藏象学说是《内经》理论体系的核心，也是中医学最基本的部分。它是古代医家通过长时期的医疗实践以及对人体的解剖观察，逐渐总结而形成的。藏象学说把人体作为一个有机的整体，通过对人体生理、病理现象的观察，然后用以研究人体的生理功能、病理变化及其相互关系，从而指导临床实践。
脏腑的生理和病理
脏腑，是内脏的总称。《内经》根据脏腑的生理功能特点，把脏腑分为五脏、六腑和奇恒之府三类。五脏即心、肺、脾、肝、肾；六腑即胆、胃、小肠、大肠、膀胱、三焦；奇恒之府即脑、髓、骨、脉、胆、女子胞（子宫）。《内经》把五脏的功能归纳为化生和贮藏精微物质，六腑的功能则是受盛、传化水谷和排泄糟粕。《素问·五藏别论》说：“所谓五脏者，藏精气而不泻也，故满而不能实。六腑者，传化物而不藏，故实而不能满也。所以然者，水谷入口，则胃实而肠虚；食下，则肠实而胃虚。故曰实而不满，满而不实也。”至于奇恒之府，在形态上与腑相似，但不与水谷直接接触，而具有类似脏的贮藏精气作用。故《素问·五藏别论》指出：“脑、髓、骨、脉、胆、女子胞，此六者，地气之所生也，皆藏于阴而象于地，故藏而不泻，名曰奇恒之府。”
《内经》认为，五脏的生理功能虽各有专司，但心是人体生命活动的主宰，在脏腑中居首要地位，《素问·灵兰秘典论》中就称之为“君主之官”。心的主要生理功能是主血脉和主神明；而主血脉又包括主血、主脉两个方面。即全身的血液依靠心气的推动，通过脉道被输送到全身各组织器官，发挥其濡养作用。所以《素问·五藏生成》篇说：“诸血者，皆属于心。”脉是血液运行的通道，脉道的通利与否，营气和血液的功能健全与否，都可直接影响血液的正常运行。《灵枢·决气》篇就明确指出：“壅遏营气，令无所避，是谓脉。”由此可见，血和脉是不能分离的。《素问·痿论》中的“心主身之血脉”和《素问·六节藏象论》的“心者，其充在血脉”就是对心主血脉功能的最好说明。
在正常情况下，心气旺盛，血液则能在脉中正常运行，周流不息、营养全身。如果心气不足，血不充盈，脉道不利，势必造成血流不畅或血脉空虚，出现心悸、脉象细弱无力等症。严重者血络阻滞，可见面色灰暗、唇舌青紫、心区憋闷刺痛，以及脉结、代、促、涩等情况。故《灵枢·经脉》篇写道：“手少阴气绝，则脉不通；脉不通，则血不流；血不流，则发色不泽，故其面黑如漆紫者，血先死。”《素问·痿论》中也谈到了心气异常的另一种情况“心热者，色赤而络脉溢”。说明心火内炽、气盛动速，血行逆常引起脉数、肤赤，甚至血溢脉外的症状。
《素问·灵兰秘典论》说：“心者，君主之官也，神明出焉”；《灵枢·邪客》篇中也说：“心者，五脏六腑之大主也，神明之所舍也。”可见《内经》把人的精神、意识和思维活动都归属于心的“主神明”功能。此外，《内经》把这些活动所反映出来的聪明智慧也归于“神明”的范畴。如《素问·八正神明论》写道：“请言神，神乎神，耳不闻，目明心开而志先，慧然独悟，口弗能言，俱视独见，适若昏，昭然独明，若风吹云，故曰神。”这里“慧然独悟”、“俱视独见”、“昭然独明”等，都指的是人的聪明智慧。因此，心主神明的生理功能正常，则精神振奋、神志清晰、思考敏捷，对外界信息的反应灵敏。如果心主神明的功能异常，则出现心悸、失眠、多梦、神志不宁，甚至癫言狂语、嬉笑无常、悲不自胜等精神情志紊乱；或出现反应迟钝、健忘、精神萎靡，甚至昏迷、不省人事等临床表现。正如《素问·脉要精微论》所说：“衣被不敛，言语善恶不避亲疏者，此神明之乱也。”
