但李鸿章的才干得到了包括曾国藩在内的湘军将领的一致公认。在为曾国藩当谋士并掌管文案的那段时间里，无论是奏稿还是批示，李鸿章都写得条理清晰，严丝合缝，让曾国藩省了不少心。不仅如此，李鸿章还弥补了曾国藩的很多不足——曾氏生性“懦缓”，沉稳厚重，而李的作风则明快果断，反应快捷，每有大计，往往得李在旁数言而决。李鸿章在此期间为曾国藩出了不少好主意，其中最有名的是曾国藩几次战败后，给朝廷上了一封奏折，给自己请罪，说自己“屡战屡败”。写完之后，交给李鸿章看，李鸿章改“屡战屡败”为“屡败屡战”，结果，朝廷不仅没有怪罪曾国藩，而且还大大地表彰了曾国藩一番。曾国藩曾经考虑将湘军转移到四川，以避开太平军锋芒。李鸿章就不赞成，李鸿章在分析形势之后，主张曾国藩坚守长江一带，决不退却，耗去太平军锐气之后，给予打击。从后来的情况看，李鸿章的这些谋略都堪称正确。
曾国藩感叹李鸿章有过人之处：“将来建树非凡，或青出于蓝，亦未可知。”
在湘军大营，曾国藩有彭玉麟的忠贞，有杨载福的朴直，有鲍超的勇猛，有李元度的策划，有曾国荃的顽强，但像这样洞察全局，并且有着清醒和机巧应变手腕的人才，李鸿章可谓是首屈一指。
李鸿章在当幕僚期间还帮曾国藩作出一个重要的决断——1860年英法联军攻入圆明园，咸丰仓皇逃亡。在此期间，咸丰降旨，要曾国藩速派鲍超部霆军保卫京师。接到旨意后，曾国藩和胡林翼感到进退两难，派鲍超去吧，这边与太平军力量均衡的格局将被打破，太平军极可能乘虚进攻。不派部队去吧，又会背一个“抗旨”的罪名。曾国藩赶忙召集幕僚商议。多数幕僚主张“入卫”；李鸿章力排他议，分析形势说：洋人入京，只不过是为了金帛议和，并不想推翻大清统治，不会有其他事情。不如按兵请旨，静观一段时间再说；对于湘军来说，与太平军的决战才是有关天下安危的大事，所以对待调兵之事，一定要慎重。曾国藩和胡林翼采纳了李鸿章的意见，一面按兵不动，一面拖时间，派人送信给朝廷，堂皇地建议：鲍超人地生疏，断不能去，是否由曾、胡二人中酌派一人进京，这一招，明显的是给朝廷出难题，因为朝廷最忌讳手握重兵的“节度使”进京。朝廷当然不同意。这样的拖延战术，赢得了时间。很快，曾国藩接到朝廷新旨：清廷与八国联军已议和，鲍超军不用北上。
李鸿章年轻气盛，经常性地仗义执言。1860年曾国藩当上了两江总督，把大本营设在安徽祁门，李鸿章对此很不以为然，认为祁门在地理上是一个盆地，对兵家来说是个凶险之地，必须赶紧离开，否则一旦被包围，将会陷入孤立无援的地步。李鸿章把他的想法跟曾国藩说了，曾国藩只是淡然一笑，并不表示什么。曾国藩何尝不知呢，他当时考虑的是拿下安庆后再进攻南京，但朝廷却让他直接进攻南京。曾国藩于是屯兵祁门，摆出个姿态准备起兵东进，他还是在打安庆的算盘。李鸿章不明白这一点，见曾国藩不听自己的意见，很不高兴，据理力争了几句。曾国藩也懒得向他解释，不冷不热地来了一句：“你要是害怕这里，你走好了！”弄得不欢而散。
不久，“刺头”李鸿章又为弹劾李元度之事跟曾国藩再度发生争吵。李元度是功勋卓越的湘军元老。在皖南战役中，李元度没听从曾国藩的劝告，失守战略要地徽州府。曾国藩一气之下决定弹劾他，要李鸿章写奏折。但李鸿章不仅不愿拟稿，反而率一班人去了曾国藩那里替李元度据理力争，指出李元度“其血性足以干事，而知人则不甚明；其才识足以谋事，而带勇则非所长”。
认为曾国藩既然了解李元度的长处和短处，却舍长取短，这个责任不应由李元度来负。同时，李元度劳苦功高，一直追随曾氏身边左右，如果一兵败就严辞弹劾，会让部下们唇亡齿寒。李鸿章一番激烈的言辞让曾国藩大为光火，坚持不更改决定。李鸿章倔脾气上来了，怎么也不肯起草那个奏折，又以离开为要挟。曾国藩索性挥挥手：“随你便！”
