他们向各地官员和宗教头目发出命令，要求准备鞍马、加固城池，喀什噶尔、叶尔羌、阿克苏、和田、拜城、库车等地，都卷入了叛乱。当时只有焉耆以北至罗布泊地区，没有附合。库车地方官员鄂对反对叛乱，投奔了清军，小和卓下令捕杀了鄂对全家。
当时从各地征集的士兵和民夫达十万之众，大小和卓的叛乱正式拉开了大幕。
小和卓反客为主，几乎取代了大和卓，成为叛乱的实际领袖。
清朝政府希望和平解决南疆问题，就派遣阿敏道为招抚使，前往招抚。刚到库车，阿敏道一行便惨遭小和卓的诱杀。
随即，小和卓组建了以阿帕克和卓家族为宗的汗国，自称“巴图尔汗”，“巴图尔”即英雄。雄心勃勃的小和卓，与清朝彻底决裂，摆开了势不两立的对抗局面。
此时的清朝政府惟有一战，不战则别无他路可寻。
1758年，清朝出动万人大军，由靖逆将军雅尔哈善率领，溯塔里木河而上，直逼库车城下。清军旗开得胜，叛军大部溃散，龟缩在库车城中的大小和卓只有八百名护兵，等于是自投罗网，兽困笼中。清军居功围守，却不乘胜聚而歼之。叛军首领大小和卓轻而易举地偷偷逃离库车城，雅尔哈善将军居然毫无所知。两个月后清军攻入库车，夺得的只是一座空城。
当时随行的前库车首领鄂对曾向雅尔哈善建议，在库车城西渭千河和库车河北山出口各伏兵一千，断绝大小和卓逃往阿克苏的去路，雅尔哈善不听，只知终日饮酒下棋，丧志失职，坐失良机。
雅尔哈善在军事上半途而废，为此，他付出了生命的代价——被清廷处死。
大小和卓从库车逃脱后到达阿克苏，该城阿奇木（行政长官）居然闭门不纳，无奈沿着阿克苏河，跨越托什干河转赴乌什，不料在乌什又吃了闭门羹。
最后，大和卓逃往喀什，以喀什噶尔河为天然屏障；小和卓逃往叶尔羌河畔，以坚固的叶尔羌城为防守的堡垒。
这时，清朝又任命刚刚平息了阿睦尔沙纳叛乱的名将兆惠，为天山南部平息叛乱的清军总指挥。
兆惠如有神助，先是阿克苏阿奇木投奔于他，接着和田又被招抚归降。兆惠将军喜出望外，即刻挥师西进，兵临叶尔羌城下。
这次兆惠将军急于求成，出师不利，由攻势而转为守势，不得不在叶尔羌河右岸结营固守。这段河流叫“喀拉苏”即“黑水”，所以清军也被称作“黑水营”。
几天后，清军渡叶尔羌河以取粮秣，不料兆惠所率千名骑兵中四百余骑通过叶尔羌河木桥时，桥梁突然断垮。叶尔羌城中叛军趁机出击，将分散的清军团团围住。
幸好清军在营中掘地找到了过去维吾尔人埋下的粮食，又引叶尔羌河有了饮水，还重演“草船借箭”之技，取敌人射人树木中的铅弹以补充军火。“黑水营”就这样坚守了三个月，在三支清军驰援部队的配合下，才解除重围，将残部撤回阿克苏。
清军吃一堑长一智，开始源源不断地向阿克苏集结部队。到1759年夏天，清军已在阿克苏拥有士兵三万，军马三万匹和骆驼一万峰，蓄积了足够强大的力量。
清军兵分两路，一路由阿克苏直驱喀什噶尔城下。另一路则沿和田河穿越塔克拉玛干沙漠，从和田折而西行，逼近叶尔羌城。
清军兵不血刃地进入喀什噶尔和叶尔羌城。大小和卓逃往帕米尔高原的崇山峻岭。
清军紧追不舍，直至巴达克山国境地。
