三法司曰刑部、都察院、大理寺。刑部受天下刑名，都察院纠察，大理寺驳正。太祖尝曰：“凡有大狱，当面讯，防构陷锻炼之弊。”故其时重案多亲鞫，不委法司。洪武十四年，命刑部听两造之词，议定入奏。既奏，录所下旨，送四辅官、谏院官、给事中覆核无异，然后覆奏行之。有疑狱，则四辅官封驳之。逾年，四辅官罢，乃命议狱者一归于三法司。十六年，命刑部尚书开济等，议定五六日旬时三审五覆之法。十七年，建三法司于太平门外钟山之阴，命之曰贯城。
下敕言：“贯索七星如贯珠，环而成象名天牢。中虚则刑平，官无邪私，故狱无囚人；贯内空中有星或数枚者即刑繁，刑官非其人；有星而明，为贵人无罪而狱。
今法天道置法司，尔诸司其各慎乃事，法天道行之，令贯索中虚，庶不负朕肇建之意。”又谕法司官：“布政、按察司所拟刑名，其间人命重狱，具奏转达刑部、都察院参考，大理寺详拟。著为令。”
刑部有十三清吏司，治各布政司刑名，而陵卫、王府、公侯伯府、在京诸曹及两京州郡，亦分隶之。按察名提刑，盖在外之法司也，参以副使、佥事，分治各府县事。京师自笞以上罪，悉由部议。洪武初决狱，笞五十者县决之，杖八十者州决之，一百者府决之，徒以上具狱送行省，移驳繁而贿赂行。乃命中书省御史台详谳，改月报为季报，以季报之数，类为岁报。凡府州县轻重狱囚，依律决断。违枉者，御史、按察司纠劾。至二十六年定制，布政司及直隶府州县，笞杖就决；徒流、迁徙、充军、杂犯死罪解部，审录行下，具死囚所坐罪名上部详议如律者，大理寺拟覆平允，监收侯决。其决不待时重囚，报可，即奏遣官往决之。
情词不明或失出入者，大理寺驳回改正，再问驳至三，改拟不当，将当该官吏奏问，谓之照驳。若亭疑谳决，而囚有番异，则改调隔别衙门问拟。二次番异不服，则具奏，会九卿鞫之，谓之圆审。至三四讯不服，而后请旨决焉。
正统四年，稍更直省决遣之制，徒流就彼决遣，死罪以闻。成化五年，南大理评事张钰言：“南京法司多用严刑，迫囚诬服，其被纠者亦止改正而无罪，甚非律意。”乃诏申大理寺参问刑部之制。弘治十七年，刑部主事朱瑬言：
“部囚送大理，第当驳正，不当用刑。”大理卿杨守随言：“刑具永乐间设，不可废。”帝是其言。
会官审录之例，定于洪武三十年。初制，有大狱必面讯。十四年，命法司论囚，拟律以奏，从翰林院、给事中及春坊正字、司直郎会议平允，然后覆奏论决。
至是置政平、讼理二幡，审谕罪囚。谕刑部曰：“自今论囚，惟武臣、死罪，朕亲审之，余俱以所犯奏。然后引至承天门外，命行人持讼理幡，传旨谕之；其无罪应释者，持政平幡，宣德意遣之。”继令五军都督府、六部、都察院、六科、通政司、詹事府，间及驸马杂听之，录冤者以状闻，无冤者实犯死罪以下悉论如律，诸杂犯准赎。永乐七年，令大理寺官引法司囚犯赴承天门外，行人持节传旨，会同府、部、通政司、六科等官审录，如洪武制。十七年，令在外死罪重囚，悉赴京师审录。仁宗特命内阁学士会审重囚，可疑者再问。宣德三年奏重囚，帝令多官覆阅之，曰：“古者断狱，必讯于三公九卿，所以合至公，重民命。卿等往同覆审，毋致枉死。”英国公张辅等还奏，诉枉者五十六人，重命法司勘实，因切戒焉。
天顺三年，令每岁霜降后，三法司同公、侯、伯会审重囚，谓之朝审。历朝遂遵行之。成化十七年，命司礼太监一员会同三法司堂上官，于大理寺审录，谓之大审。南京则命内守备行之。自此定例，每五年辄大审。初，成祖定热审之例，英宗特行朝审，至是复有大审，所矜疑放遣，尝倍于热审时。内阁之与审也，自宪宗罢，至隆庆元年，高拱复行之。故事，朝审吏部尚书秉笔，时拱适兼吏部故也。至万历二十六年朝审，吏部尚书缺，以户部尚书杨俊民主之。三十二年复缺，以户部尚书赵世卿主之。崇祯十五年，命首辅周延儒同三法司清理淹狱，盖出于特旨云。大审，自万历二十九年旷不举，四十四年乃行之。
