至大明二年(458)，孝武帝对僧尼的态度转向强硬，下诏沙汰僧人。孝武大明二年，有昙标道人与羌人高阇谋反，上因是下诏，所在精加沙汰，后有违犯，严其诛坐。于是设诸条禁，自非戒行精苦，并使还俗，而诸寺尼出入宫掖，交关妃后，此制竟不能行。《南史》卷七十八《列传第六十八》，第1309-1310页。沙汰僧尼的直接起因，是比丘昙标参与高阇谋反。此大明二年的谋反与沙汰事件，并录于正史及佛教史料。案《古今图书集成》“释部汇考”：世祖大明二年，有昙标道人，与羌人高阇谋反。上因是下诏曰：“佛法讹替，沙门混杂，未足扶济鸿教，而专成逋薮，加奸心频发，凶状屡闻，败乱风俗，神人交怨，可付所在，精加沙汰，后有违犯，严加诛坐。”于是设诸条禁，自非诫行精苦，并使还俗。而诸寺尼，出入宫掖，交关妃后，此制竟不能行。 《释教部汇考》，《续正藏》第77册，第4页下。《广弘明集》卷五(《大正藏》第52册，第125页下-126页上)上并录：(孝武帝)“大明二年诛王僧达父子。有羌人高阇反，事及沙门昙标。下诏曰：‘佛法讹替，沙门混杂，未足扶济鸿教，而专成逋薮，加以奸心频发，凶状屡闻，败道乱俗，人神交忿。可付所在，精加沙汰，后有违犯，严其诛坐。’遂设诸条禁，自非戒行精苦，并使还俗。诏虽严重竟不施行。” ［元］念常集《佛祖历代通载》卷八(《大正藏》第49册，第539页下)：“是岁有羌人高阇反，累及沙门昙标，乃下诏付所司，精加沙汰，遂设诸条，自非戒行精苦之者，并令还俗。诏虽严重竟不施行。”昙标谋反事件，士族王僧达也被牵连，“因高阇事陷之，收付廷尉，于狱赐死。时年三十六”《南史》卷二十一《列传第十一·王僧达》，第379页。虽然此事引起了孝武帝打算整顿佛教的决心，但是由于比丘尼的周旋，又将淘汰僧尼一事暂压。
当孝武帝地位逐渐稳定后，再次对佛教僧侣提出要求：大明五年(461)九月，“制沙门致敬人主”《南史》卷一《本纪第二·宋孝武帝》，第42页。“大明六年，孝武使有司奏沙门接见皆尽敬，诏可。”《南史》卷七十八《列传第六十八》，第1309-1310页。这次下诏直承东晋，“先是晋世庾冰始创议，欲使沙门敬王者，后桓元(玄)复述其义，并不果行。大明六年，世祖使有司奏”，“以为沙门接见，比当尽虔礼敬之，容依其本俗，则朝徽有序，乘方兼遂矣。诏可”。如僧不致敬，“既行刳斮之虐，鞭颜竣面而斩之，人不胜其酷也”《释教部汇考》，《续正藏》第77册，第4页下-第5页上。孝武帝并用酷刑迫使僧尼遵守这一规定。
宋明帝支持佛教，他敕晋熙王爽从中兴寺释僧璩受戒《高僧传》卷十一，《大正藏》第50册，第401页中。因为明帝“好玄理，以颙有辞义，引入殿内，亲近宿直。帝所为惨毒之事，颙不敢显谏，辄诵经中因缘罪福事，帝亦为之小止”《南史》卷三十四《列传第二十四·周颙》，第594页。可见明帝对佛教宣传的因果报应之说比较认同。另外，明帝所造湘宫寺为以其故宅为基，“费极奢侈。以孝武庄严刹七层，帝欲起十层，不可立，分为两刹，各五层。新安太守巢尚之罢郡还见，帝曰：‘卿至湘宫寺未？我起此房是大功德。’”《南史》卷七十《列传第六十·虞愿》，第1143页。湘宫寺建好后，明帝请何园寺释慧隆于湘宫寺讲《成实论》《高僧传》卷八，《大正藏》第50册，第379页下。也是基于功德观念，明帝为正觉寺造“丈八金像，四铸不成，于是改为丈四”［宋］宗晓编《乐邦文类》卷三，《大正藏》第47册，第193页下。
