6月11日，陈独秀因在前门外大世界散发《北平市民宣言》而被逮捕。于是胡适和陈独秀的一班朋友都奔走营救他。6月29日，胡适在他接编的《每周评论》上发表一条随感录《研究室与监狱》，说：“你们要知道陈独秀的人格吗？请再读他在《每周评论》第25号里的一条随感录：‘我们青年要立志出了研究室就入监狱，出了监狱就入研究室。这才是有生命有价值的文明。’”胡适对他这位朋友的人格是很敬佩的。但在思想上，已经有变化了。《每周评论》原是陈独秀、***等为了更多地发表政治评论而创办的。创办伊始，胡适就不很积极，他只在上面发表一些文艺性的东西。陈独秀被捕，他接编《每周评论》，才不得不发表一些政治性的言论。但一涉及这个领域，他同他的朋友们的思想分歧就开始暴露了。
7月20日，胡适在《每周评论》第31号上发表《多研究些问题，少谈些主义》一文。后来胡适自谓，这是他由不谈政治，到开始谈政治的一篇“政论的导言”。这篇文章显然是有所为而发。当时，五四运动过去未久，学生还没有安定下来，学校秩序尚未恢复，山东问题仍是悬案，国内各派却仍是纷争未已。胡适是实验主义的信徒，他认为应当紧紧抓住这些实际的问题，一个一个地去争取解决，因此对一些人只谈论主义便不满意。当时谈得最多最热闹、对青年也最有影响的是无政府主义。谈论社会主义的也不少，但谈马克思主义的却还很少。所以，断定说胡适提出“少谈主义”的口号是自觉地向马克思主义进攻，似不很符合实际。但因***发表《再论问题与主义》一文，反对胡适对“主义”的态度，并明确声言他自己是“喜欢谈谈布尔扎（什）维主义的”。所以，胡适在接着发表的两篇文章（《三论问题与主义》与《四论问题与主义》）里，便明确表示他反对马克思主义的阶级斗争的理论。胡适三篇文章的主旨是：一、认为中国亟待解决的实际问题很多，有志于救国的人，应当面对实际问题，提倡实际问题的调查与研究。二、一切主义与学理都该研究，但它们只是研究和解决实际问题的参考材料和工具，谈论主义与学理不能代替实际问题的解决。三、研究和解决实际问题是困难的，而高谈主义却是极容易的事。因此，“高谈主义不研究问题的人，只是畏难求易，只是懒”。四、“偏向纸上的‘主义’是很危险的。这种口头禅很容易被无耻政客利用来做种种害人的事”，而“‘主义’的大危险就是能使人心满意足，自以为寻着包医百病的‘根本解决’，从此用不着费心力去研究这个那个具体问题的解决法了”（《多研究些问题，少谈些主义》，见《胡适文存》第1集第2卷。）。
胡适的议论，不能说完全没有道理，但很明显的，他是完全站在实验主义的立场来看待问题的。实验主义本身也是主义之一种，而且这种主义在政治上是十足的改良主义。在当时中国环境下，究竟有没有“解决这个那个具体问题”的条件？究竟能不能循着一点一滴的改良的途径，解决中国面临的巨大危机？胡适的议论的真正弱点就在这里。***批评他把主义与问题完全割裂，并提出，中国是一个“没有组织，没有生机的社会，一切机能都已闭止……必须有一个根本解决，才有把一个一个的具体问题都解决了的希望”（***：《再论问题与主义》，载《每周评论》，第35号，又见《***选集》，232页。）。正是基于这种认识，***才找到马克思主义的革命理论。所以，胡适与***的争论，实质上是实验主义与马克思主义的争论。陈独秀当时身陷囹圄，无法参加这场争论。但一年多以后，他发表一篇《主义与努力》的短文，却是关联着这场争论的。他以划船作比喻，说主义就是定船的方向，努力就是划船，二者缺一不可。他曾批评“许多青年只是把主义挂在口上，不去做实际的努力”，因而强调说：“我们改造社会是要在实际上把他的弊病一点一滴、一桩一件、一层一层渐渐的消灭去，不是用一个根本改造的方法能够叫它立时消灭的。”照这个说法，陈独秀的意思完全与胡适合拍了。但其实不然。他又说：“现在有一班妄人误会了我的意思，主张办实事，不要谈什么主义、什么制度。主义制度好比行船的方向，行船不定方向，若一味盲目的努力，向前碰在礁石上，向后退回原路去都是不可知的。”（《新青年》，第8卷第4号。）这反映出，他写这篇文章时，侧重的还是反对只谈问题不谈主义的倾向。