热审始永乐二年，止决遣轻罪，命出狱听候而已。寻并宽及徒流以下。宣德二年五、六、七月，连论三法司录上系囚罪状，凡决遣二千八百余人。七年二月，亲阅法司所进系囚罪状，决遣千余人，减等输纳，春审自此始。六月，又以炎暑，命自实犯死罪外，悉早发遣，且驰谕中外刑狱悉如之。成化时，热审始有重罪矜疑、轻罪减等、枷号疏放诸例。正德元年，掌大理寺工部尚书杨守随言：“每岁热审事例，行于北京而不行于南京。五年一审录事例，行于在京，而略于在外。
今宜通行南京，凡审囚，三法司皆会审，其在外审录，亦依此例。”诏可。嘉靖十年，令每年热审并五年审录之期，杂犯死罪、准徒五年者，皆减一年。二十三年，刑科罗崇奎言：“五、六月间，笞罪应释放、徒罪应减等者，亦宜如成化时钦恤枷号例，暂与蠲免，至六月终止。南法司亦如之。”报可。隆庆五年，令赃银止十两以上、监久产绝、或身故者，热审免追，释其家属。万历三十九年，方大暑省刑，而热审矜疑疏未下。刑部侍郎沈应文以狱囚久滞，乞暂豁矜疑者。未报。明日，法司尽按囚籍军徒杖罪未结者五十三人，发大兴、宛平二县监候，乃以疏闻。神宗亦不罪也。旧例，每年热审自小满后十余日，司礼监传旨下刑部，即会同都察院、锦衣卫题请，通行南京法司，一体审拟具奏。京师自命下之日至六月终止。南京自部移至日为始，亦满两月而止。四十四年不举行。明年，又逾两月，命未下，会暑雨，狱中多疫。言官以热审愆期、朝审不行、诏狱理刑无人三事交章上请。又请释楚宗英嫶、蕴钫等五十余人，罣误知县满朝荐，同知王邦才、卞孔时等。皆不报。崇祯十五年四月亢旱，下诏清狱。中允黄道周言：
“中外斋宿为百姓请命，而五日之内系两尚书，不闻有抗疏争者，尚足回天意乎？”两尚书谓李日宣、陈新甲也。帝方重怒二人，不能从。
历朝无寒审之制，崇祯十年，以代州知州郭正中疏及寒审，命所司求故事。
尚书郑三俊乃引数事以奏，言：“谨按洪武二十三年十二月癸未，太祖谕刑部尚书杨靖，‘自今惟犯十恶并杀人者论死，余死罪皆令输粟北边以自赎’。永乐四年十一月，法司进月系囚数，凡数百人，大辟仅十之一。成祖谕吕震曰：‘此等既非死罪，而久系不决，天气冱寒，必有听其冤死者。’凡杂犯死罪下约二百，悉准赎发遣。九年十一月，刑科曹润等言：‘昔以天寒，审释轻囚。今囚或淹一年以上，且一月间瘐死者九百三十余人，狱吏之毒所不忍言。’成祖召法司切责，遂诏：‘徒流以下三日内决放，重罪当系者恤之，无令死于饥寒。’十二年十一月，复令以疑狱名上，亲阅之。宣德四年十月，以皇太子千秋节，减杂犯死罪以下，宥笞杖及枷鐐者。嗣后，世宗、神宗或以灾异修刑，或以覃恩布德。寒审虽无近例，而先朝宽大，皆所宜取法者。”奏上，帝纳其言。然永乐十一年十月，遣副都御史李庆赍玺书，命皇太子录南京囚，赎杂犯死罪以下。宣德四年冬，以天气冱寒，敕南北刑官悉录系囚以闻，不分轻重。因谓夏原吉等曰：“尧、舜之世，民不犯法，成、康之时，刑措不用，皆君臣同德所致。朕德薄，卿等其勉力匡扶，庶无愧古人。”此寒审最著者，三俊亦不暇详也。
在外恤刑会审之例，定于成化时。初，太祖患刑狱壅蔽，分遣御史林愿、石恒等治各道囚，而敕谕之。宣宗夜读《周官·立政》：“式敬尔由狱，以长我王国。”慨然兴叹，以为立国基命在于此。乃敕三法司：“朕体上帝好生之心，惟刑是恤。令尔等详覆天下重狱，而犯者远在千万里外，需次当决，岂能无冤？”
因遣官审录之。正统六年四月，以灾异频见，敕遣三法司官详审天下疑狱。于是御史张骥、刑部郎林厚、大理寺正李从智等十三人同奉敕往，而复以刑部侍郎何文渊、大理卿王文、巡抚侍郎周忱、刑科给事中郭瑾审两京刑狱，亦赐敕。后评事马豫言：“臣奉敕审刑，窃见各处捉获强盗，多因仇人指攀，拷掠成狱，不待详报，死伤者甚多。今后宜勿听妄指，果有赃证，御史、按察司会审，方许论决。
