始有论者并不否定众生有成佛之因性、可能性，但他们反对因中说果。认为众生虽有成佛之正因性在，如果没有修道等条件，众生同样不能成佛。这有如乳虽能生酪，但如没有醪、暖等条件，还是不能成酪；麻虽能生油，但如不加捣压，同样不能成油。始有说首先从乳酪体味各异为例，说明因不即是果，因果非一。净影慧远之《大般涅槃经义记》卷四说：“若乳有酪体味应同，云何而得味各异，乳冷酪热是其体异，乳甜酪酢是其味异，其色亦异略而不辩。体味各异明非本有。”进而由酪须醪、暖方有说明果是始有，非因中本有。始有论者仍以乳酪为例，指出如果让乳摆在那里，不加工，不醪暖，即使放至一月之久，乳还是生不出酪。只有在一定的条件下，“其缘具足”乳才能生酪。“若乳中先有酪者，何须待缘耶？”即然须要待缘，则不能说乳中已有酪，因中已有果。
始有论者对乳酪关系的一番论述，表达来出的因果观是：原因虽然可产生结果，但因原不等于结果。原因要变成结果，还必须借助于一定的条件——因缘，只有因缘具足，结果始出。始有论者自觉不自觉地指出了因果转化之条件性，这种思想无疑以单纯因中有果说要前进一步。
吉藏大师对本始二说从理论上给予了全面的否定，认为：涅槃绝百非、超四句，佛性超世相、绝言表，不可言本，亦无其始。言本言始是方便说，非究意义，是世俗见非真见。依真立言，佛性则非本非始。吉藏大师认为，若主佛性本有，则如始有论者所指出的，是卖乳索酪价，卖草马索驹价；又真神力大，何故住烦恼中而不能得出，而待修道断惑乃得出耶？若主佛性始有，始有是作法，作法无常非佛性也。若主佛性本有于当，本有有始有，则本有是常，始有是无常，常法中有曾有今，则文成无常，非本有义；反之，若主始有于本有，则本是常，常法中无始有义。最后结论曰：“故知佛性非本非始，但为众生说言本言始也。”他在《大乘玄论》卷三中说：“至论佛性，理实非本始。但如来方便，为破众生无常病故，说言一切众生佛性本来自有，以是因缘，得成佛道。但众生无方便故，执言佛性，性现相常乐，是故如来为破众生现相病故，隐本始明。至论佛性，不但非是本始，亦非是非本非始。”强调本有、始有均为佛之方便说，至论佛性，则非本非始，亦非非本非非始。总之，一切有所得义，均非究竟义，执本执始，都不会通经意，都是灭佛法戏论，从而倡导中道佛性。
中国佛性论的对论，即从倡本倡始，说因说果，最后因果圆融，本始相即。这是印度佛性思想在中国的发展。若欲深研中国佛性问题，可阅读赖永海先生之《中国佛性论》(上海人民出版社出版)一书。
（第四节）如来藏义
如来藏是佛性的异名，但比佛性的意义更广泛。有人认为龙树的思想，一切皆空，不承认有实的事物存在，佛性如来藏，被认为是有其体的自性清净心，说是真常派佛教的思想，不合乎龙树中观宗旨，中观学派不应该谈佛性和如来藏义。有这种思想的人，只知道中观思想是真实了义，而不知道有善巧方便。应该知道众生的根性不同，如来随机说法，经教自然不同。众生根机有利有钝，如来说教有权有实，不能执实质废权，使众生无法得度。佛性、如来藏义是很多经论中所定宣说的，若拒绝这种说法是不对的。
