自天启年间到崇祯初年，辽东总兵左都督毛文龙部以辽东沿海金州、朝鲜皮岛一带为根据地，屡次袭击大清后方，给清军造成了极大的后顾之忧和威胁，使之不能也不敢冒然南下。
然而，实力大增的毛文龙桀骜不驯，难以驾驭，又冒领军饷，肆意骚扰地方，也引起了明廷的极大忧虑。
崇祯元年，袁崇焕督师辽东，借阅兵之机，诱捕了毛文龙，并当堂宣布其十二大罪状，旋即以尚方之剑斩杀毛文龙，收编了该部。不久，袁崇焕又被崇祯以通敌叛国罪而凌迟处死。
毛文龙被处死之后，其旧部仍分散驻扎在辽东半岛南部、山东北部沿海及渤海湾长岛等岛屿上。由于不能得到明廷信任，再加上大清皇太极审时度势，及时运用分化利诱手段，这支军队不时有小规模的叛乱和闹事，并最终酿成了孔有德之乱。
崇祯四年，毛文龙旧部刘兴治在东江作乱，攻占皮岛。登莱巡抚孙元化令驻扎于莱州沿海的孔有德部3000人渡海平叛，因遇飓风未能成功，损失不小，被迫退回。孙元化又让孔有德率部火速由陆路赴辽，引起了该部的极大不满。
这孔有德李九成等人均是毛文龙旧部悍将，对明廷支持袁崇焕无辜斩杀毛文龙就一直不满，心怀怨恨。此时，巡抚孙元化又如此对待他们，更是火上浇油，于是趁机发难，孔友德自称为都元帅，耿仲明李九成为副元帅，率兵连克临邑商河新城三镇，并打到青州。
第二年即1632年元月，孔有德率部东进，欲寻机占领登州，扩大地盘。
登莱巡抚孙元化站在城头，望着呼啸而来的叛兵，暗道，抗击清军还需要孔友德耿仲明这些熟知辽东地理形势的辽籍将领，其人又是我的部下，正如首辅周延儒所说，在目前明清两国对峙的情况下，招抚乃一条上上之策。
于是，他高声喊道：“孔将军，你等皆是朝廷将领，朝廷又不曾亏待你们，为何要反叛呢？”
城下的孔友德挺枪跃马，粗声大气地回应道：“孙大人，朝廷昔日无辜冤杀毛大帅，今日又克扣我等军饷，轻视排挤辽人，长期以往，我等辽人只有死路一条，不反能行吗？”
孙元化知道这些都是实情，不好反驳，只好说：“四年前斩杀毛大帅的是袁崇焕，而今他已被朝廷凌迟处死，此事与你等无关。孔将军，本抚敬你等是血性汉子，若能归附，既往不咎，如何？”
“据我所知，余大成率大军已经启程，不日就与我兵刃相见。张可大也率军西进，准备和余大成前后夹击我等，如何解释？”
这余大成乃山东巡抚，张可大是登莱总兵，两人皆极力主张剿杀镇压叛军。无奈，孙元化说：“若你等归附朝廷，此事自然化为乌有。”
“孙大人能保证吗？”
孙元化闻言，心中一喜，认为招抚有望，便紧声喊道：“本抚立即给余大人张总兵写信，劝其退兵。”
孔友德说：“如能如此，我等即刻归附大人。我先派两百人进城，查看粮饷驻地等事宜，等明日余大人张总兵退兵之后，我等再进城如何？”
孙元化略一思索，说：“你先派一百人进城，如何。”
此时，站在孙元化身边的登莱守备宋光兰悄声说：“大人，这孔友德乃昔日辽东矿徒，无赖奸猾，小心上当。”
无奈，孙元化招抚心切，闻言立即反驳道：“区区一百人进城，就是诈降，又能如何？”
“大人，让孔友德带领这一百人进城，万一有变，先杀了他。”
孙元化一瞪眼，硬声说：“你这不是玩火自焚吗？糊涂。”
当下，孙元化不再理会宋光兰诸人，令兵士打开城门，放一百叛兵进城，又令宋光兰设宴款待，自己也好言抚慰，极尽笼络之能事。
不料，当夜三更时分，这一百叛军在李九成带领之下，趁众人熟睡之机，四处放火烧城，杀死守城兵士，打开城门，里应外合，放孔友德等人进城，到天亮之时，登州就被叛军全部占领，孙元化宋光兰等一干明廷官员也都作了叛军俘虏。
登莱总兵张可大坚守水城数日，终因寡不敌众，水城陷落，张可大杀死妻妾后自尽于太平楼。孙元化不久逃回天津，被明廷处死，余大成也被罢免。
对于任何处理孔友德叛乱事件，明廷朝堂及地方督抚意见分歧，相互制肘，久拖不决，从而延误了最佳处置时间，坐失良机，从而使此次叛乱越闹越烈。
1632年二月，孔有德率军围攻莱州，明朝总兵吴襄率军克招远、黄县，解莱州之围。孔友德见势不妙，急忙撤回登州。
九月，明军将孔有德叛军紧紧围困于登州城中。十月，明军开始攻城，战斗进行得十分激烈，明副总兵丁思侯、裨将程仲文、祖邦楼在攻城中先后战死，叛军主要将领李九成也被明军炮火击毙。孔有德见登州难保，率叛军近万人突围，弃城登船而逃。
驻守在旅顺、长山、鹿岛的明朝总兵黄龙，已预知叛军去向，派兵严阵以待。孔有德部在旅顺一带登陆后，黄龙率兵伏击，擒获孔有德部将毛有顺毛承福等人，大败叛军。
孔有德、耿仲明等人率余部逃到盖州，于崇祯六年即1633年四月，投靠大清皇太极，登莱之乱遂告结束。
登莱之乱前后长达二年之久，波及2府10余县。孔有德叛军攻城略地，烧杀劫掠，给胶东地区社会经济和人民生命财产造成了严重损失。
明朝平叛，调动京城一带数万军队，耗费大量的人力物力，既削弱了边防力量，又加剧了财政危机。更为严重的是，明军未能彻底消灭孔有德叛军，让其逃奔辽东投靠清军。
孔有德叛军中多是辽东人，对辽东半岛地理熟悉，旧部尚多，有一定的影响力。他们投清后，给明军辽东半岛南端至山东半岛的防御造成极大威胁。
孔有德降清不久，就勾引清军南下，攻克旅顺，控制了整个辽东半岛。
崇祯九年到十年即1636—1637年，他们又充当了清军的急先锋，带领15万清军攻打朝鲜，迫使朝鲜投降清朝，使明朝失去了可靠的邻国和在东面牵制清军南下的重要力量。
朝鲜投降不久，孔有德、耿仲明、尚可喜等原辽东叛将又引领清军占领了皮岛，彻底摧毁了这一严重威胁大清后方安全的明朝军事基地，此后，清军南侵而再无后顾之忧。
至此，辽东半岛及沿海岛屿尽失，清军自海路南下的门户洞开，山东沿海已成为防清的最前线。辽东半岛的丧失，与谙水战习地利的孔友德叛军有着极大的关系。
为褒奖孔有德等人的功绩，清廷封孔有德为恭顺王、耿仲明为怀顺王、尚可喜为智顺王，其余将领皆有不同封赏。