在修建雀离大清净寺之前，龟兹国就在北山一带开始了开凿石窟寺群的巨大工程。
石窟一词来源于古印度，石窟是佛坐禅、修行的地方，后来成为佛徒僧众修行礼拜的场所。印度最早的石窟是开凿于公元前三世纪的阿旃陀石窟，继这座佛教石窟的开山之作以后，印度陆续建造了上百座石窟。
玄奘法师曾亲临印度阿旃陀石窟，他对这座举世闻名的佛教圣地作过这样的描写：国东有大山，叠岭连嶂，重峦绝峭，佛寺就建在幽谷之中，殿高院深，疏崖枕峰，重阁层台，背岩面壑……
庙宇的大精舍高达百余尺，里面的大佛像高七十余尺，上有石盖七重，虚悬着却掉不下来，据先圣们介绍说，这是因罗汉之力撑持的结果。精舍的四壁上，雕镂绘画着佛和菩萨修行的故事。佛寺门外南北左右各立一座石象，当地的人们介绍说：这些象有时大声吼叫，大地都为之震动……
据玄奘的上述记载，石窟寺对僧徒信众来说有神秘感，故尔更有吸引力。
佛教传人龟兹，随之也传来佛教教义的载体石窟寺。于是，龟兹人就以阿旃陀石窟为楷模和范本，开凿了自己的石窟寺群。从而，留下了一笔巨大的文化遗产。
佛教在龟兹如鱼得水，迅速盛行起来，这与它所处的地理位置有直接关系。
龟兹虽然北靠雪山南临沙漠，属于干旱多风沙地区，环境相对封闭。也正因为如此，它就成了丝绸之路上令长途跋涉者向往和依恋的一片温馨的绿洲。
龟兹的小环境，其实是得天独厚的。境内有四条河流，一是白马河（今木札提河），流经龟兹，拐了几个弯后注入塔里木河；二是《魏书》中之计戍河，《水经注》中之北河，即今塔里木河，流经龟兹南部；三是《水经注》中之龟兹川水，即今库车河，出天山河口后经雀尔塔格山进入龟兹；四是《水经注》中之姑墨川、《四夷路程》中之拨换河，即今之阿克苏河，是龟兹西部的一条大河。除这四条大河外，龟兹还有一些小河。沟渠纵横，水系密集，使龟兹成为一个农牧业发达，社会富庶的地方。
从龟兹向西，沿喀什噶尔河或通过帕米尔高原，可到达中亚锡尔河中游和阿姆河中游地区。从龟兹向东，沿塔里木河经楼兰（鄯善）进玉门，或经焉耆转道高昌（今吐鲁番）进玉门，与中原地区相通。龟兹以北虽然是高耸入云的天山山脉，但山脉中有几处隘口山道与中亚和乌孙（伊犁地区）来往，乌孙公主弟史就是从天山隘口近道经龟兹去长安的。自龟兹往南，沿和田河越塔克拉玛干沙漠可到达于阗。虽然道路艰险，但却四通八达。地处十字路口的龟兹，不仅是丝绸之路商业贸易的通道，也是佛教西来东传的文化通道。所以，佛教的兴衰和余韵，在龟兹古国就显得源流相继，格外悠长。
龟兹石窟群奇观
走进一个个洞窟，犹如进入一个个历史时代。
每一个洞窟，都是一个时代精神的符号，一个文化实体的摹本，一个历史文明的缩影。人们可以从中解读出迥然不同的美学代码：雄浑的两汉，狂放的魏晋，拙朴的北朝，富丽的隋唐，理性的宋，神秘的元……
塔里木河这位历史巨人，曾为每一个时代的演进推波助澜，为每一个文明的结晶鼓号呐喊。
塔里木河造就了龟兹石窟群，滋育着一个世界奇观。
塔里木河是龟兹古代文明的摇篮。
充沛的水源、发达的农业、优越的物质基础，为龟兹文明的高度发展提供了条件。公元383年，前秦苻坚派大将吕光攻入龟兹，“见宫室壮丽……家有蒲桃酒，或至千斛，经十年不败”，“龟兹居三十六国之中，天骥龙骑，腰裹丹髦，万计盈厩”。《汉书》和《魏书》等文献，记载了龟兹出产铜、铁、铅、黄金，能铸铁。《水经注·河水篇》引释氏道安《西域记》云：“屈茨（龟兹异译）北二百里有山，夜则光明，昼日但烟，人取此山石炭，冶此山铁，恒充三十六国用。”社会的富庶，支撑起佛教的隆盛，先进的手工业，提供了开凿石窟的锐利工具。正因为如此，才能在山清水秀的悬崖峭壁上开凿气势宏大的石窟寺群；也才能使佛教造型艺术精益求精，发扬光大。