只是，他对这个问题未做深入的理论思考，用比喻来说明问题，有很不确切的地方。问题与主义的争论，所显示的不仅是方向的不同，不只是胡适主张效法美国式的资本主义，***主张效法俄国的社会主义，而且方法论也有原则分歧。***主张以革命的手段“根本解决”，胡适不赞成革命，不承认有“根本解决”，主张一点一滴的改良。陈独秀没有把自己的思想同胡适的思想完全明确地区别开来，但这不等于说在实际上，陈独秀的思想与胡适的思想这时还没有大的分野。在发表《主义与努力》这篇短文之前三个月，他在《谈政治》（此文载《新青年》，第8卷第1号。）一文里，已很清楚地表明他拥护马克思主义的国家与革命的学说，而这正是区别马克思主义者与一般知识分子最重要的关键。
如果说陈独秀在思想理论上还没有完全意识到他与胡适的全部分歧及其意义，那么在如何办《新青年》杂志这个具体问题上，他们的分歧则表现得非常明确而尖锐。
自从陈独秀就任北大文科学长，《新青年》便从上海迁北京编辑。1918年，胡适、钱玄同、***、沈尹默等陆续加入编辑部，《新青年》便成为同人刊物，大家轮流编辑。当时，大家的注意力都集中于批判封建礼教与文学革命等问题上，内容与思想大体都能一贯。到1919年五四运动后，情形大变。首先是***编了一期“马克思主义”专号，这是《新青年》转向宣传马克思主义的开端。从此，谈政治、谈马克思主义、谈俄国革命的内容大大增加。1920年4月1日出版的7卷5号，是胡适负责编辑的最后一期。下一期，7卷6号（纪念五一劳动节专号）便是由陈独秀在上海齐稿的。在这一期出版前夕，陈从上海写信给北京的同人，请他们考虑《新青年》以后的编辑办法。主要问题是：仍由北京同人轮流编辑，还是由在京一人担任编辑，还是由陈氏负责在上海编辑？此时北方空气对《新青年》实属不利，陈氏的意思是想把《新青年》移上海编辑，但他不能不征求同人的意见。北京同人都很敬重陈独秀，也明白陈独秀的意思。所以，从第8卷起，《新青年》就正式移上海编辑出版，逐渐变成上海共产主义小组的机关刊物，宣传马克思主义、介绍俄国革命的文章占了绝大部分篇幅，实际负责编辑的是年青的共产主义者陈望道等人。胡适对于这种情况颇不满意，主张《新青年》仍以哲学文学为主要内容。1920年12月16日，陈独秀写信给胡适、高一涵，说：“《新青年》色彩过于鲜明，弟近亦不以为然，陈望道君亦主张稍改变内容，以后仍以趋重哲学、文学为是。但如此办法，非北京同人多做文章不可。近几册内容稍稍与前不同，京中同人来文太少，也是一个重大的原因。”（《关于〈新青年〉问题的几封信》，见张静庐编：《中国现代出版史料》甲编，7页。）从表面看来，陈的意思与胡的主张，似并无扞格，但实际上关键在于何人主持编辑部。照胡适的意思，《新青年》编辑部掌握在他根本不认识的人手里，就无法贯彻他的意图，因此也就不愿提供文章。使胡适不愉快的是，陈独秀在这封信里还责备胡适、陶孟和与研究系接近。这一点，确是陈独秀误信了谣言。
胡适的回信大约写在月底。他在信中说，《新青年》色彩过于鲜明，“此是已成之事实。今虽有意抹淡，似亦非易事。北京同人抹淡的工夫决赶不上上海同人染浓的手段之神速”。他提出三个办法：（1）听《新青年》流为一种有特别色彩的杂志，而另创一个哲学文学的杂志。（2）要做到改变内容，必须恢复“不谈政治”的戒约。此点上海同人不便为之，而北京同人正不妨如此宣言。所以乘陈独秀离沪去广东的机会，把《新青年》编辑部自第9卷第1号起移回到北京来，并在此号内发表“不谈政治”的宣言。（3）根据陶孟和的意见，《新青年》既已遭邮局停寄，不如索性停办。（《关于〈新青年〉问题的几封信》，见张静庐编：《中国现代出版史料》甲编，7页。）紧接着胡适又有第二封信给陈独秀，取消了陶孟和提出的第三个办法。但对前两条，陈独秀仍大为生气，甚至认为第一条是“反对他个人”。他写给北京同人的复信，经大家传观之后，胡适最后一个看到。1921年1月22日胡适在给北京同人征求意见的信上说：“我并不反对他（指陈独秀———引者）个人，亦不反对《新青年》。不过我认为今日有一个文学哲学的杂志的必要。