从调查结果看，包斯曾自称是一位“马克思主义者”，1959年到苏联住了3年，并在那里娶了个妻子。当时他还曾公开宣称要取得苏联国籍，可不知怎么后来居然改变主意，回到了美国。许多人由此猜测，包斯可能是听命于苏联“克格勃”，他回到美国就是为了刺杀肯尼迪的。
包斯回国后在新奥尔良工作，并曾与一些亲卡斯特罗的组织有来往。而此前肯尼迪曾支持过一批流亡的古巴人，这些人企图颠覆古巴政府。因此，有些人就认为，刺杀肯尼迪一事可能与亲卡斯特罗的古巴人有关。
在调查过程中有证人提到，包斯曾受雇于联邦调查局，代号为S—172或S—179，每月领200美元的酬劳。由此人们推断：包斯可能是受联邦调查局的“委托”暗杀了肯尼迪总统。而从案发后对此事的调查情况以及当时联邦调查局局长胡佛与肯尼迪的关系来看，这种可能性确实很大。
肯尼迪死后，林登·约翰逊接替了他的总统职位，并任命以美国首席法官厄尔·沃伦为首的特别委员会负责调查此事。奇怪的是，那份调查结果——《沃伦报告》居然被美国政府封存起来，说是要在公元2038年，即所有与此案有关的人全死了以后才能公布它。由此许多人都推测，此案可能与政府中的某些人有牵连，而且牵连还很大，否则干嘛要搞得这么神秘？
另一方面，据说胡佛自1924年任联邦调查局局长以来，他的地位一直是稳如泰山。但自肯尼迪的弟弟罗伯特担任司法部长后，联邦调查局首次被迫服从司法部的领导，由此引起胡佛很大的不满。总统遇害后，约翰逊总统虽曾令联邦调查局协助沃伦委员会调查，但胡佛却明确警告负责此事的吉姆·盖尔不要深究。同时在联邦调查局的调查人员中，与总统暗杀有关的人也都先后离开了原来的位置。案发后联邦调查局、中央情报局及军方情报部门收集的有关凶手的关键性材料，也突然之间不是被人全部销毁，就是不翼而飞。由此，一些人推测胡佛可能就是这次暗杀的策划者和组织者。
1990年，有个叫珍尼佛·怀特的女人让她的儿子李奇·怀特召开了一个记者招待会，披露了一些鲜为人知的内情：
珍尼佛的丈夫罗克斯曾在美国中央情报局里专门担任杀手的秘密任务，包斯和鲁比都是他的好友。有一次，珍尼佛偷偷听到他们在说暗杀肯尼迪总统的事。而在总统遇刺的当晚，罗克斯回家时也显得非常激动，并叫她躲回娘家。三天后罗克斯接她回家，说没事了。1971年，罗克斯突然对她说，中央情报局出卖了他。没过几天，他就死于一个非常奇怪的爆炸事件中。
1982年，珍尼佛的儿子李奇在家里的储藏室里发现了罗克斯的几本日记本，其中记载了他在海军训练和在远东地区执行特别任务的情形以及他与包斯的友情。尤其是详细写下了1963年他和另外两个人暗杀肯尼迪总统的过程。
1988年珍尼佛和儿子李奇把罗克斯的日记告诉了美国联邦调查局，联邦调查局立即来了3个人。他们把那些日记全都拍摄下来后就走了。可过了几个小时，其中的一个人回来说，他的记事本忘拿了。结果他拿走记事本以后，罗克斯的那些日记本也不见了。
显然，珍尼佛的证词为揭开肯尼迪遇刺之谜提供了重要的线索，可是随着与此案有关的人因各种缘故先后死去，以及与此事有关的绝密资料或失踪，或被销毁，现在谁也说不清在暗杀肯尼迪事件中，谁是真正的幕后指使人。而几十年来，为了收集肯尼迪总统被暗杀的证据，追查案件的真相，又有二十多个人葬送了性命。所以这个案件从此被人们称为“二十世纪最大的谜案”。
林肯的遇刺本来就是美国历史上的一个难解之谜，前谜未解，后谜又至，杀死肯尼迪的凶手究竟是谁？事情的真相如何？美国总统之谜又添加了一位新的成员。