海滨，宜正典刑。”部覆不允。而通番大猾，纨辄以便宜诛之。御史陈九德劾纨措置乖方，专杀启衅。帝逮纨听勘。纨既黜，奸徒益无所惮，外交内讧，酿成祸患。汪直、徐海、陈东、麻叶等起，而海上无宁日矣。
三十五年，倭寇大掠福建、浙、直，都御史胡宗宪遣其客蒋洲、陈可愿使倭宣谕。
还报，倭志欲通贡市。兵部议不可，乃止。
三十九年，凤阳巡抚唐顺之议复三市舶司。部议从之。四十四年，浙江以巡抚刘畿言，仍罢。福建开而复禁。万历中，复通福建互市，惟禁市硝黄。已而两市舶司悉复，以中官领职如故。
永乐间，设马市三：一在开原南关，以待海西；一在开原城东五里，一在广宁，皆以待朵颜三卫。定直四等：上直绢八疋，布十二，次半之，下二等各以一递减。既而城东、广宁市皆废，惟开原南关马市独存。
大同马市始正统三年，巡抚卢睿请令军民平价市驼马，达官指挥李原等通译语，禁市兵器、铜铁。帝从之。十四年，都御史沈固请支山西行都司库银市马。
时也先贡马互市，中官王振裁其马价，也先大举入寇，遂致土木之变。
成化十四年，陈钺抚辽东，复开三卫马市。通事刘海、姚安肆侵牟，朵颜诸部怀怨，扰广宁，不复来市。兵部尚书王越请令参将、布政司官各一员监之，毋有所侵克。遂治海、安二人罪。寻令海西及朵颜三卫入市；开原月一市，广宁月二市，以互市之税充抚赏。正德时，令验放入市者，依期出境，不得挟弓矢，非互市日，毋辄近塞垣。
嘉靖三十年，以总兵仇鸾言，诏於宣府、大同开马市，命侍郎史道总理之。
兵部员外郎杨继盛谏。不从。俺答旋入寇抄，大同市则寇宣府，宣府市则寇大同。
币未出境，警报随至。帝始悔之，召道还。然诸部嗜马市利，未敢公言大举，而边臣亦多畏慑，以互市啖之。明年罢大同马市，宣府犹未绝，抄掠不已，乃并绝之。隆庆四年，俺答孙把汉那吉来降，於是封贡互市之议起。而宣、大互市复开，边境稍静。然抚赏甚厚，朝廷为省客兵饷、减哨银以充之。频年加赏，而要求滋甚，司事者复从中乾没，边费反过当矣。
辽东义州木市，万历二十三年开，事具李化龙传。二十六年从巡抚张思忠奏罢之，遂并罢马市。其后总兵李成梁力请复，而蓟辽总督万世德亦疏於朝。二十九年复开马、木二市，后以为常。