《本草衍义》的作者寇宗奭是一位药材辨验的专家，同时也是阅历广泛的学者。他善于观察，勤于思考，特别推崇孔子所说“君子有所不知，盖缺如也。妄乱穿凿，恐误后学”的实事求是态度。正因为如此，使他的著作在生物观察、纠正前人的不实之词方面显示了较高水平。
在动物方面，作者通过实地观察，证实前人所谓有三足虾蛛（蛤蟆）和鸬鹚繁殖时“口吐其雏”的说法都属无稽之谈。
在植物方面，作者能抓住植物的一些具体特征去辨别。如用茎和叶脉之间的不同，区分兰和泽兰。对寄生植物如菟丝子和桑寄生根的着生方式有出色的观察。对植物生长、发育、生殖、分布现象都加以关注和探索。他注意到百合的珠芽，指出这种“子”不生长在花中，对这种不花而“实”的现象表示困惑。他还仔细地比较了植物须根与块根的形态差别。他曾通过简单的解剖实验来加深对花的认识；观察到今天称之为无限花序的一些特征。作者还用花的差异来区别植物。《图经本草》在描述酸浆时，只谈到它的果实，而《本草衍义》则谈到种子。类似的例子还见于“榧实”等植物的记述中。在种子的传播和植物营养繁殖方面，寇宗奭也作过细致的观察。如书中“蒲公草”条说：“四时常有花，花罢作絮，絮中有子，落处即生。所以庭院亦有者，盖因风而来也。”在“白杨”、“景天”等条下，他记述了这些植物的营养体极易生根，指出这是它们容易繁殖发展的原因。此外，《本草衍义》还记述了不少生物节律现象、性别知识等，这些在古代植物学发展史中都有深远的影响。
进入南宋以后，在生物学方面值得一提的本草学著作是《绍兴校定经史证类备急本草》，这部著作的插图据说准确无比。除此之外，1220年王介著的《履巉岩本草》也是一部类似植物图鉴的著作。它收草药206种，配有彩图。由于作者善书画，该书的图也比较生动精确。
从上面简单的论述可以看出，唐、宋两代的药用生物学成就是很高的，对我国古代博物学的发展有极深远的影响。这些成就的取得，与当时文化、科学技术的发达，统治阶级的提倡，社会风气的影响，官修著作和私人作品的互相推动都有密切关系。
《离骚草木疏》
这部书是专就《离骚》中所涉及的草木加以注释。作者是南宋的吴仁杰，字斗南，河南人，淳熙进士，历官罗田县令、国子学录。书成于庆元三年（1197）。作者在书跋中写道：“少喜读离骚文，今老矣，犹时时手之。不但览其昌辞，还以其竭忠尽节，凛然有国士之风。每正冠敛衽，如见其人。凡芳草嘉木，一经品题者，谓皆可敬也。”所以他“按尔雅神农书所载，根茎华叶之相乱，名实之异同，悉本本元元，分别部居，次之于椠，荟萃成书，区以别矣。”这说明写作的目的是要继承《离骚》以芗草为忠正，莸草为小人的用意，把《离骚》所记草木“别流品，辨异同，薰莸即判，忠佞斯呈，用补刘杳旧疏之亡，因以畅其流芳遗臭之旨。庶几言者无罪，闻者足戒。”（清代鲍廷博语）所以，对所记草木55种，按芳草、嘉木到恶草的顺序排列。在前三卷列荪、芙蓉、菊、芝、蘭、石蘭、蕙芷、茞、杜蘅、蘼芜、杜若、芰、蘦；荼、薜荔、女萝、菌、茹、紫、华、瓜、莼、蘋、蒿、苴、蒌、、胡、绳、芭、茅、揭车、留夷；橘、桂、椒、松、柏、辛夷、木兰、莽草、楸、黄棘。第四卷列薋、、葹、艾、茅、萧、葛、篇、荠、樧，以表达存善去恶的寄意。最后列众竹中“最下”的篁竹。这种排列在分类没有什么意义，但就各卷的内容看，第一卷多记芳草，第二卷多记木类。草木有别。每卷中不少植物是按形态相近而排在一起，有一定的意义。更主要的是，在对各种具体植物形态描述和特征鉴别方面有所增益。
