永乐四年八月，北京行部言：“宛平昌平西湖、景东牛栏庄及青龙华家瓮山三闸，水冲决岸。”命发军民修治。明年复言：“自西湖、景东至通流，凡七闸，河道淤塞。自昌平东南白浮村至西湖、景东流水河口一百里，宜增置十二闸。”
从之。未几，闸俱堙，不复通舟。
成化中，漕运总兵官杨茂言：“每岁自张家湾舍舟，车转至都下，雇值不赀。
旧通惠河石闸尚存，深二尺许，修闸潴水，用小舟剥运便。”又有议於三里河从张家湾烟墩桥以西疏河泊舟者。下廷臣集议，遣尚书杨鼎、侍郎乔毅相度。上言：
“旧闸二十四座，通水行舟。但元时水在宫墙外，舟得入城内海子湾。今水从皇城金水河出，故道不可复行。且元引白浮泉往西逆流，今经山陵，恐妨地脉。又一亩泉过白羊口山沟，两水冲截难引。若城南三里河旧无河源，正统间修城壕，恐雨多水溢，乃穿正阳桥东南洼下地，开壕口以泄之，始有三里河名。自壕口八里，始接浑河。旧渠两岸多庐墓，水浅河窄，又须增引别流相济。如西湖草桥源出玉匠局、马跑等地，泉不深远。元人曾用金口水，汹涌没民舍，以故随废。
惟玉泉、龙泉及月儿、柳沙等泉，皆出西北，循山麓而行，可导入西湖。请浚西湖之源，闭分水清龙闸，引诸泉水从高梁河，分其半由金水河出，馀则从都城外壕流转，会於正阳门东。城壕且闭，令勿入三里河并流。大通桥闸河随旱涝启闭，则舟获近仓，甚便。”帝从其议。方发军夫九万修浚，会以灾异，诏罢诸役。所司以漕事大，乃命四万人浚城壕，而西山、玉泉及抵张家湾河道，则以渐及焉。
越五年，乃敕平江伯陈锐，副都御史李裕，侍郎翁世资、王诏督漕卒浚通惠河，如鼎、毅前议。明年六月，工成，自大通桥至张家湾浑河口六十馀里，浚泉三，增闸四，漕舟稍通。然元时所引昌平三泉俱遏不行，独引一西湖，又仅分其半，河窄易盈涸。不二载，涩滞如旧。正德二年尝一浚之，且修大通桥至通州闸十有二，坝四十有一。
嘉靖六年，御史吴仲言：“通惠河屡经修复，皆为权势所挠。顾通流等八闸遗迹俱存，因而成之，为力甚易，岁可省车费赀二十馀万。且历代漕运皆达京师，未有贮国储於五十里外者。”帝心以为然，命侍郎王軏、何诏及仲偕相度。軏等言：“大通桥地形高白河六丈馀，若浚至七丈，引白河达京城，诸闸可尽罢，然未易议也。计独浚治河闸，但通流闸在通州旧城中，经二水门，南浦、土桥、广利三闸皆闤阓衢市，不便转挽。惟白河滨旧小河废坝西，不一里至堰水小坝，宜修筑之，使通普济闸，可省四闸两关转搬力。”而尚书桂萼言不便，请改修三里河。帝下其疏於大学士杨一清、张璁。一清言：“因旧闸行转搬法，省运军劳费，宜断行之。”璁亦言：“此一劳永逸之计，萼所论费广功难。”帝乃却萼议。
明年六月，仲报河成，因疏五事，言：“大通桥至通州石坝，地势高四丈，流沙易淤，宜时加浚治。管河主事宜专委任，毋令兼他务。官吏、闸夫以罢运裁减，宜复旧额。庆丰上闸、平津中闸今已不用，宜改建通州西水关外。剥船造费及递岁修艌，俱宜酌处。”帝以先朝屡勘行未即功，仲等四阅月工成，诏予赏，悉从其所请。仲又请留督工郎中何栋专理其事，为经久计。从之。九年擢栋右通政，仍管通惠河道。是时，仲出为处州知府，进所编《通惠河志》。帝命送史馆，采入《会典》，且颁工部刊行。自此漕艘直达京师，迄於明末。人思仲德，建祠通州祀之。
