食品添加剂，特别是化学合成的食品添加剂具有一定的毒性，但只在达到一定浓度或剂量水平时，才会对人的机体产生毒副作用；反之则是安全的。合理使用食品添加剂，对丰富食品生产和促进人体健康都有好处。但食品添加剂毕竟不是食品的天然成分，如使用不当或添加剂本身混入一些有害成分，就可能对人体健康带来一定危害，主要表现在以下几个方面：
急、慢性中毒问题。由于制造添加剂时所用原料不纯而沾染一些有毒化合物，引起人们的急、慢性中毒。作为抗氧化剂的丁基羟基茴香醚可在体内蓄积，对机体可能造成的潜在性危害应特别注意。
致癌问题。如某些人工甜味剂、色素等经动物试验证实有致癌作用。如奶油黄色素可诱发大鼠肝癌，甜味剂甘精和苯脲也能引起动物肿瘤。近年来还发现发色剂亚硝酸钠与肉、鱼等食品中的胺类发生反应，形成的亚硝基化合物具有强烈的致癌作用。
转化产物问题。食品添加剂加入食品后，在体内可产生一些转化产物，如亚硝酸盐在体内可以转化为亚硝胺，对人体产生有害作用。
由于食品添加剂存在上述问题，为了指导生产企业安全使用食品添加剂，必须对其进行严格的管理。我国对于食品添加剂的使用量有GB2760-1996《食品添加剂使用卫生标准》作为规范。联合国粮农组织及世界卫生组织（FAO/WHO）所属的食品添加剂专家委员会（JECFA）规定了食品添加剂的ADI值（即依据人体体重，终身摄入一种食品添加剂而无显著健康危害的每日允许摄入量的估计值，它是国内外评价食品添加剂安全性的首要和最终依据）。
（五）了解“HACCP”的含义
HACCP是英文“Hazard Anaysis Critical Control Point”（即危害分析及关键控制点）一词语的首字母缩写，是一个为国际认可的，保证食品免受生物性、化学性及物理性危害的预防体系。早在20世纪60年代，美国Pilsbury公司在为美国太空项目服务、提供安全卫生食品时，率先使用了HACCP这个概念。1985年经美国科学院推荐，HACCP被行政当局采用。美国FDA1973年在低酸罐头食品中采用。经过几年的研究和发展，到1989年11月，由美国农业食品安全检查局（FSIS）、水产局（MFS）、食品药品管理局（FDA）等机构发布了“食品生产的HACCP法则”。1990年至1995年间，HACCP相继被应用于水产品、禽肉产品、果蔬汁、乳制品、糕点、食用油、餐饮等诸多方面。1999年12月18日美国宣布，对办理进入美国的水产品及企业强制要求建立HACCP体系，否则其产品将不能进入美国市场。近年来，中国、欧盟各国、日本、泰国、加拿大、澳大利亚、新西兰等国家相继学习，推广了HACCP安全控制系统。迄今为止，HACCP已被许多国际组织如FAO/WHO、CAC等认可，成为世界范围内保证食品安全卫生的准则。我国对HACCP食品安全控制体系已提出了实施要求，将在食品企业率先运行，这将为提高企业的知名度与信誉度，成功地打入国际市场提供重要条件。
HACCP体系是一种建立在良好操作规范（GMP）和卫生标准操作规程（SSOP）基础之上的控制危害的预防性体系，将食品的安全性作为主要的控制目标，因此它与其他的质量管理体系相比，可以将主要精力放在影响产品安全的关键加工点上，而不是将精力分散在每一个步骤上，这样在预防方面显得更为有效。该体系由7个方面的内容组成：进行危害分析和确定预防计划措施；确定关键控制点；建立关键限值；监控每个关键控制点；建立关键限值发生偏离时，可采取的纠偏措施；建立记录保存系统；建立验证程序等。
（六）区别和选择有机食品、绿色食品和无公害农产品的方法
随着生活水平的提高，人们对餐桌安全越来越重视，在购买食品时也逐渐挑选经过有关部门认定的商品。目前市场上的“有机食品”、“绿色食品”、“无公害农产品”等，是由不同部门针对食品安全设置的不同认定标准。有机食品、绿色食品、无公害农产品都是安全食品，都表现出“安全”的共性，它们在种植、收获、加工生产、贮藏及运输过程中都采用了无污染的工艺技术，实行了从土地到餐桌的全程质量控制。
