马皇后正位中宫，没有儿子，前母姐姐的女儿贾氏，也被选为妃嫔，生下一个男孩，取名为刘炟。马皇后喜爱刘炟，把他当作自己的亲生儿子，常对左右说：“人未必一定要自己生儿子。”此后又因皇子不多，很是忧愁，见后宫有淑女，就代为引荐。
马皇后能背诵《周易》，喜欢读《春秋》、《楚辞》，尤其喜欢阅读《周官》、《董仲舒书》。明帝想测试皇后的才识，故意将群臣的奏折拿来，令皇后裁决，皇后依事判断，有条有理，十分公正。有时明帝出游，皇后担心他感染风寒，常常婉言规劝。一天，御驾前往濯龙园，六宫妃嫔多半相随，只有马皇后不去，妃嫔等常蒙受皇后关照，都请明帝让皇后同行，明帝笑着说：“皇后不喜欢游乐，来了也会不高兴，不如由她自便吧！”马皇后后来得知，也不恼怒，只是遇到明帝游览，常常称病不去。当时国家繁荣昌盛，海内升平，明帝每有空闲，就到濯龙园消遣。此园挨近北宫，因此明帝想增设宫室，与园子相连。当时天气干旱，夏天常不下雨，尚书仆射钟离意上书劝谏。明帝当日下诏停工，此举果然感动上天，马上降下甘霖。
明帝明察秋毫，大臣一有过错，就当面加以斥责，不肯宽恕。一次，明帝怒斥郎官药崧，甚至拿着棍子想打他。药崧躲到床下，明帝更加愤怒，大声叫喊：“郎官出来！郎官出来！”药崧答道：“没有听说主上亲自拿着棍子打人的。”明帝听了，转怒为喜，扔下棍子赦免了药崧。药崧这才从床下走出来，谢恩离去。朝臣唯恐忤逆皇上的旨意，都很害怕，只有钟离意敢直言上谏，同僚有过错遭到谴责时，钟离意就代为救解。明帝知道他忠诚，只因为难以容忍他的直正，就让他去做了鲁相。钟离意本是会稽郡山阴人，后来在鲁国去世。药崧是河内人，为人廉洁正直，后来做了南阳太守。
虎贲中郎将梁松，官至太仆，越来越骄横，明帝察觉后，就罢免了他的官职。梁松还不知反省，反而心怀怨恨，上书诽谤朝廷，结果被抓到狱中，判了死罪。
明帝为太子时，曾与山阳王刘荆让梁松拿着财物聘请郑众。郑众是前大中大夫郑兴的儿子。郑众与梁松谈话时，慨然说道：“别说太子是储君，就是藩王，也不应私自结交宾客，还请你替我委婉推辞！”梁松又劝道：“太子有这样的厚意，不应违背。”郑众严肃地说：“犯罪被处死，怎么比得上因正直而死呢？”于是将东西退还。梁松犯下死罪后，他的朋友大多受到牵连。郑众虽然与梁松相识，因退还聘礼一事，没受到牵连。后来明帝把郑众召为明经给事中，又提升他为越骑司马，仍兼任给事中。
北匈奴再三乞求和亲，明帝派郑众持符节前去。南匈奴须卜骨都侯，得知汉朝与北匈奴修和，想背叛汉朝，因此派人到北匈奴，请他发兵相助。郑众出塞后，探知此事，就写好奏折，嘱咐从吏上报朝廷，说应赶快设置大将，防止南、北匈奴串通。明帝于是在塞外设置度辽营，让中郎将吴棠为度辽将军，驻扎在五原；再派骑都尉秦彭，屯兵美稷，监视南、北匈奴。郑众见了北匈奴单于，只作揖而不下拜。北单于恼怒地说：“汉使为何不肯下拜？”郑众回答道：“我是汉臣，只拜天子，不拜单于。”北单于火冒三丈，令左右把郑众拖出帐外，派兵看守，不给他饮食。郑众对胡虏说：“单于不想与大汉和亲就算了，既然想和亲，就应该优待汉使，为何要为难使臣呢？如果一定要逼我下跪，我宁愿自杀，不愿屈膝。”说着，就要拔刀自刎。胡虏都很慌张，一面劝郑众息怒，一面禀报单于。北单于担心郑众自尽，立即下令优待他，又派人跟随郑众入都。
朝廷打算让郑众再去一趟北匈奴，郑众上书推辞。明帝不准，仍然让郑众北上。郑众上书说：“臣以前奉命前去，不给匈奴下拜，单于曾派兵围住臣。现在又命我前去，必生波折。臣实在不忍心拿着大汉的符节屈膝于匈奴。如果让臣给匈奴下拜，实在有损大汉的威信，还请陛下收回成命！”明帝不听。郑众只好出发，途中又接连呈上四封书信推辞，终于惹恼了明帝，将他召回，打入狱中。后来匈奴使臣到来，明帝问起郑众与单于见面时的情形，匈奴使臣据实回答，并说郑众不亚于苏武，明帝才赦免郑众。
