早期的食物链记载
在同生物界广泛接触过程中，古代学者进一步加深了对各种动、植物与周围环境关系的认识。在《庄子》这部著作中就包含有丰富的生态学知识。庄子（约前369～前286）为战国宋国蒙（今河南商丘东北）人，名周，字子休。他继承和发展了老子的“道法自然”观点，否认鬼神主宰世界，认为道是无为、无形、超越时空，未有天地就已经存在的，是万物的创造者，2000多年前，庄子就认为不同种类生物之间，由于食物的关系，而存在一系列相互利害的复杂关系。《庄子·山木篇》记载：有一天庄子来到雕陵栗园，看见一只翅膀宽阔、眼睛圆大的异鹊，从南方飞来，停于栗林之中。庄子手执弹弓疾速赶上去，准备射弹，忽见一蝉，方得美萌，而其身正被隐藏着的螳螂发现而捕之。螳螂捕得蝉而忘其形，不知自身已被异鹊发现，并为异鹊所利。异鹊见利而忘其身，不知自己的性命也已在危险之中。见此情景，庄子感慨地说：“物固相累，两类相召也！”他扔掉了弹弓往回走。然而看管栗林的人，却把他看成是偷栗子的人，因此而啐他。这个生动的故事说明，庄子已经发现了人捕鸟、鸟吃螳螂、螳螂吃蝉等动物间的复杂关系。庄子所看到的这种关系，实际上是一条包括人在内的食物链，在食物链中，生物是互为利害的。不同种类生物之间的斗争是不可避免的。
这种动物相食的观念，在云南江川李家山滇文化墓群中出土的一组战国青铜臂甲的刻画上，也得到了反映。青铜臂甲上刻有17只动物，可以分为两组。第一组13只动物，有两只大老虎，其中一只咬着野猪，另一只正向双鹿扑去；一只猿正在攀树逃避；此外还刻有甲虫、鱼、虾等小动物。第二组的画面上有两只雄鸡，一只正啄着一条蜥蜴，而蜥蜴旁边的蛾和甲虫，则显然是蜥蜴的食物：另一只鸡则被一只野狸咬住。在第一组刻画中，反映了老虎、野猪和鹿构成的食物链。在云南出土青铜臂甲动物图像第二组刻画中，表现了野狸吃鸡、鸡吃蜥蜴、蜥蜴吃小虫（蛾和甲虫）的关系。
先秦时期对食物网的记载和认识，对后来有很大的影响。人们在生物界中观察到了更多的食物网和“两类相召”的现象。《淮南子·说林训》中有“腾蛇游雾，而殆于蝍蛆”的记载。这是说，腾蛇虽有腾云驾雾的本领，但也要败于蜈蚣（蝍蛆）。《庄子》中还有“蝍蛆甘带”之语，可见古人认识蜈蚣制蛇，还可以追溯到更久远的年代。在我国古代可能有一种能够制蛇的大蜈蚣。宋代陆佃《埤雅》（卷十）中就说：“蜈蚣能制蛇，卒见大蛇，便缘而啖其脑。”在古代，人们不仅知道蜈蚣吃蛇，而且也知道蛇吃蛙，而蛙呢，又会吃蜈蚣。《关尹子·三极》说：“蝍蛆食蛇，蛇食蛙，蛙食螂蛆，互相食也。”《埤雅》中也有类似的记述：“蝍蛆搏蛇。旧说蟾蜍食蝍蛆，蝍蛆食蛇，蛇食蟾蜍，三物相制也。”在这里蛙已被蟾蜍替代，但仍符合自然界的实际情况。可见，我国远在宋代之前，对蜈蚣、蛇、蛙三种动物在自然界里表现出来的互相竞争、互相制约的关系，有深刻的了解。
在食物网中，生物间的相互关系是复杂的：一种动物往往既是捕食者，同时又是被食者。某一种生物既可以以多种生物为食，它本身又可以为多种生物所食，这样就形成有复杂交错的关系。李时珍在《本草纲目》（卷四十三）中分析了蛇的生态特点，不仅列举了蛇所食的一系列动物和植物，而且也指出了有一系列动物是以蛇为食物的。他说：“鹤步则蛇出，鸡鸣则蛇结。鹳、鹤、鹰、鹃、鹙，皆鸟之食蛇者也，虎、猴、麂、麝、牛，皆兽之食蛇者也。蛇所食之虫（虫，即动物），则蛙、鼠、燕、雀、蝙蝠、乌鹊；所食之草，则芹、茄、石南、茱萸、蛇栗等。”这充分说明古代人对蛇及其与周围环境的错综复杂关系，有相当清楚的观察和了解。
生物资源保护思想
在古代自给自足的自然经济社会中，生物资源，特别是森林资源是人们获取生产和生活资料的重要源泉。即使在农业生产有了一定发展的情况下，野生生物资源对于人们衣食住行的重要性也是显而易见的。《诗经》中有不少采集和狩猎的章句就是这种情况的生动写照。在长期的生产活动中，古代的人们逐渐认识到保护森林和生物资源的重要性。产生了初步的环境保护意识并采取了一定的保护措施。
