菲律宾参议员鲁道夫·比亚宗说，冈萨雷斯的反应明显“过激”，他认为中国渔政船巡航未必与菲律宾签署《领海基线法案》有直接的关联，他更愿意相信中方的行动只是因中美舰船在南海对峙而引起的。
菲律宾国会参议院议长胡安·庞塞·恩里莱也说：“其实事情很简单。一艘美国测量船进入中国的专属经济区，中国需要宣示对那一区域的相关所有权。如果有人进入我们的专属经济区，我们也会同样宣示我们的权利。”“他们有权让他们的军舰穿过这片海域。就像美国、日本、英国和其他国家一样，中国是个军事大国，他们有装备。如果我们有装备，我们也可以这么做。”
“我希望该事件可以通过外交方式友好地化解。因为，毕竟我们是朋友，我们保持着外交关系。”恩里莱补充道。
作为外交上的正式反应，菲律宾新闻部长兼总统府新闻发言人雷蒙德发表声明说，在处理领土纠纷问题上，菲方将遵守2002年东盟各国与中国签署《南海各方行为宣言》，并敦促相关各方共同遵守这一宣言。
菲军方也竭力淡化渔政311船南海巡航的影响。菲律宾海军司令费迪南·戈莱斯出面反驳了国内近日出现的针对中国的指责，《菲律宾星报》16日援引他的话说，“中国渔政船前往南海，是任何对南沙群岛提出主权要求的国家的正常活动，菲律宾公众不应该对此感到忧虑”，并称中国是菲律宾盟友。
菲律宾国防部长特奥多洛则表示，尽管菲律宾不会因为中国舰船巡航而“被吓倒”，但他认为此事还是应该通过外交手段加以解决。
风起于青萍之末。在此，我们有必要回顾一下菲律宾《领海基线法案》出台的始末。
1月28日，菲律宾参议院通过2699号法案，即《菲律宾群岛领海基线议案》，将南沙群岛中的部分岛屿和黄岩岛划为菲律宾领土；仅仅几天后，2月3日，菲律宾众议院通过3216号法案，即“菲律宾群岛领海基线确定案”，将上述两处岛屿划入菲律宾领海基线。
上述两个法案，都是企图通过立法手段确认对“卡拉延群岛”和黄岩岛的主权。所谓“卡拉延群岛”，是指菲律宾20世纪七八十年代侵占中国南沙群岛并实际控制的马欢岛、南钥岛、中业岛、西月岛、北子岛、费信岛、草沙洲和司令礁等8个岛礁，它们位于菲律宾巴拉望省以西230海里左右，总面积约79公顷。黄岩岛是我国中沙群岛东部边缘岛屿，北距广州600海里，西距菲律宾苏比克湾123海里左右。
根据联合国海洋法规定，领海基线内的海域为“内水”，受主权国国内法管辖；而仅仅声明岛屿为本国领土，则岛屿和本土间的海域除规定的领海范围外仍为公海，其他国家仍可自由通行、作业。照此，菲律宾参众两院的两种划法概念大相径庭，前一种划法，几处岛屿和菲律宾群岛间大部分海域仍是公海，而后一种划法则等于把两者之间的广阔海域都划进了菲律宾版图。
显然，在两个法案之间，菲律宾参议院的身段比众议院的要柔软些。菲律宾国内有人批评说，参议院之所以通过这样的法案，是迫于中国政府的外交压力。其实，两个法案的差异，恰恰反映了菲律宾国内在海岸基线问题上存在着不同看法。
菲律宾外交部海事委员会秘书长亨利·本苏托表示，众议院“3216号法案”将至少6个不属于菲律宾的领海基点划在菲海岸基线内，这是国际法所不能认可的。因此菲律宾外交部更倾向于采取“岛屿制度”来处理争议南沙部分岛礁和黄岩岛问题。