无公害农产品是指有毒有害物质残留量控制在安全质量允许范围内，经有关部门认定，安全质量指标符合《无公害农产品（食品）标准》的农、牧、渔产品（食用类，不包括深加工的食品）。广义的无公害农产品包括有机农产品、自然食品、生态食品、绿色食品、无污染食品等。这类产品生产过程中允许限量、限品种、限时间地使用人工合成的安全的化学农药、兽药、肥料、饮料添加剂等，它符合国家食品卫生标准，但标准相对于绿色食品来说要宽松得多。无公害农产品是保证人们对食品质量安全最基本的需要，是最基本的市场准入条件，普通食品都应达到这一要求。无公害农产品认证分为产地认定和产品认证。无公害农产品由农业部门认证，其标志的使用期为3年。根据农产品质量安全监管需要和相应的国家标准、行业标准，经国家认监委决定将韭菜、猪肉、鳗鲡等62种重要的食用农产品纳入第一批实施认证的产品目录。
绿色食品是遵循可持续发展原则、按照特定生产方式生产、经专门机构认定、许可使用绿色食品标志的无污染的安全、优质、营养类食品。我国的绿色食品分为A级和AA级两种，其中A级绿色食品生产中允许限量使用化学合成生产资料，AA级绿色食品则较为严格地要求在生产过程中不使用化学合成的肥料、农药、兽药、饮料添加剂、食品添加剂和其他有害于环境和健康的物质。按照农业部发布的行业标准，AA级绿色食品同有机食品在食品安全上具有同等的功效。从本质上讲，绿色食品是从普通食品向有机食品发展的一种过渡性产品。绿色食品标志的使用期为3年。
有机食品是指来自于有机农业生产体系，根据国际有机农业生产要求和相应的标准生产加工的，并通过独立的有机食品食品机构认证的农副产品，包括粮食、蔬菜、水果、奶制品、禽畜产品、蜂蜜、水产品、调料等。有机食品与其他食品的区别主要有三个方面：有机食品在生产加工过程中绝对禁止使用农药、化肥、激素等人工合成物质，并且不允许使用基因工程技术；其他食品则允许有限使用这些物质，并且不禁止使用基因工程技术。如绿色食品对基因工程技术和辐射技术的使用就未作规定；有机食品则严格规定了土地生产转型方面的特征。考虑到某些物质在环境中会残留一段时间，土地从生产其他食品到生产有机食品和无公害食品需要两到三年的转换期，而生产绿色食品和无公害食品则没有转换期的要求；有机食品在数量上进行严格控制，要求定地块、定产量，生产其他食品没有如此严格的要求。
有机食品、绿色食品和无公害食品主要区别有几下几点：
（1）不同的发源地。
有机食品和有机农业的发源地是欧洲。国际上有机食品起步于20世纪70年代，以1972年国际有机农业运动联盟的成立为标志。1994年，国家环保总局在南京成立有机食品中心，标志着有机农产品在我国迈出了实质性的步伐。产生的背景是，发达国家农产品过剩与生态环境恶化的矛盾以及环保主义运动。
绿色食品是我国土生土长的食品安全概念。绿色农产品于1990年由农业部发起，1992年，农业部成立中国绿色食品发展中心，1993年农业部发布了“绿色食品标志管理办法”。产生的背景是20世纪90年代初期，我国基本解决了农产品的供需矛盾，农产品农残问题引起社会广泛关注，食物中毒事件频频发生，“绿色”成为社会的强烈期盼。
无公害食品主要起源于中国。20世纪80年代后期，部分省、市开始推出无公害农产品，2001年农业部提出“无公害食品行动计划”，并在北京、上海、天津、深圳4个城市进行试点，2002年，“无公害食品行动计划”在全国范围内展开。无公害农产品产生的背景与绿色食品产生的背景大致相同，侧重于解决农产品中农药残留、有毒有害物质等已成为“公害”的问题。
（2）不同的标志。
无公害食品包括有机食品和绿色食品。有机食品在不同的国家、不同的认证机构其标志各不相同。我国有机食品的标志图集主要由以下部分组成，即外围的圆形，形似地球，象征和谐；中间的种子图形，代表生命萌发之际的勃勃生机；周围的环形线条以及“中国有机产品”和“ORGANIC”字样。绿色食品标志是唯一的，它的图集由三个部分构成，即上方的太阳、下方的叶片和中心的蓓蕾，象征着自然生态。
