初，方震孺、游士任、李达、明时举之谴，承宗实劾之，后皆为求宥。复称杨镐、熊廷弼、王化贞之劳，请免死遣戍，朝端哗然。给事中顾其仁、许誉卿，御史袁化中交章论驳，帝皆置弗省。会承宗叙五防效劳诸臣，且引疾乞罢，乃遣中官刘应坤等赍帑金十万犒将士，而赐承宗坐蟒、膝襕，佐以金币。
当是时，忠贤益盗柄。以承宗功高，欲亲附之，令应坤等申意。承宗不与交一言，忠贤由是大憾。会忠贤逐杨涟、赵南星、高攀龙等，承宗方西巡蓟、昌。
念抗疏帝未必亲览，往在讲筵，每奏对辄有入，乃请以贺圣寿入朝面奏机宜，欲因是论其罪。魏广微闻之，奔告忠贤：“承宗拥兵数万将清君侧，兵部侍郎李邦华为内主，公立齑粉矣！”忠贤悸甚，绕御床哭。帝亦为心动，令内阁拟旨。次辅顾秉谦奋笔曰：“无旨离信地，非祖宗法，违者不宥。”夜启禁门召兵部尚书入，令三道飞骑止之。又矫旨谕九门守阉，承宗若至齐化门，反接以入。承宗抵通州，闻命而返。忠贤遣人侦之，一襆被置舆中，后车鹿善继而已，意少解。而其党李蕃、崔呈秀、徐大化连疏诋之，至比之王敦、李怀光。承宗乃杜门求罢。
五年四月，给事中郭兴治请令廷臣议去留，论冒饷者复踵至，遂下廷臣杂议。
吏部尚书崔景荣持之，乃下诏勉留，而以简将、汰兵、清饷三事责承宗。奏报，承宗方遣诸将分戍锦州、大小凌河、松、杏、右屯诸要害，拓地复二百里，罢大将世钦、世禄，副将李秉诚、孙谏，汰军万七千余人，省度支六十八万。而言官论世龙不已。至九月，遂有柳河之败，死者四百余人，语详《世龙传》。于是台省劾世龙并及承宗，章疏数十上。承宗求去益力，十月始得请。先已屡加左柱国、少师、太子太师、中极殿大学士，遂加特进光禄大夫，荫子中书舍人，赐蟒服、银币，行人护归。而以兵部尚书高第代为经略。无何，安性亦罢，遂废巡抚不设。
初，第力扼承宗，请撤关外以守关内。承宗驳之，第深憾。明年，宁远被围，乃疏言关门兵止存五万，言者益以为承宗罪。承宗告户部曰：“第初莅关，尝给十一万七千人饷，今但给五万人饷足矣。”第果以妄言引罪。后忠贤遣其党梁梦环巡关，欲傅致承宗罪，无所得而止。承宗在关四年，前后修复大城九、堡四十五，练兵十一万，立车营十二、水营五、火营二、前锋后劲营八，造甲胄、器械、弓矢、炮石、渠答、卤楯之具合数百万，拓地四百里，开屯五千顷，岁入十五万。
后叙宁远功，荫子锦衣世千户。
庄烈帝即位，在晋入为兵部尚书，恨承宗不置，极论世龙及元仪荧惑枢辅坏关事，又嗾台省交口诋承宗，以沮其出。二年十月，大清兵入大安口，取遵化，将薄都城，廷臣争请召承宗。诏以原官兼兵部尚书守通州，仍入朝陛见。承宗至，召对平台。帝慰劳毕，问方略。承宗奏：“臣闻袁崇焕驻蓟州，满桂驻顺义，侯世禄驻三河，此为得策。又闻尤世威回昌平，世禄驻通州，似未合宜。”帝问：
“卿欲守三河，何意？”对曰：“守三河可以沮西奔，遏南下。”帝称善，曰：
“若何为朕保护京师？”承宗言：“当缓急之际，守陴人苦饥寒，非万全策。请整器械，厚犒劳，以固人心。”所条画俱称旨。帝曰：“卿不须往通，其为朕总督京城内外守御事务，仍参帷幄。”趣首辅韩爌草敕下所司铸关防。承宗出，漏下二十刻矣，即周阅都城，五鼓而毕，复出阅重城。明日夜半，忽传旨守通州。
时烽火遍近郊，承宗从二十七骑出东便门，道亡其三，疾驰抵通，门者几不纳。
既入城，与保定巡抚解经传、御史方大任、总兵杨国栋登陴固守。而大清兵已薄都城，乃急遣游击尤岱以骑卒三千赴援。旋遣副将刘国柱督军二千与岱合，而发密云兵三千营东直门，保定兵五千营广宁门。以其间遣将复马兰、三屯二城。
至十二月四日，而有祖大寿之变。大寿，辽东前锋总兵官也，偕崇焕入卫。
见崇焕下吏，惧诛，遂与副将何可纲等率所部万五千人东溃，远近大震。承宗闻，急遣都司贾登科赍手书慰谕大寿，而令游击石柱国驰抚诸军。大寿见登科，言：
“麾下卒赴援，连战俱捷，冀得厚赏。城上人群詈为贼，投石击死数人。所遣逻卒，指为间谍而杀之。劳而见罪，是以奔还。当出捣朵颜，然后束身归命。”柱国追及诸军，其将士持弓刀相向，皆垂涕，言：“督师既戮，又将以大炮击毙我军，故至此。”柱国复前追，大寿去已远，乃返。承宗奏言：“大寿危疑已甚，又不肯受满桂节制，因讹言激众东奔，非部下尽欲叛也。当大开生路，曲收众心。