师徒之间的冲突让曾国藩的心情坏到了极点。曾国藩在当天的日记中写道：“日内因徽州之败，深恶次青，而又见同人多不明大义，不达事理，抑郁不平，遂不能作一事。”在曾氏原先的手稿中，在“而”与“又见”之间，圈掉了“少荃”二字，可见其原文是写“少荃不明大义，不达事理”的。这一场风波使得师徒间变得生疏尴尬了。到了年底，李鸿章找了个理由要去看望在江西南昌的老母，离开了湘军大营，回到了南昌的哥哥李瀚章处。
曾门弟子（2）
但李鸿章这一段时间与曾国藩的矛盾并没有通常所描绘的那样决绝。到了南昌之后，曾、李二人一直有着书信来往。不过李鸿章心中的确有点梗阻，他曾向丁未同年沈葆桢去信询问福建的情况，有意去补闽任道员之缺。沈葆桢回信劝阻了他。另一个丁未同年郭嵩焘也来信劝他回到曾国藩身边去。那段时间李鸿章的夫人周氏生病，李鸿章一直忙于照顾。周氏是李鸿章老师周菊初的侄孙女，李鸿章少年时，周菊初对他就十分欣赏，也经常接济李家。李鸿章赶考前，周菊初把自己的侄孙女许配给了李鸿章。周氏比李鸿章大两岁，是一双大脚。李鸿章跟她的感情一直很好。李鸿章中进士当上翰林后，周氏并没有跟李鸿章来京城，一直在老家照顾李鸿章的母亲。李鸿章回乡办团练，夫妻才算得到团圆，在李鸿章戎马倥偬期间，周氏一直跟着李鸿章东奔西走。
不久，形势的发展证明了李鸿章的战略预见是对的。太平军李世贤部攻占景德镇，祁门再度被围困，情急之下，曾国藩分别给二子立下遗嘱，准备在祁门坐以待毙。形势稍缓之后，在胡林翼和曾国荃的劝说下，曾国藩终于同意移营长江边的东流。当曾国藩向李鸿章函告这一决定时，得到的反应是热烈的，李鸿章数次来函献计献策。师生间由于战略分歧所造成的隔阂烟消云散。在此之后，曾国藩几次函招李鸿章回营，李因忙于照顾病重的妻子周氏，迟迟未归。曾氏无法再等，又给李鸿章写了一封言辞恳切的信：
阁下久不来营，颇不可解。以公事论，业与淮扬水师各营官有堂属之名，岂能无故弃去，起灭不测？以私情论，去冬出幕时，并无不来之约。
今春祁门危难，疑君有曾子避越之情，夏间东流稍安，又疑有穆生去楚之意。鄙人遍身热毒，内外交病，诸事废搁，不奏事者五十日矣。如无醴酒之嫌，则请台旆速来相助为理。
李鸿章接信后，颇为感动。当周氏病稍有好转，便收拾行装赶到东流大营。李鸿章的重回幕府，让曾国藩如虎添翼。积压如山的公文得以清理，军事大计也有人商议了。这一对师徒之间经常彻夜长谈，无话不说。
很多年后，当李鸿章闲暇之时回忆起对抗太平军的这一段历史时，总是显得神情凝重。除了庆幸命运对于自己的垂青之外，他还庆幸着自己的人生道路上遭遇了曾国藩这样一个亦师亦友的关键人物，这使得他在人生的几次大转折中总有贵人相助。也就是在这段时间里，李鸿章发生了巨大的改变，不仅仅体现在地位的增高、气度沉稳等外部因素上，更多的，还是内心深处的悄然改变。从少年时意气风发，聪明异常，一直到后来的洞察细微，隐忍无限，李鸿章的人生和性格，从那时起，经历了一个巨大的U形弯。
也正因此，李鸿章一直感激着曾国藩，也图谋回报。机会很快就到来了，不久，李鸿章即以“滞攻金陵”的行动，算是回报了曾国藩的恩情。
1864年，淮军力克常州，苏南战局基本平定。这时，曾氏兄弟正顺江而下形成对天京的包围。对于曾氏兄弟而言，他们特别忌讳兵强马壮的淮军助攻天京，如果那样，曾氏十数年苦战的果实将被别人摘得，这是曾氏兄弟极不愿看到的。尤其是曾国荃，自尊心特别强，对于淮军的节节胜利，倔强的他几近忧郁成疾。曾国藩当然心疼弟弟，多次写信给曾国荃，劝慰他要宽心，如果李鸿章要来合攻天京的话，千万不要多心，“独克固佳，会克亦妙。功不必自己出，名不必自己成，总以保全身体，莫生肝病为要”。
