军统除了定点清除大汉奸外，主要将锄奸目标锁定危及自身安全的“76号”特务组织。1939年秋，军统在戴笠亲自布置下，将上海青帮“道”字辈老大季云卿等13名汉奸处死。季云卿不仅在青帮是辈分较高，而且与“76号”关系密切，对“76号”的成立起了重要的作用。“76号”的吴世宝、警卫大队长张鲁等都是季云卿介绍下加入这个特务组织的。而“76号”首脑人物丁默邨、副主任李士群、唐惠民等人又都是季云卿的徒弟。因而季云卿的被杀，确实令“76号”惶恐不安，起到了威慑作用。杀手詹森的父亲是汪伪政权的高官。詹森击毙季云卿后被“76号”逮捕，并被公开枪决，这是汪伪“76号”公开枪决的第一人。他的父亲后来才知道被执行死刑的人竟是自己的儿子。
高规格的密杀令
国民党副总裁、国民参政会议长汪精卫是挨枪手刺杀最多的高官。1935年11月1日，国民党在南京召开四届六中全会，开幕式后中央委员合影，秩序混乱。多疑的蒋介石临时决定不参加照相，也劝汪精卫不要出席照相场面了。汪精卫觉得一、二把手都不出席说不过去，便参加了。合影刚完，一位摄影记者突然拔出手枪，近距离向正转过身的汪精卫连发三枪，一颗子弹射进汪的左眼外角下颧骨，一颗子弹贯通左臂，一颗子弹从后背射向第六胸脊柱骨，第三颗子弹从此留在汪精卫身上，时时发炎，是最终导致汪精卫死亡的原因。枪声一响，众人慌忙躲避，只有国民党元老张继冲上去抱住刺客，张学良则一脚踢掉刺客的手枪。汪精卫的妻子陈璧君当时担任国民党中央监察委员，她对闻讯赶来的蒋介石斥责道：“蒋先生，你不叫兆铭（汪的本名）干就讲明好了，何必下此毒手？”蒋介石涨红了脸有口难辩。
经查明，刺客名叫孙凤鸣，是王亚樵派出的杀手，由于对国民党丧权失地的激愤，便与几个伙伴密谋杀掉“卖国祸首”蒋介石。没想到蒋介石没露面，他们便对汪精卫开了火。1938年12月，汪精卫夫妇带着汪文惺、何孟恒等人，从战时陪都重庆出发，经昆明到越南河内，发表“艳电”，公开投日，成为中国历史上最大的汉奸。蒋介石让戴笠派出陈恭澍率人，前往河内执行最高规格的“密杀令”。那天深夜，三四名刺客从后院越墙进入，一名卫士闻声出来看，遭到枪击；另一个随从躲在汽车后面，也遭枪击；刺客上了二楼，用手电照到有人出房门关电灯，立即扫来一排子弹；三楼住的曾仲鸣和朱执信的女儿出来看，刺客已逼近门口，他们急忙一起退进前房，锁上房门。刺客用利斧将门扇劈开一个洞，把枪伸进去扫射。朱执信的女儿蜷在门侧死角，逃过一劫，子弹都打在了曾仲鸣夫妇身上。刺客按原路撤离，丢下胶鞋、手套和两排未用过的子弹。但最后打死的并非汪精卫，而是与他情同手足的秘书曾仲鸣，其妻方君璧是方君瑛的十一妹。曾仲鸣替汪精卫而死，这件事对汪精卫的震撼很大，也促使汪精卫痛下决心，投入日本人怀抱。
这次军统海外行刺，国内有过很多报道，行动组长陈恭澍也发表过长篇回忆录。国民党一号人物派人出国暗杀国民党二号人物，非同小可。而且派来的是阵容强大的杀手，跟踪、监视多日。陈恭澍说行动组只向汪精卫开了三枪，有史料说：“自动枪猛烈扫射，曾仲鸣身上中弹累累，连方君璧都中了四枪。”尽管对经过说法不一，但是因为曾仲鸣夫妇当了替死鬼，汪精卫夫妇才逃出此劫。汪精卫气急败坏，他与周佛海、梅思平、陶希圣、高宗武、褚民谊等密谋，最终决定依靠日本军国主义扶持、建立与重庆相对抗的伪政权。
日本为了灭亡中国，制定出“以华制华”与“分而治之”的方针，侵略一个地方，扶植起一个傀儡政权，华北各地“维持会”遍地开花。以王克敏为首的伪中华民国临时政府和南京以梁鸿志为首的伪维新政权，成为蒋介石眼中钉、肉中刺，欲想杀掉这两个民族败类而后快。他几次让戴笠派特工，潜入南京或北平，去制裁这些铁杆汉奸，结果因阴错阳差而功亏一篑。
