白公馆原为四川军阀杨森部下师长白驹的乡间别墅， 1939年冬由军统局用作临时看守所。当中美合作所建立时，白公馆看守所奉命将人犯迁往渣滓洞，白公馆房屋则让给美方人员作为住所，名为中美合作所第三招待所。
直到抗战胜利，1945年中美合作所撤销，美方人员回国后，白公馆才又恢复关押政治犯的职能，并在军统局改组为国防部保密局后，改名为国防部保密局看守所，这时，白公馆才开始关押国民党当局认为是“要犯”的较高级别的政治犯。
而渣滓洞监狱，在1946年年底，犯人们迁回白公馆后，曾一度关闭，1947年年底又重新开张，改称重庆行辕第二看守所，主要关押在1947年“六一大逮捕”中抓捕的教育、新闻界人士，“小民革”地下武装案被捕人员，川东三次武装起义被俘、被捕人员，《挺进报》事件被捕人员，民革川东、川康分会成员等。
根据重庆歌乐山革命纪念馆原编研室人员邓又平在《简析“中美合作所集中营”》一文中列举的调查统计结果显示：当年被国民党当局对关押在歌乐山下的政治犯的屠杀，全都发生于中美合作所撤销之后。迄今为止，在重庆歌乐山烈士陵园的档案室中，“找不出一份是由中美合作所签发的逮捕、屠杀革命志士的文件，也没有一份材料中提及过，说是美国人亲自参加了这些活动”。
而重庆文史学家、《红岩春秋》原主编何蜀也曾经发表文章论及此事，认为中美合作所与“白公馆”和“渣滓洞监狱”并无关系。
总体来说，中美合作所为抗日还是做了不少的贡献的。中美合作所和军统联手，破译了不少日军密码，中美合作所中的军统局人员，在抗日战争中，在电讯侦测和密码破译方面确有功劳。并且，中美合作所还建立了若干气象工作站、观测哨等，这些气象情报“成为美国太平洋舰队和在中国沿海的美潜艇攻击敌海军的唯一情报来源”。除此之外，中美合作所还在各地陆续开办了一系列的训练班，如特种警察训练班、助教人员训练班、军事情报训练班、气象情报训练班、战地医务人员训练班、爆破训练班等等，为中国训练了5万到10万人的现代化武装对日游击作战部队，中美合作所还在重庆、湖南南岳、河南临汝、安徽雄村、绥远陕坝、福建建瓯等地建立了中美特种技术训练班。
除去军事行动，中美合作所还进行了对日心理战、对日经济战。在1945 年9月13日，美国海军在一次官方新闻发布会上，首次披露了一个“保守得最好的军事秘密”，即中美合作所，称它在美国太平洋舰队彻底打击日军占领的岛屿、日本海军及整个日本过程中做出了巨大的贡献。
（部分内容引自2011年6月20日《时代周报》上《中美合作所的真相》一文）
源于营救英国驻华情报首脑的中英特种技术合作所
关于“中苏情报合作所”、“中英特种技术合作所”并无太多历史记录，然而这两个情报所，的确隶属军统，中苏情报合作所所长由国民党军令部第二厅厅长杨宣诚兼任，副所长之一为当时的军统局主任秘书郑介民。而中英特种技术合作所的成立，则源自军统特务营救英国驻华情报首脑门德内哥罗事件。
1941年，英国驻华情报首脑门德内哥罗在上海受到了日本人的监视，为此，他向中国的情报首脑——军统局局长戴笠致信一封，请求协助摆脱日本人的监视。戴笠收到门德内哥罗的来信后，不敢怠慢，迅速请示了蒋介石，随后戴笠指派军统上海站特务，“不惜一切代价营救英国驻华情报首脑门德内哥罗”。
几天后，一场组织严密的营救行动开始了，一小队军统特务假扮商人进入了上海的英租界。从外表看，这些军统特务只是普通的商队成员，他们坐着取货的卡车，进入了英租界。事实上，他们此行的目的是营救英国驻华情报首脑门德内哥罗。
这支小小的商队，直奔门德内哥罗所住的大楼，在经过那幢大楼之前，这支小小的商队被守卫的日本警卫拦住，这时，其中一个个子不高的中国男子快步跑到为首的日本警卫面前，满脸堆笑地解释，前方就是他们取货的地点，必须从这里经过，边说边悄悄地拉着这名日本警卫转身向路边走去，顺势将厚厚一沓钞票塞进了这名日本警卫的口袋里，还小声对这名为首的日本警卫说，听说附近的一家妓院里新来了一个苏州的头牌……这名日本警卫见到钱，点了点头，一只手冲身后的警卫们挥了挥，示意他们放行，随后顺势将手臂搭在了这名中国男子的肩膀上，和这名男子一起向路边走去。
这边，军统人员缓慢地通过了门德内哥罗所住的大楼，绕到了楼后，见四下无人，便将按时跑下楼来的门德内哥罗藏在了卡车的货物中间，然后迅速开出了英租界。
就这样，军统特务们一路开着卡车，将门德内哥罗送到了重庆。门德内哥罗为了表达他对军统局乃至戴笠的谢意，以英国大使馆商务参赞的名义，提出与中国合组中英特种技术合作所，进行情报交流，并表示愿意援助武器。
就这样，中英特种技术合作所于1942年成立，如果没有军统营救门德内哥罗，也就没有中英特种技术合作所。