十一月上旬，倭寇集中2万多兵力围攻仙游县，城中军民在知县陈大有、典史陈贤等率领下，坚守待援。嘉靖四十二年（1563）十一月，朝廷任命戚继光为总兵，镇守福建七府一州，并兼及浙江金华、温州二府，都督水陆军马战船，这一任命使得戚继光更有效地担负起闽、浙一带的抗倭责任。戚继光一面遣使催促浙兵速至闽作战，同时与谭纶一起进行决战前的周密部署：一是加强仙游方面的防御力量，预先派亲兵200名入城协助守城，并不断增援城中炮火矢石；二是张疑兵以分敌兵势。戚继光先调署守备胡守仁、把总蒋伯清等率兵在离仙游城不远的铁山据险屯扎，与敌垒相对。又以各营中挑选敢死勇士500人，不时袭扰倭寇。随后与谭纶率大队人马驻扎在俞谭铺和沙园一带，故意鸣炮击鼓，使军队往来不停，引敌生疑，分散其攻城之力；三是命署守备耿宗元等率兵一支随监军汪道昆往福州，保卫省会，防备福宁登陆的倭寇突然袭击；四是派兵堵塞仙游之倭通往泉州、漳州的道路，切断仙游倭寇与外面的联系；五是对于继续赶来会合的小股倭寇，分而歼之，以孤立攻击仙游的倭寇。戚继光之所以这样部署，是因为他所率领的军队全是浙兵，驻守福建采用轮班守卫的办法，他手中现班人数不足，下班兵马又未到达，与倭寇无法决战。
戚继光所设疑兵之计，曾一度使倭寇举棋不定，但贼寇见援兵久不到来，攻城之势更加激烈。十二月六日，倭寇聚集精锐，对仙游城发动猛攻，曾一度险些攻破仙游城。十二月二十三日，王如龙等率浙江兵赶到，明军势力大增，士气大振。巡抚谭纶亲自到大营之中填写令票，委托戚继光全权指挥。第二天，戚继光召集诸位将领，布置作战方略。当时，围攻仙游的倭寇兵力2万多人，分屯东、西、南、北四门，明军人数仅1万余人，若四门同时攻打，以寡击众，取胜极难。于是，戚继光决定集中优势兵力打击敌人，命守备王如龙等率中左路人马，署守备胡守仁等率中右路人马，两路人马合力攻击南面倭寇。又命把总陈濠等率右奇兵攻击东面倭寇，游击李超等率左奇兵攻击西南倭寇，牵制住敌人以防止他们增援南面之敌，保证王如龙、胡守仁的胜利。等到王如龙、胡守仁得胜之后，再配合进攻。同时又命令指挥吕从周等率标兵一支同都司郭成所率的400苗兵屯扎铁山，设疑兵以牵制北面之敌。把总金科等率中军大营之兵，以备策应。
十二月二十五日，各路军马分道出发，进入指定地点，恰逢大雨倭寇竟然没有察觉。次日清晨，又是漫天大雾，伸手不见五指，各路军马趁势驰向敌营。此时此刻，倭寇正集中兵力攻城，他们制造出八座比城墙还高一丈余的吕公车，车身三面围以数层竹木绵毡，以防枪弹。每车可容100多人，车上架飞桥，可翻越城墙，眼看城池难守。在此千钧一发之际，王如龙所部赶到，直冲倭寇南面巢穴。敌人只顾攻城，加之又有大雾，直到明军到达离城不远之时，倭寇才发觉情况有变，急忙停止攻城，迎战明军。王如龙率军硬攻上去，胡守仁所部也及时赶到，两路人马并力冲杀，倭寇大败，退入营中死守。戚家军拔掉营外木栅，斩墙而入，纵火焚烧敌营。倭寇鬼哭狼嚎，狼奔豕突，被砍杀了四五百人，余寇匆忙往东面敌营奔去。
南面倭寇被歼之后，王如龙、胡守仁各自依计而行，分头冲杀。胡守仁所部乘胜往东面敌营追杀过去，陈濠急率右奇兵协同夹攻。由于仙游城的东门集中了倭寇的精锐，而且那里多设埋伏，战斗打得十分艰苦。右奇兵中的童子明所部不幸中敌埋伏，全部壮烈牺牲。但其余各部殊死拼杀，终于攻破了倭寇的东面巢穴。王如龙所部在南面得手之后，乘胜往西面杀去，会同李超率领的左奇兵进攻西面倭寇巢穴。西面的倭寇听说南面巢穴已被攻破，吓得心惊胆破，不敢迎战，据寨自保。王如龙率军如猛虎般扑了过来，顷刻间攻破西面巢穴。
