众生是否都有佛性，这有理外行心与理内行心之分。理外行心，就是像外道所说的一切法有生有灭。理内行心，就是佛法所说的一切法不生不灭。这 里先说“理外无佛性，理内有佛性。若自理外言，则理外即无众生也无佛性……不但凡夫无佛性，乃至阿罗汉亦是无佛性……不但草木无佛性，众生亦无佛性。”更自理内言：“则不但众生有佛性，草木亦有佛性。《大集经》云：诸佛菩萨观一切法，无非是菩提。理内一切诸法依（报）正（报）不二。以依正不二故，众生有佛性，则草木有佛性。……若悟诸法平等，不见依正二相，故理实无有成不成相，无不成故，假言成佛。以此义故，众生成佛时，一切草木亦得成佛。故经云一切诸法皆如也，至于弥勒亦如也。若弥勒得菩提，一切众生亦应得。此明以众生弥勒，一如无二。众生既尔，草木亦然。故知理通。故欲作无往不得，是故得名大乘无碍，此是通门明义也。若论别门，此则不得然。何以故？明众生有心迷，故得有觉悟之理，草木无心，故不迷。宁得有觉悟之义了喻如梦觉，不梦则不觉，以是义故，云众生有佛性，故成佛；草木无佛性故，不成佛也。成与不成，皆是佛语，何有惊怪也。”这是理外无佛性，理内有佛性。
关于理外有佛性，理内无佛性。据《般若经》说：“如是灭度无量众生，实无众生得灭度者。”《华严经》亦云：“平等真法界，一切众生入，真实无所入。”故吉藏认为：“既言一切众生入，当知理外众生入，而实无所入者，此入理内无复众生，故言实无所入……当知理内既无众生，亦无佛性，理外有众生可度，故言理外众生有佛性。”并说：“理外若无，理内则有，理内若无，理外则有，或时言内外俱有，或时言内外俱无。故经云：‘阐提人有，善根人无，善根人有，阐提人无……’所以作此不定说者，欲明佛性非是有无故，时或说有，或时说无也。……至于佛性，非有非无，非理内非理外，是故若得悟，有无内外，平等无二，始可名为正因佛性也。”故《涅槃论》云：“众生有佛性非密，众生无佛性亦非密，众生即是佛，乃名为密也。”故吉藏大师说：“所以得言众生无佛性者，不见佛性故。佛性无众生者，不见众生故。亦得言众生有佛性，依如来藏故。亦得言佛性有众生，如来藏为生死作依持建立故。”据此而吉藏大师结论云：“若悟诸法平等无二无是无非者，十一家所说，并得正因佛性。”
佛性问题，原来是继佛家言佛道而提出的问题。既然知道有佛道，于是更问人们是否真正能行此道，是否有成佛之性这个问题。所以《涅槃经》讲佛性，传说为释迦牟尼佛最后所说之经。但是，在中国传统的思想中，早就有心性问题。故鸠摩罗什传《般若》，道生就说佛性为得佛之理，一切众生都有这个佛性。众生即佛性，是以要成佛的有情（众生），故要成佛即众生之事，也就是众生之所以成为众生之性。这个问题并不是不能这么说。吉藏破之，只是众生欲作佛而非佛，说众生有欲作佛之性，而不可说众生是佛性。这主要是讲众生为一现实的存在，作佛只是其可能性。可能非现实，故不可说众生是佛性。而第二种意思，是说佛性以心之神识等为正因佛性者，这在印度的《胜曼》、《楞伽》、《密严》等经里，都说如来藏藏识为佛性。人之作佛修道，自本于心，则心自当有佛性。吉藏大师以人们的心无常，佛性常，阿赖耶识为无明生死本，以斥此说，只是从人们现有之心非常，有无明生死，而人们正欲出此无明生死之心为说。《胜鬘经》中说有如来藏，则应当允许有如来藏心，是人们所内具之心，而为人欲作佛之性所在。如来藏这个名字，意思是指一如来之境为修道所向，而尚未开显出来。所以后面虽说这个为佛性，而开始不这样说。破第三种意思，以当果与得佛之理为正因佛性之说，这当果即是当来之佛果，人们既然说当行佛道，而行尽此道，自当得佛果。人们这个当果，就有成佛的可能或成佛之理。这是针对前述修佛道之事的究竟处，说有这种可能，有这种道理，而有佛性。这也不是不可说。其中言成佛之理为世谛理，即谓此世俗中众生的法中，就有这成佛之理。其言此理为真谛理，则是此理使众生成佛，即使众生成为非众生而言、此理不属于这世俗的众生诸法，则此理为超世俗理。这二者也同理可说，将这二者概括起来，只是总说这世谛理、真谛理、言一得佛之理；也更可说。为什么要破斥这些说法呢？以佛只有修成才有，即是造作法而为无常。但是我们所说的当果，只是“当有此果”而“当有此果”是理，而此理不是造作法，也非无常。又以三义破得佛之理的说：一旦谓此理如果有，就是事而非理，如果无即无理。更有“三时破”、“即空离空破”之二义，如前所说的是一个道理。然而这三种破，乃可说亦可不说。