这场战乱中，广西大学不仅校产受到损失，总务长蒋继尹教授竟死于土匪之手。
蒋继尹在日本留学14年。1919年，因国事需要，他才应召回国。为逃避包办婚姻，他远走山东求职，先后任济南农场技师、山东农业专科学校教授，并在山东与单岱云结婚。1922年，由于他精通日语、英语和德语，受任为“鲁案”（又称山东曹州教案）善后处理督办公署翻译股主任。
所谓“鲁案”，事因1897年11月1日，曹州府巨野县张家庄天主教堂两位德国神甫遭到当地土匪杀害，德国以此为借口出兵，强行占领胶州湾。案发后，清政府被迫与德国签订《胶澳租界条约》，从此山东成了德国的势力范围。第一次世界大战结束后，德国战败，日本却趁机掠占了德国在我山东的地盘。中国也曾对德意宣战，也是战胜国，但1919年初，西方列强在巴黎召开会议，不顾中国是战胜国的事实，要将德国在山东的特权转给日本。消息传来，群情激愤，5月4日，北京学生三千多人举行示威游行，高呼“外争国权，内除国贼”等口号，这就是历史上著名的“五四运动”。
迫于压力，北洋政府拒绝在《巴黎和约》上签字，并成立了“鲁案”善后处理督办公署，蒋继尹担任翻译。1922年，西方列强在华盛顿召开太平洋和会，由于蒋继尹在处事中多次洞察日方的阴谋，有效地维护了我国的权益，西方列强只得裁定日本将胶州湾、青岛及胶济铁路归还中国。蒋继尹因此获得了政府颁发的六等嘉禾勋章。“鲁案”处理结束后，蒋继尹受聘于北京农业大学，任教授。
1928年秋，蒋继尹应马君武先生之聘，毅然放弃在北京的优越生活，回到广西梧州，任广西大学总务长兼化学教授。作为总务长，他与师生辟荒山、建校园、筑校舍、置设备，任务至为艰巨。
1929年5至9月期间，蒋桂战争进入白热化阶段，随后，粤军进驻校内，师生被迫离校。蒋继尹亦携眷回乡。舟至昭平县境小背口村，突遭土匪拦劫，勒索巨款光洋一万块未遂，8月15日被害于锦铛（一说景当）山佛子冲，年仅40岁。
蒋继尹的外孙女曾有文章写道：
我外公自幼饱读诗书，满腹经纶，十四岁就考上了清末公派留学生，就读于日本著名的东京帝国大学。外公去日本的时候，根本不懂日语，临出国之前才突击了两个星期，轮船上又学了几天，就靠这点日语进了日本东京帝国大学听课，四年之后居然以优异成绩与日本同学一道从帝国大学毕业。后来又到北京大学当教授。民国十六年，应马君武博士之邀，回广西创办广西大学，出任广西大学总务长兼教授。民国十八年，我母亲四五岁的时候，外公于暑假携全家乘船从梧州沿水路返回老家全州，在昭平遭土匪打劫，全家被绑。说来也冤，土匪原来打算劫持的并不是我外公，而是外公的兄长蒋继伊。蒋继伊大我外公七八岁，曾中清末举人，并同时与我外公去日本留学，回国后从政，也是广西政坛上炙手可热的人物。我外公蒋继尹，名字与蒋继伊仅仅相差两笔，不但字形相似，连读音也相近，极易混淆，加上土匪文化程度不高，于是阴差阳错抓了我外公全家。