《素问·灵兰秘典论》指出：“肝者，将军之官，谋虑出焉。”《素问·调经论》又说：“肝藏血。”因此肝的主要生理功能就是主疏泄和主藏血。《内经》并把肝比喻为具有刚强躁急特性的“将军”，说明肝为刚脏，有主升、主动的生理特点。肝的疏泄功能可表现在调畅气机，促进脾胃的运化功能和调畅情志三方面。故肝主疏泄功能正常时，则气机调畅、气血流通、心情舒展、经络通利，并是脾胃正常升降的一个重要保证，如果肝失疏泄，便可引起气机郁结或肝气横逆的病理变化。出现胸胁、两乳、少腹胀痛不适，头痛、面红目赤、心情抑郁或急躁易怒等症状；或引起呕逆、腹泻，甚则昏迷不醒的“气厥”，亦即《素问·生气通天论》所说的“阳气者，大怒则形气绝，而血菀于上，使人薄厥。”
肝藏血是指肝具有贮藏和调节血量的作用。在生理情况下，人体各部分的血量是相对恒定的。但随着机体的需求、情绪的变化，以及外界气候变异等因素，人体各部分的血量也随之有所改变。如机体活动剧烈或情绪激动时，肝脏就把所藏的血液供应机体，以满足其需要；当人们处在休息或情绪稳定状态时，机体需要的血量相对减少，部分血液就藏之于肝。所以《素问·五藏生成》篇说：“故人卧血归于肝。”当肝藏血的功能失常时，就会引起血虚或出血症状，如眩晕、乏力、吐血、衄血等，而且还能引起机体许多部分血液濡养不足的病变。如肝血不足，不能濡养于目，则两目干涩昏花，或为夜盲；若不能濡养于筋，则筋脉拘急、肢体麻木、屈伸不利等。故《素问·五藏生成》篇说：“目受血而能视，足受血而能步，掌受血而能握，指受血而能摄。”此外，肝的藏血功能还体现在妇女的月经方面。当肝血不足或肝不藏血时，即可引起月经量少，甚则闭经，或月经量多、甚则崩漏不止等症状。
脾的主要生理功能是主运化，升清和统摄血液。主运化则包括运化水谷、水液两个方面。当水谷（饮食物）入胃后，只有依赖脾的运化功能才能被化为精微，输送至全身各组织器官，以营养五脏六腑、四肢百骸、皮毛筋骨等。故《素问·经脉别论》指出：“饮入于胃，游溢精气，上输于脾；脾气散精，上归于肺。”因此脾运化水谷精微功能正常，机体消化吸收功能便健全，精、气、血、津液就能化生，从而为机体提供足够的养料。所以后人把脾的这种功能比喻为“后天之本”和“气血生化之源”。假如脾运化水谷精微功能减退，将会引起腹泻、便溏、食欲不振以及倦怠、消瘦等病变。为此，《素问·藏气法时论》说：“脾病者，虚则腹满肠鸣，飧泄食不化。”
运化水液，是指脾对水液的吸收、转输和布散作用。也即对被吸收水谷精微中多余的水分，及时地转输到肺和肾，通过它们的气化功能，化为汗和尿液排出体外。若脾虚不能健运，必然导致水液在体内的停滞而成为病理产物。比如聚则为痰，溢而肌肤为肿，流注肠道则为飧泄。故《素问·至真要大论》归纳为“诸湿肿满，皆属于脾”。
脾的运化功能必须依靠脾气的作用，而脾气以升为主。脾之所以能将水谷精微等营养物质上输于心、脾、头目，再通过心肺的共同作用而化生气血，关键就在于脾的升清功能。一旦脾气不能升清，水谷就不能运化，气血生化也就无源，神疲乏力、头晕目眩、腹胀泄泻等症便可出现。若脾气下陷，则可见久泄脱肛，内脏下垂等。