因为得佛之理是佛性，此理自非已成事。但非已成事并非无理。又因为理不在时中，也可不以三时破。为什么要必须破斥这以得佛之理为佛性呢？意在破出众生认为得佛之理为佛性是一种客观事实。若是一种客观事实，但实际上众生又未得成佛，即仅见得佛之理，并不能使人成佛，也就不是真正使人成佛之性。则此理只是客观上抽象的可能，可能实现，也可能不实现。必须要真正使人成佛，才是佛性。所以此理并非佛性。为此，唯人以视此“得佛之理”为一事实，才可自非能使人真正成佛，而言其非佛性，乃更可于此事实作三时破即空、离空破。为什么要以非俗非真之中道，为正因佛性，以代得佛之理为佛性之说，即言得佛之理，可以只指一种抽象的可能，而中道则是人们必须遵照并实际修行的。人们如果遵循中道，那么虽然没有得佛，而最终肯定会成佛。而此道就是人们具体的修行之道，并非只是一种客观的抽象的可能之理。如果我们说人们遵循中道修行而来得佛的时候，可以说这些中道行者，有得佛之理，有成佛的可能性。
（第三节）本有与始有
由于《涅槃经》弘传，阐提无性的思想已日见式微，众生有性的思想入主佛学界，成为佛性思想的主流。关于佛性思想的争论，反映出佛性的本有与始有的争论。
所谓本有，主张佛体理极，性自天然，一切众生，本自觉悟，不假造作，终必成佛；所谓始有，则认为清净佛果，从妙因生，众生觉性，待缘始起，破障开悟，当来作佛。佛性本有，还是始有，诸大乘经曲说法不一，甚至一部经典中就有多种说法。例如《如来宝藏经》以九喻说众生有如来藏性：化佛在萎花喻，淳密在严树喻，粳粮未离皮喻、真金坠不净喻、贫女有珍宝藏喻，庵罗果内种不坏喻、金像裹秽物喻、贫女怀贵子喻、金像泥模喻。大本《涅槃经》也有贫女宝藏喻、力士额珠、暗室瓶瓮、雪山甜药之喻等，佛性如贫女家中之密藏，其意思是说众生佛性本来具有，只是为垢尘烦恼所覆盖，一时不得自见罢了；这有如贫女家中，本藏有黄金，只是尚未发掘，故暂为贫女，一旦发掘出来，辄可成为巨富。主本有者以此为据，证众生佛性本有。
本有说的基本观点，以所引的经论看，主要以理性和因性解释佛性。既然真理自然，佛性常住，因此说众生本有佛性。其基本立足点是众生有正因佛性在，他日必得佛果，以必有固，言佛性本有。宝亮之《大般涅槃经集解》卷五十六说：“明众生佛性亦然，非即身中已有一切种智，以有因故言众生有佛性。若无此天然之质，为神之主，终不修因，除迷求解，正以神明之道，异于木石，可得莹饰，故习解虚衿，断生死累尽。”同时述说：“先有酪相在，因中说果，必有故言有也。”其意思就是说，所谓本有者，非即身中已有一切种智，只为此种生有身中异于木石之神明正因，所以能除迷求解，断惑尽累，出生死涅槃。这有如乳中有酪相在，必能生酪。“若言乳中定无酪者，至不可言乳中定无酪性。”僧宗（438—496）对此作案曰：“若使乳之无酪，如无兔角者，何故能生于酪，而不能生兔角也。”就是说乳能生酪，而不生兔角，说明乳中有酪性在，而无兔角之牲。乳与兔角是风马牛不相关，故不可说乳中有兔角之性；反之，乳与酪有必然的内在联系，故可说乳中有酪性。
灌顶在《大般涅槃经玄义》中说：“木石之流，无有成佛之理，则非本有之用，众生必应作佛，今犹是因，因是本有，果是始有，本有始有之理，即是功用义。”这一主张认为，众生异于本石等无情物，由于有成佛之理，有成佛之因，必得佛果。本有论者这种果自因出，有因必得果的思想，从理论思维角度理解，是有其合现因素的。如《中论》说：“法从因缘有，不应言无因。无无因有果，无无果之因。”《大般涅槃经》卷三十七也说：“如来或时，因中说果，果中说因，如世间人，说泥即是瓶，缕即是衣，是名因中说果。果中说因者，牛即水草，人即是食。”《大智度论》卷四十三说：“知人曰食数匹布，不可食，以布因缘得食，是名因中说果。如见好画，而言好乎，是为果中说因。”这种因中说果，果中说因的思想，是佛教学说的一种重要思维方法。
关于始有说，据史料记载，来自当果义。前述列十一家佛性说，其第八家以当果的正因佛性。吉藏大师在《大乘玄论》卷三说：“当果为正因佛性，此是古旧诸师多用此义。此是始有义。若是始有，即是作法。作法无常，非佛性也。”这假话揭示了二层意思：一认为当来果说为始有义，二是主当来是作法非佛性。始有说的本意正是约果立言，望果说始有。就是说佛果从妙因生，众生本杂染不净，自非妙因，因此众生之于佛性，自为始有；始有还有一层意思，是指众生本有佛性，既有佛性，必得佛果，但在凡夫位时，原未得果，望得果，说有始有。