王克敏与日本的渊源较深，日本间谍山本荣治动员王克敏出面组织伪政权，他满口答应，1937年12月14日，伪中华民国临时政府在北平怀仁堂成立。
军统天津站站长陈恭澍接到密杀王克敏的命令后，化装成天津盛大钱庄的老板，经过侦察，发现王克敏每周的星期二的下午，要与日军联络部长喜多诚一见面。陈恭澍眉头一皱，有了刺杀方案。王克敏的专车驶进胡同之际，陈恭澍指挥杀手行动，刹间枪声大作，子弹射向王克敏。出乎陈恭澍意料的是，乱枪中的王克敏仅受轻伤，陪他一块儿前往的日本人山本荣治由于挡住了王克敏，当了肉体盾牌，让王克敏死里逃生。
在抗日时期，蒋介石向戴笠发出上千次“密杀令”，主要针对日伪高层。后来针对中共领导人也多起来。1938年8月1日，戴笠接受蒋介石的“密杀令”，暗杀了抗日著名将领宣侠父。戴笠本与宣侠父私交很好，两个人同为黄埔生，深受蒋介石的器重。蒋曾经任命宣侠父担任军委会少将参议。当年，宣侠父极力反对国民党军队围剿红军，并愤而投身革命。宣侠父投向革命根据地后，担任八路军驻西安办事处常驻代表。宣侠父与西安国民党各方面负责人经常来往，引起戴笠注意，向蒋介石密报了宣侠父的情况，从而坚定了蒋介石杀掉宣侠父的决心。在蒋介石正式下达“密裁令”之后，戴笠指挥军统西北区执行暗杀任务，由蒋鼎文将宣侠父引诱走出八路军办事处，然后特务在途中绑架了他，并用绳索把他勒死后投入枯井之内，一代名将宣侠父由此毙命。
解放初，国民党保密局针对我党高级领导人的谋杀，一刻也没有停止。1949年5月27日，中央任命陈毅兼任解放后的第一任上海市市长。流散在上海的近2万名国民党军散兵游勇，还有国民党特务机构潜伏的8个特务组织的3百多人，利用暗杀、恫吓、勒索，搅得上海社会秩序动荡不安。一天，陈毅正在案头批阅文件，秘书拿着一封信走了进来。陈毅看到信封上面写着“新任上海市长陈毅先生收”的字样，沉甸甸的，拆开一抖，一颗子弹落在桌子上。恐吓信！陈毅淡淡一笑：“哦，寄给我的礼物不轻嘛！”几天后，陈毅在对旧人员讲话的时候说：“几天前，我收到了装有子弹的恐吓信，他们是想要我的脑袋。
我陈毅千军万马都过来了，还会被一颗小小的子弹吓住？”由此引起蒋介石极大的仇恨，他向“国防部保密局”局长毛人凤下达命令：不惜一切代价暗杀陈毅！在他们的暗杀名单中，陈毅排在第一位。第一批执行暗杀陈毅任务的28名特务，分批潜入上海。他们携有美制无声手枪、轻机枪和长短枪数十支，还配有全套电台设备。但是这批特务立足未稳，即被我公安人员一网打尽。紧接着，又来了朱山猿率领的第二批国民党特务。这次他们除了枪支和电台外，还带了美制雷管、高能炸药、手榴弹和剧毒氰化物，但是很快又全部落入法网。消息传到台湾，蒋介石将毛人凤召去大骂一顿。后来又派来密杀陈毅的特务，也是有来无回，全部落网。朝鲜战争爆发后，蒋介石认为反攻时机已到，加紧向大陆派遣间谍特务。有空投的，有从海上偷渡的，还有从边境潜入的，并以“杀死一名部长，奖励十根黄金”为诱饵，使一批亡命之徒铤而走险，把暗杀目标盯在一些中共高级干部和重要民主人士身上。
