拿破仑特地约请沙皇亚历山大一世到德意志境内的埃尔富特来会晤，协商今后两国的共同行动。在埃尔富特，法俄两个同盟国家都希望更清楚地看看对方有什么好牌，以便借此来玩弄外交上的把戏。双方互相欺骗，彼此都知道这一点，虽然暂时还不是完全知道。两国在任何事情上都是互不信任的，而同时又互相需要。1808年9月27日，拿破仑一见到亚历山大就热烈拥抱亲吻，并且此后的两周里不断重复这些亲昵动作。两位君主每天一起去检阅部队，出席舞会、宴会、看戏、打猎、骑马、溜达。他们如此亲密，最主要的是要让别人知道他们在拥抱亲吻；对于拿破仑来说，如果奥地利人不知道的话，这些拥吻就会失去全部愉快的感觉；对于亚历山大来说，如果土耳其人不知道的话，这些拥吻同样也会失去其全部愉快的感觉。对于拿破仑来说，此次埃尔富特会晤，最重要的事情就是，当他还没有结束在西班牙的战争以前，应使奥地利不致进攻法国。而要做到这一点，沙皇就必须在奥地利决定进攻的时候积极反对奥地利。但亚历山大既不想承担也不想履行这一直接的义务。他甚至拒绝了拿破仑为引诱俄国提供军事援助而提供的土地报酬。在埃尔富特，塔列朗第一次出卖拿破仑，他与沙皇秘密勾结，劝告亚历山大抗拒拿破仑的霸权。亚历山大从中了解到拿破仑帝国并不像外表显示出来的那样牢不可破，但是亚历山大还是害怕拿破仑，无论如何现在不愿与他决裂。所以法俄同盟在形式上仍然有效，但是今后拿破仑不可能再指望它了。
拿破仑还与沙皇联名写信给英国国王乔治三世，要求他考虑全面的和平，但毫无回音。法俄两国最后签署了一个秘密协定，该协定进一步确定了双方通过《提尔西特和约》建立起来的同盟关系，俄国同意和法国一起对付英国。但是尽管拿破仑一再鼓动劝说，沙皇也没有答应一旦法国同奥地利再次爆发战争，俄国就加入法国一方对奥宣战，亚历山大只是谨慎地表示将保持中立，决不帮助奥地利。拿破仑对这个协议并不大满意，但好歹得到了俄国的承诺，消除了最大的隐患。于是拿破仑下令削减驻守在东欧的大军团，仍旧留在德意志的部队有7.5万人，改称莱茵军团，由达武指挥，贝尔纳多特军留守汉堡，苏尔特和拉纳的军队则奉命开往西班牙。在对付奥地利之前，拿破仑决定先要解决西班牙问题。
拿破仑亲征西班牙
在大幅度削减了东线的兵力后，拿破仑把主要精力转向西线。10月30日，他在近卫军的簇拥下，离开巴黎，11月5日抵达西班牙北部城市维多利亚，开始直接指挥西班牙境内的法军。法军现有5个军以及近卫军、骑兵，人数已近20万，其中维克多元帅的第一军有2.9万人，苏尔特元帅的第二军有2万人，蒙塞元帅的第三军有2.4万人，勒费弗尔元帅的第四军有2.3万人，内伊元帅的第六军有3万人，圣西尔将军的第七军有3万人，贝西埃尔元帅的近卫军加上骑兵有3.5万人。此外，莫蒂埃元帅的第五军和朱诺将军的第八军也正在法国本土集结，必要时可再增加4.3万人。这是一支令人生畏的庞大兵力，粉碎散布在各地的11.5万西班牙正规军和民兵似乎绰绰有余。相比之下，西班牙军队装备较差，训练和纪律都很糟糕，没有统一的指挥，各部队之间也缺少协同配合，给法军创造了各个击破的机会。
拿破仑决定首先收复马德里，与此同时，还要确保从维多利亚至法国的交通线。他将维克多的第一军、苏尔特的第二军以及勒费弗尔的第四军编为右路集团，向维多利亚以西扫荡，中路的内伊军南下，左路的法军2个军统归拉纳元帅指挥。当拉纳的部队与拜兰的胜利者卡斯塔尼奥斯将军指挥的西班牙军队遭遇时，内伊军立即赶来协助拉纳，对卡斯塔尼奥斯所部合围夹击。11月23日，西班牙军队在埃布罗河谷的图德拉遭到惨败，3000人被俘，损失26门大炮。法军乘胜南下，势不可挡，一直推进到瓜达拉马山前。这条山脉高达6000英尺，是马德里的北部屏障，西班牙军队有1.2万人在此据守，但还是被维克多的第一军强攻突破，西班牙人又损失了十多门火炮，许多人当了俘虏。拿破仑不停顿地向马德里进军，在法军炮火的威胁之下，无险可守的西班牙首都终于在12月4日投降。接着，拿破仑命令北面的苏尔特军继续西进，将另一支西班牙军队逐退至西班牙西北部的加利西亚，维克多军据守中部，拿破仑本人则打算率领4.2万军队沿着塔古斯河谷顺流而下，以重新征服葡萄牙。并消灭盘踞在那里的英军。