《灵枢·本神》篇说：“脾藏营”，这里的“营”实际上是指血。因此脾统血就指脾有统摄血液在经脉中流行，防止其逸出脉外的功能。脾气虚弱、失其统摄之权，血液就会流溢脉外，发生便血、尿血、崩漏、紫斑等各种出血疾患。
肺的主要生理功能是主气，司呼吸；主宣肃，通调水道。《素问·六节藏象论》说：“肺者，气之本”；《素问·五藏生成》篇也说：“诸气者，皆属于肺”；强调了肺的主气功能有主呼吸和一身之气两个方面。《内经》认为，肺是体内外气体交换的场所。通过肺的呼吸，吸入自然界的清气，呼出体内的浊气。这样不断地呼浊吸清、吐故纳新，从而保证了人体新陈代谢的正常进行。此外人体元气、尤其是“宗气”的生成与肺功能息息相关。“宗气”是由肺吸入的清气与脾胃运化到肺的水谷精气相结合的产物，它上出喉咙以司呼吸，贯心肺而播散全身，温养机体并维持它们的正常生理功能。《灵枢·邪客》篇中的“故宗气积于胸中，出于喉咙，以贯心脉而行呼吸焉”就说明这一原理。
肺主一身之气和呼吸之气，实际上都隶属于肺的呼吸功能，因此肺的病理主要表现在呼吸的异常。《素问·至真要大论》说：“诸气郁，皆属于肺”，故临床可见咳嗽、气急、喘逆、胸胁胀满等症。如肺气不足，宗气鼓动无力，则可引起呼吸微浅、语言无力等。《素问·藏气法时论》把这种情况叫做“虚则少气不能极息”。
肺的宣发即肺气向上的升宣，肃降即肺气向下的通降。二者在生理情况下相互依存、相互制约，使气道通畅、呼吸调匀，体内外气体得以正常交换。如果二者的功能失调，则又常常相互影响，发生“肺气失宣”或“肺失肃降”的病变。正是由于肺的宣肃，所以肺对体内水液的输布、运行和排泄也有疏通、调节的作用，这就是《素问·经脉别论》中的“通调水道，下输膀胱”。如肺失肃降，不能通调水道，则可发生小便不利之症；水液停聚在体内，也可导致痰饮、水肿等病症。
《素问·六节藏象论》写道：“肾者主蛰，封藏之本，精之处也。”《素问·逆调论》则说：“肾者水脏，主津液。”因此肾的主要生理功能是主藏精和主水液。精是构成人体的基本物质，也是人体生长、发育及各种功能活动的物质基础。故《素问·金匮真言论》指出：“夫精者，生之本也。”但精有“先天之精”和“后天之精”之分。先天之精是禀受于父母的生殖之精，是繁殖生育的根本，也就是《灵枢·本神》篇中的“生之来，谓之精”；后天之精是由饮食水谷所化生，由脾吸收并营养五脏六腑，五脏六腑之精气满溢则下藏于肾。故《素问·上古天真论》说：“肾者，受五脏六腑之精而藏之。”所以肾藏之精包括了先天之精和后天之精两部分。它们二者是相互依存、相互为用的。后天之精的生成要依靠先天之精的动力，先天之精又赖于后天之精的培育和充养，才能充分发挥其功能。所以在人的生命活动中，二者是合为一体的。其主要生理作用是促进机体的生长、发育和逐步具备生育能力。《素问·上古天真论》中就详细描述了精的这一作用，写道：“女子七岁，肾气盛，齿更，发长；二七而天癸至，任脉通，太冲脉盛，月事以时下，故有子；三七，肾气平均，故真牙生而长极；四七，筋骨坚，发长极，身体盛壮；五七，阳明脉衰，面始焦，发始堕；六七，三阳脉衰于上，面皆焦，发始白；七七，任脉虚，太冲脉衰少，天癸竭，地道不通，故形坏而无子也。