阳明学为明代理学中坚，故《明儒学案》第二部分中，述阳明学派最详。从卷10《姚江学案》，至卷36《泰州学案》，篇幅达26卷之多，所录阳明学派中人则亦至98位。黄宗羲认为，有明一代学术，在阳明学兴起之前，大体上是一个“此亦一述朱，彼亦一述朱”的格局。自王阳明指点出“良知”以立教，始开出一条崭新路径。所以他说：“无姚江则古来之学脉绝矣。”一如其师刘宗周，在《姚江学案》卷首总论中，黄宗羲亦议及王门四句教。只是他并未拘泥师门之说，而是认为四句教本无病痛。在黄宗羲看来，问题在于学者误会，一味依己意发挥，以致乖违师门本旨，引向荒谬。他就此评论道：“其实，无善无恶者，无善念恶念耳，非谓性无善无恶也。下句意之有善有恶，亦是有善念、有恶念耳。两句只完得动静二字。他日语薛侃曰，无善无恶者理之静，有善有恶者气之动。即此两句也。所谓知善知恶者，非意动于善恶，从而分别之为知。知亦只是诚意中之好恶，好必于善，恶必于恶，孰是孰非而不容已者，虚灵不昧之性体也。为善去恶，只是率性而行，自然无善恶之夹杂，先生所谓致吾心之良知于事事物物也。”[2]以此，黄宗羲认为，王畿倡心、意、知、物俱是无善无恶的四无说，篡改了王门四句教法，有违儒者矩矱，确嫌近于释老之学。但他同时又予王畿之学以公允评价，指出：“先生亲承阳明末命，其微言往往而在。象山之后不能无慈湖，文成之后不能无龙溪，以为学术之盛衰。……先生疏河导源，于文成之学固多所发明也。”[3]
王守仁故世之后，越中诸王门弟子，因对四句教法解说分歧，流弊丛生。黄宗羲认为，独有江西诸阳明门人，最能得师门真传，从而使阳明学赖以传衍。因之《明儒学案》第二部分中的《江右王门学案》，竟多至9卷。黄宗羲于此解释说：“姚江之学，惟江右为得其传，东廓、念庵、两峰、双江其选也。再传而为塘南、思默，皆能推原阳明未尽之旨。是时越中流弊错出，挟师说以杜学者之口，而江右独能破之，阳明之道赖以不坠。盖阳明一生精神，俱在江右，亦其感应之理宜也。”[4]阳明及门弟子中，汝中、汝止，二王齐名。汝中谓浙东王畿，汝止谓泰州王艮。王艮倡学泰州，以“淮南格物”和“百姓日用即道”之说而立异师门，数传之后，遂掀翻天地，非名教之所能羁络了。黄宗羲于此痛心疾首，为揭露其弊害，列为《泰州学案》四卷，他说：“阳明先生之学，有泰州、龙溪而风行天下，亦因泰州、龙溪而渐失其传。泰州、龙溪，时时不满其师说，益启瞿昙之秘而归之师，盖跻阳明而为禅矣。然龙溪之后，力量无过于龙溪者，又得江右为之救正，故不至十分决裂。泰州之后，其人多能以赤手搏龙蛇，传至颜山农、何心隐一派，遂复非名教之所能羁络矣。”[5]至此，阳明学遂告盛极而衰，处于非变不可的关头了。
《泰州学案》之后，为《甘泉学案》6卷，所录为湛若水、许孚远、冯从吾等11人。《明儒学案》何以要立《甘泉学案》？黄宗羲有如下解释：“王、湛两家，各立宗旨。湛氏门人虽不及王氏之盛，然当时学于湛者或卒业于王，学于王者或卒业于湛，亦犹朱、陆之门下，递相出入也。”[6]也就是说，王、湛两家虽宗旨各异，但为师者既多往还，其弟子又递相出入，殊途而同归。说到底，记甘泉学，无异于表彰阳明学。尔后道光年间，莫晋重刊《明儒学案》，正是由此出发，谓黄宗羲实以大宗归阳明，可谓信然不诬。
《明儒学案》卷43至卷57，为《诸儒学案》上、中、下，以此构成全书第三部分。自卷上方孝孺、曹端诸儒，经卷中罗钦顺、王廷相等，迄于卷下霍韬、吕坤、黄道周、孙奇逢辈，入案学者贯穿有明一代，凡42人。对于《诸儒学案》的设置，黄宗羲解释得很清楚，他说：“诸儒学案者，或无所师承，得之于遗经者；或朋友夹持之力，不令放倒，而又不可系之朋友之下者；或当时有所兴起，而后之学者无传者，俱列于此。”至于各卷的划分，他亦有解释：“上卷则国初为多，宋人规范犹在。中卷则皆骤闻阳明之学而骇之，有此辨难，愈足以发明阳明之学，所谓他山之石，可以攻玉也。下卷多同时之人，半归忠义，所以证明此学也，否则为伪而已。”[7]
