独自一人走在大街上，美琴的脸色十分苍白。她现在已经陷入了绝望之中，不知道应该怎么办才好。
sisters计划重启是为另一项计划服务。而那项计划的名字叫做level6进化计划。顾名思义，是要创造出超越level5的能力者的计划。但是想要成为level6可不简单，否则也不会一直没有了。根据学园都市最大的计算机树形图计算者的计算结果，8名level5中只有一人有潜力达到level6，若依靠正常的教育需要80年的时间。除此之外的另一种方法是让其在特定的条件下杀死“超电磁炮”128次。但事实上不可能存在128名“超电磁炮”，因此作为替代需要杀死两万名“妹妹”，以此来达到level6。
美琴知道了这个计划的时候已经有一万名左右的“妹妹”遇害，善良的她把这一切归罪于自己小时候轻信他人提供DNA图谱，决心要解决这个事件的她开始了行动。天航猜的没错，袭击那些企业的正是美琴，为的就是让克隆停止，从而逼停计划，避免更多“妹妹”惨遭杀害。本来美琴以为自己已经成功了，昨天遇到天航时她刚好破坏掉名单上最后一个企业，所以她说事情已经结束了。然而，从后来她遇见的“妹妹”口中她知道了计划根本没有停止，更多的企业接手了克隆工作。
美琴这时才明白，这样的计划如果没有最上层的认可是不可能进行下去的。也就是说，整个学园都市都是她的敌人，不管她破坏再多也总会有别的企业来接手计划。
明白了这一点的美琴一度陷入迷茫，不知道该如何是好。但经过一个晚上，美琴下定了决心，她要破坏树形图计算者。那是一切计划的起源，所有的计算都要靠其完成，只要将其破坏掉计划就无法继续。破坏掉如此重要的东西一定会被调查出来抓起来，美琴有了这个思想觉悟才行动了。在她看来，既然自己是一切的起源，那不管什么后果自己都要承担，绝对不会让“妹妹”们受伤了·········本来应该是这样的。
潜入树形图计算者的操控室比美琴想象的容易的多，，但她在那里得到的消息是树形图计算者早在一个月之前就被一股未知的力量打中，损坏了。也就是说就算没有了树形图计算者。计划也一直在进行着。
美琴这下真的绝望了，本来已经下定决心却发现没有任何意义。她是level5的第三位，她是常盘台中学人人敬仰的王牌，她是“railgun”超电磁炮，但她甚至不能救下哪怕一个人。美琴感到深深的无力感，她不知道自己到底应该怎么做才能让计划停止，她甚至不知道自己应不应该活下去。也许死掉可以稍微偿还一些罪孽吧。可如果自己死了就再没有人能停止计划了，美琴不能再让九千多个“妹妹”去死了。
就在这时，美琴发现自己面前的大楼正是接手了sisters计划的企业之一。愣了两秒，美琴的嘴角升起一丝悲惨的笑容。
“那就全部毁了吧。接手的也毁掉，再之后的也一样，直到没人敢碰，这样计划就会停止了。就这样······连整个学园都市一起毁掉。”
美琴身上升起电流，随手打出一道打穿了墙壁，利用电磁力将自己吸了上去。看着一群穿着白大褂的研究人员惊恐地看着自己，美琴面无表情，积蓄力量爆发出去，大楼内瞬间化为一片火海。人们四散而逃，却没有人敢联系保安队，不管上面再怎么罩着，他们进行的研究也不是能拿到台面上的东西。
美琴面无表情地持续着破坏，其实经过这么多天的袭击，美琴不管是身体还是精神都已经吃不消了，能力甚至也已经陷入了透支，但此时的她根本不在意这些。她只想把眼前的一切破坏掉。
而就在这时，第10031号实验开始了。