一次意想不到的机会等待着赛义德。当他率领五千士兵占领阿图什后，决定把家属、辎重留下，轻装突击喀什城。喀什城没有攻下，他相机直奔英吉沙，顺利的攻占了英吉沙。这样，就把喀什噶尔苏丹的势力分别割断在喀什噶尔河和叶尔羌河一带。奇怪的是，听到英吉沙失陷的消息后，喀什守军竞自动撤出城防，投降了赛义德。正在叶尔羌城检阅新征集军队的喀什噶尔苏丹，闻讯后也弃城逃跑。赛义德自己都没想到，竟这么轻而易举地就占领了叶尔羌和喀什噶尔。
这位仓皇逃跑的喀什噶尔苏丹，正是前文提到用九百头骡子驮着金银财宝逃进昆仑山的阿巴拜克。据《拉失德史》记载：“阿巴拜克统治着叶尔羌、喀什噶尔，他是一个非常残暴的人，他的残暴简直令人毛骨悚然。现在他已接近七十岁了，他掘毁了叶尔羌老城，寻得了藏匿于地下的大批珍宝。他摧毁喀什噶尔城，挖出了大批金银，他掘毁了和田城，发现了二十七处地窖，每个地窖都有一个大缸，里边堆放的全是黄金。”
阿巴拜克苏丹不仅以违令迁徙的罪名将三千人断肢，还亲自下令将自己的两个儿子处死。他居然别出心裁，效仿基督教传说中处死耶稣的办法，将自己的胞弟用铁钉钉死在一个木十字架上。
阿巴拜克逃亡时丢弃和遗留下许多金银宝物，当时缴获这些战利品的正是现在的叶尔羌汗王赛义德。
随后，叶尔羌汗国统领了塔里木河流域全部地区，它的疆土还包括中亚的巴尔喀什湖以南地区、伊赛克湖地区、费尔干盆地以及巴达克山和瓦罕地区，把吉尔吉斯斯坦、哈萨克斯坦一部及阿富汗边境地区都纳入叶尔羌汗国的版图。
赛义德在首府叶尔羌城，踏着白毡毯登上叶尔羌汗国可汗的宝座后，首先想到了吐鲁番苏丹满苏尔，他们是亲兄弟，又是政治、军事争纷的对手。赛义德首先以胜利者的姿态主动传出信息，表示愿意与兄和好。满苏尔在吐鲁番正处于孤立境地，东部与明朝政府因争夺哈密而反目，南面与强大的叶尔羌汗国的可汗、亲弟弟赛义德为汗位征战而成仇。在困境中得到赛义德的好意后，立即响应并表示臣服。二人于是很快在阿克苏和库车之间的新和境内戈壁滩上会面，举行了和解仪式后就各自返回驻地。作为亲兄弟，这次会见虽不能彻底消除早已存在的介蒂，但作为对手，则有了明显缓和，双方解除了交战状态。
赛义德不仅英勇善战，武艺高强，而且精通音律，长于治理国家。他在塔里木河源流叶尔羌河、和田河、阿克苏河一带，大力发展农业，开挖灌渠，经济形势空前好转。《拉失德史》称赞赛义德“将王国治理得四境翕然，上自达官贵人，下至市井小民，都礼乐非凡，高枕无忧。”这说明他是一个开明君主，给长期战乱的塔里木河流域地区提供了一个休养生息的机会，使衰败凋敝的经济文化得到复苏。
赛义德对汗国境内的畜牧业也很关心，他于1513年视察了哈萨克族的哈斯木汗部落，受到隆重接待。哈斯木汗对他说：“我们是草原上的人，财物礼仪无所有，最有价值的就是马群，：最好的食品就是肉类，最可口的饮料就是马奶。我们这里既无花园，也无房屋建筑，我们的主要消遣就是检阅我们的畜群。”哈斯木汗请赛义德检阅了马群，并牵出两匹马来说：“我们是生活在马背上的民族，这是我最心爱的两匹马，其价值可以抵得上整个马群。我不能说这两匹马中那一匹更好。我请您从这两匹马中挑选一匹，把另一匹留给我吧。”哈斯木汗又在马群中挑选了一些好马，送给赛义德可汗。