《明儒学案》的第四部分为《东林学案》4卷，所录为顾宪成、高攀龙等17人。当明末季，宦官祸国，党派角逐，国运文运皆江河日下。率先起而振颓救弊者，为东林诸君子。黄宗羲于东林诸公的忠烈节义，赞为“一堂师友，冷风热血，洗涤乾坤”，可谓推崇备至。顾、高诸公，鉴于王学末流的汪洋恣肆，以王门四句教为把柄，矛头所向，不惟以王畿为的，而且直指其师王守仁的“致良知”说。黄宗羲于此深不以为然，故在《东林学案》中多所驳诘。他始而再辩四句教，重申：“其所谓无善无恶者，无善念恶念耳，非谓性无善无恶也。”至于王畿的四无说，则“与阳明绝无干涉”，他就此喟叹：“呜呼！天泉证道，龙溪之累阳明多矣。”[8]继之针对高攀龙对“致良知”说的批评，黄宗羲指出，不惟高氏格物说与朱子异趣，且因欲自别于王阳明而进退失据。他的结论是：“先生之格物，本无可议，特欲自别于阳明，反觉多所扞格耳。”[9]最后则借其师刘宗周之言，对高氏学说作了“半杂禅门”，“大醇而小疵”[10]的总评。
在黄宗羲看来，晚明学术界，以修正王学而足称阳明学干城者，则是其师刘宗周。于是《明儒学案》便以《蕺山学案》一卷殿后，既以之总结全书，亦以之对一代理学，乃至整个宋明理学作出总结。黄宗羲认为：“今日知学者，大概以高、刘二先生，并称为大儒，可以无疑矣。”然而若论为学之纯粹、正大，则独推其师。所以他说：“若吾先师，则醇乎其醇矣。”一卷《蕺山学案》，既于案主传略中极意推尊，以刘宗周而直接濂、洛、关、闽和王阳明，又精心选取案主学术精粹，辑录成篇。所录依次为《语录》、《会语》、《易箦语》、《来学问答》、《原》、《证学杂解》、《说》、《读易图说》、《圣学吃紧三关》、《大学杂绎》、《论语学案》等凡11类。宗周学术，精要实在“慎独”，所以黄宗羲总评其师学术云：“先生之学，以慎独为宗，儒者人人言慎独，惟先生始得其真。”[11]全案以“慎独”说为中心，既有对理学诸基本范畴的阐释，又有对诸学术大师学说的评论。其所涉内容之广泛，辑录资料之翔实，不惟为全书其他学案所不可比拟，而且即使是《姚江学案》，亦难免相形而逊色。所以我们说，《蕺山学案》既是对《明儒学案》全书的总结，也是对明代理学和整个宋明理学的总结。
（二）编纂体例及其评价
以上，摘述《明儒学案》的主要内容，实际上已就全书布局反映了著者的编纂原则。接下去拟进一步对这方面的问题再做一些讨论，并从局部具体地来看一看全书的编纂体例。
关于《明儒学案》的编纂原则，卷首所列《发凡》8条，大致皆在其中。第一条评周汝登《圣学宗传》、孙奇逢《理学宗传》，既肯定二书之述理学史，“诸儒之说颇备”，又以“疏略”二字说明两家著述之不能尽如人意。黄宗羲指出，周书“主张禅学，扰金银铜铁为一器，是海门一人之宗旨，非各家之宗旨”。而孙书“杂收，不复甄别，其批注所及，未必得其要领，而其闻见亦犹之海门也”。因此，在黄宗羲看来，二书皆非总结理学史的佳构，于是《明儒学案》不可不作。第二、第三条，皆论明代理学的基本特征，即一是宗旨鲜明，二是剖析入微，超迈前代。同样是讲理学，宋明风格，各有千秋。宋儒重渊源，明儒则重宗旨。黄宗羲身为理学营垒中人，却能入乎其里而出乎其外，故深得个中三昧。他说：“大凡学有宗旨，是其人之得力处，亦是学者之入门处。天下之义理无穷，苟非定以一二字，如何约之使其在我？故讲学而无宗旨，即有嘉言，是无头绪之乱丝也。学者而不能得其人之宗旨，即读其书，亦犹张骞初至大夏，不能得月氏要领也。”由此出发，《明儒学案》着意于各家宗旨的归纳绍介，确有“如灯取影”之效。第四条谈全书所辑诸家学术资料的来源。