倭寇东西两巢数千漏网之寇，拼命突围北逃，企图与北面巢穴的倭寇会合。戚继光亲督金科等率领中军大营兵马，奋力攻杀，大败敌寇，捣毁倭寇的北面巢穴。倭寇全线崩溃，丢下无数尸体，狼狈逃窜，危急中的仙游城终于获救。仙游惨败的倭寇尚余1万余人向南逃窜，明军随后紧追。嘉靖四十三年（1564）二月四日中午，在福建同安县的王仓坪与敌相遇。戚继光折箭为誓，激励士气，督诸将率军冲入敌阵，一阵拼杀，倭寇不敌，匆忙往山上逃去。这时，有2000倭寇偷袭明军中军，直奔戚继光杀来，戚家军左右夹击，倭寇又逃往山上。戚继光挥众登山，追击逃敌，直杀到太阳落山，倭寇支撑不住，没命地四散狂奔，纷纷跌落崖下摔死。所剩7000余倭寇，继续向南溃逃，二月十二日逃至漳浦，当地的汉奸15人与倭寇勾结，约定十六日夜间内外夹攻，夺取漳浦。倭寇于是屯兵蔡坡岭，准备袭击漳浦城。十五日，戚家军追至，得知上述情况之后，便于第二天猛攻蔡坡岭倭寇，倭寇大败，拼命突围不成，只好向丛林中躲逃。明军纵火焚烧，倭寇1000余人被烧死，其余大都带伤，突往诏安，由双港向广东逃去。后来，被广东总兵俞大猷率军追截剿杀，弄得草木皆兵，再也不敢在中国土地上为非作歹，只得从广东沿海寻船急急逃回日本。经过戚继光等人率领沿海军民的有力打击，许多倭寇终于明白，从今往后，如果再侵犯中华土地，除了送死之外，别无好处可捞。戚继光和他率领的戚家军在抗击倭寇的战斗中，为中华民族抗击外来恶势力的侵略，大写了一笔。
十二、平台保台的杰出将领：施琅
施琅（公元1621～1696年），原名郎，字尊侯，号琢公，福建晋江人。原系郑成功部将，后投诚清朝，任福建水师提督。他坚决主张以军事手段为主，平定台湾，消灭郑氏割据政权。在年逾花甲之时，统率清军，渡海东征，一战而定战局，完成了台湾与大陆的重新统一；并力主驻军台湾，保卫海疆，以备御西方殖民者的侵略。他是一位颇有卓识远见的杰出军事将领。
1.文武兼习，师从名将
施琅出身平民家庭，幼年学文未成，弃而学武，据他说“习战阵，击刺诸技，于兵法无不兼精”。青年时应募从军，因力能举鼎，被用为低级武弁。后又通过其叔父施天福的推荐至郑芝龙部任职。因镇压地方反明武装有功，升为游击将军，任参将。明王朝被李自成农民军推翻之后，随着郑芝龙官爵的升迁，施琅的官职也不断提高。南明弘光政权建立后，他升副总兵，隆武政权建立时，他又升都督签事，任左冲锋。清军进入福建，郑芝龙降清，被挟持入京。施琅率所部转移至广东潮惠地区，被清军李成栋部包围于镜平（广东镜平北），苦守月余，突围返闽。沿途又收集流散民军八百余人，于清顺治四年（公元1647年）与其弟施显投郑成功。因施琅曾任郑芝龙部高级将领，又有实际统兵作战的经验，所以郑成功任命施琅为左先锋。郑军以镇为战略单位，先锋虽然也统领一镇，但职位高于一般镇将，在郑成功起兵初期，左、右先锋是郑成功部下的最高将领。当时施琅于成功诸将中“年最少，风宇魁梧，号知兵，自楼橹、旗帜、伍阵相离之法，皆琅启之”。
施琅在与清军及地方武装集团的作战中，屡立战功。如顺治六年（公元1649年）十月攻云霄时，曾率部阵斩清守将张国柱，为攻克该城建立了第一功；顺治七年（公元1650年）略取广东潮州地区时，独立攻占溪头寨，有力地配合了主力对和平寨的进攻；在与潮州郝尚久部作战时，大败敌军，并指挥亲随，强攻敌重兵把守的浮桥，将其焚毁，切断潮、漳间的惟一通路，稳定了战局等。因而郑成功与施琅“相得甚、军储、卒伍及机密大事，悉与谋”。当时海上抗清武装力量，各自为政，没有统一的领导，郑成功兵力不过万人，仅以鼓浪屿小岛为根据地，虽然南征北战，频频出击，但只能以游击方式袭扰各处，尚无力与清军主力进行大的战役。郑芝龙旧部中兵力最大、装备最好的为占据厦门的郑彩、郑联两部。郑成功在潮州受挫退至潮阳时，深感兵力不足。当时正值郑彩率军南下广东，郑成功欲取厦门为根据地，兼并郑联所部，以扩大实力。但又考虑“彼船只倍多，部将老练”，惟恐“取之不得，反结为仇”，定不下决心。施琅认为单纯靠武力攻取，难有把握，“当设计图之”。他建议说：“联乃酒色狂徒，无谋之辈。藩主可领四只巨舰，扬帆回师，寄泊鼓浪屿。彼见船少，必无猜疑。其余者陆续假为商船，或寄泊岛美、浯屿，或寄大担、白石头，或从鼓浪屿转入崎尾，或直入寄碇厦门港水仙宫前。藩王登岸拜谒，悉从谦恭，然后相机而动。此吕蒙赚荆州之计也”。郑成功用施琅计，于八月间杀郑联收其众；郑彩亦主动退隐，将兵权全部交给郑成功。郑成功的军事实力，开始有了大的发展。
