闰月晦日召见廷臣于中左门。时姜埰、熊开元以言事下诏狱，宗周约九卿共救。入朝，闻密旨置二人死。宗周愕然谓众曰：“今日当空署争，必改发刑部始已。”及入对，御史杨若桥荐西洋人汤若望善火器，请召试。宗周曰：“边臣不讲战守屯戍之法，专恃火器。近来陷城破邑，岂无火器而然？我用之制人，人得之亦可制我，不见河间反为火器所破乎？国家大计，以法纪为主。大帅跋扈，援师逗遛，奈何反姑息，为此纷纷无益之举耶？”因议督、抚去留，则请先去督师范志完。且曰：“十五年来，陛下处分未当，致有今日败局。不追祸始，更弦易辙，欲以一切苟且之政，补目前罅漏，非长治之道也。”帝变色曰：“前不可追，善后安在？”宗周曰：“在陛下开诚布公，公天下为好恶，合国人为用舍，进贤才，开言路，次第与天下更始。”帝曰：“目下烽火逼畿甸，且国家败坏已极，当如何？”宗周曰：“武备必先练兵，练兵必先选将，选将必先择贤督、抚，择贤督、抚必先吏、兵二部得人。宋臣曰：‘文官不爱钱，武官不惜死，则天下太平。’斯言，今日针砭也。论者但论才望，不问操守；未有操守不谨，而遇事敢前，军士畏威者。若徒以议论捷给，举动恢张，称曰才望，取爵位则有余，责事功则不足，何益成败哉？”帝曰：“济变之日，先才后守。”宗周曰：“前人败坏，皆由贪纵使然；故以济变言，愈宜先守后才。”帝曰：“大将别有才局，非徒操守可望成功。”宗周曰：“他不具论，如范志完操守不谨，大将偏裨无不由贿进，所以三军解体。由此观之，操守为主。”帝色解曰：“朕已知之。”敕宗周起。
于是宗周出奏曰：“陛下方下诏求贤，姜埰、熊开元二臣遽以言得罪。国朝无言官下诏狱者，有之自二臣始。陛下度量卓越，妄如臣宗周，戆直如臣黄道周，尚蒙使过之典，二臣何不幸，不邀法外恩？”帝曰：“道周有学有守，非二臣比。”宗周曰：“二臣诚不及道周，然朝廷待言官有体，言可用用之，不可置之。即有应得之罪，亦当付法司。今遽下诏狱，终于国体有伤。”帝怒甚，曰：
“法司锦衣皆刑官，何公何私？且罪一二言官，何遽伤国体？有如贪赃坏法，欺君罔上，皆可不问乎？”宗周曰：“锦衣，膏梁子弟，何知礼义？听寺人役使。即陛下问贪赃坏法，欺君罔上，亦不可不付法司也。”帝大怒曰：“如此偏党，岂堪宪职！”有间曰：“开元此疏，必有主使，疑即宗周。”金光辰争之。帝叱光辰，并命议处。翼日，光辰贬三秩调用，宗周革职，刑部议罪。阁臣持不发，捧原旨御前恳救，乃免，斥为民。
归二年而京师陷。宗周徒步荷戈，诣杭州，责巡抚黄鸣骏发丧讨贼，鸣骏诫以镇静，宗周勃然曰：“君父变出非常，公专阃外，不思枕戈泣血，激励同仇，顾藉口镇静，作逊避计耶？”鸣骏唯唯。明日，复趣之。鸣骏曰：“发丧必待哀诏。”宗周曰：“嘻，此何时也，安所得哀诏哉！”鸣骏乃发丧。问师期，则曰：
“甲仗未具。”宗周叹曰：“嗟乎，是乌足与有为哉！”乃与故侍郎朱大典，故给事中章正宸、熊汝霖召募义旅。将发，而福王监国于南京，起宗周故官。宗周以大仇未报，不敢受职，自称草莽孤臣，疏陈时政，言：
今日大计，舍讨贼复仇，无以表陛下渡江之心；非毅然决策亲征，无以作天下忠义之气。
