董卓打了几次胜仗，正要给将士们庆功行赏，不料孙坚为了报上一回的仇，又带兵打了过来。这一回，董卓吃了败仗，只好离开洛阳，带着人马往西跑了。
到了长安以后，他自己当上了太师，把谁也不放在眼里。他坐的车马和穿的衣裳跟皇帝差不了多少。大臣们见了董卓，都得在车下拜见，他可连礼也不还，就坐着点点头，算是打个招呼。一想起各地胆敢起兵反抗，他就气得直哼哼，说：“以前我把权力交给外人，不可靠，太不可靠了！这回我要变个法子。”他把大权都交给了自己的家里人。他的兄弟、侄子、女婿，还有吕布、李傕（jué）、郭汜（sǐ）、张济这些心腹大将，都封了侯，受到重用；连怀抱着的小儿子、小孙女也都封了侯，封了君。董卓派人把离长安二百多里地的郿县修成供他享乐的家园，城墙修得跟长安一样高，里面储藏的粮食足够三十年吃的。董卓把它叫“郿坞”，又叫“万岁坞”。他这么想：“将来我的大事成了，天下都是我的；要是不成，我就在这儿呆到死。”他把朝廷的事交给王允他们去办，自己到郿坞去住着。每次从郿坞到长安，或者从长安回郿坞，大臣们都站在道路两旁接送。董卓趁着这个时候，让人在城外搭起帐篷，摆上酒席，跟大臣们足吃足喝，一吃就是半天。
有一回，董卓请大臣们喝酒。正喝着，吕布从外边进来，走到董卓跟前，在他耳朵边上说了几句话。董卓笑了几声说：“噢，是这么回事。”马上又沉下脸来，把手猛地一挥，吕布就上前把卫尉张温揪出去了。不一会儿，有人送上一个盘子，里面摆的竟是张温的人头！大伙儿一看，浑身的骨头都软了。董卓笑嘻嘻地说：“诸位不必惊慌。张温勾结袁术打算谋反，让吕布知道了，理应处死。其他人不相干，快喝酒吧！”可是谁还喝得下去呀！他们心里都明白，张温平日和董卓不和，又不会巴结。董卓这是杀鸡给猴儿看呐！
大臣们胆战心惊地散了。司徒王允回到家里，睁眼是张温的人头，闭眼还是张温的人头，心里十分难受。这些日子，王允表面对董卓百依百顺，暗地里可把他恨透了。董卓今儿个杀张温，明儿个还不知道又杀到谁的头上呐！
这时候，大臣黄琬、杨瓒、士孙瑞来找王允，对他说：“董卓这么残暴，谁不恨他？您老这么听他的，难道真没想过日后的下场吗？”王允急忙让他们小声点儿。黄琬他们又说：“我们反正不能当第二个张温。”王允说：“你们别以为我会死心塌地地跟着这个老贼。他的势力太大，心腹太多。咱们要想个十分妥当的办法才能够下手哇！”三个人忙问王允：“您有了办法了吗？”王允说：“我想，要有一个能靠近董卓的人，让他下手，最有把握。”
几个人商量来商量去，到了儿还是王允说出了这么个人，就是董卓的干儿子吕布。吕布原来是武猛都尉丁原的部将，因为他力气大，武艺好，大伙儿都叫他“飞将”。后来，丁原和董卓不对劲儿。董卓让人说通了吕布。吕布就杀了丁原，投靠了董卓。董卓得到了这么一个得力的大将做保镖的，别提多么得意了。他让吕布做了骑都尉，又认做自己的干儿子，到哪儿都把他带在身边。
士孙瑞听王允说的是吕布，连连摇头说：“不行，不行。吕布这个人有勇无谋，又是个势利眼，顶靠不住了。”王允说：“我想试试看。有一回我请吕布喝酒，他还悄悄地跟我说了心里话。他说董卓时常为一些小事发脾气，动不动就用手戟砍他。要不是他腰腿灵活，早给砍伤了。我还听说他跟董卓的一个丫头私通，这事要是给董卓发觉了，那还了得吗？我看他在董卓身边呆着，也是整天提心吊胆的。”大伙儿听王允这么一说，才点头同意了。