（3）不同的认证机构。
绿色食品的认证由中国绿色食品发展中心负责全国绿色食品的统一认证和最终认证审批，各省、市、区绿色食品办公室协助认证。有机食品的认证，一是由国家环境保护总局有机食品发展中心进行综合认证；二是由中国农科院茶叶研究所有机茶研究与发展中心认证有机茶；三是一些国外有机食品的认证机构在中国开展有机食品的认证。无公害食品的认证机构较多，只有在国家工商行政管理局商标局正式注册标志商标，或颁布的省级法规，其认证才有法律效应。
（4）不同的认证方法。
有机食品的认证实行检查员制度；绿色食品的认证以检测认证为主；无公害食品的认证以检查认证为主，检测认证为辅。
（5）不同的标准和等级。
无公害食品、绿色食品和有机食品的标准各不相同，但总的可以分为三个档次，即无公害食品是基本档次，A级绿色食品是第二档次，AA级绿色食品和有机食品为最高档次。
另外，价格上也有很大差异。绿色食品70%为加工产品，30%为初级农产品，有机农产品和无公害农产品都以初级农产品为主。有机农产品的价格高于普通农产品50%甚至几倍；绿色农产品的价格高于普通农产品10%—20%；无公害农产品的价格略高于一般农产品。
（七）转基因食品对人体是否有害
转基因食品是指利用生物技术改良的动物、植物和微生物所制造或生产的食品、食品原料及食品添加物等。针对某一或某些特性，以一些生物技术方式，修改动物、植物基因，使动物、植物或微生物具备或增强其特性，可以降低生产成本，增加食品或食品原料的价值。
目前，转基因食品的安全性普遍受到人们的怀疑，主要表现在以下几个方面：
（1）营养成分减少。
有些作物由于利用了转基因技术，其中的有益成分遭到了破坏。英国伦理和毒性中心的试验报告说，与一般大豆相比，在耐除草剂的转基因大豆中，具有防癌功能的异黄酮成分减少了。与普通大豆相比，两种转基因大豆中的异黄酮成分减少了12%~14%。
（2）产生毒素或增加食品毒素含量。
由于人们对转基因的活动方式的了解还不够透彻，没有十足的把握控制基因调整后的结果，一些研究学者认为，转基因食品在达到某些人们想达到的效果的同时，也可能增加作物中原有的微量毒素的含量。这些有毒物质的增加，可能会危害人类和动物的健康，严重的会导致某些遗传类疾病的发生。
（3）引起人体过敏反应。
作物引入基因后，会因为带上新的遗传密码而产生一种新的蛋白质，可能会引起人们的过敏症，因此食物会由于基因转移而可能引发某些人的过敏反应。由于转基因技术，某些人可能会对一种以前他们并不过敏的食物产生过敏反应，甚至威胁到生命。
（4）人体对某些药物产生抗药性。
抗药性是一个十分敏感的公众健康问题，目前，滥用和误用抗生素引起了细菌抗药性的产生。在转基因过程中，其使用具有抵抗临床治疗用抗生素的基因，人们在食用了这种改良的食物后，食物会不会在人体内将抗药性基因传给致病的细菌，从而使人体产生抗药性。这种风险是否存在，其可能性到底有多大，也是人们关心的一个重要问题。
转基因食品的安全性主要潜隐着以下四个“非安全”因素：
（1）基因改造过程中也可能“携带外来基因”。
基因操作包括基因改造、拼接和导入等程序。而这些外来基因及其编码产物的安全性对转基因食品的安全性影响最大。
一方面，是外来基因本身的安全性。例如，外来基因有无毒性？外来基因会不会插入到食用者的基因组内？这些都是消费者经常提到的问题。其实，外来基因与食物中原有的基因的组成成分是一样的，消化途径和消化产物也基本相同。任何基因进入了胃肠道后，很快分解为核苷酸单体，就像食物原有的基因一样。
另一方面，是外来基因编码产物的安全性。其中调控基因只负责调节和控制编码基因合成蛋白质的过程，一般不产生对安全性有影响的产物；而编码基因产物是直接影响安全性的重要因素。
除了上述以改变食品特性为目的的编码基因外，一些抗生素抗性基因也常常在基因工程中被导入。