宋明帝给予比丘尼僧团发展极大的支持，泰始元年将普贤寺尼宝贤立为京邑僧正，泰始二年又立普贤寺尼法净为京邑都维那。使宝贤和法净分别成为东晋宋齐梁陈比丘尼史上唯一的尼僧正和尼都维那。
但即便是在宋明帝支持佛教期间，仍有沙汰僧尼的举动：荆州刺史沈攸之，初不信法，沙汰僧尼。长沙一寺千有余僧，应还俗者将数百人。举众遑骇长幼悲泣，像为流汗五日不止，有闻于沉沉，召寺大德玄畅法师访问所以。畅曰：“圣不云远，无幽不彻。去来今佛，佛佛相念，得无今佛念诸佛乎。欲请檀越，不信之心，故有斯应。”问出何经，答出《无量寿经》。攸之取经寻之殊悦。即停沙汰。 ［唐］释道安《集神州三宝感通录》卷二，《大正藏》第52册，第415页下。沈攸之一事，《比丘尼传·慧绪尼传》并有记录。慧绪本住荆州三层寺，“沈攸之为刺史，普沙简僧尼，绪乃避难下都。及沈破败，后复还西”《比丘尼传校注》，第149页。荆州沙简僧尼行动导致了僧尼流动。
刘宋时期，佛教迅速传播，但因政府缺少相应的管理制度，佛教在发展过程中显现出弊端，甚至有僧尼参与政变，致使官方发起了淘汰僧尼的行动。检视以上沙汰行动，不难发现，刘宋朝比丘尼享有较高社会地位，与社会上层人士交好，行动自由。因为她们的干预，甚至可以影响帝王的决定。正是以较高的社会地位为基础，宋明帝时期尼僧正、尼都维那的出现亦是发展的必然结果。三佛教限制运动展开——南齐时期
宋末齐初，江陵荆州发生僧人违法事件：时南郡江陵县人苟蒋之弟胡之妇，为曾口寺沙门所淫，夜入苟家。蒋之杀沙门，为官司所检，蒋之列家门秽行，欲告则耻，欲忍则不可，实己所杀。胡之列又如此，兄弟争死。江陵令宗躬启州，荆州刺史庐江王求博议。彖曰：“夫迅寒急节，乃见松筠之操；危机迥构，方识贞孤之风。窃以蒋之、胡之杀人，原心非暴，辩谳之日，友于让生，事怜左右，义哀行路。昔文举引谤，获漏疏纲，蒋之心迹，同符古人，若陷以深刑，实伤为善。”由是蒋之兄弟免死。《南史》卷二十六《列传第十六·袁彖》，第468页。僧人违法事件引起了社会的关注。
齐武帝时期，政府对三吴僧尼进行管理：“齐武帝永明中，敕定林上寺僧法献、长干寺僧玄畅，于三吴沙简僧尼。”［唐］彦悰《沙门不应拜俗事等》卷二，《大正藏》第52册，第452页中。永明六年，“帝敕沙门法献、元畅为天下僧主，会帝前称名不坐。他日中兴寺僧锺，于帝前称贫道，乃诏称名为定式”《释教部汇考》，《续正藏》第77册，第5页中。此时，僧尼接受政府管理，改变了自称方式。
南齐统治时间较短，从对佛教的态度来说，基本延续刘宋模式。但是，社会对佛教发展的限制却是明显的，不仅表现在宗教政策的出台，也表现在齐武帝修建禅灵寺，曾被认为是显示武帝失位的征兆：“先是武帝立禅灵寺于都下，当世以为壮观，天意若曰：‘禅’者禅也，‘灵’者神明之目，武帝晏驾而鼎业倾移也。”《南史》卷四《本纪第四·齐海陵王》，第93页。至齐东昏侯拆毁佛像，南齐不久后灭亡。
此一时期，比丘尼僧团得到了齐文帝、齐武帝、齐文惠太子、齐竟陵文宣王等权贵的支持而发展，比丘尼有较高社会地位。后文有详细论述，兹不赘述。四“皇帝菩萨”倡导佛教——萧梁时期