丈夫八岁，肾气实，发长齿更；二八，肾气盛，天癸至，精气溢泻，阴阳和，故能有子；三八，肾气平均，筋骨劲强，故真牙生而长极；四八，筋骨隆成，肌肉满壮；五八，肾气衰，发堕齿槁；六八，阳气衰竭于上，面焦，发鬓斑白；七八，肝气衰，筋不能动，天癸竭，精少，肾脏衰，形体皆极；八八，则齿发去。”明确指出了人的生、长、壮、老、已的规律与肾中精气的盛衰密切相关。人出生后，由于先天之精不断得到后天之精的培养，肾中精气逐渐开始充盛，故出现幼年时齿更发长的生理现象；发育到青春期，肾中精气进一步充盛，产生一种叫做“天癸”的促进性腺发育成熟的物质，于是男子能产生精子，女子就按期排卵、月经来潮、具备生殖能力。以后，随着肾中精气由充盛而逐渐趋向衰退，天癸的生成也随之减少，甚至逐渐耗竭；性机能和生殖能力也随之下降，乃至消失。形体则日趋衰老，人也就从中年而转入老年。《内经》并以齿、骨、发的生长状况作为观察肾中精气盛衰的标志，也即作为判断机体生长、发育，衰老的标志，迄今仍有极高的科学价值。由此可见，肾中精气的盛衰对人的生长发育和生殖功能有着决定性的作用。
肾中精气对机体生理活动所起的作用又可概括为肾阴和肾阳。肾阴又称“元阴”，是人体阴液之根，对各脏腑组织起到濡润和滋养的作用。肾阳又叫“元阳”，为人体阳气之本，对各脏腑组织起着温煦和推动作用。肾阴肾阳在人体内相互制约，相互依存，维护着人体生理的相对平衡。当这种动态平衡遭到破坏，即能形成肾阴虚或肾阳虚。出现五心烦热、盗汗、眩晕、耳鸣、腰膝酸软、遗精等肾阴虚症候；或出现疲惫乏力、形寒肢冷、腰膝冷痛、小便清长、遗尿失禁，以及性机能减退和水肿等肾阳虚症候。
肾主水液主要是指肾阳的气化功能。它对于体内津液的输布和排泄，维持体内水液代谢的平衡，起着极为重要的调节作用。在正常情况下，水入于胃，由脾上输于肺，肺气肃降，水液经三焦下归于肾。经过肾的分清别浊作用，将清者（津液）运行至脏腑，浊者化为汗和尿液排出体外。如果肾阳的气化功能失常，则既可引起关门不利，小便代谢障碍而发生尿少、水肿等病理现象。如《素问·水热穴论》所说：“肾者，胃之关也，关门不利，故聚水而从其类也。上下溢于皮肤，故为胕肿。胕肿者，聚水而生病也。”又可引起气不化水，而发生小便清长，尿量大量增多等病理现象。
胆居六腑之首，又隶属于奇恒之府、《灵枢·本输》篇称“胆者，中精之府”。内藏清净之液，也即胆汁。胆汁味苦色黄绿，由肝的精气所以生，汇集于胆，泄于小肠，帮助饮食消化，是脾胃运化功能得以正常进行的重要条件。因此，胆的主要生理功能是贮存和排泄胆汁。
受纳，腐熟水谷，主通降，以降为和是胃的主要生理功能。《内经》把胃称为“太仓”，说明饮食入口，首先容纳于胃。在胃内经过初步消化，形成食糜。由于机体的生理活动和气血津液的化生，都需要依靠饮食物的营养，故胃又有“水谷气血之海”之称。《灵枢·玉版》篇就说：“人之所受气者，谷也。谷之所注者，胃也。胃者，水谷气血之海也。”水谷在胃中被腐熟后，下传于小肠，其中的精微经脾的运化才能营养全身。所以《素问·玉机真藏论》指出：“五脏者，皆禀气于胃；胃者，五脏之本也。”强调了胃气的盛衰将关系到人体的生命活动及其存亡。
胃主通降、以降为和。就是说食物在胃中腐熟后，必须下行入小肠进一步消化吸收。此外，胃的通降作用还包括小肠将食物残渣下输于大肠，及大肠传化糟粕的功能。在病理情况下，胃失和降不仅影响食欲，还因浊气在上而发生口臭，脘腹胀闷或疼痛，以及大便秘结等症状。《素问·阴阳应象大论》就说：“浊气在上，则生胀。”假如胃气不仅失于通降，进而形成胃气上逆，则出现嗳气腐酸、恶心呕吐，呃逆等症状。
