“北京猿人”头盖骨化石的挖掘，将人类起源的历史向前推进了整整50万年。然而，有着重要考古和研究价值的古人类栖息地周口店，在以骄傲的姿态迎接了无数游人和考古工作者之后，却不得不面临着这样的窘迫：“北京猿人”头盖骨丢失、山顶洞有坍塌的危险、猿人洞保护不力……
面对这些事实，保护周口店遗址势在必行。
（一）中科院推出总体规划
2002年4月，中国科学院古脊椎动物与古人类研究所推出一份详细的周口店“北京人”遗址总体规划，向全社会公开征集意见。
据周口店项目负责人、中科院古脊椎所研究员高星博士介绍，《周口店遗址总体规划大纲》的总体目标是消除导致遗址损毁的各种隐患，改善遗址区周边和内部环境，使周口店地区有更大的科研和旅游吸引力，带动该地区产业结构的调整，使保护、科研、旅游和经济发展走上良性循环的轨道。
保护规划的目标具体是：消除工业开发对遗址的环境污染和破坏作用，使遗址周围恢复理想的环境风貌；防止或减缓第四纪堆积与史前文化堆积的自然风化、坍塌和流失；避免岩壁和顶盖岩层塌落伤人并对遗址堆积物和景观造成破坏；妥善保护包括博物馆展品在内的出土标本；消除遗址内各种损毁现象和安全隐患，使这一珍贵的人类文化遗产得以长久保存。
由于周口店地区处于西山山脉与华北平原交汇地带，更新世堆积丰富，科学家因而相信地下仍埋藏着未被发现的许多科学资源。几十年来的自然风化和人为破坏使周口店“北京人”遗址亟待全面保护。
中科院古脊椎动物与古人类研究所提出了两种保护方案：一种是在猿人洞和山顶洞加盖一个密封的大棚，用来防止风吹、日晒、雨淋等自然因素的侵袭；另一种是保持遗址原貌，将局部加固、重点剖面保护处理和日常维持相结合。
专家们目前比较倾向于第二种方案，主要为了尽量不破坏遗址的原貌，留给子孙后代科研的空间。
2005年10月29日，由联合国教科文组织、中国科学院和法国电力公司共同主办的周口店“北京人”遗址第二届国际专家委员会会议结束。
1996年以来，中法专家前后共三次联合开展对遗址区的考察活动，这些考察都是保守性的，主要采用法国电力公司提供的、在修核电站前用于地质调查的勘探工具和技术。
与传统的考古手段相比，这种物理勘探技术对遗址没有破坏性。专家委员会成员、中国科学院古脊椎动物与古人类研究所文物保护方面的专家张森水教授在接受采访时评价说，比起传统考古的挖掘方法，这种物理探测在进度方面可能较慢，而且不易产生确定性的成果，但传统手段对遗址有毁灭性的破坏。
张森水指出，对周口店的态度是保护重于研究，与其因研究而破坏遗址，不如把研究的可能留给后人。
法国科学院院士科庞斯说，根据他自己参观遗址的印象，他认为遗址近些年没有受到人为破坏，同时由于保护手段较好，也基本没有自然侵蚀的破坏。
尽管考察都是保守性的，科庞斯对考察的进展仍表示满意。综合当时的考察成果，他说，通过物理探测，在龙骨山西坡地下发现了以前不为人知的洞穴或裂隙，有的洞穴可能适宜古人类居住。
科庞斯特别提到一个开向山坡悬崖的洞穴，认为从洞口朝向和地质环境上看，最有可能为古人类使用。而北坡的一些洞穴经初步检测，则无古人类化石。
在政策保护方面，中国科学院古脊椎动物与古人类研究所副所长高星介绍说，自从2002年中国科学院和北京市政府签署共建周口店遗址协议以来，遗址在地质病害调查、抢险加固工程、周边环境改善、经济建设与可持续发展协调方面取得了很大进展，对遗址有破坏作用的企业已基本搬迁或停业。特别是呼吁已久的《周口店遗址保护规划》正式编制完成，并刚刚通过了专家论证和国家文物局的批准，开始生效，为未来的保护工作提供了更好的保证。
对于上述工作，联合国教科文组织代表和中法专家都表示满意。
谈到未来的工作重心和遗留问题时，科庞斯说，专家委员会对周口店博物馆的改进提出了一些建议，他强调展板和陈列上的改进，“要更好地体现‘北京人’遗址在世界古人类学和人类起源研究上的重要价值和意义”。
毕竟周口店是世界范围内十个最有史前历史研究价值的遗址之一。联合国教科文组织代表威尔认为，应该对博物馆人员进行更深入的培训，给他们提供国际交流的机会。
对未来的科学考察，专家委员会似乎没有更明确的计划，科庞斯只是表示，考察队正等待专家委员会的结果，在有条件的情况下，考察还会继续进行。
（二）周口店遗址植物资源调查
周口店地区长期有古人类居住，得益于良好的自然环境，几十万年前，这里气候温暖而湿润，水源充沛，动植物种类繁多，为原始人类提供了丰富的生活资源。
经过科学家们在周口店附近研究显示，这里曾经有森林、有沼泽、有开阔的水域，甚至可能有沙漠存在。独特的自然环境，秀美的山川，描绘出美丽的人类家园。
