《内经》虽然是一部中医经典著作，但其中有相当多的篇章，却以朴素唯物论和朴素辩证法思想，阐述了当时哲学领域里的一些重大问题。诸如“气”、“形”、“神”、“天人”以及“阴阳五行”等。从而使医学和哲学紧密地结合起来。因此，《内经》既受古代哲学思想的影响，又在某些方面发展了古代哲学。
“气”一元论
“气”一元论思想，在中国古代哲学史上产生很早。认为气是一种极其细微的，构成客观世界万事万物的原始物质，一切事物都是气变化的结果。先秦时期的哲学家宋钘、尹文以及战国的荀子、韩非子等，对此都有相当的阐述。如在《管子》的《内业》、《白心》、《心术》等篇中，就可见到关于精气的学说。《管子·内业》篇说：“凡物之精，比则为生。下生五谷，上为列星；流于天地之间，谓之鬼神；藏于胸中，谓之圣人；是故名气。”说明作为物质的精气，结合起来就能产生万物。五谷、星辰，甚至鬼神，都是精气的产物，藏怀于胸中便能成为圣人。《庄子·知北游》中也有“人之生，气之聚也，聚则为生，散则为死……故曰通天下一气耳”的说法，强调了气的聚散与物的生灭之间的关系。荀子更是明确指出：“水火有气而无生，草木有生而无知，禽兽有知而无义。人有气、有生、有知，亦且有义，故最为天下贵也。”表明世界万物（包括人在内）都是由统一的物质性的气所构成。而《内经》不仅发展了气的学说，使之进一步系统化，而且将其应用到医学，气象学等方面。
万物由气构成的观点，在《内经》中比比皆是。如《素问·气交变大论》说：“善言气者，必彰于物。”《素问·天元纪大论》写道：“在天为气，在地成形，形气相感而化生万物矣。”《素问·六节藏象论》谈到：“气合而有形，因变以正名。”指出了事物之形是由气的聚合而成。《素问·灵兰秘典论》还说：“恍惚之数，生于毫厘，毫厘之数，起于度量，千之万之，可以益之，推之大之，其形乃制。”就是说，任何有形的东西都是由极其细小的物质构成。由于这种物质太小，对个别来说就是看不见摸不着，似有若无，恍恍惚惚。但千万个“恍惚之数”汇聚起来便形成了能看能摸、有一定形态的物体了。因此，《内经》根据气聚合的不同形式，给予事物以不同的名称。诸如有天气、地气、风气、寒气、热气、燥气、暑气、火气，以及人体的生理之气和导致疾病发生的病邪之气，等等。足见气的概念在《内经》中使用极广。但是《内经》强调所有的气，最后都可分为阴气和阳气两大类。很明显，这与《吕氏春秋》“太一出两仪，两仪出阴阳，阴阳变化，一上一下，合而成章”的观点是一致的。因为这里的“太一”是指混沌未分之气，两仪阴阳则是太一分化出来的阴阳两气。
《内经》认为气不仅是物质性的，而且具有无限的生命力。所以，由气构成的整个自然界始终处于运动和变化状态。如《素问·六微旨大论》说：“气之升降，天地之更用也。”指出地气上升到一定程度，就会由于天气的作用而下降；相反天气降落到大地后，又会由于地的作用而上升。这种天地上下之间的相引相召，造成气的升降和相互作用，从而引起世界上各种各样的变化。《素问·五常政大论》又说：“气始而生化，气散而有形，气布而蕃育，气终而象变，其致一也。”指出无论动植物的生育繁衍、发展变更，无生命物体的生化聚散，都是由气的敷布和化散所造成的。而气在人体中，既是构成人体的基本物质，又可表现为人体的生命动力。《素问·六微旨大论》写道：“出入废，则神机化灭；升降息，则气立孤危。故非出入，则无以生长壮老已；非升降，则无以生长化收藏。是以升降出入，无器不有。故器者生化之宇，器散则分之，生化息矣。”这就是说人的生命运动，实际上也是气升降出入的生化运动。在生理情况下，人体之气不断地运动、更新、调节，就能保持机体内部的动态平衡和对外的协调适应。反之，气的升降出入运动失常，便会引起各种病变。正如《素问·举痛论》所说：“百病生于气也，怒则气上，喜则气缓，悲则气消，恐则气下，寒则气收，炅则气泄，惊则气乱，劳则气耗，思则气结。”此外，《内经》根据人体不同部位的气及其不同的功能表现，分别命名了真气、宗气、营气、卫气以及五脏之气等八十多种气，并阐述了这些气在人体中的重要作用。