龟兹石窟与敦煌莫高窟、洛阳龙门石窟和大同云冈石窟齐名，而又独树一帜。它建筑在塞外荒漠之上，这本身就是一个奇迹。
龟兹石窟群已编号的洞窟总数为570多个，由克孜尔于佛洞、库木比拉千佛洞、森木塞姆千佛洞、克孜尔尕哈千佛洞以及玛札伯特、台台尔等千佛洞组成。千佛洞是石窟寺的俗称，这些石窟构筑了规模巨大、建筑宏伟、体系完整、内容丰富、艺术精美、技巧高超的龟兹艺术宝库。
上列这些石窟寺的名称，并非原有，显然是近代维吾尔人根据地形情状而加的。如克孜尔是维吾尔语红色的意思，大概是石窟坐落的雀尔塔格山呈赫红色，在朝晖夕照中将山脚下的木札提河映成胭脂红，故而得名“克孜尔”千佛洞。库木吐拉意为“沙漠中的烽火台”，这里断崖千尺，临流据险，气象嵯峨，在绝壁和叠嶂后面沙漠中耸立着高大的烽火台，所以叫“库木吐拉”千佛洞。森木塞姆是维吾尔语细水流出的意思，石窟开凿在犬牙交错的崖壁上，山沟里芦苇丛生，有小溪流过，因此得名“森木塞姆”
千佛洞。克孜尔尕哈是维语“姑娘留在这里”的意思，这里流传着一位姑娘遇害的故事，是后来维吾尔民间附会的传说，故取名“克孜尔尕哈”千佛洞。
龟兹石窟群主要由以上四处石窟组成，其中克孜尔于佛洞规模最大、洞窟最多、保存壁画一万平方米，是龟兹石窟群的主体。
石窟是由佛寺建筑、雕塑、壁画组成的相互关联、有机结合的整体。洞窟形制多种多样，有供礼拜的大像窟和中心柱窟，有供高僧讲经说法的精舍，有供禅僧坐禅的禅窟以及贮存粮食物品的仓库等等，整个石窟俨然是一个可供僧尼礼佛、讲经、坐禅和起居生活的小社会。许多这样的石窟就构成了庞大的龟兹石窟群。
石窟寺中雕塑、壁画的题材，包括佛、菩萨、佛徒四众、天龙八部、四相图、天象图、飞天、天宫伎乐、佛传故事、本生故事、因缘故事、经变图画等，还有大量动物花鸟、山水树木、供养人像、装饰图案以及农耕畜牧、狩猎乘骑、舟船车辆、窟寺建筑等等，是古代龟兹社会生活和佛教幻景的大千世界。每一个走进洞窟的人，都会感觉到被包围在浓厚的佛界气氛中。
走进克孜尔千佛洞的大像窟，一下子就走进了近两千年之前的东汉。这是龟兹石窟普遍建造的大像窟，露天的大龛依山而开，龛正面有大立佛一尊。左右侧壁，分别塑造的绘制佛像三至五列。宏伟的外殿高达20米，抬头仰望，穹形窟顶画满了伎乐飞天，色彩斑斓，气韵生动，仿佛那美妙的仙界乐音还在穹顶震响、天际缭绕。
这些装饰在宗教项链上的虚幻的花朵，给人们以极大的心理安抚和精神慰藉，使他们把希望寄托于来世的天国。远离动乱的魏晋南北朝的龟兹，僧徒和艺术家以一种与中原不同的愉快美好的心理和超脱的形式来表现佛教教义，在石窟寺中造成一个和谐优美而令人心醉神迷的艺术境界，洋溢出自由潇洒的艺术情趣和风情万种的生活气息。
那高大的内殿是中心柱窟，是僧众佛徒的礼佛窟。前室绘有佛像、菩萨和护法诸神，后室及左右甬道绘着供养菩萨、伎乐天人，壁龛和侧壁则是色彩鲜艳的佛传、本生、因缘故事画和菱格图案。后室的涅槃台上，是十几米长的佛祖释迦牟尼涅槃像，后壁有与雕塑涅槃像连为一体的绘画涅粲像和举哀弟子、天人、飞天、花幔等，用的是红黑绿蓝等热烈鲜明的色调。几个举哀弟子像排列在佛像身后，一个个以45度向外倾斜，这不平衡的姿势大大增加了弟子对佛陀亲切而悲痛的感情强度和宗教庄严肃穆的浓重气氛。
克孜尔石窟在表现佛涅槃时，重点绘画出许多“伎乐天”和“飞天”，这是表现对佛涅槊的礼赞和供养。佛教解释涅槃是解脱和快乐。佛涅槃时的形象十分宁静安详，这是为了说明死亡并不可怕，而是一种成功。这种违背常理的说教难于使人信服，所以佛经佛画对涅粲的描绘就不吝笔墨，极力宣扬涅槃的美妙。在克孜尔石窟壁画“焚棺图”中，三位乐伎和天人脸上无沮丧的表情，奏乐时气氛热烈，与其说是悼念涅粲的佛，不如说是高奏赞歌，称颂佛涅槃后的新生。整个画面香花飞散，宝珠飘逸，乐声欢快，歌舞翩跹，完全压倒了悲哀的气氛。