如果说赛义德在伊犁河谷和巴尔喀什湖一带的哈萨克部落中间，只建立了象征性的统治，那么对帕米尔高原以至到伊赛克湖附近的柯尔克孜族，则实行的是名副其实的统治，叶尔羌汗国派驻了军队，并在今吉尔吉斯斯坦境内设置了汗国的行政中心，在各柯尔克孜部落中征收各种赋税。
赛义德毕竟是一位以推行伊斯兰“圣战”而建国的可汗，所以在他解决了北部吐鲁番的后顾之忧后，又开始了征讨克什米尔的“圣战”。克什米尔就是古代佛教圣地厨宾，龟兹名僧鸠摩罗什少年时代就曾在这里学法。赛义德攻下克什米尔后，又被驱逐出来。赛义德失败返回，在拉达克山停留期间，因高山反应而患重病，结果于1533年死于返回叶尔羌的途中。
这时，一颗明星升起，学者兼艺术家拉失德继承了汗位。
拉失德是叶尔羌前汗王赛义德的长子。
拉失德在继承汗位之前，一直担任阿克苏地方官，担负着对抗吐鲁番苏丹的责任，满苏尔对叶尔羌汗国的友好和臣服，其中都有拉失德发挥的作用。
拉失德不是一个热衷“圣战”和开拓疆土的黩武主义者，而是一个善于文治的汗王。
伊斯兰教文献这样评价叶尔羌汗国的新可汗：“他是一个学问渊博、雷厉风行的可汗。他是诗人，是乐师。他熟识波斯文、突厥文诗歌。懂得希腊音乐。他创作了《依西来特·安格孜》木卡姆。”木卡姆是维吾尔族著名音乐套曲，由十二套木卡姆组成，拉失德创作的是十二木卡姆之一。
他参加诗人和音乐家的聚会，倾听各种流派的伊斯兰神学家们的学术辩论，它对艺术和学术问题很感兴趣。他对文化的重视和参与，吸引了各地许多诗人、艺术家和学者，叶尔羌城很快就成了一个文化中心。
拉失德的名字，与维吾尔族文化史上的两大成果联系在一起。一是他组织和领导了维吾尔族《十二木卡姆》的组编、规范和修订工作，为人类留下了一部珍贵的音乐瑰宝。二是由米尔札·海答尔编著了一部《拉失德史》，成为十五世纪塔里木河流域以至整个中亚历史的最珍贵的资料。
吐鲁番苏丹满苏尔曾趁其弟赛义德逝世之机，出兵进攻阿克苏，拉失德率军迎战，取得了胜利，满苏尔无功而返。后来，拉失德最终派出叶尔羌汗国的官员，取得了对吐鲁番地区的统治权。
当时的叶尔羌城是汗国的政治经济文化中心，它位于叶尔羌河畔的冲积平原上，水利资源丰富，土地肥沃。在开阔的绿洲上，种植了大面积的小麦、水稻、棉花、豆黍和瓜果。叶尔羌城，被无数村庄所包围。作为首府的叶尔羌城，商业大街长达十里，城有六门，城内街巷交错，店铺林立，手工业作坊一家挨着一家。居民屋宇毗连，多有池塘。巨大的贸易集市被维吾尔人称作“巴札尔”，集日时“货若云屯”，“人如蜂聚，奇珍异宝，往往有之，牲畜果品，尤不可枚举。”耶稣会教士鄂本笃于1603年经过叶尔羌时，这里还是一个很大的商业中心，国王任命专人管理商贩。鄂本笃从国王那里领到通行证，使他顺利地沿着叶尔羌河到阿克苏的古道，转往罗布泊一带进入河西走廊。
