部议：“勘合不可遽给，务缴旧易新。贡期限十年，人不过百，舟不过三，余不可许。”诏如议。二十三年七月复来贡，未及期，且无表文。部臣谓不当纳，却之。其人利互市，留海滨不去。巡按御史高节请治沿海文武将吏罪，严禁奸豪交通，得旨允行。而内地诸奸利其交易，多为之囊橐，终不能尽绝。
二十六年六月，巡按御史杨九泽言：“浙江宁、绍、台、温皆滨海，界连福建福、兴、漳、泉诸郡，有倭患，虽设卫所城池及巡海副使、备倭都指挥，但海寇出没无常，两地官弁不能通摄，制御为难。请如往例，特遣巡视重臣，尽统海滨诸郡，庶事权归一，威令易行。”廷议称善，乃命副都御史朱纨巡抚浙江兼制福、兴、漳、泉、建宁五府军事。未几，其王义晴遣使周良等先期来贡，用舟四，人六百，泊于海外，以待明年贡期。守臣沮之，则以风为解。十一月事闻，帝以先期非制，且人船越额，敕守臣勒回。十二月，倭贼犯宁、台二郡，大肆杀掠，二郡将吏并获罪。明年六月，周良复求贡，纨以闻。礼部言：“日本贡期及舟与人数虽违制，第表辞恭顺，去贡期亦不远，若概加拒绝，则航海之劳可悯，若稍务含容，则宗设、素卿之事可鉴。宜敕纨循十八年例，起送五十人，余留嘉宾馆，量加犒赏，谕令归国。若互市防守事，宜在纨善处之。”报可。纨力言五十人过少，乃令百人赴都。部议但赏百人，余罢勿赏。良诉贡舟高大。势须五百人。中国商舶入海，往往藏匿岛中为寇，故增一舟防寇，非敢违制。部议量增其赏，且谓：“百人之制，彼国势难遵行，宜相其贡舟大小，以施禁令。”从之。
日本故有孝、武两朝勘合几二百道，使臣前此入贡请易新者，而令缴其旧。
至是良持弘治勘合十五道，言其余为素卿子所窃，捕之不获。正德勘合留十五道为信，而以四十道来还。部议令异时悉缴旧，乃许易新，亦报可。当是时，日本王虽入贡，其各岛诸倭岁常侵掠，滨海奸民又往往勾之。纨乃严为申禁，获交通者，不俟命辄以便宜斩之。由是，浙、闽大姓素为倭内主者，失利而怨。纨又数腾疏于朝，显言大姓通倭状，以故闽、浙人皆恶之，而闽尤甚。巡按御史周亮，闽产也，上疏诋纨，请改巡抚为巡视，以杀其权。其党在朝者左右之，竟如其请。
又夺纨官。罗织其擅杀罪，纨自杀。自是不置巡抚者四年，海禁复弛，乱益滋甚。
祖制，浙江设市舶提举司，以中官主之，驻宁波。海舶至则平其直，制驭之权在上。及世宗，尽撤天下镇守中官，并撤市舶，而滨海奸人遂操其利。初市犹商主之，及严通番之禁，遂移之贵官家，负其直者愈甚。索之急，则以危言吓之，或又以好言绐之，谓我终不负若直。倭丧其赀不得返，已大恨，而大奸若汪直、徐海、陈东、麻叶辈素窟其中，以内地不得逞，悉逸海岛为主谋。倭听指挥，诱之入寇。海中巨盗，遂袭倭服饰、旂号，并分艘掠内地，无不大利，故倭患日剧，于是廷议复设巡抚。三十一年七月以佥都御史王忬任之，而势已不可扑灭。
明初，沿海要地建卫所，设战船，董以都司、巡视、副使等官，控制周密。