克孜尔石窟随处可见的乐舞图和飞天，都呈现出热烈欢快的情绪。正如《通典》所记述的，那些乐舞或踊或跃，乍动乍息，跻足弹指，撼头弄目，情发于中，不能自止。盛行于龟兹的“胡旋舞”、“胡腾舞”，仿佛随时都能飞旋、腾跃而起，从墙壁中飞出来。那造型优美、千姿百态的飞天，给森严肃穆的佛国世界带来一派生机，她从远方仙界飞来，飘飘洒洒，气象万千；她祥和自如，亲切动人，凝视着大地，飞翔于太空。身上长长的飘带柔和而有力，犹如七色彩虹；躯体如一弯新月，轻盈婀娜，赤裸的双足舒展着，抚摸着天际的云朵。她永远活泼轻松，自由自在，胸前的披巾璎珞已包不住她丰满的身体，她要飞出佛国禁地，到那金色的塔克拉玛干沙漠和蔚蓝的塔里木河上翱翔……
这些石窟殿堂，精妙的雕塑绘画，既是对神灵佛性的一曲响遏行云的颂歌，又是对人情世俗的大气磅礴的抒写。这些形象的历史符号，揭开了祖先的心灵奥秘，激活了时代文明四溅的火花。
石窟寺壁画中，佛传故事和本生故事占很大比例，佛传故事又叫佛本行故事，主要表现释迦牟尼降生、宫中生活、出家、降魔成道、转法轮、涅槃等一生的事迹。佛本生故事则表现佛转世前的善行。克孜尔石窟寺的主室是礼佛窟，一般都把佛传故事即佛祖一生的事迹画在正面和两旁的墙壁上，以便于僧尼信徒以平视的角度观看，一目了然。把佛本生故事即佛转世前的事迹绘在洞窟顶部，使僧众仰视才能看到，制造一种崇高神秘、具有威慑力的效果。石窟中精心设计、不厌其烦地用壁画这种艺术形式，形象地歌颂佛的德行，渲染佛的伟大，其目的就是要求信徒们也像佛那样，在今世和累世修行积德，种下善业，以成正果。这种诱惑就压倒了人问烟火，世俗男女的诱惑。否则佛教就不可能成为西域诸国的国教。
佛本生故事画非常生动且极富哲理，这类题材虽然在佛教艺术中是常见的，但克孜尔千佛洞壁画主要是小乘佛教内容，反映佛的成功并非易事，要经过长期艰苦努力，要累世修行，反复转生，一点一滴地积集功德，才能修成正果。这些壁画正是通过佛祖修诸难行苦行的种种情景，给信徒提供一个仿效的典范。
最有代表性的是《萨捶那太子舍身饲虎图》，表现的是太子投身饲虎的画面。这是一个惊心动魄的故事：国王有三个儿子，最小的儿子叫萨堙那。一天三位王子出外游玩，在山谷中发现几只出生不久的小虎，围着一只母虎嗷嗷待哺。画面上的母虎由于饥饿瘦得皮包骨头，奄奄一息。死亡正向虎母子逼近，为了活下去，老虎可能要吃掉小虎，或者一齐死掉。三位太子非常焦急，不忍目睹，但又想不出拯救老虎生命的办法。萨捶那想：“我应该救活他们，用我的身体去解救世上苦难的生灵。”他决心下定，顿时感到精神振奋，就让两位哥哥先走，自己留了下来。萨捶那脱下衣服，躺在老虎身旁。但母虎濒于死亡，连吃肉的力气都没有了。于是，萨缍那找到一根锐利的尖木头，刺破血管，让老虎舐他的血。这时突然大地震动，太阳无光，狂风怒吼，河浪滔天。天神为之祈祷赞颂，无数奇妙香花缤纷落地，布满山谷。老虎慢慢恢复了体力，吃完了萨垤那的血肉，喂饱了几只小虎。两个哥哥走出很远不见弟弟赶来，就返回山谷去寻找。这时映人他们眼帘的是弟弟血迹斑斑的衣服和一堆尸骨，他们放声痛哭悔不该让弟弟一人留下，葬身虎口。国王和王后得知噩耗后，更是痛不欲生。一位天神从空中来到国王和王后面前，劝他们不要过分悲痛。国王和王后问道：“你是何神？”天神回答说：“我就是你们的小儿子萨堙那，我舍身救虎，升到天界。世间法道，生必有终，生前作恶，死入地狱，生前为善，死后升天。”国王和王后受到启示，就把儿子的尸骨放入舍利盒中，建高塔安葬，永久纪念。
佛本生故事画，每个画面都倾诉着一个令人震撼的故事。