例如“荪”条，根据生活环境不同，把菖蒲区分为“生下湿地者曰泥昌、夏昌；生溪水中者，曰水昌；生石上者为石菖蒲”。对石昌蒲又按叶形、花色区分为三种：“生蜀地，叶作剑脊而无花，一也；生阳羡山中，不作剑脊有花而黄，二也；生茅山溪石上，亦不作剑脊而花紫，三也。”区分是很细致的。对兰与泽兰区分说：“兰草生于水傍，叶光润，尖长有歧，阴小紫，花红白而香，五六月盛。”“泽兰在水泽中及下湿地，苗高二三尺，叶尖，微有毛，不光润，方茎紫节，七月八月开花，带紫白色……”根据茎形和花色、花期区分兰科的兰草和唇形科的泽兰，是正确的。再如兰与蕙相似，以着花多少相区别：“至其发华（花）、一干一华而香有余者兰也，一干五七华而香不足者蕙也。”又对马兜铃科杜蘅的记载：“叶似葵，形如马蹄，以生山之阴水泽下湿地。”“似葵而香”、“根粗黄白色，春初于宿根上生苗，高二三寸，茎如麦藁粗细，每窠上有五七叶，或八九叶，别无枝蔓，又于叶茎间罅内芦头上，贴地生紫花，阇，结实如豆大，窠内有碎子，苗叶俱青。”对杜蘅的多年生草本、肉质茎、丛生叶、紫色花等特征，描述得十分清晰，并且将它与独茎四叶白花的及已和花深紫、味极辛的细辛相区别，也很恰当。书中对前人的误断也多有匡正，例如“樧”条：指出王逸把樧和与之相似的茱萸定为一种是错误的，认为樧应该是椒属的蔓椒即野椒；把艾与白蒿定为一种也是错误的，认为艾与白蒿只是相似，艾茎类蒿而叶背白，白蒿是叶上有白毛，似细艾。
《尔雅翼》
罗愿在南宋淳熙元年（1174）编著的《尔雅翼》，是继《埤雅》之后，对动、植物研究更为深入的重要专著。罗愿字端良，徽州歙县人。后学方回说他7岁就写过青草赋，“即冠，数日不妄下一语，精思如此”。孝宗时，为鄂州守，淳熙十二年卒。《尔雅翼》是他39岁时写成，96年后由王应麟刊印。王称这本书“即物精思，体用相涵，本末靡遗。”给予很高评价。《四库提要》也评价说此书“考据精博，体例谨严，在陆佃《埤雅》之上。”
关于这本书的写作，罗愿在自序中说：“因《尔雅》为资，略其训诂山川、星辰；研究动植，不为因循。观实于秋，现华于春，俯瞰渊鱼，仰察乌云，山川泉壤，遇物而欣。有不解者，谋及匆薪，农圃以为师，钓弋则亲。用相参伍，必得其真。此书之成，为《雅》羽翰。”对写作目的说得很清楚，写作态度非常可贵。
《尔雅翼》共三十二卷，编排是：“《释草》（八卷）、《释木》（四卷）、《释鸟》（五卷）、《释兽》（六卷）、《释虫》（四卷）、《释鱼》（五卷）。体例仍沿用《尔雅》。其中记草名120种、木名64种、鸟名58种、兽名85种、虫名40种、鱼名55种，共423种。接近《尔雅》名数，比《埤雅》多出很多。在考证上更加精细，引据精确，持论谨严，把当时知识与亲自经历和民间资料结合起来，把进行动植物名实考证，较前人有较大发展。
《释鱼》中记鳜鱼“巨口而细鳞，髻鬣皆圆，黄质章皮，厚而肉紧，取食小鱼。夏日好藏石罅中。”对形态和生活习性，记得都很具体。还注意到不同鱼类有不同食性：“鱼虽一类而所食不同：鲩惟食草，鳟食螺蚌，屿乃食鲩矣。”
《释木》记椰：“椰木似槟榔，无枝条，高十余寻。叶在其末，如束蒲。实大如瓠，系在树头，实外有皮，如胡桃，核里有肤，白如雪，厚半寸，猪膏味，美如胡桃。肤里有汁，升余，清如水，美如蜜，饮之可以愈渴，核作饮器。”从茎记到叶、从果外记到果内，剖析清楚，历历如绘。
《释草》纠正郭璞《尔雅注》所说女萝和菟丝是一物之误：“今女萝正青而细长，无杂蔓，长如带也”，“今兔丝田野墟落中甚多，皆浮生蓝麻蒿上”。对于旋花科菟丝子的寄生性说得很清楚。
《释虫》纠正郭璞、陆机、樊光把蜉蝣当成蜣螂的错误说法：“按今水上有虫，羽甚整，白露节后即群浮水上，以千百计。”忠实于自己的亲自观察。他还全面描述了果蠃，说果蠃就是细腰蜂。同意陶弘景所说的细腰蜂生子如粟米大，置房中，捕取草上蜘蛛或青虫塞满房中就封闭作为幼虫的食粮。认为陶氏之说“实当物理”。还公正地评论说：《诗经》的记载并没有错，只是说“果蠃负之”，并没有说视它变成自己的幼虫。显然这是很客观的。
《尔雅翼》在《释草》里对兰和蕙加以区分，认为它们虽然都是香草，但有明显区别：“兰茎叶似泽兰，广而长节，节中赤，高四五尺”，“兰之叶如莎，首春则茁生芽，长五六寸，其杪作一花，花甚芳香，大抵生深林之中”，“蕙，大抵如兰，花亦春开，兰先而蕙继之，皆柔荑。其端作花，兰一荑一花，蕙一荑五六花，香次于兰。”显然比《埤雅》所记更进了一步。