土匪以为抓住一个财政厅长，可以换回大把银子，谁知道抓的只是大学教授，好不气恼！土匪眼中的大学教授不过是不值钱的穷书生，但这位穷书生好歹是曾任两广财政厅长的亲弟，想必多少也能诈回一些银两，于是把外公一家扣为人质，要挟蒋继伊拿钱赎人。蒋继伊与土匪多次谈判，好不容易将赎金由一万大洋降到了四千，却不料掌管广西军政大权的李宗仁、白崇禧不肯答应，认为用钱赎人是助长了土匪的气焰。李宗仁与白崇禧行伍出身，只知道用枪杆子说话，立即派了军队前去围剿。大兵压境，土匪被逼“撕票”，外公一家的男丁，几乎全部惨死在土匪刀下。说是“几乎”，那是因为母亲的大哥（我的大舅）（即蒋明，新中国成立后在全州高中当老师，前几年去世——笔者注）命大，脖子上被土匪连砍三刀，昏死过去，土匪以为死了，没想到他居然死而复生，从死人堆里爬了回来，后来一直活到八十六岁。还有一个男丁——我的小舅，是在襁褓中吃奶的婴儿，也免一死。土匪也有土匪的规矩，只要钱能到手，绝不“撕票”；钱不到手，就别怪他杀人不眨眼，但只杀男丁而不杀女眷，所以外婆与母亲得以死里逃生。
又有蒋家后人写有文章回忆道：
1929年，父亲在南京读完中学，取道梧州（原文为桂林——笔者注）回全州老家，在梧州搭乘其叔叔蒋继尹及堂弟的三艘船，回家路上被土匪劫持。土匪原以为船吃水很深一定有很多财宝，岂不知都是书籍，故以叔侄三人为人质，向我祖父（即蒋继伊——笔者注）索要三万大洋。正当祖父卖地筹钱时，当地政府听说豪绅被抢，就派兵上山剿匪。土匪一看大势已去，慌乱中射杀人质，蒋继尹父子当场死亡，父亲左肩胛骨被打穿。土匪一看人还没死，又补一刀，父亲用左手去挡，结果小拇指被砍断了。此时官兵枪声大作，绑匪猖狂逃窜——此后父亲昏迷了五天五夜才苏醒过来。幸好当时年轻，否则真的没命了。
这个大难不死的中学生，疑是蒋继伊的四子蒋朝江，后来在广西大学读书，理学院本科第一届毕业生名单上有他的名字，他还获得1932年奖学金丙等奖。
但事发地昭平县有人撰文，说蒋继伊也同时被抓，文章写得活灵活现，载在《昭平文史·景当山剿匪记》。而在蒋继尹的家乡全州，不管是地方志，还是蒋家后人，都不载蒋继伊与蒋继尹同时被土匪所抓一事，看来是小说家言。
《广西大百科全书》载：
蒋继尹（1889—1929年），教育家。字叔贤，号湘农，全州人。幼年聪颖好学，12岁获州试案首。光绪三十年（1904年）以官费生到日本留学，入东京帝国大学，获农学学士学位。再到早稻田大学从事教学与研究。1919年回国，先后任济南农场技师、山东农专、北京农业大学教授。在任期内著有《食品化学》《中等肥料科学》《中等农艺学》等专著。1928年秋，应广西大学校长马君武之聘，担任广西大学总务长兼化学教授。任劳任怨，工作卓有成效，马校长称赞他“言可为方，行可为表”。1929年，因蒋桂战争爆发，无法正常上课，携眷回乡，在昭平县境内遭土匪拦劫，被害于锦铛山。
蒋继尹与于式枚、苏乐群、唐景崇并称民初广西四大教育家。蒋继尹被害的消息传出后，海内外亲朋好友无不为痛失栋梁而伤悲，纷纷送来挽联、挽词、挽诗。广西大学师生尤为悲切，立碑纪念，马君武校长亲笔为他写下挽词：“霁月风光，含华佩实，启导群彦，散事后食。如何斯人，死于盗贼？遗像俨然，令德令式。”三年后，蒋继尹遗骸迁回，葬于内建乡（今全州安和乡）绿源里。蒋继伊后来把准备用来赎人的赎金全部捐出来，以父亲的名义，兴建了一所冠英小学，即今天安和乡冠英初中的前身。