除叶尔羌之外，和田河绿洲也是一个大规模的农业经济区。喀什噶尔城建起了高大的城垣，贸易市场“极繁盛”。阿克苏“地当孔道”，“内外商民，外番贸易，鳞集星萃，街市纷纭。：每逢‘八栅尔’（即巴扎尔）会期，摩肩雨汗，货如雾拥”。罗布泊畔的辟展（即鄯善）“傍崖为城，周里许，居民鳞接，商贾辐辏”。再往东到哈密，“西关外，商贾云集，百货俱备，居然一大都会也。”
这一时期的塔木河流域各绿洲，经济、文化都得到较大的发展。
拉失德汗死于1570年，他之后的一些汗国继承人，使强盛一时的叶尔羌汗国出现了各种冲突和衰落。
拉失德四子里提夫继承汗位后，主管吐鲁番事务的官员脱离了叶尔羌汗国。帕米尔高原的柯尔克孜人，也中断了对叶尔羌汗国的臣服关系。叶尔羌汗国设置在伊赛克湖一带的行政中心，也随之废弃了。伊犁河谷和巴尔喀什湖地区的哈萨克部族，原属叶尔羌汗国的统治权也相继被天山以北日益强大的新兴汗国——准噶尔汗国所取代。
拥有中亚和新疆广大地区、延续了164年之久的叶尔羌汗国，只剩下了塔里木河流域地区。这最后的一幕也于1678年结束，在挽歌声中徐徐落下了叶尔羌汗国的帷幕。
智慧双星
维吾尔文化光芒四射的巨星，双双升起在喀什噶尔河上，璀璨的光辉在塔里木河上流泻闪耀。在葱岭以西，它的光照辐射到中亚、西亚和欧州。这就是维吾尔文化的杰出代表作《福乐智慧》和《突厥语大词典》。
这智慧的双星，是维吾尔人民的骄傲，是塔里木文明的瑰宝。
十世纪末响彻葱岭东西两侧的喀拉汗王朝“圣战”者的厮杀声，开辟了西域政治历史的新环境，也给维吾尔文化的勃兴增添了新内容。从此，就出现了维吾尔文化硕果累累的时期。
《福乐智慧》和《突厥语大词典》，都是十一世纪下半叶塔里木河文明的结晶。
《福乐智慧》是一部长篇韵文巨著，全书八十五章，一万三千多行，成书时间大约是1070年，用回鹘之写成，是迄今所发现的我国少数民族文学中成书最早、规模最宏伟的一部诗作。它娴熟高超的艺术技巧，成为中亚、波斯以及埃及许多诗人的楷模。
这是一部长诗，但它的价值所在不仅因为它是文学作品，它所涉及的内容非常广阔，政治、经济、法律、伦理、宗教、文化、语言、教育、军事、外交，甚至天文、地理、数学、几何无所不包，从中实现了它的学术品位和历史价值。它堪称是一部融诗情与哲理为一体的百科全书。
这部巨著的结构方式颇为奇特，它以四个虚拟的象征性人物的对话，讨论了宇宙、社会、人生等内容。这四个人物分别是日出国王、月圆大臣（宰相）、贤明大臣（宰相之子）、隐士觉醒，作者在诗中对四个人物的象征意义，作了非常清楚的说明：日出国王象征着公正、法度，月圆大臣代表了欢乐、幸福，贤明大臣代表了智慧——提高了人的价值，我赋予隐士觉醒以“来世”的含义。
《福乐智慧》从回鹘文直译成汉文，就是“赐给幸福的知识”，可见这是一本重视和推崇知识的书，它反复告诉人们，无论伸张正义、献身真理、辨别善恶、认识生活、排除艰险、抑恶扬善，都必须依靠知识，知识就是智慧，智慧就是成功。