今《新青年》差不多成了SovietRussia的汉译本，故我想另创一个专关学术艺文的杂志。今独秀既如此生气，并且认为反对他个人的表示，我很愿意取消此议，专提出‘移回北京编辑’一个办法。”（《关于〈新青年〉问题的几封信》，见张静庐编：《中国现代出版史料》甲编，7页。）这次的主张，北京同人多数表示赞同。（张慰慈、高一涵无条件赞同；陶孟和表示赞成之外，又提出：若此议仍不能实行，就停办；王星拱赞成陶的意见；***初主另创一个杂志，后改为同意移回北京编辑；周树人、周作人兄弟倾向于另办一个杂志；钱玄同意见与周氏兄弟相似。***与钱玄同都坚决反对停办之说。）
分歧已经暴露出来，任何弥合的办法都已无济于事。对此，周氏兄弟与钱玄同的观察最为真切。周作人在签注意见时写到：“我看现在《新青年》的趋势是倾于分裂的，不容易勉强调和统一。无论第一第二条办法，结果还是一样。所以索性任他分裂，照第一条做或者倒还好一点。”鲁迅同意周作人的意见，只是附加一句“不必争《新青年》这个名目”。钱玄同在把陈独秀“大生气”的那封给北京同人的信转寄周氏兄弟时，说：“初不料陈、胡二公已到短兵相接的时候！”（钱玄同致鲁迅、周作人的信（1921年1月11日），见《鲁迅研究资料》第12辑，17页，天津，天津人民出版社，1983。）足见当时围绕《新青年》的问题，陈独秀与胡适之间的矛盾已是何等尖锐。这次的风波关键是陈、胡思想分途。陈独秀成了共产主义者，要学俄国人的样子，搞革命；胡适仍坚持其自由主义立场，不赞成直接谈政治，尤不赞成搞革命。故他坚决反对《新青年》宣传马克思主义、宣传俄国革命。为达此目的，他要求至少要做到将《新青年》移回北京编辑。当时的政治形势的变化比他们两人的思想分歧的发展还要来得更为急剧。胡适汇总北京同人的意见后，于2月6日再度写信告诉陈独秀。陈于2月15日回信给胡适，信中明确说，他不赞成《新青年》移北京，因为北京大学的“空气不大好”。所谓空气不大好，就是缺少革命的气息，他怀疑和担心像胡适这类自由主义分子，会被研究系或其他政客所利用。他告诉胡适：“现在《新青年》已被封禁，非移粤不能出版，移京已不成问题了。”同时又说“你们另外办一个报，我十分赞成，因为中国好报实在太少，你们作出来的东西总不差。但我却没有工夫帮助文章。而且在北京出版，我也不宜作文章”（张静庐编：《中国现代出版史料》甲编，13页。）。这就是说，《新青年》在上海都站不住了，更何况北京？逼人的形势为陈、胡的争论做了结论，《新青年》同人终于分裂了。陈独秀在同一天写给周氏兄弟的信上说：“《新青年》风波想必先生已经知道了。此时除移粤出版无他法，北京同人料无人肯做文章了，惟有求助于你两位。”（《鲁迅研究资料》第12辑，17页。）陈独秀亦明知，北京同人的多数不可能与他站在同一立场去宣传革命。从此，《新青年》正式成为共产党人的刊物。《新青年》在北京的原有同人，不再与闻编辑事务了。但胡适、周氏兄弟及刘半农等人仍有学术文艺性的稿子给《新青年》发表，直到第9卷结束。由此可见，思想上的严重分歧，并没有伤害陈、胡之间的友谊。
三
《新青年》的风波过后，胡适本想立即着手另办一个学术性的刊物。陈独秀给他的信是1921年2月15日写的，2月22日，胡适就拟就了《发起〈读书杂志〉的缘起》，其中说，他发起这个杂志，目的是“希望各位爱读书的朋友们把读书研究的结果，借它发表出来。一来呢，各人的心得可以因此得着大家的批评。二来呢，我们也许能引起国人一点读书的兴趣，——大家少说点空话，多读点好书！”（《胡适文存》第2集第1卷，29页。）这最后一句话显然是有所为而发的。从他的立场来看，《新青年》是热衷于谈主义的，谈主义而不研究问题，在他看来就是讲空话。他是想，《新青年》就让给你陈独秀去谈主义、讲空话去好了，我胡适却要拉一批爱读书的朋友来办个《读书杂志》。然而，他的计划未能很快实现。后来他改变初衷，由不谈政治改而直接谈论政治，于1922年5月办起了《努力周报》。这时，中国共产党已于上年7月正式成立，陈独秀做了总书记。他从此全部心力投入革命事业，与胡适的联系大大减少，在思想主张上更是屡见分歧，时有争论。