英国舰队逃离土伦，使土伦守军和王党分子惊恐万分。就在这个漆黑之夜，王党分子成群地挤在码头上，大声地向英国、西班牙和那不勒斯的船只发出哀号，请求帮助他们逃离这座马上就要陷落的城市，而联军也丧失了负隅顽抗的信心。17日下午，反法联军召开军事会议，决定放弃土伦。当晚，联军撤出了法隆炮台和马尔博斯克炮台，放弃了鲁日等一些多面堡。18日白天，法军收复了土伦城外的所有炮台和阵地。晚上法军先头部队冲进了土伦城。19日上午，法国大军开进了土伦。这个法国南部的重要港口城市从外国侵略者手中回到了法国人手中。这极大地鼓舞了法国人民的斗志，打击了王党分子的叛乱活动和反法联军的侵略气焰。10月25日，国民公会在全国各地举行盛大集会，隆重庆祝法军收复土伦。
土伦战役规模虽然有限，但这是拿破仑指挥的第一个重要战役。正是在这次战役中，拿破仑第一次显示了他敏锐的洞察力、丰富的想象力和卓越的指挥才能；正是在这次战役中，拿破仑身先士卒，冲锋陷阵，从而赢得了广大士兵的崇高信任和衷心拥戴；正是在这次战役中，拿破仑由一个默默无闻的普通军官一跃成为令人瞩目的风云人物；正是在这次战役中，拿破仑开始受到了上层的赏识。当时担任围攻部队炮兵指挥官的杜纪尔将军，在战后写给巴黎陆军部的报告中不无夸张地写道：“我简直无法用语言向你们形容波拿巴的功劳。他知识非常丰富，智力相当发达，性格异常坚定，但这还不能够使你对这位非凡的军官的优秀品质有个最起码的了解。”因此，他热切希望陆军大臣为了共和国的利益，留下拿破仑。杜戈梅将军在战后为拿破仑晋升军衔时给救国委员会的信中写道：“请你们奖励并提拔这位年轻人，因为如果不酬谢他，他也会靠自己而出人头地的。”根据杜戈梅将军的提议，拿破仑于1794年1月14日被破格提升为炮兵准将，年仅24岁。
波拿巴炮震花都
在1793年的共和国内外交困之时，革命的人民以巨大的热情攻陷里昂，平息联邦派叛乱；克旺代，击败叛军主力。10月16日，打败奥地利主力军；12月19日把英国人从土伦赶走，普鲁士、西班牙军队也一一溃退。到1794年年初，法军已到外线作战，外国干涉军全被赶出法国国土。在经济上，囤积居奇、哄抬物价的现象已经得到相当大的遏制，经济混乱得到一定的克服。这一切成绩的取得离不开雅各宾派政府实行的革命恐怖统治。
然而在以革命的恐怖对待反革命的恐怖的过程中，违反法制、滥杀无辜、侵犯人权的现象比比皆是，令人心寒，特别是资产阶级。当听到巴雷尔的“里昂曾向自由进攻，里昂已不存在”的狂妄叫嚣的时候，当看到巴拉斯、弗雷隆在土伦将大批的叛乱者和普通民众杀死的时候，当闻到卡里埃与他的“马拉连队”在南特肆意搜查民宅，将数以万计的被捕者驱入河中集中溺死或集体枪杀的时候，当企图消灭基督教的“非基督教化运动”如火如荼开展的时候，革命的恐怖已在平民百姓的心底滋生。当王后玛丽·安托瓦内特，吉伦特派的布里索、维里奥、让索内、拉索斯、罗兰夫人，立宪派的巴伊等一个个政敌被送上断头台的时候，绝大多数人也许还心系革命，还在为恐怖统治欢呼。