蓟州河者，运蓟州官军饷道也。明初，海运饷蓟州。天顺二年，大河卫百户闵恭言：“南京并直隶各卫，岁用旗军运粮三万石至蓟州等卫仓，越大海七十馀里，风涛险恶。新开沽河，北望蓟州，正与水套、沽河直，袤四十馀里而径，且水深，其间阻隔者仅四之一，若穿渠以运，可无海患。”下总兵都督宋胜、巡按御史李敏行视可否。胜等言便，遂开直沽河。阔五丈，深丈五尺。成化二年一浚，二十年再浚，并浚鸦鸿桥河道，造丰润县海运粮储仓。正德十六年，运粮指挥王瓒言：“直沽东北新河，转运蓟州，河流浅，潮至方可行舟。边关每匮饷，宜浚使深广。”从之。初，新河三岁一浚。嘉靖元年易二岁，以为常。十七年浚殷留庄大口至旧仓店百十六里。
丰润环香河者，浚自成化间，运粟十馀万石以饷蓟州东路者也。后堙废，饷改蓟州给，大不便。嘉靖四十五年从御史鲍承荫请，复之，且建三闸於北济、张官屯、鸦鸿桥以潴水。
昌平河，运诸陵官军饷道也。起巩华城外安济桥，抵通州渡口。袤百四十五里，其中淤浅三十里难行。隆庆六年大浚，运给长陵等八卫官军月粮四万石，遂成流通。万历元年复疏巩华城外旧河。
海运，始於元至元中。伯颜用朱清、张瑄运粮输京师，仅四万馀石。其后日增，至三百万馀石。初，海道万三千馀里，最险恶，既而开生道，稍径直。后殷明略又开新道，尤便。然皆出大洋，风利，自浙西抵京不过旬日，而漂失甚多。
洪武元年，太祖命汤和造海舟，饷北征士卒。天下既定，募水工运莱州洋海仓粟以给永平。后辽左及迤北数用兵，於是靖海侯吴祯、延安侯唐胜宗、航海侯张赫、舳舻侯朱寿先后转辽饷，以为常。督江、浙边海卫军大舟百馀艘，运粮数十万。赐将校以下绮帛、胡椒、苏木、钱钞有差，民夫则复其家一年，溺死者厚恤。三十年，以辽东军饷赢羡，第令辽军屯种其地，而罢海运。
永乐元年，平江伯陈瑄督海运粮四十九万馀石，饷北京、辽东。二年，以海运但抵直沽，别用小船转运至京，命於天津置露囤千四百所，以广储蓄。四年定海陆兼运。瑄每岁运粮百万，建百万仓於直沽尹儿湾城。天津卫籍兵万人戍守。至是，命江南粮一由海运，一由淮、黄，陆运赴卫河，入通州，以为常。陈瑄上言：“嘉定濒海，当江流之冲，地平衍，无大山高屿。海舟停泊，或值风涛，触坚胶浅辄败。宜於青浦筑土为山，立堠表识，使舟人知所避，而海险不为患。”诏从之。十年九月，工成。方百丈，高三十馀丈。赐名宝山。御制碑文纪之。
十三年五月复罢海运，惟存遮洋一总，运辽、蓟粮。正统十三年减登州卫海船百艘为十八艘，以五艘运青、莱、登布花钞锭十二万馀斤，岁赏辽军。
成化二十三年，侍郎丘浚进大学衍义补，请寻海运故道与河漕并行，大略言：
“海舟一载千石，可当河舟三，用卒大减。河漕视陆运费省什三，海运视陆省什七，虽有漂溺患，然省牵卒之劳、驳浅之费、挨次之守，利害亦相当。宜访素知海道者，讲求勘视。”其说未行。弘治五年，河决金龙口，有请复海运者，朝议弗是。