迨承平久，船敝伍虚。及遇警，乃募渔船以资哨守。兵非素练，船非专业，见寇舶至，辄望风逃匿，而上又无统率御之。以故贼帆所指，无不残破。三十二年三月，汪直勾诸倭大举入寇，连舰数百，蔽海而至。浙东、西，江南、北，滨海数千里，同时告警。破昌国卫。四月犯太仓，破上海县，掠江阴，攻乍浦。八月劫金山卫，犯崇明及常熟、嘉定。三十三年正月自太仓掠苏州，攻松江，复趋江北，薄通、泰。四月陷嘉善，破崇明，复薄苏州，入崇德县。六月由吴江掠嘉兴，还屯柘林。纵横来往，若入无人之境，忬亦不能有所为。未几，忬改抚大同，以李天宠代，又命兵部尚书张经总督军务。乃大征兵四方，协力进剿。是时，倭以川沙洼、柘林为巢，抄掠四出。明年正月，贼夺舟犯乍浦、海宁，陷崇德，转掠塘栖、新市、横塘、双林等处，攻德清县。五月复合新倭，突犯嘉兴，至王江泾，乃为经击斩千九百余级，余奔柘林。其他倭复掠苏州境，延及江阴、无锡，出入太湖。大抵真倭十之三，从倭者十之七。倭战则驱其所掠之人为军锋，法严，人皆致死，而官军素懦怯，所至溃奔。帝乃遣工部侍郎赵文华督察军情。文华颠倒功罪，诸军益解体。经、天宠并被逮，代以周珫、胡宗宪。逾月，珫罢，代以杨宜。
时贼势蔓延，江浙无不蹂躏。新倭来益众，益肆毒。每自焚其舟，登岸劫掠。
自杭州北新关西剽淳安，突徽州歙县，至绩溪、旌德，过泾县，趋南陵，遂达芜湖。烧南岸，奔太平府，犯江宁镇，径侵南京。倭红衣黄盖，率众犯大安德门，及夹冈，乃趋秣陵关而去，由溧水流劫溧阳、宜兴。闻官兵自太湖出，遂越武进，抵无锡，驻惠山。一昼夜奔百八十余里，抵浒墅。为官军所围，追及于杨林桥，歼之。是役也，贼不过六七十人，而经行数千里，杀戮战伤者几四千人，历八十余日始灭，此三十四年九月事也。
应天巡抚曹邦辅以捷闻，文华忌其功。以倭之巢于陶宅也，乃大集浙、直兵，与宗宪亲将之。又约邦辅合剿，分道并进，营于松江之甎桥。倭悉锐来冲，遂大败，文华气夺，贼益炽。十月，倭自乐清登岸，流劫黄岩、仙居、奉化、余姚、上虞，被杀掳者无算。至<山乘>县乃歼之，亦不满二百人，顾深入三府，历五十日始平。其先一枝自山东日照流劫东安卫，至淮安、赣榆、沭阳、桃源，至清河阻雨，为徐、邳官兵所歼，亦不过数十人，流害千里，杀戮千余，其悍如此。
而文华自甎桥之败，见倭寇势甚，其自柘林移于周浦，与泊于川沙旧巢及嘉定高桥者自如，他侵犯者无虚日，文华乃以寇息请还朝。
明年二月，罢宜，代以宗宪，以阮鹗巡抚浙江。于是宗宪乃请遣使谕日本国王，禁戢岛寇，招还通番奸商，许立功免罪。既得旨，遂遣宁波诸生蒋洲、陈可愿往。及是，可愿还，言至其国五岛，遇汪直、毛海峰，谓日本内乱，王与其相俱死，诸岛不相统摄，须遍谕乃可杜其入犯。又言，有萨摩洲者，虽已扬帆入寇，非其本心，乞通贡互市，愿杀贼自效。乃留洲传谕各岛，而送可愿还。宗宪以闻，兵部言：“直等本编民，既称效顺，即当释兵。乃绝不言及，第求开市通贡，隐若属国然，其奸叵测。宜令督臣振扬国威，严加备御。移檄直等，俾剿除舟山诸贼巢以自明。果海疆廓清，自有恩赉。”从之。时两浙皆被倭，而慈溪焚杀独惨，余姚次之。