太祖将胡惟庸凌迟之后,又将陈宁等人一律正法。涂节虽然自首,但终究收了贿赂,参与了谋划,也被处以死刑,其余的党羽均遭到连坐。这次狱案中,有一万多人被屠杀。只有李善长、陆仲亨、费聚三个人因为和太祖是患难之交,太祖不忍心加罪。后来,太祖听说云奇重伤身亡,非常惋惜,就追封他为右少监,赐葬钟山。翰林学士承旨宋濂那个时候已经罢官,他的侄子宋璲和长孙宋慎都被判为胡惟庸的党人,而遭连坐。随后,宋濂也被押送到京城,准备投入大狱,处以死刑。马皇后进谏说:“百姓家里给儿子请个老师都非常敬重,何况宋濂曾经亲自教过皇子,难道就不能保全他吗?”太祖说:“既然是逆党,还谈什么保全?”马皇后又说:“宋濂早就告老还乡了,一定不知道这件事情。”太祖生气地说:“你一个妇道人家,知道什么?”马皇后低头不语。后来,马皇后侍奉太祖进餐,没有准备一点酒肉。太祖问她什么原因,马皇后痛哭流涕:“臣妾听说宋先生马上要被斩首,心里面痛惜得很,愿意替皇子们服丧。”太祖扔下筷子,当即赦免了宋濂,将他安置在茂州。宋濂走到夔州的时候,因病逝世。宋濂教导太子十一年,兢兢业业。当时,海外各国的使节前来拜访,必问宋濂是否健康。宋濂去世时七十二岁,朝中上下,无不痛惜。
洪武十四年秋,太祖命傅友德为征南将军,蓝玉为左副将军,沐英为右副将军,率步骑三十万,征讨云南。云南在元顺帝时,被明玉珍攻破,后来大理援军赶到,击退了明玉珍。元主北逃之后,云南没什么变化。太祖认为那里过于偏僻,不想用兵,特意命翰林院待制王祎前去诏谕。哪知元主派人去征粮,胁迫王祎投降,王祎因不肯屈服而惨遭杀害。后来,太祖再派湖广行省参政吴云前去,又被杀害。
太祖一气之下,命傅友德等人南征,旌旗蔽江而下。傅友德到达湖广之后,调集都督郭英、胡海、陈桓等人,领兵五万,从四川永宁赶往乌撒。自己带着大军从辰沅赶往贵州,路上攻克了普定、普安。元朝梁王把匝剌瓦尔密派遣司徒平章达里麻领兵十余万,驻扎在曲靖,抵御明军。沐英献计说:“元兵认为我们远道而来,肯定一时不能深入。如果我们火速前进,出其不意,一定可以破敌。”傅友德点头称好,于是连夜进兵。快到曲靖的时候,忽然天降大雾,茫茫然一片。明军冒雾疾进,直抵白石江。白石江在曲靖的东北面,距城不过几里。达里麻这时才得知消息,急忙派一万精兵临江堵截。傅友德又用沐英的计策,把军队驻扎在江边,做出要渡江的样子,暗中另派奇兵从下游偷偷渡江,杀到敌人阵后,张旗鸣鼓。达里麻大惊失色,急忙分兵抵敌。沐英见敌人的阵势已经松动,料知敌人中计,急忙麾军渡江。元军腹背受敌,自然抵挡不住。明军乘势逼近,喊杀声惊天动地。沐英亲自率领铁骑,横冲而入,直奔达里麻跟前,大喝一声,挺枪直刺。达里麻被他一吓,竟然摔落马下。明军一拥而上,将他擒获。这场战役,共俘虏两万多士兵。
傅友德又分别派蓝玉、沐英等人赶往云南。自己带着部下赶往乌撤,为郭英等人声援。元梁王把匝剌瓦尔密,听到达里麻失败的消息,无心守城,逃入罗佐山,自刎而死。蓝玉、沐英接着带兵攻下板桥、临安等地。当时郭英、胡海、陈桓等人已经进到赤水河,斩木造筏,计划半夜的时候渡江。傅友德率大军前来支援他们,随即攻下乌撤一带,接着攻克七星关,直通毕节。远近的蛮夷,如东川、乌蒙、芒部等都望风归降。蓝玉、沐英这边又接连攻下大理、鹤庆、丽江、石门关、金齿,于是蛮夷部落一律降服,云南平定。沐英带着蓝玉与傅友德等人在滇地会师,联名报捷,并筹办善后事宜。没过多久,接到太祖诏谕,命傅友德、蓝玉等人班师回朝,留沐英镇守云南。沐英在云南设立官员,垦荒屯兵。百姓安居乐业,赞不绝口。太祖念沐英有功,就命沐氏世世代代镇守云南。
元主爱猷识理达腊在洪武十一年夏季谢世,他的儿子脱古思铁木儿即位,免不得又来侵扰边境。大将军徐达和副将军汤和等人奉命讨伐,擒住元平章别里不花,元兵败退。没过多久,徐达、李文忠先后病逝。太祖悲痛欲绝,追封徐达为中山王,李文忠为岐阳王,还亲自为他们立碑祭祀。太祖曾对诸将说:“领命即出,成功即归,不卑不亢,不恋美色,不贪珠宝,忠正刚毅,与日月同辉,只有大将军徐达一人。”接着,太祖下令封边固守,好几年没有出塞。
洪武二十年,元太尉纳哈出率领重兵屡次侵犯辽东。蓝玉奉命前去抵抗,立了大功。太祖非常高兴,将他比作卫青、李靖。等到他凯旋归来的时候,又晋封蓝玉为凉国公。蓝玉身材高大,长相雄武,有大将之才,因屡次立功,渐渐得到太祖的赏识。蓝玉还是常遇春的妻弟,常遇春的女儿又是太子标的元妃,有着这层亲戚关系,蓝玉更是骄纵。元妃长得颇有姿色,蓝玉与她早晚接触,免不了有些勾搭的情事。朝中的人议论纷纷。太祖知道后,将蓝玉招来质问。元妃心中惭愧,自缢而死。太祖命人在赐给蓝玉的铁券中嵌入玉罪,让他引以为戒。谁知蓝玉死性不改,又霸占了东昌的民田。那时马皇后早已驾崩,太子也病逝,鲁王朱檀嗜药身亡,潭王朱梓谋变自焚,秦王朱樉被软禁,周王朱被贬徙。这一桩桩事情让太祖懊恨不已,于是大兴党狱。韩国公李善长都被赐死,那专横跋扈的蓝玉,还有什么生还的希望?