过了几天，王允把吕布请到家里吃饭。这顿饭丰盛极了。吕布大口大口地又吃又喝，吃着喝着，就骂起董卓来了。他说董卓平时怎么怎么欺负他，用着了就用，用不着了就又打又骂。王允听着流出眼泪说：“董相国这么欺负将军，将军就真能忍下这口气吗？”吕布皱着眉头说：“王司徒，说实在的，我真想干掉他。可是如今我们名义上还是父子，怎么下得去手哇？”王允冷笑说：“将军姓吕，他姓董，本来就不是亲骨肉。他对将军扔戟的时候，又哪儿有什么父子之情？大丈夫在世，怎么能窝窝囊囊地让这种人压在头上呐！”一句话说得吕布满脸通红。他猛地站起来说：“对！司徒的话提醒了我。我不杀老贼，决不罢休！”王允说：“将军要能这样，不但报了私仇，还是为天下人除害呀！”两个人随后又秘密地商量了半天。
公元192年四月，汉献帝得了一场病，刚刚好了一点儿，就在未央宫里召见文武大臣。董卓带着吕布大摇大摆地来到宫外。王允、士孙瑞他们都来拜见。董卓还是那么爱理不理地点了点头，一直朝宫里走进去。就在这时候，两旁的武士“呼”地围上来，一个个拿着刀，都咬牙切齿的。董卓惊叫了一声：“哎呀，我儿快来！”吕布上前一步，从怀里掏出一份诏书，高声宣布：“皇上有旨，杀乱臣董卓！”董卓还没来得及说话，吕布早就一画戟刺过去，扎穿了他的喉咙。武士们上前，一刀割下了他的脑袋。
大臣和将士们一看董卓死了，都齐声高喊“万岁，万岁！”有的乐出了眼泪，有的高兴得都快发疯了。长安城的百姓听说了，都从房里跑到大街上叫哇，蹦啊，一大群一大群地跳起舞来。大伙儿把董卓的尸首扔到街上，又点了把火慢慢地烧。只有蔡邕想起董卓曾经重用过自己，不由得长叹了一口气。
蔡邕叹气的事让王允知道了，他就责备蔡邕说：“董卓是国贼，天地都不能饶过他。你是个朝廷大臣，反倒长吁短叹地替他伤心，像话吗？”跟着就命人把他逮起来，下了监狱。蔡邕承认自己犯了罪，恳求说：“我想的只是私人的交情，一时转不过弯来。我只求免我一死，情愿脸上刺字，戴罪把汉朝的历史写完。”有的大臣也替蔡邕求情，对王允说：“蔡邕是有名的学者，还是留着他写书吧！”王允不这么想，他说：“现在要是留下蔡邕，说不定他以后写出书来骂咱们呐！”蔡邕叹气惹祸，结果死在监狱里了。有些人怪王允做得有点儿过分。
汉献帝论功行赏，让王允、吕布共管朝廷大事。他们追查起董卓的同党来，有的处死，有的充军。这时候，李傕、郭汜、张济都驻扎在外地。他们听说董卓死了，就派人来到长安，请求朝廷免罪。王允怎么也不答应。这几个人急了，凑在一起商量，觉着这么坐着等死，倒不如先反起来，或许还有条活路。他们就借着给董卓报仇的名义起兵攻打长安，半路上又收留了董卓部下樊稠的人马。打到长安的时候，已经有十多万人了。
吕布仗着长安城城高墙厚，死守了八天，没让他们打进来，可是他没想到城里有一部分士兵，很同情李傕、郭汜他们。这些士兵偷偷地打开了城门，把外面的人马放了进来。十多万将士欢蹦乱跳地像发了疯似的拥进了长安城，见人就杀，见财物就抢，连老百姓也给杀了好几千人。吕布抵挡不住，只好约王允一块儿逃走。
王允很郑重地说：“把国家安定下来，这是我平生的愿望。如果做不到，我情愿去死。皇上还年轻，朝廷里没有人主事，我不能走。请将军替我向各地首领致意，让他们千万以国家为重。”吕布知道王允不肯走，就带着手下的几百人，自己跑了。
李傕、郭汜带兵到了宣平门下。王允领着汉献帝也上了门楼。城门下的将士见皇帝出来了，全都趴在地下磕头。汉献帝大着胆子，提高了小嗓门儿说：“你们这么乱杀乱砍的，要干什么？”李傕大声喊着说：“董太师忠心为国，让吕布杀了。我们要替董太师报仇！”汉献帝说：“吕布不在这儿，你们快点儿走吧！”李傕又喊：“王允是吕布的同谋，让他出来！”他手下的将士也一齐乱嚷嚷：“叫王允出来！快出来！”汉献帝早给吓得一句话也说不出来了。
王允下了门楼，走出来对李傕他们说：“我就是王允，你们要说什么？”李傕什么也不说，把手一挥，将士们乱哄哄的，上来就把王允捉住，带走了。
李傕、郭汜杀了王允，又逼着汉献帝下诏书，封他们做将军。这么一来，朝廷大权又落到他们的手里。可是这些人自个儿还管不了自个儿，哪儿有本事管理国家大事呐？