由于前世太多******负面整编军队，排除异己的传闻，这次杨轩苦心设计了这一套柔性整军方略，希望能够统一川省军政，想不到还是暂时受挫。
现在看到各部兵马都只顾着自己那一亩三分地带病离开了，如此整编川军图谋落空，为此杨轩决定先整编所属忠义军。
按照现代军队编制的团、营（司）、大队（局）、总旗（中队）、小旗（小队）组建部队，那么完全可以在这之上组建军、师、旅这种编制。
还别说古代中国就是按照如此方式组建军队，周朝规定军队的编制分为军、师、旅、卒、两、伍六个等级，有天子將六军，诸侯将三军的说法。
当然古代军师旅人数不同，比如一个旅约莫500人，一个师约莫2500人，一个军约莫12500人。
从周朝以后，在历史上只有太平天国按照这种方式整编军队，虽然有的人说其一个军人数大多只有一个师（即2500人）。
作为穿越者，在借鉴古代与现代军队编制基础上，希望按照现代方式进行整编，如此改良版军队编制。
按照前世模式，最理想的方式两个团组成一个旅，四个团组成一个师，但目前只有十六个步兵团，杨轩不想组成实力较大的镇（师）从而让自己权利受到太大影响。
如此先组件旅（协）这种编制，然后再在旅（协）基础上发展为镇（师）这种编制，然后再在下面下面组件旅这种军队编制，按照这种模式，基本上两个团组成一个临时师。
改编之后，分别是：
警卫协（旅）由警卫团、第7团构成，第16团，其主要将领包括副将曹章、参将冯有庆、都司牛大勇、王皋等，这也是第一个相对满足师镇编制的军队。
第1协（旅）由第1团与第15团与1个补充营组成，其主要将领为副将樊明善、都司温自让、杨永泰，驻防重庆府。
第2协（旅）由第2团、第12团与一个补充营组成，主要将领分别为副将陈应宗、游击赵得胜，驻防龙安府。
第3协（旅）由第3团、第10团与一个补充营组成，主要将领分别为参将郭崇烈、游击王之邦、都司郭宁，驻防保宁府。
第4协（旅）由第4团、第8团与一个补充营组成，主要将领分别为参将姚之帧、都司杨福全，驻防顺庆府。
第5协（旅）由第5团、第9团与一个补充营组成，主要将领分别为杨秉义、都司王树极，驻防潼川州与保宁府绵州。
第6协（旅）由第6团、第14团组成，主要将领分别为参将刘惟明、都司杨威，前往都江堰重修水道
第7协（旅）由第11团、第13团组成，主要将领分别为参将靳统武、都司王高、蒌义，驻防成都府。
除此之外，这次迭败满蒙八旗，缴获马匹甚多，骑兵也得到扩编，扩编后骑兵有1500人，组成三个团，由副将马潮统一指挥，游击将军为都及归协助指挥。
由于将水军作为大军粮道，目前水军共编为5个营，每个营包括1个飞虎战舰大队，2个舢板船大队，2个运输大队，由副将陈怀西统一指挥，参将王复臣、都司贺斗等人襄助。
为了笼络杨展、曹勋，在分别委任其为四川都指挥使、行都指挥使之后，杨轩更委任殷承柞为都指挥使同知，负责作战，赵荣贵为都指挥使佥事，负责屯耕，情报司都司潘梦科负责情报，参谋司千总王志耀、洪正龙，襄助作战。
除了大赏三军将士，除了整编部队之外，一路上杨轩最关心的就是伤号救治。
这次忠义军虽然在顺庆城下击败豪格所部入川清军主力，在广元百丈关前实现关门打狗，驱逐豪格所部入川大军，回师重庆会同其他各路明军一道全歼蛮清衍禧郡王罗洛浑所部清军，即便如此，忠义军伤亡也颇为巨大。
两个月下来，忠义军病死一千，战死四千，重伤两千，至于战伤负伤的那只会更多（在古代中国为了鼓舞将士们勇气，轻伤员只是简单救护，而不需要特别救治的）。
望着长长的伤员名单，想着营中轻重伤员，杨轩再次感到军队后勤保障，伤员救治的重要性。（在古代中国，很多战争因为将士们营养不良，或者战场救治不及时病死的远远超过战场死伤。）