《素问·灵兰秘典论》写道：“小肠者，受盛之官，化物出焉。”故小肠的主要生理功能是受盛、化物和泌别清浊。即小肠接受经胃初步消化的饮食物，进一步消化并吸收，以及把食物残渣向大肠输送。小肠在吸收水谷精微的同时，也吸收了大量水液，故又称“小肠主液”。显然，小肠在水谷化为精微的过程中是十分重要的。因此小肠功能失调，就能引起腹痛、腹胀、便溏、泄泻或便秘等症。
大肠接受经过小肠泌别清浊后所剩下的食物残渣，再吸收其中水分，形成粪便经肛门排出体外。所以《素问·灵兰秘典论》说：“大肠者，传导之官，变化出焉。”大肠有病变则传道失常，出现泻利不爽、便结、便闭等症。
膀胱为贮尿器官，有贮尿、排尿的作用。故《素问·灵兰秘典论》说：“膀胱者，州都之官，津液藏焉，气化则能出矣。”若膀胱气化不利，即可见小便不利或癃闭；若膀胱失其约束，又可见尿频，小便失禁等症。正如《素问·宣明五气》篇所说：“膀胱不利为癃，不约为遗尿。”
三焦是上焦、中焦、下焦的合称，为腑之一。《素问·灵兰秘典论》说：“三焦者，决渎之官，水道出焉。”决渎即疏通水道，也就是说三焦有疏通水道、运行水液的作用。此外，三焦是气的升降出入通道，又是气化的场所。故有主持诸气，总司全身气机和气化的功能。
以五脏为中心的整体联系
人体是一个统一的有机整体，而这种整体联系是以五脏为中心的。如脏与脏、脏与腑、脏腑与外在组织、体表之间，等等。《内经》认为，虽然心肝脾肺肾五脏都有其独特的生理功能，但在机体的生命活动过程中，它们是相互联系、相互协调的。《素问·灵兰秘典论》说：“肺者，相傅之官，治节出焉。”指出肺有辅助“君主”之功。由于心主血、肺主气，所以肺的相辅作用主要表现在气血相互为用上。因此肺的病变可以影响到心的主血功能，导致血液运行失常，出现胸闷、气短、心悸、唇舌青紫等。反之，若心气不足、血脉运行不畅，也会影响肺的宣肃功能，引起咳嗽、气促等肺气上逆的病理现象。
心与脾的关系主要反映在血液的生成和运行方面。心主血、脾统血，脾又为气血生化之源。所以脾气健运、化源充足，心主之血自能充盈；血液在脉中能正常运行，而不逸出于脉外。若脾气虚弱、运化失职，气血生化无源，则可导致血虚，而致心无所主。若脾不统血，可引起血液妄行的出血症状，进而也会造成心血不足。相反，思虑过度不仅能暗耗心血，也可影响到脾的运化功能。凡此种种，均可形成以眩晕、心悸、失眠、多梦、腹胀、食少、体倦、面色无华等为主要症状的“心脾两虚”之病理变化。
心主血，肝藏血。人体的血液生化于脾，贮藏于肝，通过心而运行全身。心的行血功能正常，则血运正常，肝有所藏。若肝不藏血，则心无所主，血液的运行也必将失常。
心与肾的关系是多方面的。如心居上焦属火，肾属下焦属水。在正常情况下，心火必须下降于肾，肾水必须上济于心，这样心肾之间的生理功能才能协调。这种现象称为“心肾相交”或“水火相济”。若心火不能下降于肾而独亢，肾水不能上济于心而凝聚，那么心肾之间协调关系就会被破坏，出现“心肾不交”的病理表现。在临床上可见以失眠为主症的心悸、怔忡、心烦、腰膝酸软或男子梦遗、女子梦交等症状。假如肾阳虚水泛，则能上凌于心，引起水肿、惊悸等“水气凌心”的证候。心阴虚也能下汲肾阴，而致阴虚火旺之证。