《内经》中还就气和形相互转化的关系进行了讨论。认为一切有形物体，都是由气通过气化作用生成的。与此同时，一切有形物体生成后，总有一天要毁灭，但毁灭后的形器物必将散而为气。为此《素问·六微旨大论》归纳为“物之生，从于化”和“器散则分之”。《素问·阴阳应象大论》中还以“阳化生，阴成形”的阴阳理论，说明了形气转化的根源，即阴主静、阳主动。通过阴阳动静的相互作用，就产生出气化成形和形散为气这样两种方向相反的运动过程。《内经》的这一观点，实际上已孕育着现代科学关于自然界物质形态相互转化，以及物质既不能创造也不能消灭的思想萌芽。在中国哲学发展史上具有深远的影响。
形与神
无神论思想是古代唯物主义哲学的一个组成部分。《管子·权修》中就指出了“上持龟筮，好用巫医”给国家带来祸患的严重性。韩非子则明确提出了反对“事鬼神”的论点。《内经》在前人基础上，以朴素的唯物观论述了形、神及其相互关系。《内经》认为，形是指存在于自然界中的一切有形实体。就人体而言，则是指人的形体，包括脏腑、经络、气血、津液、五官、九窍、四肢和筋、脉、肉、皮、骨等。神的概念主要有三种：从整个自然界来说，是指自然界物质运动变化的功能和规律，也即运动变化着的阴阳两气。在人体上，是指整个生命活动及其外在表现和精神意识。《素问·天元纪大论》中就说：“神，在天为风，在地为木；在天为热，在地为火；在天为湿，在地为土；在天为燥，在地为金；在天为寒，在地为水。故在天为气，在地为形，形气相感，而化生万物矣。”明确指出了天空中的风、热、湿、燥、寒是无形之气，地下的木、火、土、金、水是有形的物质。由于阴阳的作用，形和气相应相通，形成了物质世界的生化过程。由此说明《内经》的神是事物发展变化的一种内在能动的物质力量。
《内经》认为，人是形与神对立统一的机体。《素问·六节藏象论》谈到：“天食人以五气，地食人以五味，五气入鼻、藏于心肺。上使五色修明，音声能彰，五味入口，藏于肠胃，味有所藏，以养五气，气和而生，津液相成，神乃自生。”说明自然界所提供的五气五味是人们生存的物质基础。正是有了五气五味对机体的营养，人体的生命活动才能正常。《灵枢·平人绝谷》篇更为明确地说：“血脉和利，精神乃居，故神者水谷之精气也。”《内经》并就精气与神的关系也作了论述。认为精是生命的根本，有先天之精和后天之精两种。先天之精禀受于父母，后天之精来自饮食水谷。两者相互依存，相互促进，从一开始就在运动变化中。故《灵枢·本神》篇说：“生之来，谓之精，两精相搏谓之神。”来源于父母的先天之精一相遇，就发生一定的交互作用，新的生命活动——神就开始了。《灵枢·经脉》篇还进一步说道：“人始生，先成精，精成而脑髓生，骨为干，脉为营，筋为刚，肉为墙，皮肤坚而毛发长，谷入于胃，脉道已通，血气乃行。”《内经》还以阴阳对立统一的观点讨论了形神关系。认为形为阴，神为阳，两者互相影响、相反相成。形体是正常生命活动的保证，而生命活动的正常又能保持形体的强健。在病理情况下，形体损伤必将影响到功能，而功能障碍又会损害形体。可见形神之间是对立统一的。其中，《内经》更注重神。《素问·移精变气论》就说：“得神者昌，失神者亡。”强调了有神与无神是判断人体脏腑功能盛衰的重要标志。