东平王刘苍自辅政以来，声望日隆，不免有声高震主的嫌疑，于是接连上书，请求退还骠骑将军印，情愿做藩王。明帝不忍违背他的意思，就让他回国，仍将骠骑将军印还给他，让他兼任。此外，三公也改换了好几个人。永平三年，太尉赵熹、司徒李欣都被罢官，另任南阳太守虞延为太尉、左冯翊郭丹为司徒。第二年郭丹被免职，连司空冯鲂也一并被罢免，改用河南尹范迁为司徒、太仆伏恭为司空。又过了两年，皇太后阴氏寿终，尊谥光烈，与光武帝合葬于原陵。
九江太守宋均，自上任以后，政绩卓著，百姓安居乐业。邻近的郡县发生蝗灾，独独飞到九江境内时，就四面散去，不伤害庄稼，因此远近闻名。明帝听说宋均贤明，就调他为尚书令，因他的言论多合皇上心意，不久又被调为司隶校尉。
一天夜里，明帝梦见一个金人，头上还有白光。明帝走上殿庭，正要向他询问，那金人却突然向西飞去。明帝醒来一看，灯还未灭，才知是做了一场梦。第二天临朝，向群臣讲述梦境，群臣都不敢直言。只有博士傅毅进言说：“臣听说西方有神，传名为佛，佛有佛经，也有佛教。以前武帝元狩年间，骠骑将军霍去病征讨匈奴时，休屠王曾送给他一个金人，放在甘泉宫，焚香祭拜。如今经过战乱，金人应当不复存在了。现在陛下梦见的金人，想必就是佛的幻影吧！”这一席话，勾起了明帝的好奇心，于是派郎中蔡愔、秦景到天竺求取佛经。
天竺就是身毒国，距洛阳约一万多里，据说是佛祖的降生地。佛祖释迦牟尼，是天竺迦维卫国净饭王太子，母亲摩耶氏梦见上天降下金人，然后怀孕，生他时正是中国周灵王十五年，天上放射万道金光，地上涌出金莲。释迦牟尼长到十九岁时，认为人生在世，无非是生老病死，就想寻求解脱的方法，于是摒弃各种嗜好、欲望开始静修。又过了十六年才得道，便创出一种教会，招收门徒。教会的旨意分深浅两种，浅义的名叫小乘经，深义的名叫大乘经。佛教弟子，男的称为比丘，女的称比丘尼，须剃掉头发和胡须，并有五大戒：一戒杀、二戒盗、三戒淫、四戒妄言、五戒饮酒。除这五戒之外，还有许多细小的戒律，男的有二百五十戒，女的有五百戒。释迦牟尼在世，共传教四十九年，后来在拘尸那城圆寂。有人说他圆寂以后又从棺材中坐起来为母亲说法，说完之后，天空中忽然出现三昧真火，把棺材烧毁，他的身体化作六丈金身，涌起七尺圆光，一会儿就不见了。弟子大迦叶与阿难等五百多人，把他的佛法编辑成经典十二部，辗转流传，渐渐传到西域。
中国在秦、汉以前，没有听说过佛教，武帝时开始带入金人，才有佛像。蔡愔、秦景奉明帝之命出使天竺，走过万水千山，风餐露宿，饱尝艰辛，才抵达天竺国。天竺人信奉佛教，僧侣很多，听说有中国使人到来，也欢迎得很，虽然言语不通，主人、宾客倒也相处融洽。有翻译官传话，才知中国的使臣是奉命来求经的，于是取出经典给二人看。蔡愔与秦景很有学问，在洛阳都城中，也算是文人领袖，可看到这些经典，很多字都不认识，哪能晓得什么意思。幸好沙门摄摩腾、竺法兰略知中国的语言文字，便给二人讲解，蔡愔、秦景只能模糊领悟，十成中明白一二成。沙门是高僧的别号，居住在寺中，蔡愔、秦景与他交谈多日，邀请他同往中原，传授佛法。两位沙门慨然答应，于是带着释迦牟尼的遗像以及佛经四十二章，用一匹白马驮着上路。绕过西域，好容易才到达洛阳。蔡愔、秦景进宫复命，并引见摄摩腾、竺法兰两位沙门。沙门呈上佛像、佛经，明帝大致一看，佛像与梦中的金人并不完全相同，又看了佛经的开头几句，更觉得莫名其妙。下令在洛阳城雍门西边，修筑寺庙，供上佛像，让两位沙门做住持。驮经的白马，留养在寺中，此寺因此名为白马寺。
明帝日理万机，哪有闲工夫研究佛经，王侯公卿多半不信佛道，当然不去过问。只有楚王刘英听说佛经东来，特派人入都，向两位沙门访求佛法，然后在楚宫中供着佛像，朝夕跪拜，祈求多福。永平八年，明帝下诏，说天下犯了死罪的人都能够出钱赎罪。楚王刘英也派郎中带着钱财，托鲁相转送给朝廷。明帝很诧异，当即颁旨说学习佛法、跪拜佛像不算犯罪。
楚王刘英接到诏令后，就借信佛为名，结交方士。哪知后来求福不成，反而引祸上身，弄得削藩夺爵，人死国亡。