古代的人们在获取生产和生活资料时，不断地对自然环境进行干预，反过来环境也产生一些反作用。如过度的渔猎、烧荒，都可能会造成区域性的生态环境破坏，导致局部地区生物资源的严重缺乏，水土流失，土壤肥力下降，人民的生活失去依靠等。这就促使一些有识之士日益关注如何防止人们的生活环境的进一步恶化。
在我国的《尚书》、《史记》等古籍中，都有关于舜命益（即伯益）为“虞”掌管草木鸟兽虫鱼的记载。《孟子》中说，益曾放火将一些山林烧毁，以赶走毒蛇猛兽。而《禹贡》则记载了大禹在治理洪水时，也曾大规模砍伐树木。《诗·大雅·皇点》中还记载周人在古公亶父时代，百姓砍除树木，营建居住点和毁林开荒的情况。在当时生产力低下的情况下，这种情形的发生是必然的，并且可能持续了很长的一段时间。大约到春秋战国时期，由于铁器农具的大量使用，水利灌溉事业的发展，牛耕的推行，人口的增多等加速了人类对环境的开发进程。与此同时，人们对森林及生物资源的不合理利用的情况也更趋严重。《孟子》中写道：“牛山之木尝美矣，以其郊于大国也。斧斤伐之，可以为美乎？是其日夜之所息，雨露之所润，非无萌蘖之生焉，牛羊又从而牧之，是以若彼濯濯也。”牛山位于古代齐国的东南部，即今山东淄博市临淄南。那里原来林木茂盛，但是到了孟子生活的年代，已经变成了“若彼濯濯”的秃山。之所以会变成这样，孟子认为是这里的树木被不断乱砍滥伐，加上牛羊等牲畜糟蹋破坏的结果。诚如孟子所指出的“苟失其养，无物不消。”体现了人们对森林被严重破坏的状况所表示的担忧。
这一时期的学者还认识到，森林一旦破坏，不仅使森林资源本身出现枯竭，而且也使野生动物资源受到影响。人们早就认识到森林对于动物生存的重要意义。《荀子·劝学篇》说：“物类之起，必有所始……草木畴生，禽兽群焉……树木成荫而众鸟息焉，物各从其类焉。”不仅如此，荀子还进一步指出，如果动物赖以生存的环境遭到破坏，那么动物就会难以生存。他说：“山林茂而禽兽归之，……山林者，鸟兽之居也”，“林险，则鸟兽去之”；“川渊深而鱼鳖归之”，“川渊者，龙鱼之居也”；“川渊枯则龙鱼去之”。因此，他认为只有按自然规律办事，保护动物的栖息地，动物才能繁茂。在《富国篇》中他又说：“群道当，则万物皆得其宜……群生皆得其命”，“山林不童，而百姓有余材也”。指出只有保护好森林和生物资源，人们的生活资料才能富足有余。
战国时期的《管子》一书反映了人们对于破坏环境的恶果有很深刻的认识，其作者非常强调山林薮泽的生物资源对于国计民生的重要性。《管子·轻重篇》指出：“有虞之王，枯泽童山；夏后之王，烧增薮，焚沛泽不益民之利。”“烧山林，破增薮，焚沛泽，猛兽众也；童山竭泽，君智不足也。”客观地分析了前人破坏自然环境的原因。《管子》认为：“山林菹泽草莱者，薪蒸之所出，牺牲之所起也，故使民求之，故使民籍之，因以给之。”十分明确地指出了山林蒌泽等自然生物资源对于人民生活的重要性。《管子》的作者还把这种资源连同作物和牲畜一起，用来衡量一个国家是否富足的依据。即所谓“行其山泽，观其桑麻，计其六畜之产，而贫富之国可知也”。《管子》甚至认为，“为人君而不能谨守山林菹泽草莱，不可以立为天下王。”充分反映当时人们对“山林菹泽”的重视，以及渴望管理好它们的良好愿望。
为了管理和保护好生物资源，春秋战国时期的一些睿智之士和著名的政治家曾对一些破坏生物资源的愚昧、错误行为作了坚决的斗争。《国语·鲁语》记载，在夏天的时候，鲁宣公到泗水捕鱼。大夫里革听说后，赶到泗水边，把鲁宣公的网弄断，然后扔掉。并对宣公说：“古者大寒降，土蛰发，水虞于是乎讲瑯罶，取名鱼，登川禽而尝之寝庙，行诸国人，助宣气也。鸟兽孕，水虫成，兽虞于是乎禁罝罗，错鱼鳖，以为夏犒，助生阜也。鸟兽成，水虫孕，水虞于是禁罝罣，设穽鄂，以实庙庖，畜功用也。且夫山不槎蘖，泽不伐夭；鱼禁鲲鲕，兽长麂；鸟翼卵，虫舍蚳蝝；蕃庶物也，古之训也。今鱼方别孕，不教鱼长，又行瑯罟，贪无艺也。”这段话的大意是，打渔狩猎要讲究时节，注意避开动物的繁殖期。要保护幼小的生物，让万物繁殖生息，蓬勃生长，这是古人的训诫。现在鱼类正处在繁殖期，你还撒网捕鱼，真是贪得无厌。鲁宣公听了里革的话后，表示虚心接受批评，并加以改正。