梁武帝萧衍一生，对儒、释、道三家均给予一定程度的照顾，他少习儒，中志道，晚年归于佛教。正是萧衍对佛教的信仰推动了萧梁佛教的兴盛。
天监三年(504)在佛教发展史上较为重要，这一年，案《佛祖历代通载》：天监三年四月八日，帝率道俗二万余人升重云殿，亲制文发愿，乞凭佛力永弃道教，不在(再)崇奉。［元］念常集《佛祖历代通载》卷九，《大正藏》第49册，第544页下。此事并录于［明］如卺《缁门警训》(《大正藏》第48册，第1097页中)：“帝乃躬运神笔下诏，舍道文曰：维天监三年四月八日，梁国皇帝兰陵萧衍稽首和南，十方诸佛、十方尊法、十方圣僧，伏见经云，发菩提心者，即是佛心，其余诸善不得为喻，能使众生出三界之苦门，入无为之胜路。”另宋祖绣《隆兴编年通论》卷七(《续正藏》第75册，第141页上)录：“天监三年四月八日，帝率道俗二万余人升重云殿，亲制文发愿，乞凭佛力永弃道教不再崇奉。” 《广弘明集》卷四(《大正藏》第50册，第112页上)：“(武帝)不乐依老子教暂得生天，涉大乘心离二乘念，正愿诸佛证明，菩萨摄受，弟子萧衍和南。于时帝与道俗二万人，于重云殿重阁上，手书此文发菩提心。”天监三年，时值梁土多疫疾，梁武帝下诏大赦天下，就连禅林寺净秀尼也于“天监三年，敕见听乘舆至内殿”《比丘尼传校注》，第166页。，与其余僧尼一起，共梁武帝发愿祈福。但至于“永弃道教”，则无佛教史料之外的旁证。
梁武帝从慧约受菩萨戒的时间为天监十八年(519)，“四月八日延师于等觉殿受菩萨戒，复设无遮大会。帝自受戒后，日唯一食，食止蔬菜，寝居殿所，净如沙门”《释氏稽古略》卷二，《大正藏》第49册，第769页中。同一年，慧皎编撰《高僧传》。笔者认为，天监十八年萧衍受菩萨戒更为可信，如之前已受“五戒”或“十戒”，也并不涉及重受戒问题。之后，萧衍成为南朝历史上的最高统治者——“皇帝菩萨”。
作为“皇帝菩萨”，萧衍对佛教修证身体力行，甚至被大臣指责：时帝大弘释典，将以易俗，故祖深尤言其事，条以为：都下佛寺五百余所，穷极宏丽。僧尼十余万，资产丰沃。所在郡县，不可胜言。道人又有白徒，尼则皆畜养女，皆不贯人籍，天下户口，几亡其半。而僧尼多非法，养女皆服罗纨，其蠹俗伤法，抑由于此。请精加检括，若无道行，四十已下，皆使还俗附农。罢白徒养女，听畜奴婢。婢唯着青布衣，僧尼皆令蔬食。如此，则法兴俗盛，国富人殷。不然，恐方来处处成寺，家家剃落，尺土一人，非复国有。《南史》卷七十《列传第六十·郭祖琛》，第1150页。其言或有过激，恰恰也说明了佛教在梁朝得到统治者支持而盛行。特别是对比于范缜“为宜都太守，性不信神鬼，时夷陵有伍相庙、唐汉三神庙、胡里神庙，缜乃下教断不祠”《南史》卷五十七《列传第四十七·范缜》，第947页。；王神念“为青、冀二州刺史，神念性刚正，所更州郡，必禁止淫祠，时青州东北有石鹿山临海，先有神庙祆巫，欺惑百姓，远近祈祷，糜费极多，及神念至，便令毁撤，风俗遂改”《南史》卷六十三《列传第五十三·王神念》，第1025页。；再加上“梁武帝禁畜谶纬”《南史》卷七十六《列传第六十六·阮孝绪》，第1266页。的行为，佛教的确在梁朝得到极大发展。
在有利于佛教发展的政策下，逻辑上推论，比丘尼僧团也得到一定发展。但对于比丘尼的社会地位相较于刘宋与南齐如何，则无更多的史料参考。五提倡佛教与整顿教风并行——南陈时期