这时，在葡萄牙的3万英军奉英国政府之命，也已进入了西班牙境内。约翰·穆尔爵士的部队10月底从里斯本出发，11月中旬集结在马德里以西120英里的萨拉曼卡一带，但是西班牙当地武装并未给予英军什么支持，他们既不提供给养也不配合行动，英军只好单独行动。12月，穆尔决定进攻北面孤军突进的苏尔特军，英军此时有2.8万人和66门火炮，而苏尔特军只有1.8万人，形势似乎对英军有利。但穆尔起初并不知道拿破仑的动向，在北进途中抓获了一些法军俘虏后，才获悉拿破仑的主力正向他开来，并企图切断他与葡萄牙基地的联系。吃惊之余，穆尔火速命令部队向西北方向撤退，开往加利西亚的海港城市拉科鲁尼亚，以便在万不得已时撤出西班牙。
得知英军的动向时，拿破仑正在马德里忙于改组西班牙政府，并为进军葡萄牙做准备，英军占领萨拉曼卡并和苏尔特军遭遇的消息打乱了他的原先部署，他立即决定向马德里西北的巴利亚多里德进发，力争将英国人赶下大海。12月下旬，他留下约瑟夫国王和第一、第四两军把守马德里，自率4.2万人前去支援苏尔特。拿破仑一路强行军以图赶上退却的英军，但到了1809年1月，由于奥地利的动向令他时刻不安，他感到必须立即退回巴黎，准备应付东线日趋紧张的局势，便把继续追击的任务交给苏尔特和内伊，自己则匆匆地离开西班牙退回巴黎。
由于西班牙的战事未能结束，1809年度的新兵又已被用于补充在西班牙的法军，拿破仑只好再征召1810年度的新兵8万人。西班牙的战局现交由他的参谋长贝蒂埃元帅负责，如果英军登船退走，则由约瑟夫国王接管在西班牙的全部法军的指挥权。皇帝写信告诉约瑟夫说：“欧洲的局势迫使我返回巴黎3周。如无意外，我大约在2月底即可回来。由波尔图和加利西亚同时攻入葡萄牙的计划，贝蒂埃将会告诉你。我预计1月21日可到达巴黎，大部分路程都要骑马。关于我离开这里的事务必保密14天，就说我去萨拉戈萨了。”
1月中旬，紧追不舍的法军终于在拉科鲁尼亚赶上了英军，双方进行了一场激战，结果穆尔在战斗中阵亡，英军损失6000人，但余部得以登船撤离。拿破仑以为半岛战争大局已定，虽然葡萄牙尚有待征服，但此事可以放在彻底打败奥地利以后再说。但他错了，英国并不打算就此放弃争夺伊比利亚半岛，1809年年初它与西班牙、奥地利先后签订了同盟条约，组成第五次反法同盟。随着法国与奥地利之间再次爆发战争，拿破仑已经不可避免地犯下了两线作战的兵家大忌。
两线作战：第三次法奥战争的爆发
由于奥地利一直在整军备战，拿破仑觉得应该对奥地利进行一场决定性的战争，以彻底打垮这个顽固的死敌。1809年1月下旬，拿破仑置西班牙的战事于不顾，从巴利亚多里德秘密回到巴黎，立即着手组建对奥作战的部队。他先是命令贝西埃尔将镇守西班牙北部各地的近卫军调回巴黎，然后又请来伤愈复出的马塞纳指挥一个新组建的军，该军由4个步兵师和1个骑兵师组成，预定3月上旬在莱茵河畔的斯特拉斯堡集合完毕。这时，有关奥地利的最新军事情报源源不断地送到了拿破仑手中，使拿破仑感到了局势的严重性。据估计，奥地利军队主力拥有9个军，统由查理大公指挥：主力分为两路，右路奥军4个军位于波希米亚境内，约有16.5万人，左路奥军3个军位于施蒂里亚和卡林西亚地区，也有9.5万之众。这26万军队负责进攻法军。另有两个军作为预备队，共10万人，一个在临近波兰的加利西亚地区，面对法国的盟友华沙大公国，由斐迪南大公指挥，另一个由路易大公指挥，负责保卫首都维也纳。奥地利军队合计拥有36万人，这是一支令人生畏的庞大军事力量，看起来奥地利是倾尽全力准备一搏了。