一曰据形胜以规进取。江左非偏安之业，请进图江北。凤阳号中都，东扼徐、淮，北控豫州，西顾荆、襄，而南去金陵不远，请以驻亲征之师。大小铨除，暂称行在，少存臣子负罪引慝之心。从此渐进，秦、晋、燕、齐必有响应而起者。
一曰重藩屏以资弹压。淮、扬数百里，设两节钺，不能御乱，争先南下，致江北一块土，拱手授贼。督漕路振飞坐守淮城，久以家属浮舟远地，是倡之逃也；于是镇臣刘泽清、高杰遂有家属寄江南之说。军法临阵脱逃者斩，臣谓一抚二镇皆可斩也。
一曰慎爵赏以肃军情。请分别各帅封赏，孰当孰滥，轻则收侯爵，重则夺伯爵。夫以左帅之恢复而封，高、刘之败逃亦封，又谁不当封者？武臣既滥，文臣随之，外臣既滥，中珰随之，恐天下闻而解体也。
一曰核旧官以立臣纪。燕京既破，有受伪官而叛者，有受伪官而逃者，有在封守而逃者，有奉使命而逃者，法皆不赦。亟宜分别定罪，为戒将来。
至于伪命南下，徘徊顺逆之间，实繁有徒；必且倡为曲说，以惑人心，尤宜诛绝。
又言：
当贼入秦流晋，渐过畿南，远近汹汹，独大江南北晏然，而二三督抚不闻遣一骑以壮声援，贼遂得长驱犯阙。坐视君父之危亡而不救，则封疆诸臣之当诛者一。凶问已确，诸臣奋戈而起，决一战以赎前愆，自当不俟朝食。方且仰声息于南中，争言固圉之策，卸兵权于阃外，首图定策之功，则封疆诸臣之当诛者又一。
新朝既立之后，谓宜不俟终日，首遣北伐之师。不然，则亟驰一介，间道北进，檄燕中父老，起塞上名王，哭九庙，厝梓宫，访诸王。更不然，则起闽帅郑芝龙，以海师下直沽，九边督镇合谋共奋，事或可为。而诸臣计不出此，则举朝谋国不忠之当诛者又一。罪废诸臣，量从昭雪，自应援先帝遗诏及之，今乃概用新恩。
诛阉定案，前后诏书鹘突，势必彪虎之类，尽从平反而后已，则举朝谋国不忠之当诛者又一。臣谓今日问罪，当自中外诸臣不职者始。
诏纳其言，宣付史馆，中外为悚动。而马士英、高杰、刘泽清恨甚，滋欲杀宗周矣。
宗周连疏请告不得命，遂抗疏劾士英，言：
陛下龙飞淮甸，天实予之。乃有扈跸微劳，入内阁，进中枢，宫衔世荫，晏然当之不疑者，非士英乎？于是李沾侈言定策，挑激廷臣矣。刘孔昭以功赏不均，发愤冢臣，朝端哗然聚讼，而群阴且翩翩起矣。借知兵之名，则逆党可以然灰，宽反正之路，则逃臣可以汲引，而阁部诸臣且次第言去矣。中朝之党论方兴，何暇图河北之贼？立国之本纪已疏，何以言匡攘之略？高杰一逃将也，而奉若骄子，浸有尾大之忧。淮、扬失事，不难谴抚臣道臣以谢之，安得不长其桀骜，则亦恃士英卵翼也。刘、黄诸将，各有旧汛地，而置若弈棋，汹汹为连鸡之势，至分剖江北四镇以慰之，安得不启其雄心，则皆高杰一人倡之也。京营自祖宗以来，皆勋臣为政，枢贰佐之。陛下立国伊始，而有内臣卢九德之命，则士英有不得辞其责者。
总之，兵戈盗贼，皆从小人气类感召而生，而小人与奄宦又往往相表里。自古未有奄宦用事，而将帅能树功于方域者。惟陛下首辨阴阳消长之机，出士英仍督凤阳，联络诸镇，决用兵之策。史可法即不还中枢，亦当自淮而北，历河以南，别开幕府，与士英相掎角。京营提督，独断寝之。书之史册，为弘光第一美政。