辽将多马世龙旧部曲，臣谨用便宜，遣世龙驰谕，其将士必解甲归，大寿不足虑也。”帝喜从之。承宗密札谕大寿急上章自列，且立功赎督师罪，而己当代为剖白。大寿诺之，具列东奔之故，悉如将士言。帝优诏报之，命承宗移镇关门。诸将闻承宗、世龙至，多自拔来归者。大寿妻左氏亦以大义责其夫，大寿敛兵待命。
当溃兵出关，关城被劫掠，闭门罢市。承宗至，人心始定。关城故十六里，卫城止二里。今敌在内，关城无可守，卫城连关，可步屟而上也。乃别筑墙，横互于关城，穴之使炮可平出。城中水不足，一昼夜穿凿百井。旧汰牙门将侨寓者千人，穷而思乱，皆廪之于官，使巡行街衢，守台护仓，均有所事。内间不得发，外来者辄为逻骑所得，由是关门守完。乃遣世龙督步骑兵万五千入援，令游击祖可法等率骑兵四营西戍抚宁。三年正月，大寿入关谒承宗，亲军五百人甲而候于门。承宗开诚与语，即日列其所统步骑三万于教场，行誓师礼，群疑顿释。
时我大清已拔遵化而守之。是月四日拔永平。八日拔迁安，遂下滦州。分兵攻抚宁，可法等坚守不下。大清兵遂向山海关，离三十里而营，副将官惟贤等力战。乃还攻抚宁及昌黎，俱不下。当是时，京师道梗，承宗、大寿军在东，世龙及四方援军在西。承宗募死士沿海达京师，始知关城尚无恙。关西南三县：曰抚宁、昌黎、乐亭，西北三城：曰石门、台头、燕河。六城东护关门，西绕永平，皆近关要地。承宗饬诸城严守，而遣将戍开平，复建昌，声援始接。
方京师戒严，天下勤王兵先后至者二十万，皆壁于蓟门及近畿，莫利先进。
诏旨屡督趣，诸将亦时战攻，然莫能克复。世龙请先复遵化，承宗曰：“不然，遵在北，易取而难守，不如姑留之，以分其势，而先图滦。今当多为声势，示欲图遵之状以牵之。诸镇赴丰润、开平，联关兵以图滦。得滦则以开平兵守之，而骑兵决战以图永。得滦、永则关、永合，而取遵易易矣。”议既定，乃令东西诸营并进，亲诣抚宁以督之。五月十日，大寿及张春、邱禾嘉诸军先抵滦城下，世龙及尤世禄、吴自勉、杨麒、王承恩继至，越二日克之，而副将王维城等亦入迁安。我大清兵守永平者，尽撤而北还，承宗遂入永平。十六日，诸将谢尚政等亦入遵化。四城俱复。帝为告谢郊庙，大行赏赉，加承宗太傅，赐蟒服、白金，世袭锦衣卫指挥佥事。力辞太傅不受，而屡疏称疾乞休，优诏不允。
朵颜束不的反覆，承宗令大将王威击败之，复赉银币。先以册立东宫，加太保；及《神宗实录》成，加官亦如之。并辞免，而乞休不已。帝命阁臣议去留，不能决。特遣中书赍手诏慰问，乃起视事。四年正月出关东巡，抵松山、锦州，还入关，复西巡，遍阅三协十二路而返。条上东西边政八事，帝咸采纳。五月以考满，诏加太傅兼食尚书俸，荫尚宝司丞，赉蟒服、银币、羊酒，复辞太傅不受。
初，右屯、大凌河二城，承宗已设兵戍守。后高第来代，尽撤之，二城遂被毁。至是，禾嘉巡抚辽东，议复取广宁、义州、右屯三城。承宗言广宁道远，当先据右屯，筑城大凌河，以渐而进。兵部尚书梁廷栋主之，遂以七月兴工，工甫竣，我大清兵大至，围数周。承宗闻，驰赴锦州，遣吴襄、宋伟往救。禾嘉屡易师期，伟与襄又不相能，遂大败于长山。至十月，城中粮尽援绝，守将祖大寿力屈出降，城复被毁。廷臣追咎筑城非策也，交章论禾嘉及承宗，承宗复连疏引疾。
十一月得请，赐银币乘传归。言者追论其丧师辱国，夺官闲住，并夺宁远世荫。
承宗复列上边计十六事，而极言禾嘉军谋牴牾之失，帝报闻而已。家居七年，中外屡请召用，不报。
十一年，我大清兵深入内地。以十一月九日攻高阳，承宗率家人拒守。大兵将引去，绕城纳喊者三，守者亦应之三，曰“此城笑也，于法当破”，围复合。
明日城陷，被执。望阙叩头，投缳而死，年七十有六。
子举人鉁，尚宝丞钥，官生铈，生员鋡、镐，从子炼，及孙之沆、之滂、之澋、之洁、之瀗，从孙之澈、之氵美、之泳、之泽、之涣、之瀚，皆战死。督师中官高起潜以闻。帝嗟悼，命所司优恤。当国者杨嗣昌、薛国观辈阴扼之，但复故官，予祭葬而已。福王时，始赠太师，谥文忠。
赞曰：承宗以宰相再视师，皆粗有成效矣，奄竖斗筲，后先齮扼，卒屏诸田野，至阖门膏斧钅质，而恤典不加。国是如此，求无危，安可得也。夫攻不足者守有余，度彼之才，恢复固未易言，令专任之，犹足以慎固封守；而廷论纷呶，亟行翦除。盖天眷有德，气运将更，有莫之为而为者夫。