那么，达卡王子到哪里找到了文明社会找不到的那种独立自由呢？到水下去，到大海深处去，那里没人能追踪到他。
这位学者变成了军事家。太平洋上的一个荒岛被他用来建成了工地，在那里，一艘潜水艇按他的图纸被制造出来了。他已经掌握一些方法--这些方法终将为世人所知--利用无法估量的机械能和消耗源源不绝的能源产生出电能。这些电能被用于他的潜艇上的一切需要，如动力、照明和取暖。
海洋里蕴藏着无穷的宝藏、不可胜数的鱼类、大量的褐藻类和马尾藻，以及巨大的哺乳动物，这里不仅有大自然提供的一切，而且还有人类遗失在海底的东西，这些都充分地满足了王子和他的伙伴们的需求--而这正好实现了他最强烈的愿望，既然他再也不想与陆地有任何联系，他将潜水艇命名为“鹦鹉螺号”，并自封为尼摩船长，然后便遁迹于海底。
多年间，船长游历了各个大洋，从南极到北极。这个人类世界的弃儿，在这陌生的世界里收集到了一些令人赞叹的珍宝。1702年，西班牙商船在维哥湾沉没的百万财物为他提供了一座用之不竭的宝矿。这笔财富，他总是匿名地拿去资助为国家独立而斗争的各族人民。
总之，他已经很久没和自己的同类发生任何联系了，直至1867年11月6日夜里，3个人突然落到他的船上。那是一位法国教授、他的仆人和一个加拿大渔夫。当时美国驱逐舰“阿拉伯罕·林肯号”正在追逐“鹦鹉螺号”，两船相撞时，这3个人被抛进了海里。
从那位教授口中，尼摩船长得知“鹦鹉螺号”潜艇时而被视作巨大的鲸鱼类哺乳动物，时而被视为海盗的潜水船，在各个海域都受到了追踪。
尼摩船长本可以把这3个人扔进大洋里，因为是偶然让他们3个这样地闯入了他的神秘生活中。但他没这么做，而是把他们关起来。但在那7个月里，他们在海底经历了一次全长达2万海里的旅程，欣赏到了所有奇异景观。
一天，即1868年6月22日，那3个丝毫不知尼摩船长底细的人夺取了“鹦鹉螺号”上的小艇后，终于得以逃脱。但由于当时“鹦鹉螺号”正被卷进挪威沿岸的马尔斯特罗姆大旋涡中，所以船长还以为那3个逃亡者一定被卷入了那可怕的旋涡中，早就葬身大海了。他压根儿没想到那个法国人和他的两个伙伴竟神奇般地被抛到了海岸上，被罗佛丹群岛的渔民收留。后来，教授回到法国并写了一本书，在书中，他讲述了“鹦鹉螺号”这奇特的7个月冒险生涯，令读者们倍感兴趣。
此后很长一段时间里，尼摩船长继续这样生活着，他漫游大海。但渐渐地，他的同伴们都去世了，长眠在位于太平洋深处的珊瑚墓地中。“鹦鹉螺号”上一片空荡荡，最终，只留下尼摩船长一个人在船上陪伴着所有那些与他一起逃亡到海洋深处的人。
尼摩船长目前60岁了。当他孤身一人时，他就把“鹦鹉螺号”开进那些曾几次被他当做船籍港的海底港口中的一个。
这些港口中的某一个正位于林肯岛之下，此时为“鹦鹉螺号”提供避难之所的正是它。
多年来，船长都居住在这里，不再航行。他在等死，也可以说是等待着与同伴团聚。这时，他无意中看到了俘虏们乘坐的气球坠下来。当工程师掉进海里时，他正好穿着潜水服，在距海岸几链远的水底下漫游。船长善心大发，救了赛勒斯·史密斯。
开始，他想避开这5个遇险者，但是，由于火山活动的影响，玄武岩上升，堵住了他藏身的港口，他的船再也不能穿过那海底洞穴的入口。一只轻便的小船穿过还绰绰有余的水深，对“鹦鹉螺号”来说则远远不足，因为它的吃水度相对来说是很深的。