这是一部结构错综复杂，具有戏剧性、劝喻性、哲理性和象征性的长诗，它是从当时东方盛行的抒情诗和叙事诗中脱颖而出的新文体。它洋溢着浓郁的东方色彩，同时也蕴含着波斯、阿拉伯文化精神，印度佛教文化的积淀，古希腊戏剧美学的影响，汉文化的光影更是常常在诗中闪现。它是世界四大古老文化交汇十字路口的喀什噶尔的必然产物。
《福乐智慧》的作者是玉素甫·哈斯·哈吉甫，玉素甫是他的本名，下面的后缀是他身份的标志。哈斯意为“可信赖的人”，哈吉甫意为“宫廷侍臣”，这是喀拉汗王朝的汗王给他的封号。
玉素甫出生于喀拉汗王朝西部的巴拉沙衮，在汉文文献中称作碎叶，即今吉尔吉斯斯坦楚河河谷附近。曾担任过喀拉汗王朝的御前顾问。他写完《福乐智慧》之后，将这部巨著献给了喀什噶尔的统治者，喀拉汗王朝的副汗王“桃花石·布拉格汗·哈桑”。
玉素甫·哈斯·哈吉甫死后，在喀什噶尔为他修建了陵墓。
他的创作生涯，主要是在喀什噶尔河畔度过的。当时的喀拉汗王朝，已从草原游牧生活，进入定居绿洲的农业社会。据记载，喀什噶尔河流域，“飞渠走泉，方池圆沼”，引河入城，说明水利灌溉系统已很完善。肥沃的土地，发达的农业，给维吾尔文化注入活力，迎来维吾尔文化的第一个黄金时代。这就给玉素甫提供了创作沃土，也提供了成为天才诗人、！学者的条件。
玉素甫写宫廷饮宴，是那样的富足：“人们或斟大麦酒，或斟葡萄酒，或蜂蜜花汁，或玫瑰花露。”伊斯兰教是禁酒的，但对君王贵族却毫无约束力。“美者所在之处，应伴以佳酿，美食和佳酿相配，才食之酣畅。仅有美食而无佳酿，美食就如同毒药一样。”
对酒的渴望，透露出游牧民族固有难移的豪气。
伊斯兰教在血与火的搏斗中扩大自己的势力，诗人站在伊斯兰教徒的立场上，描绘“圣战”的狂热：
屯集重兵，发动圣战，
圣战中捐躯虽死犹生。
焚毁其家园，捣毁其佛像，
废墟上把清真寺教坊建成。
掳掠其子女，做你的奴婢，
缴获其财物，使宝库充盈。
要推行教典，为穆斯林开路。
如此，你才有赫赫威名。
诗人在这部巨著中表达的主题，是美德、知识和智慧。即“智慧是美德之本”、“具有知识就是美德”。他反复强调“一切善行全得益于知识”、“一切善事都须智慧把道路指引”。他热烈讴歌：“知识是你慈爱的亲人，智慧是你忠贞的朋友。”“知识好比炼丹炉，物质纳于其内；智慧好比王宫，财富集于其中”。他认为：“人与人之间存在着巨大的距离，这距离就在于有没有知识。”“有了知识，好比找到了上天的阶梯。”“获得了知识，就获得了幸福。”
“具有知识与智慧的人才有美德，有美德的人才可能有幸福”。
玉素甫对知识和智慧的热情赞歌，带有西方爱智哲学的色彩。从上述这些格言中，很容易引出西方一些哲学泰斗的著名论断。例如柏拉图的“智慧至上”、“知识至上”和“智慧是事物中最美的”，苏格拉底的“知识就是道德”等。特别是亚里士多德有更完整的论述：“灵魂的本身是爱好智慧，因为智慧是最高尚的知识，故对于真理的完全的认识，构成了专心智慧者死后所获的幸福。知识所获的报酬，是更完全的知识；而愚昧所获的惩罚，是更利害的愚昧……美德与智慧，实质上并无差别；美德之与智慧，或恶德之与愚昧，即如水与冰，其形虽殊，其质则一。”