《内经》的形神关系还涉及到人体与精神意识之间的联系，认为精神是形体的产物，形体对精神起决定作用。《素问·六节藏象论》说：“心者，五脏六腑之大主，精神之所舍也。”指出心是管理精神意识的主要器官。《素问·宣明五气》篇又说：“心藏神，肺藏魄，肝藏魂，脾藏意，肾藏志。”明确论述了精神意识还可分为五种形式，并分别产生于五脏。其次，情志活动也属于精神意识范围。故《内经》把喜、怒、悲、忧、恐五种情志活动归属于心、肝、脾、肺、肾五脏。《素问·阴阳应象大论》写道：“人有五脏化五气，以生喜、怒、悲、忧、恐。”所以五脏发生病变时，就会产生异常的情志反应。如《灵枢·本神》篇说，“肝气虚则恐，实则怒……心气虚则怒，实则笑不休”等。相反，剧烈的情志刺激，也能影响五脏的生理功能而导致疾病发生。如《素问·阴阳应象大论》归纳的“怒伤肝”、“喜伤心”、“思伤脾”、“忧伤肺”、“恐伤肾”。显然，这就是精神意识对形体的反作用。也就是《内经》为何反复强调在形体上要“不妄作劳”，在思想上要“恬澹虚无”，并把异常的情志活动作为病因之一的缘故。
天与人
《内经》有关天人关系的论述，与荀子等人“明于天人之分”的观点是一致的，充分体现了朴素的辩证唯物主义思想。《内经》认为人与自然是统一整体中对立着的两方。这互相对立着的两方，在不断地求得统一而维持着人的生命运动，并循着生、长、壮、老、已的生命规律发展。《素问·宝命全形论》说：“人以天地之气生，四时之法成。”指出了人的生存，必须不断地从自然界中获得赖以生成的物质。由此证实了人与自然之间的密切联系。
《内经》并认为，人体的生理过程随着自然界的运动和自然条件的变更而发生相应的变化。如《灵枢·五癃津液别》篇举例说道：“天暑衣厚则腠理开，故汗出”，“天寒则腠理闭，气湿不行，水下留于膀胱则为溺与气”。可见人体在高温气候条件下出汗少尿，在低温条件下少汗多尿的调节功能，就是人与自然求得统一的生理活动表现。《素问·八正神明论》中还谈到天晴温和，人体气血运行就流畅；天阴寒冷，人体气血运行则相对缓慢沉迟；这在脉象上也能表现出来。《素问·脉要精微论》写道：“四变之动，脉与之上下，以春应中规，夏应中矩，秋应中衡，冬应中权。”即春天少阳春生之气上升，脉象相对地显得稍弦而圆滑流畅；夏天阳气旺盛，脉象相对稍洪；秋天阳气开始收敛，故脉象比夏天的洪脉要相对虚浮和平；冬天阳气潜藏，脉象就相对沉伏。《内经》还就自然界的阳气在一日、一年之中盛衰消长的运动与人体的关系作了论述。如《素问·生气通天论》说：“故阳气者，一日而主外，平旦人气生，日中而阳气隆，日西而阳气已虚，气门乃闭。”而人体为了维持生存，就必须随着自然界阳气的消长运动，及时进行适应性的调整。因此一日之中人体阳气升降出入的运动，实际上也是人与自然在对立中求得统一的一种表现。在疾病发生、发展过程中，一些病人就因为不能适应自然界阳气的消长变化，从而导致疾病加重或死亡。
《内经》还认为人与自然界之间有着许多共同的规律。如《素问·阴阳应象大论》中谈到：“故清阳为天，浊阴为地。地气上升为云，天气下降为雨；雨出地气，云出天气。故清阳出上窍，浊阴出下窍。清阳发腠理，浊阴走五藏；清阳实四支，浊阴归六府。”就是说自然界中的水气蒸发上升到天空为云，云凝聚化雨又降到地面；雨从天降而出自地气，云从地升却是天气下降的雨水蒸发而成。人体物质代谢的过程亦是这样，清阳之气向上向外布散，营养五脏、皮肤、四肢；浊阴之气归入脏腑，蒸化出有用的精微以营养全身，废物则经二便排出体外。很清楚，这就是《内经》以天地之间水气云雨的升降转换作为人体代谢的类比。《素问·举痛论》中更把这种“天人相应”的关系，称为“善言天者，必有验于人”。强调了人与自然的统一性。