肝主疏泄而藏血，脾主运化而统血，两者在生理、病理上密切相关。脾的运化有赖于肝的疏泄调畅，如肝失疏泄，就会影响脾的运化功能，引起精神抑郁、胸胁胀满、腹痛腹胀、泄泻便溏等“肝脾不和”症状。若脾气虚弱，血的化源不足，或脾不统血，失血过多，均可导致肝血不足。又如脾失健运，水湿内停，日久蕴而成热；里热郁蒸，使肝胆疏泄不利，则可出现黄疸等症。
肝肾的关系极为密切。肝藏血，肾藏精，肝血依靠肾精的滋养，肾精也须不断得到肝血所化之精的填充。由于精血相互资生，所以有“精血同源”或“肝肾同源”之说。正因为肝肾同源，故肝肾阴阳之间的关系也极密切。肝肾之阴息息相通，相互制约，相互协调。在病理上，肾阴不足能引起肝阴不足，而导致肝阳上亢；肝阴不足也能导致肾阴不足，而引起相火上亢。反之，肝火太盛下劫肾阴，也会造成肾阴不足。
脾与肺的关系主要表现在气和津液的代谢上。肺主气，而脾主运化，肺气有赖于脾所化生的水谷精微的充养，脾化生水谷精微也需要肺吸收的清气及其宣发功能的配合。若脾气久虚，可致肺气不足而不能为脾输布水谷精微。当然肺病日久影响到脾，也会引起纳食不化、腹胀、便溏等。在津液输布代谢方面，脾运化水湿的功能也必须在肺气宣肃功能的配合下才能发挥作用。若肺失宣肃，不能通调水道，以致湿停中焦、脾阳受困，就出现腹泻、便溏、水肿等症。而脾失健运、津液代谢障碍，水液停聚形成痰饮，影响到肺的宣发和肃降，可引起咳嗽多痰等临床表现。
脾为后天之本，肾为先天之本。脾的运化功能必须借助肾中阳气的温煦，而肾所藏的先天之精，又需水谷精微的不断充养。因此脾与肾在生理上是先后天的关系，两者相辅相成、互相促进。在病理上也互为因果，肾阳不足不能温煦脾阳，导致腹部冷痛，下利清谷或水肿等症。若脾阳久虚，损及肾阳，可形成脾肾的阳虚。
肺与肾的关系主要表现在水液代谢和呼吸运动方面。肾为主水之脏，肺为“水之上源”，故体内水液代谢的正常与否，和肺肾关系最为密切。如肺的宣肃及通调水道功能失职，必将累及于肾，引起尿少，甚至水肿。肾的气化作用不利，可造成水液代谢的严重障碍，造成喘呼、咳逆倚息而不得平卧及水肿等症。故《素问·水热穴热》说：“故水病，下为跗肿大腹，上为喘呼不得卧者，标本俱病。”这也即是《内经》称谓的“其本在肾，其标在肺，皆积水也。”
肺主吸气，肾主纳气。肺的呼吸功能需要肾的纳气作用协助；肾气充盛，吸入之气方能经肺的肃降而下纳于肾。若肾中精气不足，摄纳无权以致气浮于上；或肺气久虚及肾；均可导致肾不纳气，出现动则气喘等症。此外，肺肾两脏阴阳相互滋生，所以肺阴虚可损及肾阴，肾阴虚也可损及肺阴。故临床可见两颧发红、潮热盗汗、干咳音哑、腰酸膝软等肺肾阴虚症状。
肺属上焦，其气肃降，肝居下焦，其性升发。升发与肃降，相互制约，相互协调，成为调畅全身气机的一个重要环节。若肝升太过，或肺降不及，则多致气火上逆，可见咳逆上气、易怒、咯血等症。相反，肺失清肃，燥热内盛，亦可影响及肝。使肝失条达，疏泄不利，在咳嗽的同时，出现胸胁引痛胀满、头痛、面红目赤等。