今天的周口店在经历了几十万年的自然变化和现代人的不断改造后，气候改变了，河流改变了，很多动物灭绝了，一些山体植被被破坏了，伴随着一间间房屋、一幢幢高楼拔地而起，当年的场景已经不复存在，我们只能通过科学研究，再靠着一点点想象，在脑海中复原当时的景象。
究竟50万年前的周口店是怎样的景象？生长着什么样的植物？猿人们吃的是什么野果？现在生长在周口店遗址的植物又有多少是外来的物种呢？
为了解答这些问题，掌握基础资料，2008年周口店“北京人”遗址管理处与中国科学院植物研究所开展合作，对周口店遗址植物资源进行调查研究，研究的目的在于完成周口店遗址当代植物名录，揭示周口店遗址古植被类型，并结合当代和古植被研究提出取代外来入侵物种的乡土植物配置方案，调查的范围为周口店遗址保护范围和建设控制地带，共计13.68平方公里。
2008年7月，调查研究工作正式拉开序幕，中国科学院植物研究所的专家们，通过到野外采集植物标本，开展区域生态研究，查阅大量相关资料，以及对植物化石的进一步分类研究，掌握周口店遗址区域内当代植物和古植被种类，从而进行对比研究。
为了确保此次调查的全面性，科学家将在春、夏、秋、冬四季分类进行野外标本采集，避免遗漏植物种类，调查研究工作预计于2009年结束，并完成调研报告。
周口店遗址植物资源调查，不单是对当代植物和古植被种类的研究，同时可也很好地揭示周口店遗址区域的古自然环境，不但想通过此次调查掌握周口店遗址的植物资源情况，更想利用调查成果，能够在小范围内恢复50万年前的区域自然环境，例如：沼泽、沙漠等，将远古人类的生活景象展现在世人面前。
周口店遗址的研究蕴含着古人类学、古动物学、地质学、古植物学、古气候学等多学科的研究成果。遗址植物资源调查研究仅仅这类工作的开始和尝试，今后还将在其它学科开展此类或者其它方式的工作，努力将这些学科的研究成果转化为科普内容，展现给全世界人民，使更多的人更全面地了解周口店，关注周口店。
（三）国家出台保护措施
2007年12月27日下午，北京市法制办、北京市文物局组织相关单位和有关专家在北京召开了修订《周口店遗址保护管理办法》立项论证会。
会上，北京市文物局于平副局长向与会的领导和专家介绍《周口店遗址保护管理办法》修订工作情况，与会领导和专家一致认为修订工作是非常必要的，并就《周口店遗址保护管理办法》修订中的具体条款，分别提出了意见和建议。
《周口店遗址保护管理办法》于2009年3月31日北京市人民政府第三十一次常务会议审议通过，自2009年6月1日起施行。
《周口店遗址保护管理办法》指出：
第七条遗址保护管理应当遵循原址保护、科学规划、依法管理、合理利用的原则。
第八条遗址出土和埋藏的古人类化石、古人类活动遗存、地质沉积、古动物化石和古环境信息载体等依法属于国家所有，受法律保护。
为进一步做好《周口店遗址保护管理办法》的宣传工作，在北京市文物局的高度重视下，周口店“北京人”遗址管理处积极联系遗址周边相关自然村开展普法宣传巡展，于2009年6月28日，到周口店镇山口村以展板展示和发放宣传材料的形式向村民们宣传《周口店遗址保护管理办法》，得到了村民的欢迎和好评。
（四）周口店遗址的科普实践
为了让更多的中、小学生了解史前遗址的发掘过程，辨认化石，周口店遗址博物馆开辟了300平米的模拟田野发掘区域，采用打格方法，制作成长宽都为一米的方格。
在遗址博物馆专业人员带领和指导下，利用专业发掘工具进行发掘，可容纳500人同时参与，发掘过程中，讲解员将介绍史前考古发掘程序和如何辨别化石等相关知识，进一步培养学生对科学的探索精神，体验考古发掘的乐趣，激发求知欲望，提高动手能力。
化石模型是史前考古学家不可或缺的物品，它可供科学家们进行科学对比研究，同时也作为展品在博物馆内展出。参观的观众可在遗址博物馆专业人员的指导下，利用石膏和模具翻制猿人头、大角鹿、鬣狗等骨模型，进一步了解翻制化石模型的全过程，同时还可以将亲手制作的模型带回家，留作纪念，此项活动可供20人同时参与。
石器是人类最初的主要生产工具，为了让中、小学生了解石器的制作过程和打制方法，由遗址博物馆专业人员指导进行石器加工，模仿北京猿人使用石器切割动物，体验远古人类的生活。
中国鬣狗是北京猿人时期伴生的一种凶猛的群居性动物，与北京猿人交替生活在猿人洞内。在猿人洞内发现了大量的中国鬣狗骨骼化石及粪化石。遗址博物馆复制了中国鬣狗骨架模型，观众可在专业人员的指导下亲自动手组装，通过拆装骨架，更直观的了解鬣狗各部位骨骼的功能。