施琅因功而骄，“恃才而倨”，其弟施显已升为援剿左镇镇将，“兄弟具握兵权，每有跋扈之状，动多倚兵凌人”。遂与郑成开始产生矛盾，后又发展为战略方针上的分歧。顺治八年（公元1651年）正月，郑成功率军去广东勤王，施琅反对主力南下，“不欲勤王”，向郑成功说：“勤王臣子职分，但郎（琅）昨夜一梦，似大不利，乞藩王思之”，郑成功当即令施琅的副将苏茂代理左先锋职务，命施琅随郑鸿逵军返厦门休假。
郑成功主力南进后，清福建泉中路总兵马得功，乘厦门空虚之际，渡海袭击厦门，守将郑芝鹏怯战逃走，厦门被清军占领。施琅随郑鸿逵军反击，率亲随百余人突击马得功指挥部，大败清军，几乎将其俘获。马得功在郑鸿逵庇护下逃回大陆。郑成功返厦门后，仅因功赏施琅银二百两，并未恢复其兵权，仍“令其闲住”。施琅心怀不满，要求为僧，郑成功令其“再募兵，许授前锋镇”，施琅拒不接受，二人之间的矛盾渐趋尖锐。当年四月间，施琅亲兵曾德犯法，郑成功意欲袒护，施琅却将其杀死。郑成功遂下令逮捕施琅及其弟显、父大宣和其家属。施琅被捕后逃走，郑成功竟下令杀死其父、弟及家属。施琅与郑成功在政治上彻底决裂，投诚了清朝。
2.投清重用，屡立奇功
施琅投清后，改原名郎为琅。一度曾去广奉尚可喜部与南明军作战，不久又返泉州闲住。顺治十三年（公元1656年），清定远大将军济度入闽时，因施琅“习海上情形，命为前部”进攻厦门。这次进攻虽被郑成功击败，但施琅却为闽浙总督李率泰所赏识，被任为同安副将，并利用他在郑军中的旧日影响，招降郑军近万人，不久升为同安总兵。顺治十七年（公元1660年），郑成功由南京败归后，清安南将军达素再次组织进攻厦门，施琅率水军主力随达素由同安港进攻。由于他了解厦门岛周围的水文地理情况，多用小型战船，选浅水处为登陆点，并先与郑军右虎卫镇将陈鹏联系，令其在岛上策应。因而战斗开始时进展较为顺利，郑军大舰无法阻止，曾有一部兵力登陆厦门。但在郑成功水陆军的顽强抗击下，最终仍然失败。通过两次海上作战，清统治集团对施琅熟悉敌情及善于海战的情况，有了进一步的了解，康熙元年（公元1662年）施琅升为福建水师提督，成为福建水军的最高军事长官。
郑成功逝世之后，其统治集团内部，产生了权位之争。黄昭等在台湾拥戴郑成功之弟郑世袭为护理，谋继成功王位；洪旭等在厦门拥郑成功长子郑经继位，率五千人赴台。在争位战斗中，黄昭等战败被杀，郑经继袭王位后仍回厦门。但经过这次内讧，郑军内部“人心解体，镇营多叛”。施琅认为进攻厦门的时机已经成熟，康熙二年（公元1663年）五月上疏说：郑军“情形，今非昔比，郑成功已死，而郑锦（经）乃一顽童，难于成事……伪官兵等各怀二心，未必顺从……自臣抵海澄之后，已整饬各地兵备，隘卡星罗棋布，并昼夜派船袭扰贼巢，致使奸贼力竭穷蹙，每闻风声，慌乱不堪，惊魂不定。……若不趁此良机而取之，致失机缘，必将贻误谋略非浅。”清统治集团决策人物同意施琅的建议，令福建清军“作速准备，以期相机进剿”。当年九月间，荷兰远征舰队司令波特率战舰十三艘，士兵二千六百余人侵入泉州港。清靖南王耿继茂等，竟同意荷兰殖民军插手作战，十月间分三路进攻厦门。施琅率水军出海澄，激战终日，郑军船只多被击毁，郑经放弃金、厦、退守铜山（福建东山岛），施琅进驻厦门。由于大批将领率军投清，郑军精锐，损失殆尽。郑经被迫于次年三月，再弃铜山及沿海诸岛，率残部撤至台湾。