有分析家认为，菲律宾不论国力、财力还是海空军实力都和中国相差甚远，如果直接把争议岛礁的基线划走，等于宣布要剥夺中国和其他周边国家在小半个南海海域的自由行动权，引起强烈反弹几无悬念，双边关系势必受到严重影响。不仅如此，由于基线划到两处岛屿，小半个南海成了“内水”，而孱弱的菲律宾海空军根本无力对之实行有效控制，届时其他国家海军甚至渔船只消在这些被其理解为公海的海域做一些“例行作业”，便足以令菲律宾朝野陷入尴尬。经过菲律宾参议院和众议院二十多天的激烈讨论，2月17日，菲律宾国会正式通过《领海基线法案》。该法案将中国的黄岩岛和南沙群岛部分岛礁划为菲律宾领土。从菲律宾国会通过的《领海基线法案》的内容看，最终采纳的是参议院的2699号法案，而将势必惹来极大麻烦的3216号法案束之高阁。
菲总统府文官长埃尔米塔3月11日在新闻吹风会上宣布，尽管中国抗议并坚称对南沙群岛拥有主权，但阿罗约还是于前一天签署了第9522号共和国法案，即《菲律宾领海基线法》。他告诉媒体，《领海基线法》并未特别宣称斯普拉特利群岛（指南沙群岛）和斯卡伯勒浅滩（指黄岩岛）归属菲，因为菲对这两个岛屿的主权主张“已经在现存法律中得到体现”，“不需要再在新签署的法案中得到体现了”。
埃尔米塔声称，该法案的通过符合《联合国海洋法公约》的规定，并且“新的法律并不是要扩张领土，只是要对领海基线进行技术上的调整”。
菲总统府下属的海洋事务委员会秘书长亨利·本索托也辩称，菲以直线方式来划定其领海基线，虽然南沙群岛不包括在其基线内，但它可以采用菲律宾控制下的“群岛制度”，就像美国的夏威夷——尽管夏威夷不在美国的领海基线内，却仍是美国领土的一部分。
对于菲律宾的一连串动作，中国外交部及时作出了国人耳熟能详的回应。
2月18日下午，外交部副部长王光亚紧急召见菲律宾驻华临时代办巴伯，对菲律宾政府不顾中方严重关切和多次交涉，执意通过侵犯中国主权的法案表示强烈不满和严正抗议。王光亚强调，中方希望菲方以两国关系大局和两国人民利益为重，以南海地区的和平与稳定为重，采取切实有效措施，停止一切侵犯中国主权的行为，以实际行动维护南海稳定，确保两国关系健康发展。中国外交部再次重申：任何其他国家对黄岩岛和南沙群岛的岛屿提出领土主权要求，都是非法的，无效的。
2009年3月11日下午，中国驻菲律宾大使馆发表声明，对阿罗约签署《领海基线法案》表示强烈反对和严正抗议，并再次重申，黄岩岛和南沙群岛历来都是中国领土的一部分，中华人民共和国对这些岛屿及其附近海域拥有无可争辩的主权。任何其他国家对黄岩岛和南沙群岛的岛屿提出领土主权要求，都是非法的，也是无效的。
附录：张君然《1945—1948收复南海诸岛主权亲历》（节录）
广东省政府为研究和开发南海诸岛做了许多工作，还设立广东省西、南沙群岛岛志编纂委员会，我也被聘为委员，参加工作。
我们在广州接到海军总司令部命令，进驻舰队留广州，由姚汝钰负责就近处理两群岛事宜，并筹组海军珊瑚岛电台，准备于春季补给时进驻该岛。
1947年1月16日，一架法国飞机飞临永兴岛上空侦察。18日上午，法舰东京人号驶抵永兴岛，派官兵登陆要求我驻守人员撤退。李必珍台长当即严词拒绝，并斥令法军立即退走，全岛随即进入紧急备战状态。法军离岛后，法舰仍停泊在永兴岛海面，逾24小时才撤离。