王优诏答之，而促其速入。
士英大怒，即日具疏辞位，且扬言于朝曰：“刘公自称草莽孤臣，不书新命，明示不臣天子也。”其私人朱统钅类遂劾宗周疏请移跸凤阳：“凤阳，高墙所在，欲以罪宗处皇上，而与史可法拥立潞王。其兵已伏丹阳，当急备。”而泽清、杰日夜谋所以杀宗周者不得，乃遣客十辈往刺宗周。宗周时在丹阳，终日危坐，未尝有惰容，客前后至者，不敢加害而去。而黄鸣骏入觐，兵抵京口，与防江兵相击斗。士英以统钅类言为信也，亦震恐。于是泽清疏劾：“宗周阴挠恢复，欲诛臣等，激变士心，召生灵之祸。”刘良佐亦具疏言宗周力持“三案”，为门户主盟，倡议亲征，图晁错之自为居守，司马懿之闭城拒君。疏未下，泽清复草一疏，署杰、良佐及黄得功名上之，言：“宗周劝上亲征，谋危君父，欲安置陛下于烽火凶危之地。盖非宗周一人之谋，姜曰广、吴甡合谋也。曰广心雄胆大，翊戴非其本怀，故阴结死党，翦除诸忠，然后迫劫乘舆，迁之别郡。如甡、宗周入都，臣等即渡江赴阙，面讦诸奸，正《春秋》讨贼之义。”疏入，举朝大骇，传谕和衷集事。宗周不得已，以七月十八日入朝。初，泽清疏出，遣人录示杰。杰曰：
“我辈武人，乃预朝事耶？”得功疏辨：“臣不预闻。”士英寝不奏。可法不平，遣使遍诘诸镇，咸云不知，遂据以入告，泽清辈由是气沮。
士英既嫉宗周，益欲去之，而荐阮大铖知兵。有诏冠带陛见。未几，中旨特授兵部添注右侍郎。宗周曰：“大铖进退，系江左兴亡，老臣不敢不一争之。不听，则亦将归尔。”疏入，不听，宗周遂告归，诏许乘传。将行，疏陈五事：
一曰修圣政，毋以近娱忽远猷。国家不幸，遭此大变，今纷纷制作，似不复有中原志者。土木崇矣，珍奇集矣，俳优杂剧陈矣；内竖充廷，金吾满座，戚畹骈阗矣；谗夫昌，言路扼，官常乱矣。所谓狃近娱而忽远图也。
一曰振王纲，无以主恩伤臣纪。自陛下即位，中外臣工不曰从龙，则曰佐命。
一推恩近侍，则左右因而秉权；再推恩大臣，则阁部可以兼柄；三推恩勋旧，则陈乞至今未已；四推恩武弁，则疆场视同儿戏。表里呼应，动有藐视朝廷之心；彼此雄长，即为犯上无等之习。礼乐征伐，渐不出自天子，所谓亵主恩而伤臣纪也。
一曰明国是，无以邪锋危正气。朋党之说，小人以加君子，酿国家空虚之祸，先帝末造可鉴也。今更为一二元恶称冤，至诸君子后先死于党、死于徇国者，若有余戮。揆厥所由，止以一人进用，动引三朝故事，排抑旧人。私交重，君父轻，身自树党，而坐他人以党，所谓长邪锋而危正气也。
一曰端治术，无以刑名先教化。先帝颇尚刑名，而杀机先动于温体仁。杀运日开，怨毒满天下。近如贪吏之诛，不经提问，遽科罪名；未科罪名，先追赃罚。
假令有禹好善之巡方，借成德以媚权相，又孰辨之？又职方戎政之奸弊，道路啧有烦言，虽卫臣有不敢问者，则厂卫之设何为？徒令人主亏至德，伤治体，所谓急刑名而忘教化也。
一曰固邦本，毋以外衅酿内忧。前者淮、扬告变，未几而高、黄二镇治兵相攻。四镇额兵各三万，不以杀敌而自相屠毒，又日烦朝廷讲和，何为者！夫以十二万不杀敌之兵，索十二万不杀敌之饷，必穷之术耳。不稍裁抑，惟加派横征。