1950年5月31日晚9时，广州市解放北路迎宾馆里，叶剑英正举行欢迎第四野战军解放海南岛凯旋的宴会。院内突然“轰”的一声猛烈爆炸，庆功宴被打断了，原来潜伏特务从北围墙外将一枚自制罐头炸弹扔进院内引起爆炸。又过两天，特务分子在省政府围墙内又引爆一个自制罐头炸弹。这两起爆炸事件虽然没有造成人员伤亡，但特务攻击的矛头明显是针对叶剑英的。还有一次，叶剑英外出开会乘车返回住所途中，藏在卡车里的特务向叶剑英开枪行刺。由于司机机智躲避，叶剑英所幸未受伤，但汽车被击坏了。爆炸和枪杀案件发生后，广州市公安局迅速组织力量侦察。通过侦察，证实两起爆炸案件是台湾潜伏在广州的特务组织“华南办事处”兼“广东三角洲反共救国军自卫军第九独立支队”干的。6月23日，市公安局一举破获这一特务组织，逮捕主犯陈正、吴棠等特务23名，缴获电台1部、长短枪6支和自制炸弹等一批。陈正、冯启凌、吴棠等15名首恶分子后来被广州市人民法院处以极刑。至于蒋介石针对毛泽东、周恩来等党和国家领导人下达的“密杀令”，也全都在执行中流产，成为历史的笑柄。
被篡改的“密杀令”
1949年9月，云南即将解放前夕，云南有90多名进步人士，公开上书，要求云南走和平解放的道路，结果他们全部被保密局云南工作站的特务逮捕了。押了这么些人，监狱人满为患，云南站的沈醉密电请示毛人凤，对这批已经关押起的进步人士怎么处理？请他速做决定。
在台湾的毛人凤立刻向蒋介石请示，请示处置意见。蒋介石因为下野正在气头上，立即批准“统统杀戮”！毛人凤按照蒋介石的意思给云南工作站回电，上边只有八个字：情有可原，罪不可逭。
正好密电发到云南省主席卢汉手里。抗日战争期间，卢汉任第六十军军长，率部参加台儿庄战役，颇著战功。后来担任第一集团军副总司令、总司令、第一方面军司令官等职。1945年日本投降后，奉命率部去越南受降。同年12月，卢汉任云南省政府主席。密电先发到卢汉手里，显然也在考验他的立场。卢汉早就怀有异志，一心结束战争，想为人民多做点好事。收到这封密电，他心里明白，毛人凤是在指示沈醉“大开杀戒”，残害进步人士。
情况十万火急，因为这个电报最终要转给沈醉，怎么对付沈醉？免除无辜的生命惨遭涂炭，卢汉焦急万分。
卢汉正束手无策时，猛然想起曾与蔡锷将军一起举办云南讲武堂，还当过朱德老师的李根源，他协助卢汉正策划云南起义，并担任他的顾问。卢汉把电报给李根源看后，问如何才能保护这90多位进步人士的生命。
李根源是一个老学究，他看了看电文，思索顷刻，在电文中打个交换符号，将密杀的电文变成：罪不可逭，情有可原。卢汉大喜，他让译电员去重新处理一下，然后送给沈醉去看。
经过顺序改变，密杀令变成了大赦令。脱离国民党阵营的人虽然“罪不可逭”，但在此刻“情有可原”，不要再滥杀无辜了！
改了电文顺序，也不能万事大吉。军统特务有着独特的联络方式，他们很快就会知道事实真相。
当时人民解放军距离云南还很远，需要30多天才能赶过来。虽然说暂时能保住这些关押大牢里的进步人士，但夜长梦多，仍然存在着危险。再说，毛人凤发的密杀令，必须要有回电，一旦篡改密杀令的事暴露了，又会牵扯许多人。而且沈醉一旦明白密杀令被篡改了，卢汉也将面临危险！
正在这个时候，代总统李宗仁来昆明视察，李根源给卢汉出主意，用迎接总统规格，高调迎接李宗仁，保证台湾的蒋介石、毛人凤猜忌李宗仁，不敢轻易插手云南的事务。
卢汉果然照李根源的主意办了。李宗仁见卢汉那么排场地接待他这个代总统，十分高兴。席间，卢汉诉苦说，当前民怨四起，云南社会矛盾重重。接着取出民众团体的请愿书，说出被关押的90名进步人士面临遭受迫害之事。李宗仁素来与蒋介石不和，大笔一挥，关押的政治犯全部赦免！
卢汉有了李宗仁撑腰，如愿以偿地做出决定，释放这批关押人员，为云南和平解放做了一件大好事。