这里地势险要，山水阻隔。叛军破釜沉舟，据险死守。
这时战场上出现了戏剧性变化，政治攻势发挥了神奇的作用。魏源在《圣武记》中说，归清的库车和阿克苏的阿奇木在山下大呼招降，一时间“降者蔽山而下，声如奔雷。小和卓手刃之，不能止也。凡降者回众万有二千，牲畜万计。，两和卓挚其妻孥旧仆三四百人走人巴达克山”。
巴达克山国的酋长依据清军的命令，追杀了大小和卓，将首级送交清军，同时还宣布，巴达克山国归附清朝政府。
大小和卓和叛乱结束了。
在这场闹剧落下帷幕时，需要公布一下这两个反面角色的名字。大和卓叫波罗泥都，小和卓叫霍集占。
天山南北完全统一清朝政府的行政管辖之下。清军进入喀什噶尔时，维吾尔族人扶老携幼夹道欢迎．，“争献牛酒”。柯尔克孜人也配合作战，归顺了清朝政府。
清军以交易的方式筹购军需，严厉制止宗教仇杀，使人民安居乐业。
在塔里木河源流及流域地区，由于连年战乱，水利失修，使用于农田灌溉的分导系统遭到严重破坏。清军和地方官员组织农民，挖渠筑堤，加固各条河流的永久性分导系统，不误季节地整治和修复大小渠道。
在干旱少雨的天山南部，水利是保证农业生产的第一件大事，农村各级官员的主要工作任务首推管水。这一时期清朝政府统一行政管理的主要成果，也表现在兴修水利方面。
据史料记载：“喀什噶尔河，出水素鲁克回庄以下分为数条大渠，其正河南流。入夏诸山雪水汇流而下，实为巨川。疏勒、伽师、巴楚，皆赖以灌溉焉。”经修整后的喀什噶尔河，都“分为渠，渠水流通，故绕园圃”。
在叶尔羌河流域，“雪水从山中流出，大河阔四五丈，至图木舒克地方，分流各处，回民开渠引水”。
和田城南五百里之地方，有小河一道，“各回庄开渠灌田，资其利焉”。
阿克苏河“在城南三十里，由克里代雅渠分支，长二百十里，宽二丈五尺，今灌田七万七千七十亩”。
库车之渭干河，“自北山出，环城南东流，回庄引渠灌田”。
开都河，“俗称通天河，源出北大雪山，经喀拉沙尔西门外五里，水势甚宽。回庄多开渠，引以灌田”。
乌什城西的托什于河，“东流分为二支，其官屯及回庄田亩，均资灌溉”。
《回疆图志》、《新疆图志》的这些记载，反映了天山以南农村，在平定了大小和卓叛乱后，清军在军队屯田的同时，帮助维吾尔人民发展农业生产，从喀什到阿克苏，从叶尔羌到和田，广泛开展了水利建设工程，恢复社会经济，使从战乱中走出来的人们得以休养生息。
清朝政府于1762年设置伊犁将军府，任命“总统伊犁等处将军”，统辖天山南北各地驻防官兵，兼管全新疆的行政事务，并统辖归附清朝的中亚及哈萨克各部。
伊犁将军是统一的天山南北的最高军事首领和最高行政长官。清廷任命的伊犁将军，由满族或蒙古贵族重臣担任。
天山南部在喀什噶尔设参赞大臣。喀什噶尔参赞大臣的全称是“总理回疆事务参赞大臣”，直接受伊犁将军统辖。
至此，清朝政府最终完成了重新统一新疆的伟大事业。
这时的新疆，被称为“西域新疆”。如1764年乾隆皇帝在答复有关增纂《大清一统志》事宜时说：“至西域新疆，拓地二万余里……其伊犁、叶尔羌、和田等处，现有总管将军及办事大臣驻扎者，亦与内地无殊，应将西域新疆，另纂在甘肃之后。”