《左传》记载昭公十六年，郑国大旱，派屠击、祝款、竖柎去桑山求雨。他们在那里伐木，结果还是未能下雨。著名政治家子产听说后很气愤，认为：“有事于山，瑯山林也，而斩其木，其罪大矣。”他对这种愚昧的伐木求雨行为进行了严肃的批判，后来还对有关肇事者进行了严肃的惩罚，撤了他们的官职。
针对战国时期的一些不适当的渔猎方式，《吕氏春秋·义赏》指出：“竭泽而渔，岂不获得，而明年无鱼；焚薮而田，岂不获得，而明年无兽。诈伪之道，虽今偷可，後将无复，非长术也。”坚决反对竭泽而渔、焚薮而猎这种斩尽杀绝的短视做法。
为了合理利用好各种生物资源，许多学者纷纷提出一些保护生物资源，使之能永续利用的方法。《管子·八观》中认为：“山林虽近，草木虽美，宫室必有度，禁发必有时。”孟子似乎对森林自然更新的能力有所认识，他提出：“斧斤以时入山林，则材木不可胜用也。”众所周知，生物资源的重要特点就是能够再生、更新。一个成熟的森林群落，只要不是频繁过度地采伐，就能承受一定量的择伐而很快恢复的。孟子的这句名言正是提倡合理利用资源，已经关心到森林的动态消长平衡。荀子也提出要“斩伐养长不失其时”，“草木荣华滋硕之时，则斧斤不入山林，不夭其生，不绝其长也。”进一步阐发了孟子的资源保护思想。
随着人们认识的逐渐提高，春秋战国时期也逐步形成和完善了一套管理保护生物资源的职官和制度。《左传》记载：“山林之木，衡鹿守之；泽之萑蒲，舟鲛守之。”特别是《周礼》一书提到不少类似的职官。《周礼·地官·司徒》记载：“山虞，掌山林之政令，物为之厉而为之守禁。仲冬，斩阳木；仲夏，斩阴木。凡服耜，斩季材，以时入之。令万民斩材有期日。……凡窃木者有刑罚。”“泽虞，掌国泽之政令，为之厉禁，使其地之人守其财物。”“迹人，掌邦田之地政，为之厉禁而守之。凡田猎者受令焉。禁卵者，与其毒矢射者。”战国末年《吕氏春秋·上农》更提出了较为完善的法制观念。如“制四时之禁，山（非时）不敢伐木下材”。并按月令的方式制定一些适合的措施，如：
正月：禁止伐木。
二月：无焚山林。
三月：无伐桑柘。
四月：无伐大树。
五月：令民无割蓝以染。
六月：树木方盛，乃命虞人入山行木，无或斩木，不可以兴土功。
九月：草木黄落，乃伐薪为炭……鹰乃祭鸟，始用行戮。
这些论述以各个月份规定了保护生物资源的具体做法，以便有计划地利用好资源。它可能是战国时有关环保礼制和法律的综合，并作了进一步的通俗化。
1975年，我国的考古工作者在湖北云梦县睡虎地，发现了一批秦代竹简。其中有一段田律是这样写的：“春二月，毋敢伐山林及雍堤木；不夏月，毋敢夜草为灰，取生荔，麛卵，毋……毒鱼鳖，置罔网到七月而纵之。唯不幸死而伐绾（棺）享（椁）者，是不用时。”这段活的意思是：春天二月，不准烧草做肥料，不准采伐刚刚发芽的植物或猎取幼兽。不准毒鱼，也不准设置陷阱和网罗捕捉鸟兽，到七月才解除禁令。禁令期间，只有因死亡需要伐木制棺椁的，才不受此限制。这段田律是先秦有关保护森林和生物资源的具体法律条文，且与上述的文献记载有很多相似之处，贯穿着以时禁发的思想。
我国古代的环保主要是围绕生物资源进行的，其中心内容是强调以时禁发，永续利用，具有较大的合理性和可行性，它一直为后人所提倡，足见其充满生命力。
药用动、植物的研究
自从有了生产活动，劳动人民就开始积累起使用药物治疗疾病的经验。正如《淮南子·修务训》中所说：“古者民茹草饮水，采树木之实，食蠃娥之肉，时多疾病毒伤之害。于是神农乃始教民播种五谷，相土地宜燥湿肥硗高下；尝百草之滋味，水泉之甘苦，令民知所避就，当此之时，一日而遇七十毒。”这里的神农当然就是以往历代的生产者。他们在“尝百草”和采集药物的过程中，逐渐加深了对动、植物的生态环境、形态特征、药用性质等的认识，形成我国古代独具特色的本草学。它是我国传统生物学的主要组成部分。