南陈延续萧梁政府对佛教的政策，佛教是当时社会主流的宗教信仰。按《陈书·高祖本纪》：“永定元年冬十月乙亥，即皇帝位，庚辰诏出佛牙，于社姥宅集四部，设无遮大会，高祖亲出阙前礼拜。”初，齐故僧统法献，于乌缠国得之，常在定林上寺，梁天监末，为摄山庆云寺沙门慧兴保藏。慧兴将终，以属弟慧志，承圣末，慧志密送于高祖，至是乃出。永定二年夏五月，舆驾幸大庄严寺，舍身。冬十月，发《金光明经题》。十二月，又幸大庄严寺，舍乘舆法物……永定二年夏五月辛酉，舆驾幸大庄严寺，舍身。壬戌，群臣表请，还宫。冬十月乙亥，舆驾幸庄严寺，发《金光明经题》。十二月甲子，舆驾幸大庄严寺，设无碍大会。舍乘舆法物，群臣备法驾奉迎，即日舆驾还宫。 《释教部汇考》，《续正藏》第77册，第7页上。从对“佛牙”的保存与继承上，从梁武帝与陈武帝共同的“舍身”行为上，笔者推论南陈延续萧梁政府的佛教政策。
陈武帝的佛教信仰，正史记录不多，但是陈武帝的儿子，“遂兴侯(陈)详，字文几，少出家为沙门。善书记，谈论清雅。武帝讨侯景，召令还俗，配以兵马，从定建邺”《南史》卷六十五《列传第五十五·遂兴侯详》，第1051页。陈文帝制有“虚空藏菩萨忏文”、“药师斋忏文”《广弘明集》卷二十八(《大正藏》第52册，第334页)录有全文。，并为其母舍物求福《陈文帝为皇太后舍宝忏文》(《广弘明集》卷二十八，《大正藏》第52册，第335页上)：“诸佛菩萨，冥空幽显，俱到证明。开智慧日，映慈悲云，树宝幢于大千，击法鼓于百亿。震动世界，觉悟群生，放三昧之净光，流一味之法雨。引愚痴于火阱，拔烦恼于棘林，出轮转河到无生岸。”。陈宣帝制“胜天王般若忏文”《广弘明集》卷二十八(《大正藏》第52册，第332页下)录全文：“汉帝感通，不过宵梦。香象所载虎观，寂而未闻。龙宫所藏麟阁，閴其无取。山海为隔，传授盖微，华夷不同，翻译何几。天王所问，止得经名。《金刚》之经，才见一品。历魏晋而未备，经宋齐而恒阙，我皇帝承家建国，光前绝后，道格天地，德被幽微。大启慈悲，广开智慧，施造化以仁寿，济苍生于解脱。异世界而承风，殊刹土而响应。真人间出法宝传通。粤以天嘉六年，外国王子月婆首那来游匡岭，慧解深妙，靡测圣凡，奉持《胜天王般若经》一部。于彼翻译，表献京师。某校彼前名，冥合符契，总三乘之通教，贯六度之渊海，如开暗室以照优昙。十方众生若贫人之获宝，四部弟子等力士之得珠。金牒宝印，始兹辰而一启；智慧实法，洎尔时而方具。故知如来付嘱，必俟仁王，般若兴隆，期于圣运。”，并兴译经事业。太建四年(572)，“帝诏禅师僧玮至京，亲禀戒诲，敕后妃公卿咸受十善，敕住京城天宝寺及东归，敕为安州三藏”《释氏稽古略》卷二，《大正藏》第49册，第804页下。
陈后主亦提倡佛教：“太建十四年正月丁巳，即皇帝位，甲戌设无碍大会于太极前殿。秋九月丙午，设无碍大会于太极殿，舍身。及乘舆御服，大赦天下。”《释教部汇考》，《续正藏》第77册，第7页中。同年，陈后主诏：“僧尼道士，挟邪左道，不依经律，民间淫祀妖书诸珍怪事，详为条制，并皆禁绝。”［唐］姚思廉《陈书》卷六《本纪第六·陈后主》，北京：中华书局，2000年，第73页。上列记录显示，南陈未对佛教信仰加以限制，但对从教人员的素质提出要求，以整顿教风。