相比之下，在德意志境内的法军兵力要薄弱得多，达武、乌迪诺和贝尔纳多特的部队加在一起也不过9万人，因此在援兵来到之前，拿破仑根本不可能像1805年时那样进行主动出击，他决定先采取防御态势，聚集兵力，后发制人，待奥地利军队暴露意图之后再予以打击。当务之急是立即增兵德意志，但是由于西班牙的局势不稳，他无法从那里抽调太多的部队，只好向他的盟友讨救兵。为此，拿破仑向莱茵邦联诸国警告说，他们将要面临奥地利入侵的威胁，因此必须在国内进行动员，并把军队交给他调遣。这些仆从国的君主不敢不从，于是拿破仑又获得了大约10万人的援兵，但这些军队的战斗力不强，仅有巴伐利亚军队稍有实力。巴伐利亚国王马克西米连·约瑟夫恳求让他的王储指挥本国军队，却被拿破仑一口拒绝，他把指挥权授予了但泽公爵勒费弗尔元帅，此人因能力不强，刚被拿破仑从西班牙战场上撤换下来。贝尔纳多特则奉命从汉堡调往德累斯顿，负责指挥萨克森国王所提供的军队。
拿破仑的这种做法，极大地刺伤了盟友的自尊心，但他根本不在乎。在他眼里，这些貌似尊贵的君主其实一文不值，只要他看不顺眼，他们随时可能沦为乞丐。他也看不起他们提供的军队，只让他们做点看家护院的杂活。拿破仑还是将战胜奥地利军队的重任交给了他所信赖的法国军队，他命令用马车将近卫军火速从西班牙接回巴黎，以便能早日听从他的调遣。由于缪拉已被晋封为那不勒斯国王，拿破仑改由贝西埃尔指挥在德意志境内的骑兵部队，贝西埃尔原先的职务则由克勒曼元帅接替，此人曾在马伦哥战役中表现突出，并与朱诺一起在葡萄牙打过仗。拉纳元帅也奉命离开西班牙，前往德意志。
拿破仑估计奥地利最早将于4月中旬发起进攻，他还有一些时间加紧组建在德意志的大军。到目前为止，他已拥有14个步兵师，14.5万人，257门火炮，9.5个骑兵师，2.7万人，分属第二、第三、第四、第七（巴伐利亚军）4个军和1个骑兵军，由拉纳、达武、马塞纳、勒费弗尔和贝西埃尔分别指挥。近期内还有望得到近卫军的增援，这支精锐部队拥有1.8万步兵和4000名骑兵，60门火炮。为了保护后方，还正组建第八军（奥热罗元帅指挥）、第九军（萨克森军队，由贝尔纳多特指挥）和第十军（由威斯特伐利亚国王热罗姆·波拿巴指挥）。拿破仑打算在法军完成集结之后，将大本营设在多瑙河上的小城多瑙沃尔特，斯特拉斯堡将作为主要的补给基地，法军正在大量制作面包干粮，并准备在多瑙河上组织船运，输送弹药给养。
可是，没等他准备停当，奥地利却已抢先一步发起进攻。4月9日，查理大公未经宣战就率领4个军14万大军越过边境侵入巴伐利亚，其左翼直逼首都慕尼黑。科洛华特伯爵的第五军作为右路，在多瑙河以北配合行动。约翰大公的军队则侵入意大利。由于消息不及时，拿破仑在奥军越境的第二天才惊悉奥地利的进攻已迫在眉睫，措手不及的他当时还逗留在巴黎，代行指挥之权的参谋长贝蒂埃元帅也在后方的斯特拉斯堡。此人虽具有一名好参谋长的素质，但缺乏决断力，根本不适合指挥全军，在拿破仑不在场的情况下显得手足无措。法军各军团尚在集结运动中，分布得也很散，如果奥军行动迅捷的话，本来是有可能将法军各个击破的，但是查理大公由于吃过拿破仑的亏，因而变得小心翼翼，奥军行动十分迟缓，使法军得以避免一场惨败。
反客为主：累根斯堡-埃克缪尔战役
拿破仑4月13日离开巴黎，两天后抵达斯特拉斯堡，并于4月17日前出至多瑙沃尔特设立了大本营。此前一天，拿破仑继子欧仁亲王指挥的驻意大利法军进攻南下的约翰大公军队，但被击败，欧仁被迫退至皮亚维河对岸。与此同时，在蒂罗尔地区也爆发了反抗巴伐利亚统治的大规模暴动。另外，查理大公率领的主力部队正缓慢地向多瑙河上的重镇累根斯堡挺进，该城由达武的第三军把守，由于位置突出，达武的军队还受到了多瑙河北岸的奥军科洛华特的威胁，面临两面突击的第三军随时有被粉碎的危险。拿破仑所处的军事形势十分险恶，原先在德意志的大批军队已被调往西班牙，而赶来增援的近卫军正在途中，骑兵军团也尚未完成集结，达武和勒费弗尔的军团正受到两倍于他们的奥军的进攻。他目前可以动用的预备队只有位于因戈尔施塔特的一个重骑兵师（5100人）以及刚刚抵达奥格斯堡的乌迪诺的第二军（2.13万人）和马塞纳的第四军（3.76万人），而这两个军由于长途行军已经疲惫不堪。全部法军加起来有14.8万余人，当面奥军却有18万多人。