所谓如来藏，是指于一切众生之烦恼身中，所隐藏之本来清净(即自性清净)的如来法身。盖如来藏虽覆藏于烦恼中，却不为烦恼所污，具足本来绝对清净而永远不变之本性。一切染污与清净之现象，皆缘如来藏而起之教法，即称如来藏缘起。在经论中，常以该思想阐明人之迷、悟之对立意义。《胜鬘经·法身章》谓：“如来法身不离烦恼，名如来藏。”《大方等如来藏经》亦列举莲华内有化佛，淳蜜在岩树中、真全坠于不净处、弊物裹全像，贱女怀贵子等九喻，详加解说其义。《佛性论》卷二《如来藏品》谓“藏”有三义：（1）所摄藏，一切众生悉摄于如来智内。（2）隐覆藏，如来法身无论因位、果位，俱不改变；然为众生烦恼所覆，故不得见。（3）能摄藏，如来果德悉摄于凡夫心中。于同书卷二《自体相品》与《胜鬘经·自性清净章》谓：“藏”有自性、因、至得、真实、秘密五义，即：（1）万有悉为如来之自性，由自性之义而言，称为如来藏。（2）此藏乃为圣人修行正法而生对境，由成为境界之因而言，称为正法藏，或法界藏。（3）信此藏可得如来法身之果德，由至得之义而言，称为法身藏。（4）此藏超越世间一切虚伪，由真实之义而言，称为出世藏，或出世间上上藏。（5）一切若顺此藏则得清净，反之则成染浊，由秘密之义而言，称为自性清净藏。以上五项称为五种藏。《大乘止观法门》卷一，则举能藏、所藏、能生三义。《圆觉经略疏》隐上，变举出隐覆，含摄、出生等三义，称为三种如来藏。据《胜鬘经·空义隐覆真实章》载，如来藏可分为二种：（1）如来藏超越烦恼，或与烦恼不同，亦即于如来藏中烦恼为空，称为空如来藏。（2）如来藏具足一切法，而与烦恼不离、不脱、不异，此即不空如来藏。该经《法身章》载，如来藏尚可分为二义：(1)在缠，被烦恼缠缚之状态，包含空与不 空二如来藏。(2)出缠，脱离烦恼缠缚之状态。《大乘起信论》则谓，真如有如实空与如实不空二面；觉之体相若以四镜为喻，即：(1)如实空镜，即空如来藏。(2)因熏习镜，即不空如来藏。(3)法出离镜。(4)缘熏习镜。前二者为在缠，后二者则为出缠。《释摩诃衍论》卷二归纳以上诸说，而立十种如来藏。即：大总持如来藏、远转远缚如来藏、与行与相如来藏、真如真如如来藏、生灭真如如来藏、空如来藏、不空如来藏、能摄如来藏、所摄如来藏，隐覆如来藏等十种。或以如来藏与阿赖耶识、阿摩罗识(九识家所立之第九识)为一，例如《入楞伽经》卷七谓：“阿黎耶识者名如来藏，而与无明七识共俱。”又谓如来藏识不在阿黎耶识中，是故七种识有生有灭，如来藏识不生不灭。”此时如来藏即阿摩罗识。
至近代，有的学者把佛教各宗分为三系，即虚妄唯识系，真常唯心系及性空假名系。这是因为现有各宗确实有这三种思想存在，三系的分判，反映了现实，但是作佛经，作为释迦牟尼佛是否有这三个体系，那就很难说了。若用中观的教义，一切经论无不是中观的教义，若用真常心的观点去讲，一切佛经无不是真常唯心的教义，用唯识的观点，也是如此。中观学派，特别是中国的三论宗讲《涅槃经》、《胜鬘经》，决不会成为真常唯心派，或者说思想不纯，因为是以中观的观去讲的，决不会违背龙树中观的缘起性空思想。
常真派讲如来藏，是作为一切众生迷悟的根本，是染净诸法的本源。若没有如来藏，一切生死和法师槃都无从建立，因为有如来藏，所以世出世法都可以建立。众生的虚妄生死，是依如来藏而有，因为迷失了真心如来藏，所以就“依真起妄”而有生死。众生成佛也依如来藏而得成佛。如来藏是众生的“自性真心”，以悟得自性本真，故得成佛。这个如来藏自性清净心，常住不变，自性清净，人人本具，个个不无。在圣人处不会增加，在凡夫处不会减少，真实不虚，决定自有。