若未审录有伤死者，毋得准例升赏。”是年，出死囚以下无数。九年，山东副使王裕言：“囚狱当会审，而御史及三司官或逾年一会，囚多瘐死。往者常遣御史会按察司详审，释遣甚众。今莫若罢会审之例，而行详审之法，敕遣按察司官一员，专审诸狱。”部持旧制不可废。帝命审例仍旧，复如详审例，选按察司官一员与巡按御史同审。失出者姑勿问，涉赃私者究如律。成化元年，南京户部侍郎陈翼因灾异复请如正统例。部议以诸方多事，不行。八年，乃分遣刑部郎中刘秩等十四人会巡按御史及三司官审录，敕书郑重遣之。十二年，大学士商辂言：
“自八年遣官后，五年于兹，乞更如例行。”帝从其请。至十七年，定在京五年大审。即于是年遣部寺官分行天下，会同巡按御史行事。于是恤刑者至，则多所放遣。嘉靖四十三年，定坐赃不及百两，产绝者免监追。万历四年，敕杂犯死罪准徒五年者，并两犯徒律应总徒四年者，各减一年，其他徒流等罪俱减等。皆由恤刑者奏定。所生全者益多矣。初，正统十一年，遣刑部郎中郭恂、员外郎陆瑜审南、北直隶狱囚，文职五品以下有罪，许执问。嘉靖间制，审录官一省事竣，总计前后所奏，依准改驳多寡，通行考核。改驳数多者听劾。故恤刑之权重，而责亦匪轻。此中外法司审录之大较也。
凡刑部问发罪囚，所司通将所问囚数，不问罪名轻重，分南北人各若干，送山东司，呈堂奏闻，谓之岁报。每月以见监罪囚奏闻，谓之月报。其做工、运炭等项，每五日开送工科，填写精微册，月终分六科轮报之。凡法官治囚，皆有成法，提人勘事，必赍精微批文。京外官五品以上有犯必奏闻请旨，不得擅勾问罪。
在八议者，实封以闻。民间狱讼，非通政司转达于部，刑部不得听理。诬告者反坐，越诉者笞，击登闻鼓不实者杖。讦告问官，必核实乃逮问。至罪囚打断起发有定期，刑具有定器，停刑有定月日，检验尸伤有定法，恤囚有定规，籍没亦有定物，惟复仇者无明文。
弘治元年，刑部尚书何乔新言：“旧制提人，所在官司必验精微批文，与符号相合，然后发遣。此祖宗杜渐防微深意也。近者中外提人，止凭驾帖，既不用符，真伪莫辨，奸人矫命，何以拒之？请给批文如故。”帝曰：“此祖宗旧例，不可废。”命复行之。然旗校提人，率赍驾帖。嘉靖元年，锦衣卫千户白寿等赍驾帖诣科，给事中刘济谓当以御批原本送科，使知其事。两人相争并列，上命检成、弘事例以闻。济复言，自天顺时例即如此。帝入寿言，责济以状对，亦无以罪也。天启时，魏忠贤用驾帖提周顺昌诸人，竟激苏州之变。两畿决囚，亦必验精微批。嘉靖二十一年，恤刑主事戴楩、吴元璧、吕颙等行急失与内号相验，比至，与原给外号不合，为巡按御史所纠，纳赎还职。
成化时，六品以下官有罪，巡按御史辄令府官提问。陕西巡抚项忠言：“祖制，京外五品以上官有犯奏闻，不得擅勾问。今巡按辄提问六品官，甚乖律意，当闻于朝，命御史、按察司提问为是。”乃下部议，从之。凡罪在八议者，实封奏闻请旨，惟十恶不用此例。所属官为上司非理凌虐，亦听实封径奏。军官犯罪，都督府请旨。诸司事涉军官及呈告军官不法者，俱密以实封奏，无得擅勾问。嘉靖中，顺天巡按御史郑存仁檄府县，凡法司有所追取，不得辄发。尚书郑晓考故事，民间词讼非自通政司转达，不得听。而诸司有应问罪人，必送刑部，各不相侵。晓乃言：“刑部追取人，府县不当却。存仁违制，宜罪。”存仁亦执自下而上之律，论晓欺罔。乃命在外者属有司，在京者属刑部。然自晓去位，民间词讼，五城御史辄受之，不复遵祖制矣。
洪武时，有告谋反者勘问不实，刑部言当抵罪。帝以问秦裕伯。对曰：“元时若此者罪止杖一百，盖以开来告之路也。”帝曰：“奸徒不抵，善人被诬者多矣。自今告谋反不实者，抵罪。”学正孙询讦税使孙必贵为胡党，又讦元参政黎铭常自称老豪杰，谤讪朝廷。帝以告讦非儒者所为，置不问。永乐间定制，诬三四人杖徒，五六人流三千里，十人以上者凌迟，家属徙化外。
洪武末年，小民多越诉京师，及按其事，往往不实，乃严越诉之禁。命老人理一乡词讼，会里胥决之，事重者始白于官，然卒不能止，越诉者日多。乃用重法，戍之边。宣德时，越诉得实者免罪，不实仍戍边。景泰中，不问虚实，皆发口外充军，后不以为例也。