对重伤员虽然有通过鸦片暂时缓解身体疼痛，但比起身体疼痛更严重的是伤口发炎，就是伤口流脓，以及创伤进一步恶化。
虽然见惯生死，但总医官黄学懋还是强忍着泪珠叹息不已，这两个月下来每天就有10余人因为伤口流脓而不治生亡。
作为穿越者，杨轩当然是知道细菌感染，伤口发炎而造成伤病扩大，但在古代缺医少药，治疗设备简陋而显得束手无策。
每天听到很多英勇将士就这样痛苦的离开人世界，杨轩显得颇不甘心，这天召集众医官商讨对策。
大家一字排开，很多人满脸血丝，一些人唉声叹息，大家当然知道处理伤口最重要的就是止住血，最重要的就是避免伤口流脓，但大家又有什么办法呢？
身体前驱，杨轩低声问道：“各位先生（古代对老师、阴阳师傅，郎中尊称），大家饱读黄帝内经，本草纲目等医术，大家都是一方名医，大家当然知道治疗创伤最主要就是要止血，最主要就是避免流脓。
有的人为什么伤口不流脓，有的为什么会，我看主要是受到病毒（吴有性在瘟疫中提到）感染所致。
正本清源，在治疗过程中我们如何才能够做好消毒工作，如何做好伤口感染，如果做到这些的话，将士们伤口就不会流脓啊，伤口就不会再恶化了啊。”
众人大惊，黄学懋睁大那双三角眼问道：“侯爷，你说伤口流脓是因为伤口中毒所致？
很多歹毒的人为了杀死对手，常常在武器上喂毒，有的刀口喂了剧毒的，中刀伤后常常走不了三步，往往中毒而亡。”
杨轩点头道：“总医官所说是这样，若是刀口喂了剧毒，当然可以做到三步而亡。
但战场上很少兵器喂剧毒，各位先生虽然止住血了，但为何还有流脓流水的，主要是刀口上有我们看不到毒物，主要是我们治疗过程中可能发生感染，让伤口受到轻微病毒侵蚀而发生感染，如此轻者流脓流水，重的不治而亡啊。”
众人恍然大悟，黄学懋拱手道：“若是侯爷推断没有错的话，治疗创伤若只是简单防止病毒感染，也不是没有变化，但，但……”
看对方欲言又止，杨轩显得颇为着急，瞪着对方道：“总医官，我将四万将士生命托付给你，你怎么还与我欲言又止呢？
有什么说什么，不论方法成熟与否，我都会尽全力支持的。”
黄学懋想了想，令人取来拿来一个细碗，滴两滴毒药在里面，然后取出一根银针插入细碗里面，银针瞬间变黑。
看着变黑的银针，黄学懋笑道：“大人，银针遇见毒物变黑，所以很多大富大贵人家喜欢使用银碗银筷什么的。
就像这根银针一样，虽然遇到毒物会变黑，但过一段时间之后就恢复昔日颜色了。”
想到自己吃饭使用的银碗，杨轩睁大眼睛，一字一句说道：“总医官，你，你说这银针能够杀毒？”
黄学懋摇了摇头，显得颇为犹豫道：“侯爷，银针是否能够杀毒大家不知道，但银针遇到毒物会变黑这可是一定的。”
这是基本常识，杨轩点了点头，看着众人道：“这个方法非常好，当然可以试验，如果可行，当然可以全军推广啊。”
黄学懋挤出一丝笑容，尴尬的说道：“大人，这，这，这要耗费多少银子？”
杨轩显得不以为意，在冷热兵器交融的年代，有什么比防止伤口感染更重要？要知道战场上太多太多将士因为伤口感染而失去年轻的生命。
在杨轩绞尽脑筋收集前世消毒发炎支持之后，在不懈试验之后，慢慢的，忠义军军营建立起较为原始的防止伤口感染的措施。
如高纯度酒精应用（70%-75%，陕西西凤酒酒精浓度达到53%，而这种医用消毒酒精则根本不需要勾兑任何水进去），如银器杀毒。
在不懈努力下，所有接触伤口的布条全都放在银器中浸泡，放在高纯度酒精浸泡，郎中双手，器具都用银器盛水器皿洗干净之后。
在不懈努力之下，虽然军中伤口感染现象大幅度降低，年轻将士生命得到挽救。
随着负伤死亡降低，战场上将士们更加勇敢，因为大家知道即便负伤也能够得到很好的医治。