但我国中观学派之三论宗，关于佛性、如来藏的说法，与上述有所不同，如果这样讲，只是随经作方便教说，认为这是接引外道，对治二乘的权巧方便。吉藏大师在《胜鬘宝窟·如来藏章》中说：“破二乘执，自调究竟，故说如来藏，唯如来藏，无有余乘。又为破外道，故说如来藏。”《楞伽经》中说：“大慧！我说如来藏者，为诸外道，执着于我，摄取彼故，令彼外道，舍于神我妄想见心执着之处，入三解脱门，得成菩提，故说如来藏。”《涅槃经》卷十五说：“诸梵志言：瞿昙先于处处经中，说诸众生悉无有我，若无我者，持戒者谁？破戒者谁？岂非断见。佛言：我常说一切众生悉有佛性，佛性岂非我耶？时诸梵志，闻说佛性，即是我故，即发心出家，修菩提道。”由此可见，说佛性、如来藏，是为了摄取外道，对破二乘，是为人悉檀。对治悉檀，非第一义不可为实。真常派执权为实，反诬《般若经》、《中论》为不了义，这是没有般若正观的缘故。若以中观的见解，说如来藏是为了引导一些众生发心学佛，于无名相假名相说。《金刚般若波罗密经》中说，所谓实相，即非实相。照这个例子可以说，所谓如来藏，即非如来藏，是名如来藏。诸法实相，是佛典概念中最崇高的理论，尚且说非真实，只是假名，何况为引导有执的初机众生而说如来藏，岂能不是权设的假名！《大智度论》说：“空拳诳小几”就是这个意思。三论宗虽讲佛性、如来藏，并不认为是有性的实体，所以和真常派所讲的含意，有本质上的不同。
解释名相概念，佛性、如来藏，都是从众生分上说的。众生不是佛，因为众生没有佛的功德智慧，但是众生如果发菩提心，修菩提行，都有成佛的可能性，因此说一切众生都有佛性。阐提没有信心，不发心修行，就没有成佛的可能性，所以经中说阐提没有佛性。如果阐提回心转意，发心修行，都能成佛。这并不矛盾。如来藏是说众生心有如来，但被无明烦恼隐藏起来而不能显现，一旦烦恼断尽，如来藏显现，名为法身。但是在众生分上，无明烦恼深厚，法身不得显现，故名如来藏。吉藏大师在《涅槃经游意》中说：为什么叫如来藏？是众生当体藏如来叫如来藏，还是如来当体叫如来藏？这具有二个意思：第一众生性颠倒，隐覆如来性，所以叫如来藏。第二众生不堪听闻如来之性，隐覆而不说，也叫如来藏。三论宗说一切众生都有佛性，佛性是“我”的意思，众生依方等经教，临度时断除颠倒，则显如来藏，藏显则叫法身。显众生有佛性，则说明众生是佛性的根本，众生是佛，所以有佛性，非佛就不能具有佛性。
地论师也讲隐显义，与三论宗有什么差异呢？地论师认为有如来藏体，被妄所覆盖，称为隐，后业又出现此体，称之为显。就像贫女有宝藏在暗室中一样，以这个来比喻如来藏。三论师不这样讲，这个比喻为破始有，故说本有，难道可以认为如来藏一定是这样的吗？三论师只说办为迷失了，所以叫隐叫藏，迷故叫隐，隐无所隐；悟出故叫显，显无所显。
《胜鬘宝窟》解释《法身章》说：“然如来藏之与法身，更无有二，只是隐显之名。隐法身故名如来藏，显如来藏故名法身，斯则隐于显故名隐，显于隐故显。隐于显故隐，隐实无所隐；显于隐故名显，显亦无所显。”故就正道未曾隐显，随缘迷悟，故称隐显。又必须明了迷悟之义，虽随缘迷叫隐，然而迷实无所迷，随缘悟叫显，悟实无所悟。所以《华严经》说：“如来深境界，有量齐虚空，一切众生入，入则无所入。”入即悟的意思。对入而说出，出即迷的意思。入则无所入，就知悟者无所悟；出即无所出，当知迷者无所迷，故知法实在是非隐非显，不迷不悟。如果说实有隐有显，有迷有悟，还是有所得。《涅槃经》说：“有所得者，是魔眷属，非佛弟子。”《胜鬘宝窟》说：“今此中明法身者，即是实相真如法。此实相正法，隐名如来藏；此实相法显名法身。唯一实相法，约隐显不同，故有藏与身。”这样看来，中国中观学派三论宗是不同意如来藏实体是有的，而是用真如实相为如来藏，真如实相就是性空，这样才合乎中观学派的宗旨。