但当罗伯斯庇尔以“制止那些无法无天的、与外部阴谋正相吻合的狂乱行为”为借口，将雅各宾派内部持不同政见者的埃贝尔派和丹东派也送上断头台时，许多人，特别是迫于形势而接受恐怖统治的资产阶级清楚地意识到恐怖统治的使命已经完成，罗伯斯庇尔已把“恐怖变成了保护自己的一种手段，从而变成了一种荒谬的东西”。为“珍惜人类鲜血”，必须将罗伯斯庇尔送上断头台。于是，政见各异的人们在反罗伯斯庇尔这一点上联合起来，包括以塔里安、弗雷隆、巴拉斯、富歇为首的宽容派，以科洛-德布瓦、比约-瓦雷纳、瓦迪耶、阿马尔为代表的埃贝尔派以及平原派等。他们在热月9日发动政变，将罗伯斯庇尔、圣鞠斯特等人逮捕，并送上断头台。
土伦战役之后，在1794年2月，波拿巴被任命为意大利方面军炮兵指挥官。任职期间，他深受国民公会特派员萨利塞蒂和罗伯斯庇尔的弟弟奥古斯特·罗伯斯庇尔派赏识。他为军团预计发动的春季攻势拟制了作战计划，并创造性地解决了炮兵在冬季山地作战中的机动问题。但在热月政变发生后，热月党人因他与小罗伯斯庇尔关系密切而解除了他的职务，并于8月8日（另有9日、10日说）将他逮捕，拘禁在地中海沿岸的昂蒂布方形堡中。他的副官朱诺曾建议他越狱，但被他拒绝。他在信中这样写道：“人们可以不公正地对待我，亲爱的朱诺，但我是清白无辜的，这就够了。我自己的良心是使我的行为受审的法庭”，“当我检查我的行为时，我的良心是安宁的。”他写信给驻意大利方面军人民代表萨利塞蒂、阿尔比特，提出申诉说：“从大革命开始起，我一直没有同原则（指1789年原则）联结在一起吗？没有看见我不论为反对国内敌人，还是作为军人反对外国人所进行的斗争吗？我牺牲了我在自己省区的家园，我抛弃了我的财产，我为共和国失去了一切。——爱国者该不该不加考虑地抛弃一位曾经对共和国并非毫无用处的将军呢？”他要求“消除环绕在我周围的迫害，重新树立我的爱国者的荣誉”。8月20日，因无证据，加上萨利塞蒂的帮忙，拿破仑被释放。不久，他又恢复了军衔。
出狱后的波拿巴渴求沙场显身手，但很长一段时间他处于半失业状态。郁郁寡欢的他回到了马赛。在这儿，有他的亲人，更有他的心上人德茜蕾·欧仁妮。这位未满16岁的小姑娘已深深地占据了拿破仑的心。1794年春，他在富商克拉利家结识了她。波拿巴瞬即情窦绽开，爱上了她。在他被拘之日，德茜蕾曾千方百计地为她的心上人送去包裹，令波拿巴感动不已。波拿巴说：“当时欧仁妮的包裹送来的是柔情，是勇气，是力量，是我挣脱锁链的信念。”回到马赛时，他的欧仁妮已出落得益发俏丽。波拿巴真正倾心于她。
1795年年初，波拿巴获悉保利呼吁英国前往科西嘉援助他。法国决定组织远征军。心系法国、梦念前程的拿破仑实在无法在马赛无所事事地呆下去。4月21日，他与欧仁妮私订终身。5月8日，一个漆黑之夜，身无分文的他向欧仁妮借了98法郎。藏好她送给他嵌有她秀发的胸饰，带上他的生死部下和好友朱诺、马尔蒙和弟弟路易直奔花都巴黎而去。波拿巴满怀希望地来到巴黎。他原以为凭借土伦之功必可谋得一份好差使，但他只谋得了出征科西嘉岛军队炮兵司令之职。两个星期之后，法国舰队大败而归。
5月底，波拿巴回到巴黎。当局不信任他，不断排挤他。当局给他高位，要他去旺代，以便调虎离山。他拒绝了。之后，他走门串户，总算在救国委员会所属作战委员会地志办公室又谋得武官一职。一位新来的陆军部长急于改善意大利前线的状况，准备起用新人。几年来一直醉心于研究意大利沿海地区和意大利边境情况的波拿巴被推荐给了他。但这个申请并没有被批准，波拿巴反而被当局派往了意大利。但在意大利的将领们推三挡四，使波拿巴根本无法就任。波拿巴只能再回到巴黎，继续他的流落生活，等待一个生命的转机。