《尔雅翼》并不把马从兽中分出，而是在《释兽》的大类中，有更小的分类，也比《埤雅》更细致。这是重视实践的结果。作者考核动植物名实的目的，虽然仍是作为研究经义的辅助；但实际上，已把动植物形态和分类的研究向专门化和深入化推进了一步。
《昆虫草木略》
郑樵（1102～1160），字渔仲，福建莆田人，是宋代著名史学家、博物学家。著有《尔雅注》三卷，在当时是一部很有见解的《尔雅》注本。但他的主要著作是多达二百卷的《通志》。这部著作主要是想集天下之书为一书，通古今之史为一史，以通史的形式记载历史上包罗万象的史事。《通志》一书的精华，在于二十略，二十略中有八略是郑樵首创的。其中的《昆虫草木略》专门研究动植物学。
郑樵在自序中说自己“少好读书，无涉世意，又好泉石，有慕弘景心。结茅夹漈山中，与田夫野老往来，与夜鹤晓猿杂处。不问飞潜动植，皆欲究其情性。”表达了他对自然和生物的喜爱和对自然界动、植物的具体观察。他认为当代“学者操穷理尽性之说，以虚无为宗，实学置而不问”是不对的。他主张实学，特别推崇学诗，认为“乐之本在诗，诗之本在声……声之本在兴。鸟兽草木乃发兴之本”。他说自己释诗深究鸟兽草木之名，是为了明孔子教小子之意。这就把鸟兽草木之学提到了一个相当重要的位置。他认为“不识雎鸠则安知河洲之趣与关关之声”、“不识鸟兽之情况，则安知诗人关关呦呦之兴。”“不识草木之精神，则安知诗人勃然沃若之兴乎。”他赞赏陆机《毛诗鸟兽草木虫鱼疏》之作，但嫌它支离；他称赞《尔雅》为名物之宗，但觉得它失之希广。他深刻地指出：“儒生家多不识田野之物，农圃人多不识诗书之旨，二者无由参合，遂使鸟兽草木之学不传。”这种分析，无疑是十分正确的。因此，他说：“凡学之者，务在识真。”应该是“已得鸟兽草木之真，然后传诗；已得诗人之兴，然后释《尔雅》。”他著《昆虫草木略》就是为了会同。说明他研究自然界的鸟兽草木是为了社会的诗教，研究的根本要求是求真。强调社会教育效益，强调真实。这种认识，是可贵的。
《昆虫草木略》不仅从理论上提出了考核着录名物的一些基本原则，并在著作中运用和证实了这些原则。
首先，强调明名。郑樵在自序中说：“夫物之难明者为其名之难明也。名之难名者谓五方之名既不同，而古今之言亦自差别。是以此书尤详其名焉。”他力求对各种动、植物的正名、俗名、地方名和前人曾定名，尽可能集中起来，然后对照实物求得统一。例如：
《草类》：“芎曰胡、曰香果。关中者，曰白京；蜀道者，曰川芎。”“蛇床曰蛇粟、曰盱、曰马。《尔雅》所谓旰虺也。”指出它的特征是：“花白，子如黍粒，叶似芎而细，亦香。故有墙蘼之名焉。”“天名精”条，甚至列有“曰麦句姜、曰虾蟆兰、曰豕首、曰天门精、曰彘、曰蟾蜍兰、曰、曰茢薽、曰豨首、曰天蔓精、曰鹿活草、曰刘草、俗曰豨莶，又云大杴，又云地菘，《尔雅》云茢薽、豕首”等十七个别名，还引《异苑》所记刘宋青州刘僵射的故事以说明得别名的由来。“泽兰”条列：“曰虎兰、曰龙枣、曰虎蒲、曰水香、曰都梁香”等别名后，指出其特征和生境是：“如兰而茎方，叶不润，生于水中”，以解释取名的原因。
在对动植物区别分类和考证物名时，《昆虫草木略》重实地调查，在性状和习性的描记上也很精细。如：“虫鱼类”关于蝉的记述：“今就而验之有四、五种：有大如雀、黑色，其鸣震岩谷者是《尔雅》所谓蝒马蝉是也；五月以前鸣者，似大蝇而差大，青色或有红者，夜在草上，日在木上，声小而清亮，此则正谓之蜩；七月以后鸣者，似，色亦班，此则正谓之蝉，亦名蟟……立秋已后，青红二色者尽无之矣，独斑蝉盛焉。”这里，着重从形态、体色、习性和生态综合区分，相当科学。书中还指出：“蝉之类多，《尔雅》及他书多谬，惟陶弘景之注近之”。但他也指出陶说“七、八月鸣者，色青名蟟”是错误的，并指出产生错误的原因是“据当时所用之名物而言之，医家多用蝉蜕，而很有用蝉者。故不亲识其所用之名物，以意测度，又寻经引传以释之尔。”还指出：“万物之理若非的识其情状求之经传，展转生讹。况《尔雅》《玉篇》何可尽信。旧云蝉是蜣螂所转丸久而化成，至夏便登木而蜕，此说非也。”这种重视实证的科学求真态度，是非常可贵的。