《内经》在分析了脏与腑的关系后，认为每一脏都有与其特定相配的腑。《灵枢·本输》篇说：“肺合大肠，大肠者，传导之腑。心合小肠，小肠者，受盛之腑。肝合胆，胆者中精之腑。脾合胃，胃者五谷之腑。肾合膀胱，膀胱者津液之腑也，……三焦者，中渎之腑也，水道出焉，属膀胱，是孤之腑也，是六腑之所与合者。”说明了肺、心、肝、脾、肾与腑的络属关系分别是大肠、小肠、胆、胃与膀胱。这种络属关系，构成了脏与腑之间的密切联系。在生理活动上，它们互相配合。如肺气的肃降，有助于大肠传导；而大肠传导功能正常，也有利于肺的肃降。在病理上，它们则相互影响。如肺失清肃，津液不能下达，可出现大便困难。若大肠实热，腑气不通，也能影响肺的肃降而产生咳喘等症。
《内经》认为人体的生命活动是一个复杂的过程，有些生理活动往往需要几个脏腑的配合才能进行。如《素问·经脉别论》谈到：“饮食入胃，游溢精气，上输于脾，脾气散精，上归于肺，通调水道，下输膀胱……”又说“食气入胃，散精于肝，淫气于筋。食气入胃，浊气归心，淫精于脉；脉气流经，经气归于肺；肺朝百脉，输精于皮毛；毛脉合精，行气于府，府精神明，留于四脏，气归于权衡。”表明水谷的转化，输布和排泄，除靠脾胃的腐熟、运化和传输作用外，还须依赖肝气的疏泄，肾气的温煦，肺气的宣散，心脉的载运。这些脏腑之间共同协作转化水谷的作用，充分证实了它们在转化功能上的整体性。与此相反，脏腑在病理方面也有内在整体联系。《素问·咳论》篇中就以咳嗽为例，讨论了五脏六腑之间在病理情况下的互相影响，写道：“五脏六腑皆令人咳，非独肺也。”并说明这是由于“五脏各以其时受病，非其时，各传以与之”的缘故。所以《素问·玉机真藏论》强调指出：“五脏相通，移皆有次。五脏有病，则各传其所胜。”《灵枢·本神》篇还进一步说：“是故五脏主藏精者也，不可伤，伤则失守而阴虚；阴虚则无气，无气则死矣。”
《内经》还认为五脏虽深藏于体内，但其功能的盛衰却能通过经络反映在体外的一定部位。通过对这些外部征象的观察，就能进一步了解五脏活动的规律及其相互联系。《素问·六节藏象论》说：“心者，生之本，神之变也，其华在面，其充在脉……肺者，气之本，魄之处也，其华在毛，其充在皮……肾者，主蛰，封藏之本，精之处也，其华在发，其充在骨……肝者，罢极之本，魂之居也，其华在爪，其充在筋……脾、胃、大肠、小肠、三焦、膀胱者，仓廪之本，营之居也，名曰器，能化糟粕，转味而入出者也，其华在唇四白，其充在肌。”《灵枢·五阅五使》篇又说：“鼻者，肺之官也；目者，肝之官也；口唇者，脾之官也；舌者，心之官也；耳者，肾之官也。”明确指出了心与面、舌；肺与毛、皮、鼻；肾与发、骨、耳；肝与爪、筋、目；以及脾与口唇、肌肉等的有机联系。
因此，心功能健全、血脉充盈，循环通畅，则面色红润光泽。反之，心气不足、血脉空虚，则面色苍白而不华。若心气虚衰，血行阻滞，脉道不通，则面色发绀。这就是“心者，其华在面”的缘故。又如发为肾之外华，耳为肾之窍，故毛发的生长、脱落、泽润、枯槁以及听觉的灵敏与否，都与肾的精气紧密相关。青壮年时期，肾的精气充盛，则毛发光泽，听觉灵敏。进入老年，肾的精气逐渐衰退，毛发变白且易脱落，听力也减退。凡此，都充分说明了五脏与体表组织的整体联系，也即所谓的“有诸内必形诸外”。
总之，《内经》的藏象学说是一种基于内在形质（脏腑），通过观察人体外部征象来研究内脏活动规律及其互相联系的学说。当然，《内经》中的脏腑并不单纯是一个解剖学上的概念，而是概括了人体某一系统的生理、病理概念，成为中医学独特理论体系中的重要内容。