在当时，就淮军的装备和实力而言，攻坚能力已远胜湘军。李鸿章哪里不想争这个头功呢？但在这种情形之下，李鸿章权衡再三，还是选择了回避，想把头功让给恩师。在朝廷下旨令淮军会攻金陵后，李鸿章致函曾国藩，称自己的队伍疲劳，想休整一段时间。实际上，李鸿章是想给曾国荃预留充足的时间。朝廷见淮军迟迟未动，连降谕旨，敦促李鸿章火速调兵。李鸿章只好采取拖延战术，他先是借口生病回苏州，不久又提出部队要休整两个月才能再战，最后李鸿章实在拖不过去了，便灵机一动，出兵浙江，谎称要从湖州对南京形成包围。谁料此举惹恼了闽浙总督左宗棠，左宗棠急忙上奏朝廷，告李鸿章“越境掠功”。由此开始，左、李两人成了一辈子冤家。李鸿章一拖再拖，实在是用心良苦，后来，连淮军将领都看不过去了，纷纷表达对李鸿章的不满。
李鸿章只好再次给曾国荃写信，催促湘军加快攻城动作。到了夏天，朝廷又降谕旨，严令李鸿章派刘铭传等先锋火速驰往金陵。李鸿章无奈，只好派刘铭传、王永胜、刘士奇各率15000人前往，自己大队人马仍按兵不动。此时，曾国荃接到李鸿章调兵前来的消息后，几近疯狂，他将李鸿章告知的信件遍示诸将，说：“他人将要来了，难道我们苦苦攻了两年的艰辛将要拱手相让吗？”
手下的将领坚决表示：“愿尽死力。”当晚，通向金陵城内的地道已经完毕，次日，曾国荃部由地道炸塌太平门城垣20余丈，攻下金陵。
李鸿章用软磨硬抗的办法，拖延会攻金陵长达数月之久，算是成全了曾氏兄弟独得“首功”的心愿。这样的“义举”，真难为心高气傲的李鸿章了。对此，曾国藩极为感激，攻克南京城不久，李鸿章赶到，曾国藩亲至城外下关迎接，拉着李鸿章的手连声说：“我兄弟俩的一点面子，全是你给的。”曾、李之间在军政大计上的互谅互助，也是湘淮两系能够长期合作的一个重要原因。
曾国藩与李鸿章在联手镇压太平军这段时间里，他们并驾齐驱，屠杀了成千上万的太平军将士，染红了自己的官袍。也正是在镇压抗击太平军的腥风血雨中，李鸿章变得成熟起来，由一个才高八斗的书生，成为一个封建王朝的所谓能臣。李鸿章后期性格中的忍辱负重、克己复礼，都可以说与这段戎马倥偬的经历有关。这段残酷无比的岁月，让李鸿章真正见识了人生的酸甜苦辣。曾求学于曾国藩、后来成为李鸿章幕僚的吴汝纶评价说，李氏“生平严事曾文正公，出治军，持国事，于曾公相首尾。其忠谋英断，能使国重，是非成败，不毫发动心，一秉曾氏学”（吴汝纶《李公神道碑铭》）。可见，李鸿章深得曾国藩的嫡传，在李鸿章身上，还是能见到很多曾国藩的精神的。如果拿李鸿章与左宗棠相比，两人虽同为经世、洋务一派，但李鸿章在为人上，却与左宗棠大相径庭。这就是“忍”、“挺”二字的绝妙所在。
曾国藩与李鸿章在性格上还是有很大差异的。曾国藩是典型的湖南人，性格“耿”而倔强，在生活习性上却很土气；读书太多，凡事总有自己的原则，往往在智慧的同时，总残留着一丝迂腐气，为人清高，不合群，爱较真。而李鸿章则不一样，李鸿章总体上极具有江淮人的性格，富有草根经验，爱面子，散漫，有着浓重的“痞”气，为人处世比较灵活，讲究实效，也比较世故油滑。这样相对实用的性格使得李鸿章在官场上要比曾国藩适应得多，一方面可以拉帮结派，另外一方面又可以大打“迷踪拳”。所以在太平天国平定之后，李鸿章很快就在职位上超越了他的老师曾国藩，并且比曾国藩更得朝廷的信任。
一支军队的气质往往体现着领头人的气质。团队与帮派也是这样。就队伍结构而言，曾国藩的湘军主要将领都是读书人，其中有科名的达30多人。而且，曾国藩本人也不太欣赏那些只会打“肉搏战”的“莽夫”。所以他把没有文化不识几个大字的太平军旧将程学启转给了李鸿章。曾国藩曾经洋洋自得地说：“我的这些手下，可以白天打仗，晚上讲学。”而在李鸿章的“淮军”中，13营淮军的11位将领中，只有举人、廪生各1人，主要将领都出身低微：