于是，尼摩船长留了下来。不久，他注意到这些人一无所有地流落到一个荒岛上，但他又不想让人见到，渐渐地，当他看到他们是如此正直、坚强，彼此之间团结友爱、亲如手足之时，他开始对他们的事业发生了兴趣。他情不自禁地去了解他们的疾苦。穿着潜水服，他就能轻而易举地游到花岗岩宫的内井井底，然后，踩着凸起的石块爬到上面的井台上。他倾听着新移民们追忆过去，探讨目前和未来。他从他们那里获悉为了废除奴隶制，美国国内发生了大规模内战。是的！他们确确实实地唤起了船长对他们这样的人类的好感！
尼摩船长救过赛勒斯·史密斯。也正是他，把狗带到了“烟囱管道”去；把托普托出湖面；并在遗物海岬扔下那个装着那么多有用的物品的箱子给新移民们；让平底船在感恩河顺流而下；在花岗岩宫遭猩猩袭击时，把绳梯从花岗岩宫上扔下来；也是他，把纸条封在瓶子里，让众人知道艾尔通在塔波岛上；且在海峡深处安置了水雷，把那艘双桅横帆船炸毁；并给赫伯特送来硫酸奎宁，把他从死神手中抢回来；最后又是他，用他在海底狩猎时使用的、掌握着其秘密的电弹击毙了那些海盗。就这样，这么多看似超自然的事件得到了解释，而它们全都证明了船长的慷慨与无所不能。
然而，这位愤世嫉俗者却渴望行善。
他还要向受到他保护的人留下有用的建议，另外，由于感觉到心跳加速，自己死期已近，他就像众人知道的一样，用一根电线把畜栏和“鹦鹉螺号”连起来，装上一个字母发报机，把花岗岩宫的新移民们请来……如果他知道赛勒斯·史密斯不但相当清楚他一生的经历，而且还能用“尼摩”这个名字向他致意的话，说不定他是不会这么做的。
船长讲完了他毕生的故事。此时，赛勒斯·史密斯开口了。他追述了一切使移民地化险为夷的事件；然后，他以他和同伴们的名义，向为他们做了那么多慷慨之举的人表示感激。
可是尼摩船长做了好事却并不打算索取回报。他脑海里浮现出最后一个想法。
在握住工程师伸给他的手之前，他说：“现在，先生，既然您了解我的生平，那就评判一下我吧！”
船长这么说，显然是暗示着一件那3个落到他船上的陌生人曾经目击过的严重事件--那件法国教授肯定在其书中叙述过并且应该产生了可怕的反响的事件。
的确，在教授和他两个伙伴逃走的几天前，“鹦鹉螺号”在大西洋北部被一艘驱逐舰追击，于是它像一只发怒的公羊那样撞向了这艘驱逐舰，并无情地把驱逐舰给撞沉了。
赛勒斯·史密斯明白船长的话外音，因此，他没有作答。
“那是一艘英国驱逐舰，先生，”尼摩船长喊道，霎时间，他又变成了达卡王子，“一艘英国驱逐舰，您好好听着！它向我进攻！我被挤在一个又窄又浅的小海湾中！……我必须冲过去，于是……我冲过去了！”
然后，他又稍为平静地补充道：“我主张正义和公理，我到处都尽我之所能行善，也尽我之职责行恶。而凡是正义，皆不需要宽恕！”
讲到这里，尼摩船长沉默了片刻，接着，他又提出了那个问题：“你们对我有何看法呢？先生们。”
赛勒斯·史密斯向船长伸出手去，就他的问题，严肃地回答：“船长，您错就错在自以为能重现过去的时光，并和必要的进步作斗争。这是那些有人赞成，但另一些人指责的错误中的一种。但唯有上帝才能对此加以评判，而且，照理应当予以宽恕。一个人错以为他要做的是对的，人们可以指责他，但却会永远重视他。您的错误并不会使您失去别人对您的钦佩，因而您的名字丝毫不必担心历史的评判。历史喜欢英勇而冲动之举，虽说它同时也谴责这种行为引起的后果。”
尼摩船长的胸脯一起一伏，他把手伸向空中。
“我究竟是错，还是对呢？”他喃喃道。
赛勒斯·史密斯接着说：“一切伟大的行为都可以上溯到上帝，因为它们都来自上帝！尼摩船长，站在这里的是您曾经帮助过的一群老实人，他们将永远怀念您！”
赫伯特走近船长，跪了下来，拿起船长的手吻了吻。
一行热泪从那垂死之人眼里流出来。“孩子，”他说道，“愿上帝赐福于你！”