对之前流行的理学诸儒语录，黄宗羲皆不满意，他认为共同的弊病在于“荟撮数条，不知去取之意谓何”，因而不足以反映各家风貌精神。所以《明儒学案》一反其道，“皆从全集纂要勾玄，未尝袭前人之旧本”。第五条谈全书卷帙分合。黄宗羲指出，《明儒学案》之述学术源流，断不如禅家之牵强附会，所遵循的原则是：“以有所授受者，分为各案。其特起者，后之学者，不甚著者，总列诸儒之案。”第六条介绍全书的一条重要编纂原则，即“一偏之见”、“相反之论”，皆兼容并蓄，以明儒者之学的同源异流，殊途同归。黄宗羲说得很好：“以水济水，岂是学问！”第七、第八条则是一些必要的解释，希望得到读者的谅解。前者说明学贵自得，不轻传授，这是中国古代教学的传统。而《明儒学案》把各家学术宗旨讲得过于明白，担心读者“徒增见解，不作切实工夫”。后者则因囿于闻见，难免缺略，希望得到读者的指教。
遵循上述原则，《明儒学案》在具体的编纂体例上，虽各卷编次未尽全然一致，但大体说来，除个别学案之外，各学案皆是一个三段式的结构。即卷首冠以总论，继之则是案主传略，随后再接以案主学术资料选编。三段分行，浑然一体，各家学术风貌洞若观火。
卷首总论，文字或短或长，短者数十、百余字，长者不过数百、近千字，或述学术承传，或谈论学宗旨，意在说明案主学术在一代理学史上的地位。譬如卷一《崇仁学案》，总论不过百余字，吴与弼及其学派的基本面貌，朗然描绘出来。先之以“康斋倡道小陂，一禀宋人成说。言心则以知觉，而与理为二，言工夫则静时存养，动时省察。故必敬义夹持，明诚两进，而后为学问之全功”。这段话讲的是吴氏的宋学特征。继之述“其相传一派，虽一斋、庄渠稍为转手，终不敢离此矩矱也”，则说明吴氏之学传至娄谅、魏校，它虽略有变化，但终未出其宋学范围。接着再论“白沙出其门，然自叙所得，不关聘君，当为别派”，是在说陈献章虽学出吴门，但融师说为我有而再加发挥，已然别辟蹊径，另创学派。最终结以“于戏！椎轮为大辂之始，增冰为积水所成，微康斋，焉得有后时之盛哉”，则道出了吴氏学术的历史地位。吴与弼为娄谅师，娄谅又为王守仁师，这就是说，倘若没有吴与弼，又岂能有日后阳明学的大盛局面呢！又如卷9《三原学案》，总论最短，仅寥寥数十字：“关学大概宗薛氏，三原又其别派也。其门下多以气节著，风土之厚，而又加之学问者也。”然而明代关学之渊源河东薛瑄，由王恕而创为别派，一方学者又受传统地域文化影响，合学问与气节为一诸基本特征，则皆在其中。再如卷10之《姚江学案》、卷62之《蕺山学案》，其总论皆全书之最长，几近千字。尺短寸长，异曲同工，也无非是要说明：“无姚江，则古来之学脉绝矣”；“若吾先师，则醇乎其醇矣”。
案主传略，文字亦多寡不一，短者数百言，长者则上千言。就传文内容言，先述传主生平行履，后论学术风貌，行履之与论学，一般各占一半篇幅。如果说案主行履的结撰，有历朝实录及碑志传状一类文字可据，尚属并不十分困难的话，那么讨论学术的篇幅，则多无现成文字参考，因之最费斟酌，而亦最能显示著者功力。譬如卷5《白沙学案》之陈献章传，文凡1400余字，而讨论传主学术占至全篇二分之一。700余字间，既论陈白沙学术宗旨，又评其在一代学术史中的地位，且兼辩其学近禅的指责。其中，尤以辩陈献章学术之非禅学，文字最多。黄宗羲首先考察了这一指责的由来，将其归结为两个方面，一是人云亦云的庸俗之辈，二是罗钦顺的误会。对于前者，他说：“圣学久湮，共趋事为之末，有动察而无静存，一及人生而静以上，便邻于外氏。此庸人之论，不足辨也。”而对于后者，黄宗羲先是引述罗钦顺的訾议，随后对罗氏议论批评道：“缘文庄终身认心性为二，遂谓先生明心而不见性。此文庄之失，不关先生也。”传末，再引白沙弟子张诩论其师学术语为据，断言：“先生之学，自博而约，由粗入细，其于禅学不同如此。”