这里把新疆与甘肃相提并论，看作是一个省的建制。后来，祁韵士写了一本《西陲总统事略》，经著名学者徐松改编后，于1820年进呈道光皇帝，赐名《钦定新疆识略》。这以后，“西域”、“西域新疆”就被“新疆”所取代。但新疆作为正式名称并正式成为一个行政省的建制，则是1884年才决定的。
香妃传奇
香妃是容妃的俗称，容妃是乾隆皇帝的爱妃。
容妃的名子叫伊帕尔罕，是自幼生活在叶尔羌河畔的维吾尔人。
她和哥哥图尔都是白山派和卓之后。上文提到的大小和卓，是阿帕克和卓之孙。而伊帕尔罕和图尔都，则是阿帕克和卓弟弟喀拉玛特的后裔。
在大小和卓掀起叛乱的恶浪时，图尔都持反对的态度。他还参加他五叔额色尹的队伍，暂时逃往柯尔克孜牧区避难。当清军进剿大小和卓时，图尔都追随五叔额色尹配合清军，攻占喀什噶尔、英吉沙等城，为平息叛乱、统一新疆立了功。
清朝政府让额色尹叔侄及其他平叛有功人员，于1760年后陆续来到北京，给予表彰。他们的家属，也随之到达北京。
乾隆皇帝召见了他们，分别给予册封。额色尹等因系和卓后裔，所以加封额色尹为辅国公，容妃的哥哥图尔都也封为一等“台吉”。乾隆皇帝不仅请额色尹、图尔都一行出席了“正大光明”
大殿的正月十五大宴，还下诏把他们安置京师，按照应得俸银，发给禄米，以资养赡。
随后，容妃与其他来京维吾尔上层人士的亲属，也远离世代居住的叶尔羌，沿着塔里木河进关，辗转到达京城。
容妃入宫后为贵人，她首次在宫中出现是乾隆二十六年（1761年）六月。当时福建巡抚进献的荔枝树结了许多荔枝，宫中后妃在接受皇帝分赏鲜荔枝时，容妃以和贵人的身份出现，时年27岁，乾隆50岁。
两年后，和贵人被册封为嫔，称为“容嫔”。据《清实录》记载：“册文日：尔和卓氏，秉心克稹，奉职帷勤，壶范端庄，礼客愉惋，深严拓馆，曾参三缫之仪，肃穆兰宫，允称九嫔之列，兹仰承皇太后慈谕，册尔为容嫔。”
接着，她的哥哥图尔都因“追论攻克喀什噶尔功”而被“晋封辅国公”。
容嫔每年宫分赏银三百两，物品也很多，在宫中颇为得宠。
乾隆皇帝南巡，同行后妃共六人，容嫔就排在皇后、令贵妃、庆妃之后。南巡苏、杭等地时的饮食，乾隆都按回部习俗，赏赐容妃奶酥油野鸭子、羊肚片、酒炖羊肉、鹿筋羊肉等80多个品种。
乾隆三十三年（1768年）容嫔35岁时，奉皇太后懿旨容嫔着升为妃。容妃平时在宫中穿着塔里木河流域维吾尔族服装，所以在封妃前夕专有行文为其传作冠服。“容妃封妃现元朝服、吉服，应赏给处，赏给。其项圈、耳坠、数珠，应添换之处，添换。”册文曰：“尔容嫔和卓氏，端谨持躬，柔嘉表则，秉小心而有恪，久勤服事于慈闱，供内职以无违，夙协箴规于女史，兹奉太后慈谕，册封尔为容妃。”乾隆皇帝东行巡视时，容妃仍在随行妃嫔之列。一路经过山东曲阜、泰山等地，乾隆在尊重容妃生活习俗上一如既往，赏赐给她羊肚丝、五香鸡、拌粉皮、拌老虎菜等清真食品五十多种。
在宫中，有回回厨师努尼马特专为容妃做菜，他用洋葱炒的名菜“滴非雅则”和“谷伦齐”（抓饭），受到皇帝赞赏。