浙西柘林、乍浦、乌镇、皂林间，皆为贼巢，前后至者二万余人，命宗宪亟图方略。七月，宗宪言：“贼首毛海峰自陈可愿还，一败倭寇于舟山，再败之沥表，又遣其党招谕各岛，相率效顺，乞加重赏。”部令宗宪以便宜行。当是时，徐海、陈东、麻叶，方连兵攻围桐乡，宗宪设计间之，海遂擒东、叶以降，尽歼其余众于乍浦。未几，复蹴海于梁庄，海亦授首，余党尽灭。江南、浙西诸寇略平，而江北倭则犯丹阳及掠瓜洲，烧漕艘者明春复犯如皋、海门，攻通州，掠扬州、高耶，入宝应，遂侵淮安府，集于庙湾，逾年乃克。其浙东之倭则盘踞于舟山，亦先后为官军所袭。
先是，蒋洲宣谕诸岛，至丰后被留，令僧人往山口等岛传谕禁戢。于是山口都督源义长具咨送还被掠人口，而咨乃用国王印。丰后太守源义镇遣僧德阳等具方物，奉表谢罪，请颁勘合修贡，送洲还。前杨宜所遣郑舜功出海哨探者，行至丰后岛，岛主亦遣僧清授附舟来谢罪，言前后侵犯，皆中国奸商潜引诸岛夷众，义镇等实不知。于是宗宪疏陈其事，言：“洲奉使二年，止历丰后、山口二岛，或有贡物而无印信勘合，或有印信而无国王名称，皆违朝典。然彼既以贡来，又送还被掠人口，实有畏罪乞恩意。宜礼遣其使，令传谕义镇、义长，转谕日本王，擒献倡乱诸渠，及中国奸宄，方许通贡。”诏可。
汪直之踞海岛也，与其党王滶、叶宗满、谢和、王清溪等，各挟倭寇为雄。
朝廷至悬伯爵、万金之赏以购之，迄不能致。及是，内地官军颇有备，倭虽横，亦多被剿戮，有全岛无一人归者，往往怨直，直渐不自安。宗宪与直同郡，馆直母与其妻孥于杭州，遣蒋洲赍其家书招之。直知家属固无恙，颇心动。义镇等以中国许互市，亦喜。乃装巨舟，遣其属善妙等四十余人随直等来贡市，于三十六年十月初，抵舟山之岑港。将吏以为入寇也，陈兵备。直乃遣王滶入见宗宪，谓：“我以好来，何故陈兵待我？”滶即毛海峰，直养子也。宗宪慰劳甚至，指心誓无他。俄善妙等见副将卢镗于舟山，镗令擒直以献。语泄，直益疑。宗宪开谕百方，直终不信，曰：“果尔，可遣滶出，吾当入见。”宗宪立遣之。直又邀一贵官为质，即命指挥夏正往。直以为信，遂与宗满、清溪偕来。宗宪大喜，礼接之甚厚，令谒巡按御史王本固于杭州，本固以属吏。滶等闻，大恨，支解夏正，焚舟登山，据岑港坚守。
逾年，新倭大至，屡寇浙东三郡。其在岑港者，徐移之柯梅，造新舟出海，宗宪不之追。十一月，贼扬帆南去，泊泉州之浯屿，掠同安、惠安、南安诸县，攻福宁州，破福安、宁德。明年四月遂围福州，经月不解。福清、永福诸城皆被攻毁，蔓延于兴化，奔突于漳州。其患尽移于福建，而潮、广间亦纷纷以倭警闻矣。至四十年，浙东、江北诸寇以次平。宗宪寻坐罪被逮。明年十一月陷兴化府，大杀掠，移据平海卫不去。初，倭之犯浙江也，破州县卫所城以百数，然未有破府城者。至是，远近震动，亟征俞大猷、戚继光、刘显诸将合击，破之。其侵犯他州县者，亦为诸将所破，福建亦平。
