“伯雷勒芬”号载着拿破仑7月26日驶抵英国港口普利矛斯，城里的英国居民都想一睹法国皇帝的风采，港口每天都是人山人海，小艇成群，都想靠近“伯雷勒芬”号，结果还有几个人落水淹死。但未呆多久，英国政府决定将这位退位的皇帝流放到其属地圣赫勒拿岛，这是该岛前任总督推荐的。圣赫勒拿岛是一个火山岛，位于南纬15度半的大西洋上，离最近的非洲大陆海岸也有2000公里之遥，多山地，孤僻而荒凉。全岛面积只有122平方公里，气候宜人，全年平均温度为21摄氏度。该岛由葡萄牙航海家首先发现，当时归英国东印度公司管辖。圣赫勒拿岛在大洋中如此远离陆地，可彻底断绝拿破仑与法国的一切联系，防止其卷土重来。该岛所有的登陆点都有炮台防卫，最近又在各处悬崖峭壁上设置了信号站，如有船只驶向该岛进行营救，远在60英里外，这些信号站就能发现，用信号将情报迅速发回总督府。拿破仑被囚禁在那里，欧洲各国的王公贵族从此就可以高枕无忧了。他们之所以要将拿破仑终身囚禁，不仅因为他个人的威名使他们心惊肉跳，还因为他们要打击报复这个竟然敢娶帝国公主的暴发户士兵。这种悲剧式的流放，结果反而使拿破仑的一生更增添了具有浪漫主义色彩的魅力，受到欧洲帝王的迫害，使他在法国人心目中又成为一个民族英雄。
7月31日英国海军官员向拿破仑递交了英国政府的书面决定，内称：为防止欧洲和平再受扰乱，决定限制他的自由，“至何程度，视需要而定，务必达到上述首要目的”；同时决定以圣赫勒拿岛为其居留地，因该岛既有益于健康，又可以实行较小程度的限制。拿破仑闻听要把他囚禁在圣赫勒拿岛时，立即提出长篇大论式的抗议，说人们没有权力把他当作俘虏，他是“经与舰长事先磋商”，作为乘客，坐“伯雷勒芬”号前来的。他要求获得英国公民的权利，并愿在远离海滨的乡间住宅定居，甘受特派官员对他的行动和通信实行监督。到圣赫勒拿岛，不出3个月他就要丧命，要去那里，不如死了的好。但无济于事，英国人已受同盟国的委托，要牢牢看管住他，所以对他的抗议置之不理。并且，英国人把拿破仑作为全体同盟国的战俘而非英国的俘虏来处理，所以各同盟国8月2日在巴黎签署了有关拘禁拿破仑的协约，规定：其他同盟国家应派出专员，以见证拿破仑确已被妥为拘禁。
8月7日，拿破仑被从“伯雷勒芬”号转移到了“诺森伯兰”号巡洋舰上，该舰押送拿破仑去圣赫勒拿岛，拿破仑选定随行的侍从有贝特朗伯爵将军夫妇、蒙托隆伯爵将军夫妇、古尔戈将军、拉斯卡斯伯爵等人。经过67天的航行，英舰于10月17日傍晚把这位被俘的皇帝送到了岛上。英国政府拒绝让拿破仑的众多忠实者前来岛上陪伴他，只有包括上述人员在内的少量随从获准到流放地照顾皇帝。当晚拿破仑住在首府詹姆斯顿一所住宅里，后来搬到城外的副总督住所“长林”里。“长林”靠近风涛拍岸那一边，较为保险，周围是一片平地，也较易于站岗放哨，并且适宜于骑马、驾车活动或闲游散步，这些都是拿破仑的消遣爱好。
1815年11月20日，反法同盟各国与战败国法国签订了第二次巴黎和约。欧洲的地图再一次被重新画过，法国退回到了1790年的边界，失去了十余年征战得来的所有土地；法国必须赔偿7亿法郎巨款，外加私人要求赔偿的2.4亿法郎；反法同盟军队占领法国3—5年；此外，拿破仑军队在外掠夺的各国艺术品也得交还。同时各国还商定，永远不许波拿巴家族重登法国王位。俄、奥、普三国进而结成所谓的“神圣同盟”，声称要按基督教教义保障和平，并确保欧洲大陆有良好的政府，实际上这是一个镇压革命、极其反动的封建军事同盟。
内伊在滑铁卢战役失败后，逃跑未成，被波旁政府逮捕，1815年12月以背叛路易十八的罪名被判处死刑。在内伊遭枪决前不到两个月，收复那不勒斯失败而被俘的缪拉也被奥地利人处死。达武被路易十八关押了几年，1817年获释，恢复名誉并被封为贵族。苏尔特也被波旁王朝流放国外，1819年获赦回国，波旁王朝垮台后还曾三度出任法国首相。格鲁希也被逐出法国，被迫旅居美国，1821年获赦回国，后又恢复元帅军衔，并进入贵族院。阴谋家富歇虽然投靠了新主子，被路易十八重新任命为警务大臣，但很快就被免职，1816年被逐出法国，最后死于奥地利。拿破仑的几个兄弟幸运地逃脱了惩罚，后来都居住在意大利。约瑟夫先是逃亡美国，在那里一直呆到1832年才回到欧洲。路易·波拿巴自1810年被拿破仑赶下荷兰王位后，余生大部分时间住在意大利，他的儿子后来在法国称帝，是为拿破仑三世。热罗姆·波拿巴在他的侄子夺取法国政权后，成为参议院议长。拿破仑的继子欧仁·德·博阿尔内在意大利的领地得到了维也纳会议的承认，后来成了巴伐利亚的埃希施塔特大公。波拿巴家族里要数拿破仑的境遇最糟糕，对于这位文治武功盛极一时的英雄来说，现在的日子可谓惨痛到了极点：强大的帝国灭亡了，儿子被哈布斯堡家族监管，皇后也远离他而去，他自己则余生遭困，身处万里汪洋之中，牢笼禁锢之下，有如饱受风浪摧残的无主孤舟，被弃之于海上。
经过英国人的修缮扩建，“长林”别墅面貌一新，12月9日拿破仑搬入新居，这回他不用抱怨房间的狭小了。当然，新居同他过去的皇宫无论如何是没法比的。新住宅有5个房间归拿破仑使用，3间归蒙托隆一家，两间归拉斯卡斯父子，还有一间归古尔戈。贝特朗一家住在1英里外的一座小别墅里。拿破仑无需英国军官跟随而可以自由活动的范围，大致是一个长约12英里的三角形地带。他要是走出这个范围，就必须有英国军官陪同；而且，倘若海面上出现来历不明的船只，他就必须回到这个范围内。拿破仑一行人的来往信件都必须由总督审查。拿破仑讨厌英国军官跟随，所以几乎从不越过界限，通常只是在“长林”周围的场地活动。
英国人看管得很严：拿破仑一到岛上，总督立刻把不宜留在当地的外国人送走；在圣赫勒拿岛常驻4艘军舰；除了东印度公司的商船外，其他商船非因天气所迫或需要补充淡水，均不得在此地停靠。所以流放者对这些防范措施一开始就是抗议不休，他们意识到，在英国人的严密监视下，几无逃脱的希望。每当雨季来临，他们就闷闷不乐；见到身着鲜红军服的英国兵，他们就唉声叹气。对于法国人提出的让拿破仑不要英国军官跟随而在岛上随意走动的要求，总督也是毫不让步。总而言之，专制皇帝现在要品尝别人的专制统治滋味了，拿破仑的流放生活就这样开始了。