尽管如此，容妃毕竟是叶尔羌河的女儿，她怀念故乡之情常常油然而生。《伊米德史》记载了这样一个故事：“有一位出生于叶尔羌的维吾尔女子，美丽无双，被官员们送给皇帝做妻子，深得皇帝的宠幸。有一天皇帝见她独自垂泪，就问她为何不乐。她回答说，家乡有一种树，叶子是银的，花是金的，开花时芳香无比。因怀念家乡，所以哭泣。”她说的那种树是沙枣树，塔里木河流域的沙枣树素有“金花银叶铁千千”之称，于是皇帝下令将沙枣树移到京城里来种植。
据记载，1765年时，乌什维吾尔农民将托什干河畔的沙枣树苗栽种在木桶里，奉驻防大臣和阿奇木伯克之命运往外地。因不明发送地点前往请示，反遭责骂毒打，再加上官员、伯克平日作威作福、欺压百姓，所以引发了一场声势浩大的农民暴动，这就是著名的乌什农民起义。
容妃怀念故乡的沙枣树无可非议，引起这场流血事件则是她始料未及的。
或许因为移往京城种植的沙枣树奇香无比，给人们留下了深刻的印象，所以就将容妃称作香妃。还有一种流行的说法，容妃“美姿色，生而体有异香，不假熏沐，固人因号之日香妃”。
在紫禁城西华门内武英殿的西北角，有一个小殿堂，上题“浴德堂”三个金字，堂内有一个秘密的暗室，是一座伊斯兰风格的穹窿顶式的建筑，北墙上留有一根水管，墙外有一座井亭，井台上还有一条石制水槽，如果将井水汲上倒人槽中，就可以从水管中流人暗室。“相传亦为香妃沐浴之处。盖帝欲藉种种以取悦其意，而稍杀其思乡之念也”。
容妃在后宫居住的宝月楼，也是乾隆皇帝为她专修的，在这里筑建礼拜寺，并让内附的一些维吾尔人居住在近旁，这些房舍遥遥相望，均为阿拉伯风格建筑。这种特殊安排，可见乾隆皇帝对维吾尔族有功人员的一片良苦用心。
容妃陪同乾隆到热河（今河北承德市）围猎，皇帝还专请宫廷洋画师郎世宁为她画过一幅肖像油画。
容妃死于乾隆五十三年（1788年），享年55岁。去世前一年，有容妃娘娘在御药房取药的记载，说明她已重病缠身。
容妃在宫中度过了28个春秋。她临死时，把毕生积存的全部衣物和首饰珠宝，分别赠送给朝夕相处的妃嫔、本宫子女和她娘家的叔叔、婶婶、嫂嫂、姐妹，对她们寄予无限的深情。
据记载，容妃死后，当年“奉移容妃金棺于纯惠皇贵妃园寝安葬，设神位于舒妃之次”。
嘉庆四年（1799年）乾隆皇帝死，葬在裕陵。纯惠皇贵妃的园寝就在裕陵之侧。容妃的棺木应在这里。裕陵为东陵，在今河北省遵化县。
关于香妃，还有一些离奇的传说。
一种说法是香妃是小和卓之妻，也有说她是大和卓之女，清军平定大小和卓之乱后被俘掠入京，因怀有国破家亡之恨，欲报仇雪恨，入宫后“袖出白刃”，刺杀皇帝，抗节不屈而死。
这种传说荒诞不经，只能被一些人编入戏剧故事，却与事实毫不相干。
还有一种说法，香妃入宫后甚得乾隆皇帝宠爱，遭到其他嫔妃妒忌，纷纷向皇太后进谗言。皇太后劝说乾隆疏远香妃，乾隆不听，就趁皇帝外出时下令处死了香妃。有的戏剧故事还说，乾隆皇帝闻讯后立即赶回宫中，见香妃已死便嚎啕大哭，把眼睛都哭坏了。
皇太后事实上死于香妃之前11年，她死后不可能再来处死香妃。