其后，广东巨寇曾一本、黄朝太等，无不引倭为助。隆庆时，破碣石、甲子诸卫所。已，犯化州石城县，陷锦囊所、神电卫。吴川、阳江、茂名、海丰、新宁、惠来诸县，悉遭焚掠。转入雷、谦、琼三郡境，亦被其患。万历二年犯浙东宁、绍、台、温四郡，又陷广东铜鼓石双鱼所。三年犯电白。四年犯定海。八年犯浙江韭山及福建彭湖、东涌。十年犯温州，又犯广东。十六年犯浙江。然时疆吏惩嘉靖之祸，海防颇饬，贼来辄失利。其犯广东者，为蜒贼梁本豪勾引，势尤猖獗。总督陈瑞集众军击之，斩首千六百余级，沈其船百余艘，本豪亦授首。帝为告谢郊庙，宣捷受贺云。
日本故有王，其下称关白者最尊，时以山城州渠信长为之。偶出猎，遇一人卧树下，惊起冲突，执而诘之。自言为平秀吉，萨摩州人之奴，雄健跷捷，有口辩。信长悦之，令牧马，名曰木下人。后渐用事，为信长画策，夺并二十余州，遂为摄津镇守大将。有参谋阿奇支者，得罪信长，命秀吉统兵讨之。俄信长为其下明智所杀，秀吉方攻灭阿奇支，闻变，与部将行长等乘胜还兵诛之，威名益振。
寻废信长三子，僣称关白，尽有其众，时为万历十四年。于是益治兵，征服六十六州，又以威胁琉球、吕宋、暹罗、佛郎机诸国，皆使奉贡。乃改国王所居山城为大阁，广筑城郭，建宫殿，其楼阁有至九重者，实妇女珍宝其中。其用法严，军行有进无退，违者虽子婿必诛，以故所向无敌。乃改元文禄，并欲侵中国，灭朝鲜而有之。召问故时汪直遗党，知唐人畏倭如虎，气益骄。益大治兵甲，缮舟舰，与其下谋，入中国北京者用朝鲜人为导，入浙、闽沿海郡县者用唐人为导。
虑琉球泄其情，使毋入贡。
同安人陈甲者，商于琉球。惧为中国害，与琉球长史郑迥谋，因进贡请封之使，具以其情来告。甲又旋故乡，陈其事于巡抚赵参鲁。参鲁以闻，下兵部，部移咨朝鲜王。王但深辨向导之诬，亦不知其谋己也。
初，秀吉广征诸镇兵，诸三岁粮，欲自将以犯中国。会其子死，旁无兄弟。
前夺丰后岛主妻为妾，虑其为后患。而诸镇怨秀吉暴虐，咸曰：“此举非袭大唐，乃袭我耳。”各怀异志。由是，秀吉不敢亲行。二十年四月遣其将清正、行长、义智，僧玄苏、宗逸等，将舟师数百艘，由对马岛渡海陷朝鲜之釜山，乘胜长驱，以五月渡临津，掠开城，分陷丰德诸郡。朝鲜望风溃，清正等遂偪王京。朝鲜王李昖弃城奔平壤，又奔义州，遣使络绎告急。倭遂入王京，执其王妃、王子，追奔至平壤，放兵淫掠。七月命副总兵祖承训赴援，与倭战于平壤城外，大败，承训仅以身免。八月，中朝乃以兵部侍郎宋应昌为经略，都督李如松为提督，统兵讨之。
当是时，宁夏未平，朝鲜事起，兵部尚书石星计无所出，募能说倭者侦之，于是嘉兴人沈惟敬应募。星即假游击将军衔，送之如松麾下。明年，如松师大捷于平壤，朝鲜所失四道并复。如松乘胜趋碧蹄馆，败而退师。于是封贡之议起，中朝弥缝惟敬以成款局，事详《朝鲜传》。久之，秀吉死，诸倭扬帆尽归，朝鲜患亦平。然自关白侵东国，前后七载，丧师数十万糜饷数百万，中朝与朝鲜迄无胜算。至关白死，兵祸始休，诸倭亦皆退守岛巢，东南稍有安枕之日矣。秀吉凡再传而亡。
终明之世，通倭之禁甚严，闾巷小民，至指倭相詈骂，甚以噤其小儿女云。