嘉靖二年，遮洋总漂粮二万石，溺死官军五十馀人。五年停登州造船。二十年，总河王以旂以河道梗涩，言：“海运虽难行，然中间平度州东南有南北新河一道，元时建闸直达安东，南北悉由内洋而行，路捷无险，所当讲求。”帝以海道迂远，却其议。三十八年，辽东巡抚侯汝谅言：“天津入辽之路，自海口至右屯河通堡不及二百里，其中曹泊店、月坨桑、姜女坟、桃花岛皆可湾泊。”部覆行之。四十五年，顺天巡抚耿随朝勘海道，自永平西下海，百四十五里至纪各庄，又四百二十六里至天津，皆傍岸行舟。其间开洋百二十里，有建河、粮河、小沽、大沽河可避风。初允其议，寻以御史刘翾疏沮而罢。是年，从给事中胡应嘉言，革遮洋总。
隆庆五年，徐、邳河淤，从给事中宋良佐言，复设遮洋总，存海运遗意。山东巡抚梁梦龙极论海运之利，言：“海道南自淮安至胶州，北自天津至海仓，岛人商贾所出入。臣遣卒自淮、胶各运米麦至天津，无不利者。淮安至天津三千三百里，风便，两旬可达。舟由近洋，岛屿联络，虽风可依，视殷明略故道甚安便。
五月前风顺而柔，此时出海可保无虞。”命量拨近地漕粮十二万石，俾梦龙行之。
六年，王宗沐督漕，请行海运。诏令运十二万石自淮入海。其道，由云梯关东北历鹰游山、安东卫、石臼所、夏河所、齐堂岛、灵山卫、古镇、胶州、鳌山卫、大嵩卫、行村寨，皆海面。自海洋所历竹岛、宁津所、靖海卫，东北转成山卫、刘公岛、威海卫，西历宁海卫，皆海面。自福山之罘岛至登州城北新海口沙门等岛，西历桑岛、<山母>屺岛，自<山母>屺西历三山岛、芙蓉岛、莱州大洋、海仓口；自海仓西历淮河海口、鱼儿铺，西北历侯镇店、唐头塞；自侯镇西北大清河、小清河海口，乞沟河入直沽，抵天津卫。凡三千三百九十里。
万历元年，即墨福山岛坏粮运七艘，漂米数千石，溺军丁十五人。给事、御史交章论其失，罢不复行。二十五年，倭寇作，自登州运粮给朝鲜军。山东副使於仁廉复言：“饷辽莫如海运，海运莫如登、莱。盖登、莱度金州六七百里，至旅顺口仅五百馀里，顺风扬帆一二日可至。又有沙门、鼍矶、皇城等岛居其中，天设水递，止宿避风。惟皇城至旅顺二百里差远，得便风不半日可度也。若天津至辽，则大洋无泊；淮安至胶州，虽仅三百里，而由胶至登千里而遥，礁碍难行。
惟登、莱济辽，势便而事易。”时颇以其议为然，而未行也。四十六年，山东巡抚李长庚奏行海运，特设户部侍郎一人督之，事具《长庚传》。
崇祯十二年，崇明人沈廷扬为内阁中书，复陈海运之便，且辑《海运书》五卷进呈。命造海舟试之。廷扬乘二舟，载米数百石，十三年六月朔，由淮安出海，望日抵天津。守风者五日，行仅一旬。帝大喜，加廷扬户部郎中，命往登州与巡抚徐人龙计度。山东副总兵黄荫恩亦上海运九议，帝即令督海运。先是，宁远军饷率用天津船赴登州，候东南风转粟至天津，又候西南风转至宁远。廷扬自登州直输宁远，省费多。寻命赴淮安经理海运，为督漕侍郎朱大典所沮，乃命易驻登州，领宁远饷务。十六年加光禄少卿。福王时，命廷扬以海舟防江，寻命兼理粮务。南都既失，廷扬崎岖唐、鲁二王间以死。
当嘉靖中，廷臣纷纷议复海运，漕运总兵官万表言：“在昔海运，岁溺不止十万。载米之舟，驾船之卒，统卒之官，皆所不免。今人策海运辄主丘浚之论，非达於事者也。”