蓄一二苍鹰乳虎之有司，以天下徇之已矣，所谓积外衅而酿内忧也。
优诏报闻。
明年五月，南都亡。六月，潞王降，杭州亦失守。宗周方食，推案恸哭，自是遂不食。移居郭外，有劝以文、谢故事者。宗周曰：“北都之变，可以死，可以无死，以身在田里，尚有望于中兴也。南都之变，主上自弃其社稷，尚曰可以死，可以无死，以俟继起有人也。今吾越又降矣，老臣不死，尚何待乎？若曰身不在位，不当与城为存亡，独不当与土为存亡乎？此江万里所以死也。”出辞祖墓，舟过西洋港，跃入水中，水浅不得死，舟人扶出之。绝食二十三日，始犹进茗饮，后勺水不下者十三日，与门人问答如平时。闰六月八日卒，年六十有八。
其门人徇义者有祝渊、王毓蓍。
渊，字开美，海宁人。崇祯六年举于乡。自以年少学未充，栖峰巅僧舍，读书三年，山僧罕见其面。十五年冬，会试入都，适宗周廷诤姜埰、熊开元削籍。
渊抗疏曰：“宗周戆直性成，忠孝天授，受任以来，蔬食不饱，终宵不寝，图报国恩。今四方多难，贪墨成风，求一清刚臣以司风纪，孰与宗周？宗周以迂戆斥，继之者必淟涊；宗周以偏执斥，继之者必便捷。淟涊便捷之夫进，必且营私纳贿，颠倒贞邪。乞收还成命，复其故官，天下幸甚。”帝得疏不怿，停渊会试，下礼官议。渊故不识宗周，既得命往谒。宗周曰：“子为此举，无所为而为之乎，抑动于名心而为之也？”渊爽然避席曰：“先生名满天下，诚耻不得列门墙尔，愿执贽为弟子。”明年，从宗周山阴。礼官议上，逮下诏狱，诘主使姓名。渊曰：“男儿死即死尔，何听人指使为！”移刑部，进士共疏出渊。未几，都城陷，营死难太常少卿吴麟征丧，归其柩。诣南京刑部，竟前狱，尚书谕止之。
上疏请诛奸辅，通政司抑不奏。给事中陈子龙疏荐渊及待诏涂仲吉义士，可为台谏。仲吉者，漳浦人，以诸生走万里上书明黄道周冤，得罪杖谴者也。不许。
宗周罢官家居，渊数往问学。尝有过，入曲室长跪流涕自扌过。杭州失守，渊方葬母，趣竣工。既葬，还家设祭，即投缳而卒，年三十五也。逾二日，宗周饿死。
毓蓍，字元趾，会稽人。为诸生，跌宕不羁。已，受业宗周之门，同门生咸非笑之。杭州不守，宗周绝粒未死，毓蓍上书曰：“愿先生早自裁，毋为王炎午所吊。”俄一友来视，毓蓍曰：“子若何？”曰：“有陶渊明故事在。”毓蓍曰：
“不然。吾辈声色中人，虑久则难持也。”一日，遍召故交欢饮，伶人奏乐。酒罢，携灯出门，投柳桥下，先宗周一月死。乡人私谥正义先生。
宗周始受业于许孚远。已，入东林书院，与高攀龙辈讲习。冯从吾首善书院之会，宗周亦与焉。越中自王守仁后，一传为王畿，再传为周汝登、陶望龄，三传为陶奭龄，皆杂于禅。奭龄讲学白马山，为因果说，去守仁益远。宗周忧之，筑证人书院，集同志讲肄。且死，语门人曰：“学之要，诚而已，主敬其功也。
敬则诚，诚则天。良知之说，鲜有不流于禅者。”宗周在官之日少，其事君，不以面从为敬。入朝，虽处暗室，不敢南向。或讯大狱，会大议，对明旨，必却坐拱立移时。或谢病，徒步家居，布袍粗饭，乐道安贫。闻召就道，尝不能具冠裳。