后据巴黎外电报道说，法军自永兴岛撤走后，随即驶往珊瑚岛登陆。对此次法军进犯西沙事件，海军总司令部于1月18日电令李台长坚守国土，妥为应付，并命令进驻舰队准备支援。当时外交部和国防部曾分别向法国提出质询和抗议，以及谴责法军侵犯我领土的行为。
1947年4月14日，我又随姚汝钰带领永兴与中业两舰由广州出发，经榆林港驶往永兴岛。除进行半年一次补给，与按计划筹备进驻珊瑚岛外，还根据国际气象组织的建议，在岛上开展气象观测工作，建立航标灯塔，以及进行自然和资源调查。所以此行随舰人员有中央研究院植物研究所、青岛海洋研究所、经济部地质调查所、资源委员会矿测处等单位的专家，以及中山大学地理系和生物系师生。此外，海军司令部还派电工处长曹仲渊偕同印尼归侨周苗福，以及前湖南省主席吴奇伟一行，前往西沙考察，准备为开发该群岛作出建议。进驻指挥部还请铁道部琼崖铁路工程处长吴迁玮派土建人员到永兴岛，帮助修建码头和栈桥。此任务颇为繁重，但是，由于准备充分，都能一一顺利进行。
5月8日指挥部再率永兴、中业舰离广州，驶往太平岛，进行补给供应和一系列考察工作。随行的尚有上海大公报驻广州记者黄克夫。此行因受天气影响直到6月3日才返回广州。在补给南沙期间，我们接到海军总司令部5月16日命令：遵照行政院命令，海军暂行代管各群岛的行政工作，相应设置海军各群岛管理处，并派张君然为西沙群岛管理处主任；在广州设置海军黄埔巡防处，派姚汝钰为处长。故当舰队回防广州之后，进驻任务就算结束，此项工作前后历时8个月。
我任海军西沙群岛管理处主任后，便推荐海总训练处参谋彭运生为南沙群岛管理处主任。在暂留广州期间，我曾会同广东省有关人员对南海诸岛资料进行一次研究。6月11日至15日，广东省政府还在广州文庙举办一次西、南沙群岛物产展览会，公开展出各种实物、标本、照片、图表以及历史文物等珍贵资料，曾引起各界人士的重视，参观者达30余万人次。我根据搜集和调查到的资料，结合各岛的实况，曾拟定一个海军管理和开发西沙群岛的意见书，其主要内容为：修建各岛的港湾码头，发展各岛海上交通；开发磷矿和水产资源；加强气象和航标工作等。但这一意见在当时因限于条件未被采纳，连华侨投资的计划也未得到支持。
1948年3月，我与彭运生率两岛全部换防人员乘中海舰从上海出发，经高雄、广州、榆林港南下，先送彭到太平岛上任，然后到永兴岛换防，从此海军管理西、南沙群岛的工作开始一个新阶段。按当时的核定编制，群岛管理处以下设办公室、气象组和电讯组，各专业技术军官和士兵128名。除驻守国土外，气象观测为中心任务，永兴岛气象台规定每两小时作地面观测和记录一次，按时播发，并电报海军总部；此外还定时抄收东京、上海、香港等气象台汇总的观测资料；每天绘制0200和1400时的东亚区域天气图，并试作小区天气预报，公开广播。此项工作在国际航运气象方面曾起过一些好的作用。
我在驻岛期间，为了纪念1946年以来海军收复和经营西沙群岛的工作，曾刻制一座“海军收复西沙群岛记事碑”，叙述收复和经营经过，并列有参加工作人员的题名录。全碑为铝合金铸成，镶在水泥底座上，又重竖“海军收复西沙群岛纪念碑”，碑正面刻“南海屏藩”四个大字，旁署“中华民国三十五年十一月二十四日张君然立”。此碑至今仍屹立在永兴岛上，成为我国神圣领土西沙群岛上一座历史证物。