阴阳五行
阴阳学说和五行学说都是古代重要的哲学思想，也是古人认识和解释客观世界的思想方法和理论依据。早在商周时代，人们就已有了阴阳的概念。如《周易·系辞上》说：“一阴一阳之谓道。”《左传·僖公十六年》在谈到宋国的陨石时也说：“是阴阳之事，非吉凶所生也。”说明这里的阴阳是指自然现象和自然规律。《国语·周语上》记载了伯阳父运用阴阳对地震原因的解释，“阳伏而不能出，阴迫而不能蒸，于是有地震。”指出阴阳是藏于大地内两种对立的物质力量，当这两种巨大的力量不能保持相对平衡时，地震便发生了。《老子》中也有“万物负阴而抱阳，冲气以为和”的记载，强调了万事万物都离不开阴阳。《左传·昭公六年》则载有秦国名医和关于“阴、阳、风、雨、晦、明”的六气致病学说，首次把阴阳作为两种致病因素。《管子》中也阐述了阴阳在四季和昼夜变化中的作用。“春秋冬夏，阴阳之推移也；时之短长，阴阳之利用也；日夜之易，阴阳之化也。”《国语·越语下》记述了范蠡把“阳至而阴，阴至而阳，日困而还，月盈而匡”称为“天之道”的观点。《荀子·礼论》则提出了“天地合而万物生，阴阳接而变化起”。尽管各人对阴阳的理解不尽相同，但有一点是共同的，那就是都用阴阳来说明事物之间对立统一的关系。而《内经》发展了前人对阴阳的论述，系统阐述了阴阳学说。如在《素问·阴阳应象大论》中就强调指出了阴阳的对立统一，是宇宙间万事万物变化的总规律。说道：“阴阳者，天地之道也，万物之纲纪，变化之父母，生杀之本始。”并具体阐明了阴阳之间对立制约、互根互用、消长平衡、相互转化的关系，以及阴阳无限可分等论点（详见《内经》中的阴阳学说）。
五行的概念起源于殷商时代的五方观念。据甲骨文卜辞记载，殷人把商朝的领域称为“中商”，与“东土”、“南土”、“西土”、“北土”并列。还把风雨和用五方概括的整个空间方位联系起来。其目的虽然是为了当时农业生产的需要，但已经有了整体观念的萌芽。西周末年，又出现了五材说。《国语·郑语》中说：“以土与金、木、水、火，杂以成百物。”《左传·襄公二十七年》载：“天生五材，民并用之，废一不可。”可见这里的五材，就是金、木、水、火、土五种元素，反映了朴素的唯物主义。而五行的提出则是在《尚书·洪范》篇中。该书在谈到洪范九畴时说：“五行：一曰水，二曰火，三曰木，四曰金，五曰土。水曰润下，火曰炎上，木曰曲直，金曰从革，土爰稼穑。润下作咸，炎上作苦，曲直作酸，从革作辛，稼穑作甘。”认为金木水火土不仅是构成世界的五种基本物质，而且已经具有五种功能的属性。《左传》中记述的“火胜金，故弗克”，“水胜火，伐姜则可”等观点，为以后五行的相胜相克理论奠定了基础。而《内经》则把五行作为宇宙间的普遍规律提了出来，全面系统地论述了五行之间相互关联的整体联系，和人体内外环境相互统一的整体观念。并详细讨论了五行之间相胜相克相乘相侮的关系（详见《内经》中的五行学说）。值得提出的是，《内经》在引入原始五行学说的同时，又把它与阴阳学说结合起来，形成了《内经》所特有的“阴阳五行学说”，成为中医基本理论的主要内容之一。
总之，《内经》中的古代唯物主义哲学思想非常丰富，不仅对中国古代的哲学作出了贡献，而且成为中医基本理论的指导思想。因此，对《内经》哲学思想的研究，无疑具有重要的现实意义。